genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259--2462	102	2.0	102	99	0	399	28	15	23	32	1.95
5101--5140	14	3.0	13	89	7	62	45	0	0	55	0.99
6039--6074	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
6963--7014	24	2.2	24	85	0	68	34	3	3	57	1.35
12749--12815	28	2.4	28	84	0	89	23	22	17	35	1.95
13890--13922	15	2.1	16	88	5	50	18	6	3	72	1.18
13915--13977	24	2.5	24	76	16	65	26	1	3	68	1.14
13912--13949	13	2.7	14	88	8	51	23	0	0	76	0.79
14413--14498	16	5.9	14	75	14	59	46	31	0	22	1.52
14456--14526	14	4.9	13	73	19	52	49	28	0	22	1.50
14456--14526	30	2.4	29	84	9	90	49	28	0	22	1.50
14572--14711	29	4.8	29	81	4	156	46	32	0	20	1.56
14572--14725	30	5.2	30	80	4	170	46	31	0	20	1.56
14572--14725	59	2.6	60	83	8	190	46	31	0	20	1.56
14812--14858	7	6.4	7	80	9	58	57	27	0	14	1.38
14772--14858	15	5.7	15	70	17	54	54	26	1	18	1.51
16568--16608	4	10.0	4	89	5	64	24	2	0	73	0.96
16562--16608	16	2.9	16	90	3	67	23	4	2	70	1.16
26331--26366	10	3.5	10	88	3	54	86	0	13	0	0.58
26330--26366	11	3.5	11	92	7	67	86	0	13	0	0.57
26329--26377	19	2.5	19	83	12	64	83	0	12	4	0.77
26330--26379	21	2.5	20	90	3	73	84	0	14	2	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27909--27979	36	1.9	38	82	5	92	18	19	9	52	1.73
27816--29029	201	6.0	203	85	4	1372	20	22	10	46	1.81
27816--29029	405	3.0	401	83	5	1477	20	22	10	46	1.81
28719--28788	36	1.9	37	88	2	106	15	21	14	48	1.80
27824--29029	608	2.0	607	84	3	1588	20	22	10	46	1.81
30542--30571	6	4.8	6	95	4	51	30	0	0	70	0.88
31054--31122	15	4.7	15	71	16	63	46	34	0	18	1.50
31067--31172	13	7.4	13	67	19	59	48	29	0	21	1.57
31066--31166	30	3.5	28	74	14	89	47	29	0	21	1.58
31309--31339	13	2.4	13	88	0	53	54	25	0	19	1.44
31193--31333	30	4.8	29	78	4	122	43	28	2	24	1.68
31370--31411	21	2.0	21	86	9	59	50	26	0	23	1.50
31380--31419	15	2.7	15	92	0	62	57	25	0	17	1.40
35088--35181	44	2.1	44	96	0	170	40	1	5	53	1.31
40109--40312	98	2.1	98	100	0	408	45	13	14	25	1.82
40811--40975	79	2.1	80	81	10	187	47	4	6	41	1.49
41019--41068	20	2.5	21	83	9	68	38	2	6	54	1.37
52473--52560	30	2.9	30	80	13	108	36	9	5	48	1.59
57222--57267	19	2.3	20	78	17	51	30	10	4	54	1.55
57869--57915	23	2.0	24	91	4	78	42	4	10	42	1.59
60097--60145	19	2.5	20	83	12	66	22	10	12	55	1.66
61044--61086	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67866--68028	72	2.2	72	77	9	163	38	7	4	49	1.54
69477--69597	16	7.2	16	68	17	50	49	2	1	46	1.25
69455--69512	9	6.6	9	74	18	50	51	0	1	46	1.11
69601--69864	18	14.9	18	69	24	77	42	1	2	54	1.20
69655--69941	121	2.4	119	78	16	263	42	1	2	54	1.19
69687--69787	24	4.0	23	70	22	78	43	0	0	54	1.13
69606--69864	139	1.9	139	69	23	70	42	1	2	54	1.20
69600--69915	23	14.0	23	69	16	164	42	0	1	54	1.17
69600--69953	23	15.2	23	66	21	127	42	0	1	54	1.17
69622--69957	19	19.1	17	66	24	91	43	0	2	53	1.18
69605--69959	41	8.7	40	71	17	173	42	0	1	54	1.17
69917--69957	16	2.7	15	81	7	55	43	0	2	53	1.13
73588--73625	20	1.9	20	84	10	51	71	2	7	18	1.23
74213--74240	13	2.2	13	100	0	56	82	0	0	17	0.68
79548--79595	8	6.0	8	88	9	53	56	2	0	41	1.11
79545--79578	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
80386--80421	15	2.3	15	90	4	54	16	5	0	77	0.94
81264--81288	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
83175--83238	23	2.8	22	82	15	76	12	1	4	81	0.92
83175--83235	28	2.2	27	82	5	77	9	1	4	83	0.86
83177--83227	15	3.6	14	78	7	59	11	0	5	82	0.83
83898--83954	29	2.0	28	86	10	80	17	1	5	75	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84538--84580	21	2.0	21	86	0	59	46	2	2	48	1.27
85155--85200	22	2.2	20	84	11	56	71	0	0	28	0.86
89475--89516	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
89517--89546	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
92746--92793	23	2.1	23	88	3	71	39	25	6	29	1.80
92953--92988	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
93999--94083	4	20.5	4	72	7	53	25	8	21	44	1.79
94968--95116	41	3.6	41	83	8	169	43	14	18	24	1.86
96597--96798	104	1.9	104	95	0	368	28	23	6	41	1.79
97065--97102	15	2.5	15	91	0	58	2	31	0	65	1.06
100010--100061	17	2.9	18	80	13	63	34	0	0	65	0.93
100016--100088	28	2.7	27	79	10	71	32	4	1	61	1.23
100392--100424	11	3.0	11	95	0	57	48	0	6	45	1.27
101245--101287	12	3.2	13	87	9	52	48	2	0	48	1.14
101347--101386	14	2.9	14	84	0	53	37	0	0	62	0.95
103360--103393	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
103449--103492	22	2.0	22	86	0	61	9	25	4	61	1.45
104425--104469	23	2.0	23	86	8	65	15	8	2	73	1.18
104460--104503	19	2.3	19	81	14	63	22	0	0	77	0.77
104460--104503	18	2.6	18	86	13	67	22	0	0	77	0.77
105624--105680	23	2.5	23	91	0	87	22	3	5	68	1.25
116584--116990	33	12.3	33	76	7	263	34	17	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116584--116990	66	6.2	66	77	5	292	34	17	11	35	1.86
116584--116990	99	4.1	99	74	9	310	34	17	11	35	1.86
116584--117088	33	15.3	33	75	7	260	33	17	13	36	1.88
116573--117078	132	3.8	132	78	4	315	34	16	12	35	1.87
116956--117105	66	2.3	67	78	8	164	31	12	17	38	1.87
117198--117355	33	4.8	33	77	5	133	32	15	15	36	1.88
117229--117357	67	1.9	67	84	9	174	32	14	15	37	1.88
117924--117978	26	2.1	26	82	0	65	27	5	0	67	1.12
119283--119547	127	2.1	129	79	8	292	50	4	10	34	1.57
120372--120433	20	3.2	19	82	13	65	53	1	1	43	1.20
120697--120770	31	2.4	30	86	6	103	33	12	29	24	1.91
124724--124762	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
127542--127861	159	2.0	159	99	0	631	41	5	9	43	1.61
129005--129057	20	2.7	20	81	0	61	24	15	13	47	1.81
129425--129450	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
152022--152068	17	2.9	16	81	12	51	23	6	0	70	1.10
152133--152171	11	3.5	11	83	16	53	74	12	0	12	1.08
152132--152173	12	3.6	12	78	15	52	73	11	0	14	1.09
160614--160676	31	2.1	31	90	3	101	23	28	12	34	1.92
160941--161003	20	3.2	20	76	19	60	42	1	1	53	1.19
160968--161012	20	2.3	19	80	3	54	51	2	2	44	1.26
161824--162056	129	1.8	127	85	3	333	34	10	5	49	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163229--163292	22	3.0	21	76	21	62	62	3	28	6	1.34
163319--163373	3	18.7	3	76	23	55	69	0	3	27	1.05
163328--163383	26	2.1	27	83	9	71	71	0	3	25	1.02
163874--164122	33	7.8	33	74	12	198	37	19	13	29	1.90
163927--163975	23	2.1	24	88	3	73	34	22	14	28	1.93
163897--164006	57	1.9	56	85	5	150	36	21	14	27	1.93
163954--164122	67	2.6	67	83	5	200	38	18	13	28	1.89
164218--164667	33	13.6	33	77	5	196	38	15	15	31	1.88
164289--164550	99	2.6	99	79	6	255	37	14	16	32	1.89
164372--164587	66	3.3	66	79	6	222	35	12	17	34	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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