genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39383930

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  126  ( 15042 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21252613--21252886	145	1.9	145	99	0	539	31	23	14	30	1.95
21252871--21252942	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
21262094--21262185	24	3.8	24	79	1	94	28	25	21	25	1.99
21270709--21270860	21	7.2	21	59	11	60	48	8	13	29	1.71
21270683--21270914	63	3.7	63	98	0	437	48	7	13	30	1.70
21275673--21276014	27	12.2	27	75	15	172	18	18	19	43	1.88
21275673--21276014	54	6.1	53	80	9	297	18	18	19	43	1.88
21275673--21276014	81	4.1	82	79	10	359	18	18	19	43	1.88
21275818--21275896	40	2.0	40	94	0	140	20	16	21	41	1.90
21275791--21275919	67	1.9	67	88	0	195	18	17	21	41	1.90
21275764--21276014	94	2.8	94	81	8	278	18	17	20	43	1.88
21275752--21275977	121	1.9	121	99	0	443	17	18	19	43	1.88
21275710--21276004	148	2.0	148	87	1	430	17	18	20	43	1.89
21286901--21286949	24	2.0	24	96	0	89	22	8	22	46	1.77
21287048--21287082	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
21288784--21288846	31	2.0	31	96	0	117	34	23	19	22	1.96
21292778--21292806	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
21293569--21293606	18	2.1	18	95	0	67	34	7	47	10	1.67
21296568--21296623	27	2.1	27	93	0	94	8	33	12	44	1.73
21297350--21297488	41	3.9	36	75	19	114	1	28	0	70	0.96
21297404--21297531	4	32.2	4	74	17	74	2	27	0	70	1.00
21297472--21297531	22	2.8	22	85	5	70	1	30	0	68	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21297367--21297516	79	1.9	78	85	10	205	2	28	0	70	0.99
21297566--21297617	27	1.9	27	92	0	86	17	28	23	30	1.97
21297666--21297729	27	2.4	27	97	0	119	48	0	10	40	1.38
21299184--21299259	11	6.8	12	70	18	56	26	25	2	46	1.66
21299221--21299318	51	1.9	51	87	4	144	26	24	3	45	1.67
21299316--21299364	13	3.6	13	84	10	71	40	0	0	59	0.98
21299321--21299361	15	2.7	15	88	7	57	41	0	0	58	0.98
21305293--21305401	54	2.0	54	87	0	155	22	22	12	41	1.88
21319656--21319708	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
21323599--21323651	14	3.7	14	73	14	54	62	3	1	32	1.24
21332995--21333025	14	2.2	14	100	0	62	29	12	0	58	1.35
21339026--21339088	26	2.7	22	80	17	81	57	17	17	7	1.63
21339032--21339085	26	2.1	26	96	0	99	57	18	16	7	1.62
21340359--21340410	20	2.4	23	72	24	58	17	7	34	40	1.78
21340368--21340410	20	2.1	21	91	4	70	16	6	37	39	1.75
21341469--21341519	22	2.3	21	90	6	75	17	52	9	19	1.72
21343641--21343743	48	2.2	47	82	3	125	19	19	34	26	1.95
21344045--21344101	15	4.0	15	77	13	66	7	0	29	63	1.21
21344056--21344107	27	1.9	27	96	0	95	5	0	32	61	1.20
21347608--21347675	34	2.0	34	85	5	93	32	23	23	20	1.98
21350778--21350808	14	2.2	14	100	0	62	51	29	0	19	1.47
21353293--21353390	20	4.9	20	72	5	81	41	21	26	10	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21359956--21360084	29	4.5	28	82	4	127	37	22	18	21	1.94
21365327--21365351	8	3.1	8	100	0	50	40	24	0	36	1.55
21370819--21370872	18	3.0	18	100	0	108	0	61	0	38	0.96
21370817--21370872	6	9.2	6	90	2	85	0	60	0	39	0.97
21373706--21373904	59	3.3	58	71	12	195	41	1	3	53	1.24
21373684--21373854	59	2.8	59	71	12	159	43	1	5	49	1.35
21373826--21373960	18	8.0	17	70	19	95	40	0	1	57	1.13
21373684--21373926	120	2.0	120	97	0	459	43	1	4	51	1.31
21373841--21373899	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
21373854--21373909	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
21373705--21373945	41	5.9	40	68	22	121	41	1	3	53	1.25
21373928--21373988	28	2.3	25	83	10	77	44	0	0	55	0.99
21374124--21374178	21	2.6	21	88	8	85	27	38	9	25	1.86
21374242--21374268	7	3.9	7	100	0	54	44	0	44	11	1.39
21375266--21375362	49	2.0	48	95	0	167	20	29	27	20	1.97
21377138--21377199	7	8.7	7	72	10	54	17	0	38	43	1.49
21377137--21377179	20	2.2	20	86	0	59	13	0	44	41	1.44
21377367--21377655	125	2.3	125	90	0	443	31	19	21	28	1.97
21379922--21380018	30	3.2	30	75	2	106	28	14	26	29	1.95
21383234--21383282	12	4.1	12	91	0	80	16	6	2	75	1.09
21383227--21383280	24	2.3	24	93	3	92	11	5	3	79	1.02
21388114--21388156	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21388811--21388836	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
21389935--21389993	29	2.1	28	84	6	75	61	5	0	33	1.18
21391692--21391734	23	1.9	23	90	4	70	32	6	23	37	1.82
21395680--21395966	68	4.2	68	86	1	344	26	22	14	36	1.93
21396309--21396476	68	2.5	68	84	1	212	26	23	13	36	1.92
21395775--21396807	519	2.0	519	95	0	1850	28	25	11	33	1.92
21400790--21400818	13	2.2	13	100	0	58	27	6	6	58	1.50
21402315--21402349	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
21402342--21403192	47	18.1	47	100	0	1702	34	10	19	36	1.86
21403567--21403591	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
21407647--21407689	9	4.8	9	97	0	77	44	18	11	25	1.84
21408542--21408567	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
21411673--21411715	21	2.0	21	81	0	50	13	2	11	72	1.22
21411680--21411729	21	2.5	20	78	15	57	16	2	6	76	1.08
21411680--21411737	20	2.9	19	78	14	62	17	1	5	75	1.06
21412009--21412040	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
21417899--21417942	22	2.0	22	87	12	65	38	4	9	47	1.56
21421472--21421636	43	3.9	42	73	9	145	25	19	26	28	1.99
21430711--21430763	25	2.2	24	83	6	63	35	9	11	43	1.73
21433486--21433624	50	2.8	50	82	0	170	23	28	20	27	1.99
21437528--21437581	25	2.3	23	78	15	56	37	9	11	42	1.73
21449207--21449232	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21450253--21450289	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
21453662--21453693	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
21454634--21454926	43	6.8	43	90	0	399	26	33	19	20	1.96
21455122--21455160	19	2.1	19	95	0	69	58	2	10	28	1.44
21460795--21460878	16	5.8	16	66	23	60	30	0	22	46	1.52
21460803--21461544	25	27.8	28	63	22	117	32	2	19	45	1.62
21460928--21461011	16	5.8	16	66	23	60	30	0	22	46	1.52
21460721--21461546	133	6.2	133	100	0	1652	32	2	19	46	1.62
21461061--21461144	16	5.8	16	66	23	60	30	0	22	46	1.52
21461194--21461277	16	5.8	16	66	23	60	30	0	22	46	1.52
21461327--21461410	16	5.8	16	66	23	60	30	0	22	46	1.52
21461460--21461547	16	6.1	16	67	23	61	30	0	21	47	1.51
21461542--21461570	12	2.4	12	100	0	58	41	0	0	58	0.98
21461678--21461735	17	3.4	17	78	9	64	39	1	13	44	1.54
21461638--21462156	35	14.1	37	74	16	304	42	2	11	43	1.53
21461779--21461833	13	4.2	13	73	13	58	45	0	10	43	1.39
21461663--21462025	104	3.4	105	88	5	498	43	2	11	43	1.52
21461896--21461953	17	3.4	17	78	9	64	39	1	13	44	1.54
21461801--21462081	104	2.7	104	91	2	447	43	2	11	43	1.51
21461920--21462050	69	2.0	68	90	6	214	45	2	10	41	1.51
21461904--21462107	69	2.9	68	76	10	203	43	1	11	43	1.52
21462008--21462158	40	3.9	38	81	9	157	41	1	13	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21461838--21462199	183	2.0	173	91	6	573	43	1	11	43	1.51
21462057--21462120	13	4.8	13	78	17	69	40	1	14	43	1.54
21461635--21462139	218	2.3	220	76	17	537	42	2	11	43	1.53
21462090--21462139	18	2.9	17	79	5	64	38	2	14	46	1.56
21462090--21462157	31	2.1	32	86	10	93	39	1	14	44	1.55
21463382--21463423	16	2.5	17	84	3	50	2	26	2	69	1.13
21463461--21464161	336	2.1	335	91	2	1129	35	19	16	27	1.94
21468442--21468502	22	2.8	22	79	0	77	39	31	0	29	1.57
21468442--21468495	15	3.7	15	80	9	58	38	31	0	29	1.57
21468739--21468772	15	2.4	14	85	9	50	44	29	0	26	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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