genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  115  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21498142--21498184	22	2.0	22	95	0	77	30	37	13	18	1.90
21498142--21498195	22	2.5	22	87	6	74	29	35	14	20	1.93
21510865--21510913	17	2.9	17	87	0	71	38	26	16	18	1.91
21510982--21511088	53	2.0	53	98	0	205	30	14	30	24	1.94
21542274--21542359	45	1.9	45	85	4	120	20	25	25	27	1.99
21544801--21544825	9	2.8	9	100	0	50	28	12	36	24	1.91
21554333--21554375	22	2.0	22	100	0	86	25	9	37	27	1.87
21570425--21570512	45	2.0	45	83	0	113	26	23	21	28	1.99
21582642--21582671	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
21582644--21582673	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
21584352--21584381	6	4.8	6	95	4	51	33	33	16	16	1.92
21586916--21587011	45	2.1	45	82	0	111	22	27	23	26	2.00
21586944--21587048	45	2.3	45	86	0	156	20	25	22	30	1.99
21587038--21587096	30	2.0	30	86	0	82	16	27	28	27	1.97
21588882--21589127	113	2.2	114	91	2	406	20	28	17	33	1.95
21590453--21591234	180	4.3	180	79	3	759	41	10	7	40	1.68
21590453--21591234	361	2.2	359	81	3	881	41	10	7	40	1.68
21591242--21591995	175	4.3	179	78	6	698	42	8	8	39	1.67
21591873--21592135	142	1.8	144	81	1	332	42	7	9	40	1.66
21595473--21596721	180	7.0	177	78	8	952	41	8	9	40	1.66
21595541--21596721	361	3.3	359	78	8	1031	41	8	9	40	1.67
21598411--21598871	163	2.8	158	78	15	423	42	9	6	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21598607--21598987	162	2.4	162	81	15	447	41	8	7	42	1.64
21598880--21599251	166	2.3	165	80	11	396	44	8	7	39	1.63
21599493--21601260	181	9.8	179	78	6	1251	39	9	9	41	1.70
21600509--21601260	361	2.1	361	81	7	875	41	9	8	41	1.67
21604569--21604617	18	2.9	16	81	9	53	44	6	4	44	1.47
21604591--21604853	143	1.8	143	80	1	312	40	9	7	42	1.66
21604982--21605301	175	1.8	175	83	4	421	40	9	10	40	1.71
21605490--21606280	180	4.4	180	79	5	792	41	7	9	41	1.67
21605488--21606271	361	2.2	360	81	4	898	41	7	9	41	1.67
21607606--21607849	113	2.2	113	92	0	407	32	17	28	20	1.96
21609744--21609831	45	2.0	45	95	0	158	30	22	25	21	1.99
21609744--21609857	45	2.5	45	86	0	138	28	21	27	22	1.99
21612391--21612420	6	4.8	6	95	4	51	16	16	33	33	1.92
21614099--21614128	9	3.2	9	95	4	51	63	0	0	36	0.95
21614101--21614130	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
21624203--21624825	173	3.7	164	77	12	514	42	7	7	41	1.62
21624274--21624948	175	3.9	167	74	11	489	41	8	7	42	1.63
21623906--21627151	181	18.1	180	72	13	1621	42	9	8	39	1.68
21623908--21627156	360	9.1	357	72	11	1528	42	9	8	39	1.68
21627962--21628363	177	2.2	176	79	8	413	41	8	10	40	1.70
21628436--21628572	67	2.0	67	81	2	159	37	12	8	41	1.72
21628644--21629167	176	2.9	178	73	11	467	43	9	5	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21629695--21629741	18	2.4	20	82	10	53	46	12	4	36	1.62
21629196--21639850	181	59.4	179	72	11	4700	40	8	9	41	1.67
21629205--21639869	361	29.7	357	73	10	5825	40	8	9	41	1.67
21631391--21639860	542	15.7	529	72	12	2489	40	8	9	41	1.67
21639702--21640010	161	1.9	161	80	3	363	36	6	12	44	1.68
21640164--21642538	180	13.3	180	75	9	1770	40	8	9	41	1.68
21640164--21641733	713	2.2	711	79	7	1639	40	8	9	41	1.68
21640154--21642541	538	4.4	537	79	6	2132	40	8	10	41	1.69
21642409--21642678	140	1.9	140	79	1	299	45	6	8	39	1.60
21642630--21642678	17	2.8	18	84	15	75	48	0	8	42	1.32
21642605--21643060	180	2.6	175	77	6	454	40	7	9	42	1.66
21643958--21644480	176	2.9	176	82	4	561	42	8	8	40	1.67
21644005--21644480	181	2.7	180	81	4	561	42	7	9	40	1.66
21645315--21645692	198	1.9	198	83	6	491	47	6	10	35	1.63
21649780--21649962	89	2.1	89	98	1	359	28	16	20	33	1.95
21652161--21652231	8	8.4	9	73	17	64	76	0	12	11	1.03
21652148--21652207	14	4.1	14	74	17	50	76	0	15	8	1.00
21652161--21652240	43	1.9	43	87	5	119	75	0	15	10	1.05
21652160--21652231	17	4.4	17	78	15	80	75	0	13	11	1.06
21652155--21652233	26	3.1	27	79	15	82	74	0	15	10	1.06
21652160--21652231	9	8.8	8	78	15	76	75	0	13	11	1.06
21653429--21653476	21	2.3	21	78	3	53	37	14	14	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21653051--21653491	237	1.9	237	93	0	756	34	13	16	35	1.88
21653806--21654237	42	10.4	42	79	7	373	25	17	14	41	1.88
21653806--21654237	124	3.5	124	80	6	421	25	17	14	41	1.88
21656525--21656557	16	2.0	17	88	5	50	42	3	15	39	1.62
21656362--21657514	181	6.4	180	79	4	1095	40	8	10	41	1.70
21656379--21657514	361	3.1	353	78	7	1113	39	8	10	41	1.70
21664470--21664557	10	8.6	10	75	16	74	76	0	14	9	1.02
21664471--21664557	15	5.9	14	71	22	54	77	0	13	9	1.00
21664496--21664566	10	7.4	10	78	13	53	74	0	15	9	1.06
21666132--21666561	41	10.4	42	81	5	385	25	17	14	41	1.88
21666133--21666561	83	5.2	84	80	5	421	25	17	14	41	1.88
21666133--21666561	124	3.5	123	82	5	465	25	17	14	41	1.88
21668704--21669833	181	6.2	180	78	6	970	40	8	10	41	1.69
21668704--21669829	542	2.1	543	80	5	1260	40	7	10	41	1.69
21668704--21669833	361	3.1	352	76	9	1044	40	8	10	41	1.69
21678016--21679215	181	6.7	179	77	5	1022	40	8	9	41	1.68
21679313--21683037	360	10.4	360	76	7	2918	41	10	8	39	1.69
21679231--21683037	180	21.3	180	76	8	2628	41	10	8	39	1.69
21683184--21683456	7	38.0	7	78	10	184	40	42	4	12	1.63
21683437--21683495	30	1.9	32	86	6	86	42	44	3	10	1.55
21687086--21687180	45	2.1	46	82	5	113	27	13	7	51	1.67
21689869--21689921	27	1.9	28	88	3	81	37	11	13	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21692773--21692820	25	1.9	25	86	0	69	41	14	14	29	1.85
21698024--21700101	179	11.7	177	76	10	1316	41	10	8	40	1.69
21698028--21700088	719	2.9	699	76	11	1642	41	10	8	40	1.69
21700250--21700566	7	45.0	7	78	8	175	40	42	5	11	1.64
21700419--21700570	20	7.4	20	70	12	69	41	44	1	12	1.53
21700540--21700612	7	10.3	7	77	2	74	43	46	4	5	1.45
21700562--21700612	21	2.4	21	96	0	93	45	45	3	5	1.46
21700625--21700665	7	5.9	7	85	0	55	29	36	26	7	1.83
21700625--21700665	14	2.9	15	92	7	61	29	36	26	7	1.83
21700624--21700680	21	2.7	21	80	0	69	31	38	19	10	1.86
21704736--21704814	30	2.6	30	93	2	131	22	27	16	32	1.96
21708204--21708251	25	1.9	25	86	0	69	41	14	14	29	1.85
21740757--21740853	45	2.2	45	86	0	131	22	25	21	29	1.99
21746178--21746207	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
21746193--21748405	181	12.3	181	75	7	1580	40	8	9	41	1.69
21746193--21748392	899	2.4	898	78	7	2149	40	8	9	41	1.69
21746196--21748035	718	2.5	716	78	6	1639	41	8	9	40	1.69
21746217--21748121	717	2.6	709	76	7	1801	41	8	9	40	1.68
21746219--21748405	538	4.1	531	76	8	1799	40	8	9	41	1.68
21749649--21749695	17	2.7	18	77	12	53	51	2	6	40	1.39
21750558--21750587	12	2.5	12	94	0	51	43	6	6	43	1.57
21748755--21761801	357	36.3	357	71	10	6119	39	8	9	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21748761--21753752	181	27.7	181	74	8	3291	40	8	9	41	1.69
21748755--21753749	538	9.2	537	77	7	3417	40	8	9	41	1.69
21753760--21761801	181	44.6	181	72	11	3878	39	8	9	41	1.68
21755372--21755407	18	2.1	18	90	10	58	44	2	13	38	1.59
21753760--21763067	542	17.3	537	73	11	4366	39	8	9	41	1.68
21758957--21759247	155	1.9	154	83	4	379	38	10	9	41	1.73
21759510--21762987	524	6.6	527	74	11	1984	40	8	9	42	1.68
21759606--21761595	704	2.8	702	78	7	1864	40	8	9	41	1.66
21761656--21761959	149	2.0	146	79	8	310	37	6	10	45	1.65
21761803--21762208	176	2.3	176	78	9	394	41	7	11	40	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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