genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  114  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21334336--21334670	158	2.1	157	79	7	356	20	23	30	25	1.98
21334645--21334696	26	2.0	26	88	7	79	28	23	17	30	1.97
21334734--21335184	158	2.8	156	81	5	478	19	26	30	23	1.98
21335160--21335209	26	2.0	25	88	11	75	28	24	18	30	1.97
21335881--21335931	26	2.0	26	92	0	84	31	25	13	29	1.94
21336062--21336114	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21335806--21336274	183	2.5	185	81	5	521	19	27	27	24	1.99
21336152--21336442	158	1.8	158	81	2	361	20	28	28	22	1.98
21336575--21336627	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
21337298--21337349	26	2.0	26	88	0	77	32	28	15	23	1.95
21338903--21338955	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
21338996--21339443	159	2.8	158	82	3	560	17	28	31	23	1.97
21340140--21340192	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21340663--21340715	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
21340557--21340914	197	1.8	196	84	4	488	20	27	28	23	1.99
21341202--21341254	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21342136--21342188	26	2.0	26	85	7	72	30	20	18	30	1.97
21342030--21342385	196	1.8	195	82	2	446	21	25	27	25	1.99
21343174--21343226	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
21343200--21343631	159	2.7	158	75	4	420	20	27	30	21	1.98
21343872--21343924	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21344561--21344613	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21345144--21345196	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
21346784--21347237	159	2.9	158	77	8	474	19	27	29	24	1.98
21347206--21347261	26	2.2	26	90	6	87	30	21	17	30	1.96
21347407--21347459	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21347749--21347800	26	2.0	26	88	7	79	26	25	17	30	1.97
21349266--21349712	159	2.8	159	83	5	488	18	28	29	23	1.98
21349688--21349738	26	2.0	26	88	7	77	31	19	15	33	1.93
21349895--21349947	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21350395--21350447	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
21350699--21350725	13	2.1	13	100	0	54	14	55	14	14	1.70
21351263--21351315	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21351987--21352040	26	2.0	27	89	3	83	27	27	18	25	1.98
21352013--21352514	158	3.2	157	76	6	460	20	25	29	24	1.99
21352488--21352540	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
21352868--21352920	26	2.0	26	88	0	79	28	22	22	26	1.99
21352647--21354084	686	2.1	687	89	0	2207	20	25	29	24	1.99
21358607--21358659	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21358633--21359054	159	2.7	157	74	8	361	21	25	29	22	1.99
21359108--21359160	26	2.0	26	92	0	88	30	20	20	28	1.98
21359633--21360003	159	2.3	159	79	3	388	20	25	28	25	1.99
21358571--21360899	868	2.7	867	83	2	2873	21	25	28	24	1.99
21360344--21360394	26	2.0	26	88	7	77	23	25	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21360370--21360860	158	3.1	157	78	5	524	20	26	29	23	1.99
21366757--21367279	159	3.3	159	80	1	575	18	27	30	23	1.98
21367253--21367305	26	2.0	26	89	7	81	30	22	15	32	1.94
21367602--21367967	158	2.3	160	80	4	409	18	25	31	25	1.98
21368134--21368186	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21368474--21368526	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
21369207--21369285	26	3.0	26	88	0	113	30	26	16	26	1.97
21369255--21369788	155	3.4	155	75	5	468	20	25	31	23	1.98
21369900--21369952	26	2.0	26	85	7	72	24	30	18	26	1.98
21370588--21370639	25	2.0	26	88	3	79	28	26	17	26	1.97
21371760--21372264	159	3.2	158	76	4	496	18	27	30	23	1.98
21371813--21372264	158	2.8	158	76	5	489	19	25	31	24	1.98
21371813--21372323	159	3.2	159	76	4	510	19	24	30	25	1.98
21372309--21372361	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21371992--21373009	343	3.0	341	83	2	1229	20	25	29	24	1.99
21372736--21373090	159	2.2	159	81	2	419	19	27	31	21	1.98
21373084--21373631	159	3.5	159	75	5	444	20	25	28	24	1.99
21373802--21373854	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
21374859--21374911	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
21374924--21375218	159	1.9	158	81	3	360	17	28	32	21	1.96
21375448--21375897	157	2.8	157	82	5	505	18	28	30	22	1.97
21379770--21379998	117	2.0	117	89	1	352	17	31	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21380275--21380327	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21380459--21380511	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21381182--21381232	26	2.0	26	84	0	66	27	23	17	31	1.97
21382246--21382299	27	2.0	27	92	3	92	25	27	20	25	1.99
21384046--21384096	26	2.0	26	88	7	77	23	25	19	31	1.98
21385277--21385329	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21390418--21390991	159	3.6	159	76	6	561	18	28	29	23	1.98
21390964--21391016	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21391148--21391201	27	2.0	27	92	3	92	25	29	20	24	1.99
21390838--21391360	185	2.8	182	77	6	498	19	26	29	23	1.98
21391247--21391679	159	2.7	159	79	6	428	18	26	31	23	1.97
21391547--21391921	196	1.9	197	81	2	459	21	26	29	23	1.99
21390619--21392213	698	2.3	683	79	5	1568	19	26	30	23	1.98
21393415--21393467	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
21393611--21393663	26	2.0	26	85	7	72	30	32	11	26	1.91
21393310--21394578	688	1.9	669	79	5	1436	20	27	28	23	1.99
21394299--21394351	26	2.0	26	85	0	70	30	26	15	28	1.96
21394642--21394694	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21395365--21395415	26	2.0	26	84	7	68	29	23	17	29	1.97
21396022--21396074	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21395712--21396712	343	2.9	340	85	1	1320	21	26	28	23	1.99
21396805--21397344	159	3.4	159	76	3	408	20	25	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21397515--21397567	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21397161--21397726	196	3.0	182	73	10	526	22	24	27	24	2.00
21399171--21399623	158	2.9	158	82	3	545	19	29	30	21	1.97
21403194--21403255	24	2.6	24	84	0	88	25	32	19	22	1.97
21405830--21405882	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21406173--21406225	26	2.0	26	85	7	72	24	22	20	32	1.98
21406877--21406930	27	2.0	27	89	3	83	27	27	18	25	1.98
21406903--21407405	158	3.2	158	75	6	397	20	27	30	21	1.98
21408585--21408662	26	3.0	24	85	12	102	30	19	20	29	1.97
21408636--21408939	157	2.0	152	80	9	348	25	30	27	16	1.97
21408946--21408998	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
21409155--21409207	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21409179--21409451	134	2.0	136	83	4	347	22	28	28	19	1.98
21409316--21409603	158	1.8	158	81	3	364	22	30	29	18	1.97
21409316--21409652	158	2.1	158	78	5	349	22	29	28	19	1.98
21409633--21409685	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21410355--21410407	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
21410824--21410875	26	2.0	26	92	3	88	25	21	25	28	1.99
21410998--21411361	159	2.3	159	76	7	364	21	29	27	20	1.98
21411335--21411387	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
21412067--21412119	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21412409--21412458	26	1.9	26	92	8	84	30	16	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21418636--21418678	22	2.0	22	95	0	77	30	37	13	18	1.90
21451213--21451281	21	3.3	21	95	0	129	8	36	27	27	1.86
21461246--21461372	59	2.2	59	85	0	173	22	33	15	28	1.95
21487542--21488260	181	4.0	181	79	5	715	41	8	9	40	1.68
21489845--21489897	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21489978--21490340	159	2.3	158	79	4	385	21	30	26	21	1.99
21490314--21490366	26	2.0	26	88	0	79	24	18	24	32	1.97
21490829--21490881	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
21491563--21491615	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21491909--21491958	26	1.9	26	91	0	82	28	16	26	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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