genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810054--810099	25	1.9	23	86	8	65	78	8	0	13	0.97
810618--810670	19	2.9	17	76	13	61	24	1	13	60	1.43
811502--811533	15	2.1	16	94	5	57	21	0	6	71	1.07
811501--811556	30	1.9	30	82	7	71	21	1	5	71	1.15
811538--811600	27	2.3	27	84	10	76	42	0	0	57	0.99
811571--811609	20	2.0	19	85	5	51	48	0	2	48	1.15
815799--815854	18	3.2	18	73	16	55	57	3	0	39	1.16
816342--816367	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
819885--819923	16	2.4	16	100	0	78	28	20	23	28	1.99
819881--819914	16	2.3	14	90	10	50	26	14	26	32	1.95
822500--822540	21	2.0	20	85	4	55	31	21	9	36	1.86
822470--822659	98	1.9	98	95	0	344	35	20	6	38	1.78
824309--824347	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
825377--825532	52	3.0	52	87	1	206	25	25	10	39	1.87
832185--832234	16	2.9	17	75	16	50	42	6	12	40	1.67
832170--832234	33	1.9	34	84	3	87	41	6	10	41	1.65
832915--832950	19	1.9	18	88	5	54	77	2	8	11	1.08
833450--833492	19	2.3	18	84	11	59	69	2	0	27	1.00
837662--837726	27	2.3	27	84	5	76	9	13	7	69	1.36
842673--842697	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
843318--843383	13	4.8	13	78	9	60	74	3	15	7	1.17
843330--843382	28	2.0	26	85	7	70	77	1	13	7	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844373--844397	10	2.5	10	100	0	50	20	12	8	60	1.57
845388--845563	91	1.9	92	85	1	246	35	17	21	25	1.95
845923--845962	16	2.4	17	84	16	57	12	15	7	65	1.47
852362--852412	25	2.0	25	96	0	93	19	21	15	43	1.88
853671--853713	18	2.4	18	80	3	52	23	0	11	65	1.25
853687--853740	12	4.4	12	79	4	63	20	0	9	70	1.14
853695--853756	25	2.5	25	81	2	81	19	0	11	69	1.18
853932--853961	14	2.1	14	93	0	51	63	10	0	26	1.26
856035--856076	14	2.8	15	78	7	50	85	2	11	0	0.68
856331--856393	15	4.5	14	80	9	58	80	1	7	9	0.95
856347--856394	20	2.4	19	82	6	51	81	2	12	4	0.93
856601--857225	311	2.0	311	93	0	1054	36	11	15	36	1.84
857428--857483	25	2.3	24	93	3	94	25	17	21	35	1.95
857903--857966	22	2.8	24	74	13	62	39	7	9	43	1.66
858214--858308	17	5.4	18	67	7	52	35	11	12	40	1.80
858287--858352	18	3.7	18	67	4	53	33	15	9	42	1.78
858214--858316	52	2.0	52	82	3	127	35	12	12	38	1.81
858448--858531	35	2.3	35	83	4	96	30	17	16	34	1.93
858744--858866	43	2.9	43	75	3	133	29	10	15	44	1.80
859123--859175	24	2.2	24	86	0	70	20	1	15	62	1.42
860263--860300	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
860395--860478	21	4.0	21	71	20	59	40	3	7	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860707--860762	17	3.2	17	77	5	58	53	3	1	41	1.29
863979--864048	29	2.3	30	80	7	79	41	2	5	50	1.41
865032--865298	138	1.9	137	84	4	349	35	10	8	45	1.68
866446--866471	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
874963--875015	26	2.0	27	88	3	81	22	1	5	69	1.19
875698--875722	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
876676--876731	25	2.3	25	84	3	69	23	3	0	73	0.99
878177--878527	50	7.2	49	74	11	224	43	18	8	29	1.79
878168--878527	49	7.4	49	73	12	194	43	18	8	29	1.79
878252--878337	44	2.0	44	83	0	109	43	15	8	33	1.76
878183--878967	98	8.2	95	72	12	266	42	18	9	29	1.82
878158--878966	147	5.6	142	75	12	386	42	18	9	28	1.82
878532--878965	49	8.9	48	77	6	333	41	19	10	28	1.85
878556--878964	98	4.2	98	77	6	400	41	20	10	27	1.84
878158--878766	235	2.6	235	81	5	681	42	18	9	29	1.82
878550--878967	146	2.9	146	88	2	606	42	19	10	27	1.84
879766--879805	18	2.3	17	86	4	53	10	7	0	82	0.84
891233--891259	12	2.2	12	100	0	54	18	0	0	81	0.69
893658--893707	22	2.4	21	80	16	59	52	4	2	42	1.31
893902--893976	28	2.7	27	87	8	80	46	0	0	53	1.00
893925--893972	6	8.3	6	79	9	55	43	0	0	56	0.99
896004--896272	36	7.7	35	72	16	177	48	8	16	26	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896039--896093	26	2.1	27	89	3	85	47	7	16	29	1.73
896066--896273	72	2.9	69	81	7	236	48	8	17	25	1.75
896241--896385	38	3.9	37	71	12	98	56	8	9	25	1.59
896160--896395	74	3.2	73	74	6	210	55	8	12	24	1.64
896268--896387	37	3.2	36	75	11	109	59	8	8	24	1.54
902131--902191	24	2.5	24	87	7	88	54	13	3	29	1.55
902245--902391	53	2.7	54	82	7	174	54	12	4	28	1.57
902277--902316	21	1.9	21	85	10	55	55	10	7	27	1.60
902319--902423	32	3.6	28	71	24	85	53	12	4	29	1.59
902245--902505	56	4.8	55	81	9	227	55	12	4	27	1.56
902405--902452	23	2.2	21	79	13	53	56	8	4	31	1.48
902342--902509	55	3.0	54	83	9	198	55	11	4	27	1.55
902350--902535	55	3.3	55	81	7	155	56	11	4	27	1.54
902495--902543	17	2.9	17	78	9	64	53	10	6	30	1.59
903094--903126	10	3.7	9	88	11	50	3	6	0	90	0.52
903153--903189	12	2.9	13	92	8	67	72	5	0	21	1.04
907328--907369	10	4.2	10	93	0	75	28	9	9	52	1.65
909351--909380	11	2.7	11	100	0	60	43	10	36	10	1.72
909511--909591	34	2.4	34	85	6	110	70	1	9	18	1.22
913814--913861	18	2.6	19	81	15	57	68	4	2	25	1.18
920822--920849	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
922557--922588	11	2.9	11	95	0	55	87	0	12	0	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935937--936047	18	6.1	17	78	17	100	78	0	10	10	0.97
935937--936036	19	5.2	20	70	27	83	78	0	11	11	0.98
935956--935998	22	2.0	22	86	9	61	76	0	13	9	1.01
935937--936045	8	12.9	8	69	13	51	77	0	11	11	0.98
935939--936047	35	3.3	32	79	14	98	77	0	11	11	0.98
935989--936046	10	6.3	10	77	18	72	79	0	10	10	0.94
935938--936016	14	5.4	15	75	15	69	77	0	11	11	1.00
935966--936047	35	2.5	34	88	9	125	78	0	10	10	0.98
935939--935998	7	8.7	7	80	14	63	76	0	11	11	1.02
935982--936059	10	6.8	12	73	18	51	74	0	14	11	1.08
937054--937382	41	8.1	41	86	7	397	24	16	22	36	1.94
937168--937230	32	1.9	33	87	3	92	31	15	14	38	1.88
937086--937303	114	1.9	114	93	0	373	24	15	22	37	1.93
937200--937382	83	2.2	84	87	2	253	23	14	23	38	1.92
937595--937666	6	12.2	6	81	11	62	19	1	2	76	0.99
937598--937671	31	2.4	31	76	13	80	20	1	2	75	1.00
937594--937666	5	13.6	5	77	17	51	20	1	2	75	1.00
937757--937799	3	14.7	3	95	4	79	30	0	0	69	0.88
938751--938793	4	10.8	4	87	0	59	20	0	2	76	0.89
938741--938790	12	4.3	12	82	5	50	24	0	2	74	0.93
938806--938872	27	2.5	27	83	11	77	17	4	1	76	1.04
938821--938891	5	13.4	5	82	8	79	16	2	2	77	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938919--939364	58	7.7	57	81	11	464	44	7	12	34	1.72
939927--940058	59	2.2	59	85	8	169	40	4	18	37	1.71
939927--940075	61	2.5	58	81	6	165	39	4	18	36	1.72
940323--940720	129	3.1	129	81	7	448	39	6	14	39	1.73
944470--944507	18	2.1	19	90	5	60	50	0	10	39	1.37
944510--944566	28	2.0	28	89	0	87	22	10	15	50	1.74
944878--944923	18	2.6	18	82	3	58	13	0	8	78	0.97
944923--945158	45	5.2	45	87	4	307	44	8	12	34	1.72
944923--945158	91	2.6	91	87	4	316	44	8	12	34	1.72
945270--945474	96	2.1	97	78	7	220	35	17	12	35	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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