genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8606733--8606759	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8609257--8609292	19	1.9	19	88	5	56	41	0	19	38	1.52
8609772--8609841	24	2.8	25	79	12	90	27	27	17	28	1.97
8611031--8611057	12	2.2	12	100	0	54	25	44	22	7	1.79
8616644--8616713	24	2.8	25	72	12	81	24	27	18	30	1.98
8616646--8616726	25	3.3	25	68	25	73	22	25	19	32	1.98
8637792--8637867	32	2.4	32	80	4	82	28	2	17	51	1.59
8639219--8639265	19	2.4	20	89	7	78	51	10	8	29	1.66
8649249--8649309	31	2.0	31	90	0	95	39	8	8	44	1.64
8652954--8653106	57	2.8	55	77	8	150	22	14	9	53	1.70
8652955--8653071	28	4.1	29	83	3	130	19	12	11	56	1.66
8653406--8653504	34	2.9	35	76	5	96	28	12	15	44	1.82
8654650--8654775	20	6.4	20	68	18	59	23	17	11	48	1.79
8655179--8655216	20	1.9	20	88	0	58	39	7	26	26	1.83
8655222--8655336	20	5.8	20	70	11	83	53	10	19	16	1.71
8655220--8655339	40	3.0	39	76	9	116	53	10	18	18	1.71
8656204--8656251	19	2.4	21	79	10	64	68	6	6	18	1.32
8656206--8656250	20	2.3	20	88	3	65	68	4	6	20	1.29
8664698--8664726	8	3.8	8	90	9	51	10	0	24	65	1.23
8670507--8670662	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
8677842--8677997	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
8683342--8683538	98	2.0	98	90	0	313	37	21	9	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8685170--8685211	17	2.5	17	88	0	57	2	16	38	42	1.61
8685912--8686454	44	12.5	44	69	13	209	27	22	20	29	1.99
8685480--8686454	217	4.5	218	88	0	1425	27	22	20	29	1.99
8685518--8686323	44	18.5	44	69	14	225	27	23	20	29	1.99
8685480--8686454	435	2.2	435	93	0	1628	27	22	20	29	1.99
8697846--8698042	98	2.0	98	93	0	340	37	22	10	30	1.87
8698812--8698878	33	2.0	33	91	0	107	26	32	17	22	1.96
8703806--8703831	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8705486--8705519	15	2.2	16	90	10	54	23	0	8	67	1.18
8708848--8708893	20	2.2	21	88	7	76	47	17	0	34	1.48
8708848--8708894	11	4.5	11	84	12	64	46	17	0	36	1.48
8708884--8708927	22	2.0	22	86	8	63	52	6	6	34	1.55
8708875--8708930	27	2.1	27	93	0	94	53	7	7	32	1.55
8708852--8708922	6	13.2	6	76	16	50	49	12	2	35	1.56
8708913--8708963	18	3.1	18	78	18	65	64	3	7	23	1.37
8712313--8713307	40	24.9	40	98	0	1864	25	22	27	24	2.00
8720063--8720251	63	3.0	63	98	0	360	47	15	16	20	1.83
8721114--8721175	26	2.4	26	94	2	108	14	24	14	46	1.82
8722745--8723258	41	12.5	41	94	0	893	24	27	19	28	1.98
8723940--8724000	25	2.5	24	94	5	106	44	11	6	37	1.67
8725030--8725059	14	2.1	15	93	6	53	53	20	0	26	1.46
8730764--8730910	41	3.6	41	93	0	240	23	27	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8731571--8731631	25	2.5	24	94	5	106	44	11	6	37	1.67
8732662--8732691	14	2.1	15	93	6	53	53	20	0	26	1.46
8738480--8738532	26	2.0	26	100	0	106	15	15	3	66	1.40
8738482--8738540	26	2.3	26	93	0	100	13	15	5	66	1.42
8745858--8746112	124	2.1	124	87	3	361	29	16	23	31	1.96
8747258--8747438	23	7.9	23	79	11	192	27	1	22	48	1.58
8747257--8747316	29	2.1	28	93	3	102	26	1	26	45	1.63
8747296--8747356	17	3.2	17	76	24	68	29	0	16	54	1.43
8747898--8748535	23	25.9	23	76	13	431	28	0	23	47	1.57
8747910--8747976	32	2.1	32	100	0	134	22	0	23	53	1.46
8747942--8748535	46	12.2	46	76	13	532	28	0	23	47	1.57
8747942--8748373	92	4.6	92	92	4	677	28	0	22	48	1.55
8750692--8750725	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
8750922--8750963	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
8750965--8751056	22	4.2	22	78	10	107	42	0	28	29	1.56
8750913--8751015	52	2.0	51	81	9	120	36	0	32	31	1.58
8750965--8751056	44	2.1	44	85	4	123	42	0	28	29	1.56
8756600--8756642	22	2.0	22	85	0	59	46	16	25	11	1.80
8759667--8759741	19	3.8	19	86	6	114	34	17	12	36	1.87
8764656--8764702	20	2.3	20	82	7	51	21	2	6	70	1.20
8770226--8770272	22	2.1	21	84	7	58	61	19	0	19	1.34
8772348--8772539	29	6.6	29	81	7	131	33	24	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8772347--8772534	58	3.2	57	79	5	207	34	23	16	25	1.95
8772353--8772539	87	2.1	87	80	5	209	33	25	16	25	1.96
8773326--8773420	48	2.0	47	87	0	127	32	36	12	16	1.87
8773804--8773890	21	4.1	21	78	7	95	37	21	21	18	1.94
8773804--8773890	44	2.0	41	82	6	102	37	21	21	18	1.94
8775039--8775091	27	2.1	25	83	16	65	43	1	0	54	1.11
8785356--8785566	113	1.9	113	97	0	404	32	19	11	36	1.87
8785786--8785820	18	1.9	18	88	0	52	14	0	17	68	1.21
8791811--8791844	17	1.9	18	88	5	52	32	0	0	67	0.91
8795310--8795342	10	3.4	10	87	4	50	54	27	6	12	1.60
8800430--8800462	5	6.8	5	89	6	50	42	21	21	15	1.89
8802745--8802771	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
8807023--8808330	44	29.7	44	80	5	1234	30	26	14	28	1.95
8807023--8808332	264	5.0	262	87	3	1408	30	26	14	28	1.95
8834744--8834771	8	3.5	8	100	0	56	89	10	0	0	0.49
8835169--8835236	16	4.2	16	92	0	109	27	0	35	36	1.58
8835471--8835505	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8835358--8835674	157	2.0	157	96	0	589	44	3	5	47	1.41
8835608--8835649	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
8835617--8835658	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
8835824--8835871	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
8835779--8836007	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8838353--8838429	33	2.3	33	100	0	154	33	5	18	42	1.72
8838406--8838447	18	2.3	18	100	0	84	23	0	26	50	1.50
8838373--8838476	51	2.0	51	98	0	199	30	3	20	45	1.69
8840521--8840652	36	3.6	37	83	6	160	54	12	26	6	1.61
8840973--8841007	5	7.0	5	86	0	52	80	0	17	2	0.84
8842253--8842648	50	7.9	50	66	8	198	31	21	21	25	1.98
8842261--8842658	100	4.0	99	86	1	528	30	21	21	25	1.98
8846793--8846898	22	4.7	23	76	10	101	27	13	16	42	1.86
8846793--8846920	22	5.5	23	73	18	97	27	14	15	42	1.85
8846793--8846940	47	3.2	47	86	5	187	28	14	16	41	1.87
8847576--8847829	128	2.0	128	91	1	411	34	20	19	25	1.96
8847889--8847974	44	2.0	44	86	4	120	33	18	20	26	1.96
8850944--8850984	20	2.0	21	95	4	75	29	34	9	26	1.88
8851411--8851435	9	2.8	9	100	0	50	80	0	8	12	0.92
8852942--8853082	43	3.3	42	80	3	147	26	27	19	26	1.99
8857311--8857344	18	1.9	18	88	5	52	44	5	0	50	1.26
8858031--8858069	14	2.7	15	84	8	53	41	30	0	28	1.57
8858030--8858089	21	2.8	21	78	16	70	40	33	0	26	1.57
8858193--8858255	29	2.2	30	80	13	78	39	34	1	23	1.65
8858195--8858299	7	14.6	7	73	12	52	37	42	1	18	1.61
8858193--8858263	36	2.0	35	81	8	81	39	35	2	22	1.69
8858259--8858296	14	2.7	14	87	0	58	31	52	0	15	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8858936--8859172	41	5.8	41	92	0	341	29	28	22	19	1.98
8859403--8859450	22	2.3	22	89	7	73	39	4	2	54	1.32
8865898--8865927	15	1.9	15	93	6	51	46	40	0	13	1.43
8865898--8865927	8	3.9	8	95	4	53	46	40	0	13	1.43
8865963--8866073	7	15.7	7	69	15	68	48	28	0	21	1.56
8866413--8866669	41	6.3	41	80	8	258	29	27	20	22	1.98
8866382--8866654	123	2.2	122	81	5	329	30	26	20	23	1.98
8866441--8866684	123	2.0	123	83	3	312	31	27	18	23	1.97
8866747--8866869	41	3.1	39	79	9	115	22	17	20	39	1.93
8866733--8866870	39	3.5	40	78	8	138	21	18	21	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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