genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  116  of  125  ( 14885 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21762408--21763060	181	3.6	179	74	11	539	38	8	9	43	1.67
21763148--21765580	181	13.5	181	76	7	1816	39	7	10	42	1.68
21763238--21765606	543	4.4	538	78	7	2090	39	7	10	42	1.68
21765458--21765732	153	1.8	152	80	5	340	38	8	13	38	1.76
21765605--21767413	180	10.0	180	77	7	1324	41	8	9	40	1.68
21765605--21767106	540	2.8	541	79	7	1530	41	7	9	41	1.67
21767870--21768177	171	1.8	171	84	2	422	39	10	8	42	1.68
21767466--21769247	180	10.0	175	77	8	1395	41	9	7	40	1.67
21767469--21769249	359	5.0	353	77	8	1436	41	9	7	40	1.67
21767467--21769233	533	3.3	530	77	8	1706	41	9	7	40	1.68
21769254--21769729	182	2.7	177	78	3	481	42	9	9	38	1.70
21768775--21770185	505	2.8	494	80	5	1540	42	11	7	38	1.69
21769752--21771217	181	8.1	181	76	6	1064	41	10	8	39	1.70
21770808--21771710	486	1.9	487	82	3	1145	41	8	9	39	1.69
21771295--21780656	181	51.7	180	72	10	4236	41	9	8	40	1.68
21771295--21774026	361	7.6	357	76	7	2063	41	10	8	39	1.69
21771295--21780657	362	25.8	360	73	10	5565	41	9	8	40	1.68
21774029--21796079	181	123.1	175	71	12	6072	41	9	8	40	1.68
21775080--21775409	160	2.1	158	80	6	362	39	9	9	41	1.70
21780529--21780788	142	1.8	142	81	3	326	38	11	8	41	1.72
21780799--21796237	361	43.0	356	71	11	2837	41	10	8	40	1.68
21781264--21782079	360	2.3	358	80	5	846	39	10	8	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21782084--21786314	177	23.5	181	74	7	2691	42	10	8	39	1.68
21782854--21782902	18	2.8	19	73	17	52	40	10	10	38	1.73
21782571--21796229	361	38.0	361	73	9	8178	41	10	8	40	1.68
21786180--21786512	155	2.1	152	83	4	405	41	9	7	42	1.65
21786335--21796229	181	54.9	180	74	8	6504	41	10	8	40	1.68
21787893--21787956	32	2.0	32	96	0	119	32	10	3	53	1.52
21788071--21788389	165	1.9	168	82	5	405	42	9	6	41	1.64
21790888--21791297	204	2.0	204	97	0	766	43	11	6	38	1.66
21792803--21792853	25	2.1	24	82	10	59	45	9	1	43	1.48
21796757--21800962	181	23.3	179	69	13	1265	41	10	7	39	1.69
21797811--21798769	365	2.7	360	80	6	985	41	10	7	39	1.68
21798803--21799290	178	2.7	177	81	6	560	41	9	7	41	1.66
21799386--21800942	360	4.3	359	74	10	942	42	10	7	39	1.68
21800632--21801306	347	1.9	346	80	5	772	42	10	9	38	1.71
21800995--21801482	180	2.7	181	77	5	475	40	10	9	38	1.73
21801031--21802053	515	2.0	512	81	4	1184	39	11	8	40	1.72
21801546--21804688	181	17.5	179	75	8	2268	41	9	8	39	1.69
21802607--21804694	888	2.3	893	84	5	2688	42	9	8	39	1.69
21804979--21805003	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21814722--21814842	45	2.7	44	77	8	111	23	27	23	25	2.00
21820140--21820169	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
21820155--21822362	181	12.2	179	77	6	1593	40	8	9	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21820155--21822372	362	6.1	359	77	6	1888	40	8	9	41	1.69
21819668--21822372	542	5.0	537	76	7	2032	40	8	9	41	1.68
21821749--21822407	363	1.8	361	78	4	745	39	9	9	41	1.70
21822239--21822501	143	1.8	144	82	5	345	39	11	11	38	1.76
21822791--21842402	897	21.8	890	70	12	6977	39	8	9	41	1.69
21822723--21831810	181	50.7	179	74	8	5379	39	8	9	41	1.68
21826829--21826894	35	1.9	35	84	9	91	57	7	4	30	1.47
21828342--21831810	180	19.3	180	74	8	2133	39	8	9	42	1.67
21831164--21831200	18	2.0	19	94	5	67	43	8	5	43	1.57
21831808--21837174	180	29.6	181	71	11	2801	39	8	10	41	1.69
21831808--21837174	356	14.8	360	71	12	2324	39	8	10	41	1.69
21833421--21833553	64	2.1	64	83	4	162	46	6	11	35	1.66
21833531--21837053	716	4.9	721	75	8	1684	39	8	9	42	1.69
21836279--21836596	168	1.9	168	81	6	394	39	6	10	42	1.66
21836468--21836794	179	1.8	178	83	6	430	40	8	9	41	1.67
21837181--21839587	181	13.4	180	76	7	1873	39	8	10	41	1.69
21838107--21838144	20	1.9	20	94	0	67	50	0	13	36	1.42
21839612--21840050	179	2.5	177	81	2	497	41	8	11	38	1.71
21839922--21840204	147	1.9	144	84	6	374	40	8	10	40	1.71
21840039--21842403	360	6.6	360	76	7	1873	40	8	9	41	1.69
21840068--21842437	179	13.2	182	76	6	1824	40	8	9	41	1.69
21842436--21847007	181	25.2	179	73	9	2602	40	10	8	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21842874--21842906	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
21842442--21860718	362	50.5	361	72	10	8052	41	9	8	40	1.69
21842436--21865914	539	43.4	534	73	10	9868	41	9	8	40	1.69
21845234--21847007	180	10.0	180	79	6	1571	41	9	8	40	1.68
21846523--21847505	498	2.0	489	84	4	1235	41	11	8	38	1.72
21847629--21848409	363	2.2	358	81	6	914	43	9	7	39	1.66
21847633--21848503	180	4.9	178	76	7	467	41	9	7	40	1.67
21847528--21860718	181	73.7	180	75	8	8452	41	9	8	40	1.68
21847631--21865949	362	51.2	357	72	11	4080	41	9	8	40	1.68
21849956--21850272	174	1.8	174	83	6	428	44	10	7	37	1.67
21855781--21856108	169	1.9	168	83	7	416	43	10	5	40	1.63
21847021--21865945	895	21.2	882	72	11	6803	41	9	8	40	1.68
21853871--21865945	540	22.5	535	75	9	6996	41	9	8	40	1.68
21861489--21861540	18	2.9	19	75	16	58	38	11	9	40	1.74
21861419--21862451	177	5.8	174	75	11	456	41	9	8	40	1.69
21861173--21865974	181	26.8	179	74	9	3083	41	9	8	40	1.68
21860813--21865947	358	14.3	355	74	10	2461	42	9	8	39	1.68
21866975--21868912	182	10.9	175	72	10	1039	41	9	7	41	1.67
21868788--21869065	153	1.8	152	88	0	421	41	10	7	40	1.69
21869242--21870071	180	4.6	181	77	4	693	40	7	9	42	1.65
21869208--21870027	361	2.3	359	81	6	955	40	7	9	43	1.65
21870015--21870142	67	1.9	67	90	0	202	43	10	10	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21870082--21872875	181	15.8	179	75	8	1905	40	8	10	41	1.69
21870879--21870931	27	1.9	28	84	3	72	35	9	9	45	1.69
21871797--21872119	161	2.0	161	88	1	486	42	6	10	40	1.65
21871983--21872014	15	2.1	15	94	0	55	28	0	0	71	0.86
21873061--21873093	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
21872876--21873379	180	2.8	179	82	6	585	40	10	7	40	1.69
21873459--21873792	180	1.9	180	81	5	406	42	10	8	39	1.68
21873773--21873877	36	2.9	36	92	1	183	45	4	3	45	1.42
21873845--21876238	182	13.5	177	73	9	1506	40	9	8	41	1.69
21875681--21875729	18	2.8	18	79	11	57	38	4	8	48	1.52
21875453--21875761	170	1.8	166	82	6	399	39	7	8	44	1.64
21873845--21876964	528	5.8	534	74	11	1674	40	9	8	40	1.69
21876317--21876968	180	3.6	181	78	6	436	43	8	8	39	1.66
21876256--21876980	181	4.0	179	77	8	668	41	8	8	40	1.68
21877474--21877506	17	2.0	17	88	5	50	39	9	0	51	1.34
21877316--21877628	168	1.9	168	82	6	402	39	10	7	42	1.67
21878098--21881657	181	19.8	181	76	7	2742	41	10	8	39	1.69
21878881--21878921	18	2.4	17	88	8	57	41	4	7	46	1.53
21878100--21881652	539	6.6	539	78	7	2905	41	10	8	39	1.69
21878190--21881657	902	3.9	892	78	7	2952	41	10	8	40	1.69
21881652--21882387	181	4.1	181	81	5	824	40	7	8	43	1.65
21881652--21882387	362	2.0	363	84	3	957	40	7	8	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21882287--21882524	121	2.0	121	84	2	318	44	7	11	36	1.68
21882406--21882735	181	1.8	182	81	5	409	39	10	13	36	1.79
21882768--21882817	25	2.2	20	73	26	55	50	4	10	36	1.55
21882772--21882826	24	2.2	25	96	3	103	56	5	7	30	1.49
21882969--21883800	181	4.6	181	76	6	701	41	11	8	38	1.70
21883847--21884533	362	1.9	363	84	3	920	41	6	8	42	1.62
21883817--21884539	181	4.0	181	79	6	764	40	6	8	43	1.62
21884931--21885269	181	1.9	181	83	4	443	40	6	7	45	1.59
21884579--21885233	350	1.9	350	82	3	834	40	9	10	40	1.71
21884957--21885336	181	2.1	180	79	6	394	41	6	7	43	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125