genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  123  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22424110--22426266	181	12.1	176	71	11	992	40	7	10	41	1.68
22424110--22425354	363	3.5	355	76	10	887	40	7	9	41	1.67
22426009--22426865	178	4.9	179	71	12	519	42	8	10	38	1.70
22426884--22431633	181	26.5	179	70	13	1714	40	7	10	41	1.68
22427353--22427384	17	1.9	16	93	6	55	53	0	3	43	1.16
22426270--22427468	603	2.0	606	78	6	1257	40	8	10	41	1.69
22427890--22427922	16	2.0	17	88	5	50	57	6	6	30	1.47
22426879--22431610	537	8.8	531	71	14	1823	40	7	10	41	1.68
22428303--22428621	167	1.9	168	82	5	405	43	8	9	39	1.67
22428770--22428811	18	2.4	18	84	15	61	45	2	9	42	1.49
22428480--22429112	182	3.5	176	75	7	544	41	7	9	41	1.65
22429622--22429651	16	1.9	16	93	6	53	36	3	6	53	1.44
22430335--22431585	360	3.5	359	80	6	1272	40	7	10	41	1.69
22433050--22433349	164	1.8	163	83	6	403	40	7	11	41	1.69
22433533--22434213	352	1.9	355	79	8	762	37	8	10	43	1.70
22433413--22434419	182	5.7	179	73	12	597	38	8	10	42	1.69
22435420--22440693	181	29.6	180	72	10	2911	40	8	9	41	1.68
22436203--22440703	542	8.4	537	74	9	1766	40	8	9	41	1.68
22438846--22440121	524	2.4	518	78	10	1179	40	8	9	41	1.69
22439715--22440703	180	5.6	174	72	14	620	40	9	10	40	1.70
22439670--22440703	173	5.8	177	71	15	606	40	9	9	40	1.71
22440551--22440810	140	1.8	144	85	5	368	38	8	8	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22440689--22444379	181	20.8	180	74	10	2438	40	7	10	41	1.68
22444428--22446430	181	11.1	179	73	12	1244	39	8	10	41	1.69
22443732--22445017	675	1.9	678	80	6	1523	40	8	9	42	1.67
22444560--22445964	535	2.7	524	81	7	1551	40	8	10	41	1.69
22445291--22445966	347	1.9	348	83	6	872	40	7	8	42	1.65
22445942--22445989	23	2.1	23	100	0	96	43	0	4	52	1.20
22446364--22446500	69	2.0	70	92	1	231	35	5	8	50	1.56
22446844--22447269	180	2.4	177	79	9	450	42	8	9	39	1.69
22447599--22448171	179	3.2	178	76	7	503	39	9	9	41	1.71
22449568--22453883	180	24.4	180	74	10	2800	41	9	8	41	1.68
22449603--22455693	537	11.5	531	72	12	2625	41	9	8	40	1.68
22451344--22451382	19	2.0	21	90	10	64	28	12	10	48	1.74
22451841--22452153	169	1.9	168	83	6	418	40	9	7	41	1.66
22452773--22453360	172	3.4	172	75	12	479	42	8	8	40	1.66
22453136--22453758	348	1.8	342	84	3	863	43	8	7	40	1.64
22453559--22453880	178	1.8	178	80	8	395	40	9	8	41	1.69
22453896--22455696	181	10.0	181	74	9	1144	41	9	8	39	1.68
22456311--22456447	67	2.0	67	84	5	179	40	8	11	39	1.73
22456406--22457864	180	8.2	179	75	8	1077	39	9	10	41	1.71
22457163--22457868	356	2.0	360	80	5	797	39	9	10	40	1.71
22456417--22457940	537	2.8	523	78	9	1485	39	9	9	41	1.71
22458315--22461673	181	18.7	179	76	6	2522	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22458350--22461673	360	9.3	358	74	8	1669	40	8	9	41	1.68
22458309--22461659	540	6.2	535	75	8	2516	40	8	9	41	1.68
22461896--22461947	27	1.9	27	92	0	86	36	13	7	42	1.73
22462720--22462758	18	2.1	18	85	4	51	53	0	5	41	1.23
22462109--22469241	181	39.0	180	70	11	2270	41	9	8	40	1.68
22462109--22464904	361	7.8	359	76	6	1930	42	9	7	40	1.66
22464768--22465037	133	2.0	133	82	4	330	39	10	7	42	1.67
22464587--22465212	308	2.0	309	83	4	785	41	9	8	40	1.68
22465376--22465413	20	1.9	20	88	0	58	57	2	5	34	1.35
22464904--22465826	358	2.6	355	77	7	870	40	10	8	39	1.71
22465838--22465870	17	1.9	17	100	0	66	18	9	6	66	1.40
22465948--22469241	181	18.3	181	76	6	2280	41	10	8	39	1.68
22466986--22467015	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
22465948--22469241	361	9.1	361	76	7	2448	41	10	8	39	1.68
22467408--22467441	17	2.1	17	94	5	61	35	8	0	55	1.31
22466143--22469241	721	4.3	715	76	8	2528	41	10	8	39	1.68
22470091--22470545	57	7.9	57	85	5	607	34	13	7	44	1.72
22471554--22473725	181	12.2	182	74	9	1270	40	9	8	41	1.68
22471554--22473725	179	12.2	181	75	9	1392	40	9	8	41	1.68
22471554--22473725	361	6.1	358	74	10	1180	40	9	8	41	1.68
22473948--22473999	27	1.9	27	92	0	86	36	13	7	42	1.73
22474284--22474333	18	2.9	17	72	16	57	38	14	4	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22474767--22474805	18	2.1	18	85	4	51	53	0	5	41	1.23
22474179--22476948	359	7.7	357	76	7	1972	42	9	7	40	1.66
22474161--22476948	181	15.5	179	75	7	1955	42	9	7	40	1.66
22476812--22477081	133	2.0	133	82	4	330	39	10	7	42	1.67
22476631--22477256	308	2.0	309	83	4	794	41	9	8	40	1.68
22476945--22477870	181	5.2	178	76	6	699	40	10	8	39	1.71
22476948--22477870	358	2.6	355	77	6	868	40	10	8	39	1.71
22477882--22477914	17	1.9	17	100	0	66	18	9	6	66	1.40
22477992--22481273	181	18.3	181	76	6	2325	41	10	8	39	1.69
22479021--22479050	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
22479443--22479476	17	2.1	17	94	5	61	35	8	0	55	1.31
22477997--22481273	540	6.1	534	77	7	2471	41	10	8	39	1.69
22477992--22481273	357	9.1	357	75	9	2266	41	10	8	39	1.69
22482175--22482747	58	9.9	56	80	10	642	34	13	7	43	1.73
22482175--22482747	57	9.9	57	79	8	576	34	13	7	43	1.73
22482173--22482743	116	4.9	115	87	5	728	35	13	7	43	1.73
22482761--22482867	5	20.6	5	69	19	60	76	1	5	15	1.06
22482761--22482845	38	2.3	35	78	11	91	78	2	4	14	1.00
22482796--22482846	11	5.0	10	81	9	59	82	1	3	11	0.89
22482761--22482848	32	2.8	30	81	11	88	78	2	5	13	1.03
22483845--22483966	6	20.8	6	72	11	92	73	4	2	18	1.12
22483845--22483962	53	2.2	53	79	11	134	73	5	2	18	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22483845--22483974	11	11.1	11	72	10	53	74	4	3	17	1.12
22484157--22484317	42	3.8	42	89	0	223	36	21	18	23	1.95
22496780--22497298	57	9.0	56	82	9	632	34	13	8	43	1.74
22496780--22497294	116	4.4	114	86	7	650	34	13	8	43	1.74
22497312--22497440	5	25.4	5	68	20	72	73	3	4	17	1.16
22497342--22497410	17	3.8	18	75	21	63	78	2	5	13	1.05
22497317--22497400	32	2.6	33	81	9	84	77	3	5	13	1.08
22497307--22497389	9	8.7	9	73	19	62	77	3	6	13	1.09
22498285--22498376	21	4.3	21	76	17	84	68	6	5	19	1.32
22498473--22498587	11	10.2	11	75	12	99	73	5	1	19	1.10
22498506--22498582	35	2.3	35	86	8	115	72	6	1	19	1.13
22500516--22500906	178	2.2	180	78	7	402	40	7	9	41	1.67
22500080--22503714	358	10.1	353	73	10	2061	39	8	10	41	1.68
22500080--22503715	181	20.3	179	74	8	2293	39	8	10	41	1.68
22500076--22503626	539	6.6	535	74	9	2263	39	8	10	41	1.69
22503931--22509815	359	16.5	351	72	11	2572	39	8	9	41	1.69
22505409--22505711	152	2.0	152	83	6	391	40	6	11	41	1.67
22505561--22509815	181	23.6	180	76	5	3232	39	9	9	41	1.70
22509878--22510265	180	2.1	180	82	3	458	40	8	10	41	1.69
22510274--22510583	159	2.0	158	80	4	347	45	9	6	39	1.62
22510452--22512360	181	10.7	180	75	7	1340	40	9	9	40	1.70
22510429--22512338	536	3.5	533	75	8	1359	40	9	9	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22513055--22513089	18	1.9	18	88	0	52	25	8	17	48	1.75
22513031--22513418	199	1.9	200	83	0	490	34	12	11	41	1.79
22513868--22516222	357	6.7	355	71	12	1268	38	7	10	43	1.68
22513868--22519066	181	28.8	180	68	13	1645	39	8	10	42	1.68
22516709--22519928	363	9.1	361	73	10	1883	40	8	9	41	1.68
22516322--22519924	540	6.7	536	73	11	1786	40	8	9	41	1.69
22518916--22519330	161	2.5	161	80	3	454	39	8	9	42	1.69
22518916--22519587	169	4.0	165	75	8	507	40	8	9	41	1.70
22519241--22519766	181	2.9	181	75	7	451	41	9	9	40	1.69
22519811--22520067	140	1.8	138	81	4	318	40	8	8	42	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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