genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  42  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8364853--8364927	8	8.3	9	81	15	93	53	0	0	46	1.00
8364935--8364990	20	2.9	19	78	7	60	71	3	0	25	1.02
8364922--8364993	15	4.7	15	71	20	51	68	4	0	27	1.08
8373226--8373258	16	2.0	17	88	5	50	81	3	0	15	0.80
8375858--8375911	28	2.0	27	82	10	65	62	0	12	24	1.30
8376114--8376153	17	2.4	17	100	0	80	65	7	5	22	1.38
8390651--8390767	22	5.3	21	73	14	85	56	3	4	35	1.36
8390718--8390767	11	4.7	10	76	13	55	64	2	2	32	1.16
8390709--8390999	44	6.8	42	68	14	114	53	3	7	34	1.48
8390754--8390833	37	2.2	36	80	10	83	58	2	8	30	1.41
8390883--8390999	22	5.3	21	77	9	99	51	4	8	35	1.52
8391320--8391684	22	16.6	22	66	17	87	50	4	8	36	1.54
8391907--8391952	22	2.1	22	87	0	65	43	4	8	43	1.55
8391913--8391983	22	3.2	22	85	0	79	42	4	7	46	1.50
8391984--8392079	22	4.4	22	77	2	95	48	4	6	40	1.47
8391989--8392079	11	8.3	11	69	13	53	50	4	5	39	1.45
8391989--8392092	44	2.4	44	82	9	115	48	5	4	41	1.48
8392063--8392145	22	3.9	21	76	7	69	44	8	8	38	1.65
8392424--8392488	22	3.0	22	73	8	69	49	6	9	35	1.60
8392574--8392766	66	2.9	66	77	4	176	45	11	5	37	1.63
8392542--8392778	22	10.8	22	74	3	154	46	11	4	37	1.61
8392493--8392775	44	6.5	44	70	9	150	46	10	6	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8394740--8394793	19	2.9	18	78	5	54	31	3	0	64	1.11
8394813--8394865	24	2.2	24	80	9	63	45	0	0	54	0.99
8394986--8395025	2	20.0	2	94	0	62	45	0	5	50	1.23
8407317--8407386	22	3.2	23	64	10	56	51	8	8	31	1.63
8410357--8410387	16	1.9	16	93	0	53	32	3	19	45	1.66
8418784--8418872	44	2.0	44	91	0	142	53	14	4	26	1.60
8418807--8418876	22	3.2	23	67	17	58	57	10	2	30	1.46
8421970--8422034	32	2.0	32	93	0	112	33	24	21	20	1.97
8421999--8422164	83	2.0	83	93	0	287	27	28	28	15	1.96
8422218--8422355	32	4.1	32	77	17	154	34	24	21	19	1.96
8422061--8422765	353	2.0	353	95	0	1257	28	28	25	16	1.97
8422634--8422664	15	2.1	15	93	0	53	38	19	22	19	1.93
8422578--8422708	32	3.9	32	72	18	113	37	25	18	18	1.93
8423355--8423411	27	2.1	27	96	0	105	29	26	36	7	1.83
8435591--8435660	21	3.3	21	76	9	79	35	4	20	40	1.72
8435690--8435728	20	1.9	21	89	5	62	41	7	12	38	1.72
8435614--8435844	78	2.9	79	86	2	311	38	9	15	36	1.79
8435857--8435939	42	1.9	43	87	4	123	38	16	14	30	1.89
8436186--8436364	44	4.1	45	82	6	156	24	12	18	45	1.83
8436190--8436325	43	3.1	44	77	11	127	22	11	18	47	1.81
8436204--8436364	44	3.7	44	81	4	173	24	13	19	42	1.87
8436795--8436974	44	4.1	44	84	5	197	22	13	20	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8437200--8437267	5	13.6	5	83	11	70	20	1	1	76	0.94
8437203--8437267	24	2.7	23	81	11	76	20	1	1	76	0.94
8437828--8437857	15	1.9	15	93	6	51	66	0	30	3	1.07
8438173--8438228	24	2.3	23	82	14	60	62	5	0	32	1.18
8438192--8438462	67	4.1	66	84	7	324	50	6	9	33	1.60
8438402--8438430	15	1.9	15	100	0	58	55	0	6	37	1.27
8446996--8447078	42	2.0	42	82	0	103	53	13	10	22	1.71
8446518--8447433	473	1.9	473	88	4	1378	44	10	10	34	1.72
8455044--8455090	15	3.1	15	84	3	58	17	6	2	74	1.12
8457650--8457703	7	8.0	6	80	17	54	22	0	1	75	0.89
8457652--8457702	21	2.4	21	87	9	68	23	0	1	74	0.92
8457660--8457701	15	2.8	16	86	13	63	23	0	0	76	0.79
8457650--8457714	13	5.3	13	74	18	50	23	0	3	73	0.97
8457725--8457765	15	2.6	15	88	7	55	26	2	2	68	1.15
8457733--8457808	3	23.7	3	82	12	57	32	2	0	64	1.07
8457656--8457772	61	1.9	61	81	10	141	25	3	3	67	1.22
8457839--8457952	25	4.9	24	71	22	84	27	4	3	64	1.28
8457901--8457955	24	2.2	24	81	15	60	23	5	3	67	1.28
8457867--8458006	42	3.3	39	78	13	118	24	5	2	68	1.20
8458867--8458956	15	5.6	15	76	15	74	15	4	1	78	0.96
8458867--8458956	8	11.1	8	79	9	85	15	4	1	78	0.96
8458979--8459305	58	5.7	58	89	4	443	43	7	13	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8463142--8463172	16	2.0	15	93	6	53	64	0	12	22	1.27
8464879--8465108	82	2.8	82	86	4	331	24	16	20	39	1.91
8464879--8465099	41	5.4	41	84	7	281	24	15	19	39	1.91
8465137--8465213	10	7.3	10	76	11	73	83	11	2	2	0.86
8465137--8465213	8	9.6	8	73	19	63	83	11	2	2	0.86
8465136--8465211	23	3.3	23	78	14	84	81	13	2	2	0.90
8465224--8465311	43	2.0	43	93	0	149	22	15	19	42	1.89
8465582--8465623	7	5.9	7	81	13	50	28	2	2	66	1.16
8465633--8465674	15	2.8	15	80	20	52	7	14	0	78	0.95
8465708--8465772	10	6.2	10	72	15	51	29	3	1	66	1.16
8465746--8465842	21	4.4	22	77	13	101	23	6	2	68	1.23
8465746--8465856	44	2.5	45	84	12	133	21	7	2	68	1.27
8465756--8465842	22	4.0	21	78	10	86	24	5	1	68	1.18
8466716--8466788	4	18.2	4	75	13	62	17	4	0	78	0.91
8466718--8466803	39	2.2	40	83	6	104	17	3	1	77	0.96
8466708--8466805	17	5.9	16	75	16	83	17	3	2	77	0.99
8466753--8466810	23	2.4	25	75	13	59	13	1	1	82	0.82
8466708--8466805	8	11.8	8	78	13	83	17	3	2	77	0.99
8486477--8486516	14	2.5	17	73	23	50	55	0	7	37	1.29
8488418--8488487	35	2.0	35	100	0	140	25	22	22	28	1.99
8488887--8488960	36	2.1	36	97	0	139	41	9	13	35	1.77
8489275--8489315	15	2.6	16	82	14	50	36	2	0	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8491761--8491813	26	2.0	27	88	3	81	35	1	0	62	1.06
8494434--8494471	2	19.0	2	88	0	58	52	2	0	44	1.14
8509899--8509951	24	2.2	25	86	3	72	64	7	3	24	1.37
8510687--8510790	55	1.9	55	89	0	154	49	4	0	45	1.30
8514400--8514453	27	2.0	27	100	0	108	51	18	11	18	1.74
8520935--8520978	21	2.1	20	83	8	52	75	0	9	15	1.05
8531583--8531630	24	2.0	25	83	4	62	35	6	2	56	1.36
8536069--8536093	11	2.3	11	100	0	50	68	0	16	16	1.22
8537149--8537194	24	1.9	24	86	8	67	41	2	0	56	1.11
8537702--8537762	23	2.6	23	94	2	104	40	1	1	55	1.19
8537753--8537797	20	2.3	20	88	11	67	60	0	0	40	0.97
8537857--8537892	13	2.8	13	86	0	54	47	2	0	50	1.15
8538402--8538443	20	2.1	21	86	8	61	33	9	0	57	1.31
8539734--8539795	31	2.0	31	100	0	124	51	9	0	38	1.35
8540672--8540705	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8541506--8541551	15	3.2	15	77	22	62	54	0	0	45	0.99
8541770--8541830	30	2.0	32	84	12	83	47	9	1	40	1.46
8541842--8541883	14	2.8	15	82	7	50	45	7	0	47	1.30
8543389--8543445	29	1.9	30	82	3	71	63	5	5	26	1.37
8547804--8547845	21	2.0	21	81	13	50	42	9	7	40	1.65
8549101--8549164	33	1.9	33	90	0	101	48	15	10	25	1.77
8552271--8552301	15	2.1	15	93	0	53	61	12	3	22	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8552544--8552576	11	3.1	11	91	4	50	21	0	0	78	0.75
8552589--8552631	5	8.8	5	80	14	54	79	0	2	18	0.85
8552912--8553304	42	9.3	42	83	4	452	45	18	11	24	1.82
8552914--8553321	84	4.8	85	84	4	504	45	18	11	25	1.83
8552914--8553304	125	3.1	125	85	6	479	45	18	11	25	1.82
8553692--8553742	21	2.4	22	83	9	70	37	13	11	37	1.82
8559685--8559720	16	2.2	16	95	0	63	22	27	25	25	2.00
8560976--8561001	12	2.2	12	100	0	52	7	7	30	53	1.57
8566587--8566613	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
8567831--8567890	31	1.9	31	83	6	77	43	5	1	50	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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