genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  107  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20809293--20809657	159	2.3	159	78	3	394	20	27	28	24	1.99
20817036--20817088	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
20817062--20817565	159	3.2	159	76	6	414	22	25	27	24	1.99
20817905--20817957	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20819499--20819564	9	7.7	9	93	3	84	78	6	4	10	1.06
20819499--20819564	17	3.9	17	88	6	89	78	6	4	10	1.06
20819500--20819578	8	9.6	8	85	9	79	77	5	7	10	1.12
20820574--20820749	42	4.1	42	85	2	210	23	19	23	34	1.97
20820574--20820749	84	2.1	86	86	4	241	23	19	23	34	1.97
20820953--20821024	6	12.2	6	84	14	87	19	1	1	77	0.91
20820951--20821018	36	1.9	35	91	8	111	19	2	1	76	0.99
20820952--20821031	30	2.6	31	84	13	105	21	1	1	76	0.93
20821161--20821208	22	2.3	21	86	10	64	22	6	6	64	1.39
20821170--20821217	19	2.5	20	79	6	62	25	4	4	66	1.27
20821821--20821871	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
20823018--20823070	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
20824204--20824253	26	1.9	26	92	8	84	30	20	26	24	1.98
20824227--20824669	159	2.8	158	77	2	406	25	29	26	18	1.98
20824705--20824757	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
20824912--20824964	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20826161--20826216	26	2.2	26	96	0	103	25	19	26	28	1.99
20826662--20826717	26	2.2	26	90	0	85	28	16	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20826871--20826923	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
20826896--20827303	159	2.6	157	77	5	437	25	28	25	20	1.99
20827372--20827423	26	2.0	26	92	0	86	25	13	28	32	1.93
20827556--20827605	26	1.9	26	88	8	75	32	18	24	26	1.97
20827213--20827691	185	2.6	185	78	5	511	25	26	26	22	2.00
20828244--20828296	26	2.0	26	82	13	65	28	16	24	30	1.97
20828453--20828505	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
20828930--20828980	26	2.0	26	88	0	75	29	19	25	25	1.99
20829526--20829604	26	3.0	26	94	3	133	30	20	22	26	1.98
20829888--20829937	25	2.0	24	81	11	57	28	16	26	30	1.96
20830127--20830703	159	3.6	156	74	6	482	23	27	28	20	1.99
20830128--20830786	317	2.1	317	81	2	770	23	28	27	21	1.99
20830762--20830812	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
20830960--20831014	26	2.1	26	86	6	76	30	18	23	27	1.97
20830740--20831118	197	1.9	197	84	3	503	22	26	28	22	1.99
20829579--20832864	894	3.7	859	79	7	2481	23	27	26	22	1.99
20830985--20831486	158	3.2	157	74	10	423	21	28	27	21	1.99
20830286--20831815	698	2.2	698	83	3	1877	22	27	27	22	1.99
20831657--20831708	25	2.0	26	92	3	88	26	21	25	26	1.99
20831853--20831905	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
20831440--20832014	196	2.9	195	83	5	689	23	25	27	23	2.00
20831878--20832347	159	3.0	160	71	7	411	22	30	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20832338--20832896	197	2.8	193	80	6	597	25	26	25	22	2.00
20830732--20832908	895	2.4	890	86	2	2955	23	27	26	22	2.00
20833404--20833454	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
20833988--20834285	158	1.9	159	80	2	357	24	25	26	23	2.00
20834325--20834378	26	2.1	26	82	6	65	33	18	22	25	1.97
20834665--20834717	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
20836097--20836514	159	2.6	160	83	4	515	23	29	29	18	1.97
20836573--20836625	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
20836793--20837136	158	2.2	158	78	4	354	24	29	26	19	1.98
20837299--20837809	159	3.2	157	73	6	370	22	27	27	22	1.99
20837783--20837835	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
20837807--20838061	133	1.9	133	82	4	316	24	27	27	20	1.99
20837466--20838374	475	1.9	476	84	2	1200	23	29	27	19	1.98
20837955--20838666	343	2.1	342	83	3	869	23	30	26	19	1.98
20838601--20838653	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20839235--20839284	26	1.9	26	88	8	75	30	18	24	28	1.97
20839775--20839827	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
20840533--20840585	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
20840316--20840672	196	1.8	197	84	0	491	24	27	26	21	1.99
20840363--20841205	355	2.4	352	78	4	888	23	27	26	22	2.00
20840559--20841688	514	2.2	513	83	3	1405	24	27	25	22	2.00
20840559--20842066	514	3.0	514	79	5	1267	24	27	25	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20841903--20841955	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
20842125--20842553	157	2.7	157	73	7	413	22	29	28	20	1.98
20844435--20844487	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
20844778--20844830	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
20844975--20845027	26	2.0	26	96	0	97	26	18	28	26	1.98
20844700--20845061	197	1.8	197	86	2	521	24	28	25	20	1.99
20845317--20845369	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
20846120--20846172	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
20846263--20846304	12	3.5	12	93	0	66	0	26	33	40	1.56
20846328--20846380	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
20846093--20846476	208	1.8	208	82	5	490	22	28	27	21	1.99
20846638--20846672	12	2.9	12	95	0	61	8	40	22	28	1.84
20846694--20846745	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
20849854--20849906	26	2.0	26	85	7	72	26	28	20	24	1.99
20850831--20850886	26	2.2	26	90	6	87	30	23	17	28	1.97
20851029--20851078	26	1.9	26	91	0	82	22	28	20	30	1.98
20851250--20851545	157	1.9	157	79	2	333	19	24	28	26	1.99
20851051--20851554	158	3.2	157	71	6	394	22	24	27	26	2.00
20851650--20852068	159	2.6	159	78	4	378	18	27	29	23	1.98
20852791--20853184	159	2.5	157	77	7	402	19	25	32	22	1.97
20852832--20853291	159	2.9	159	78	5	378	18	26	31	23	1.97
20853265--20853317	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20853411--20853450	13	3.1	13	100	0	80	7	45	25	22	1.78
20853488--20853540	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20853833--20853883	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
20854552--20854602	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
20854896--20854948	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
20855988--20856040	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20856337--20856389	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
20857059--20857111	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
20857402--20857454	26	2.0	26	85	0	70	28	24	16	30	1.97
20857611--20857663	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
20858111--20858180	26	2.7	26	100	0	140	25	24	20	30	1.99
20865716--20865766	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
20865742--20866242	159	3.2	158	74	8	403	19	26	30	23	1.98
20866214--20866266	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
20866591--20866643	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
20866617--20867119	159	3.2	158	78	4	485	20	27	29	22	1.99
20867825--20867877	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
20867888--20868353	159	2.9	158	75	5	393	18	28	30	22	1.98
20867859--20868352	158	3.1	155	75	5	488	19	28	29	22	1.98
20868695--20868747	26	2.0	26	96	0	97	28	30	18	22	1.98
20868815--20869222	156	2.6	156	77	5	419	19	27	28	23	1.98
20869194--20869246	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20869969--20870021	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
20870153--20870205	26	2.0	26	88	0	79	30	20	20	28	1.98
20870875--20870927	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
20871217--20871269	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
20872533--20872585	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
20872878--20872928	26	2.0	26	92	7	86	27	17	19	35	1.94
20873346--20873398	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20873193--20873522	179	1.8	179	82	3	423	20	26	30	22	1.98
20873689--20873740	26	2.0	26	85	7	70	30	26	13	28	1.94
20874412--20874467	6	9.2	6	84	7	69	19	1	1	76	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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