genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  119  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22075526--22075636	55	2.0	55	94	0	195	34	21	11	32	1.90
22079525--22081597	181	11.6	180	75	10	1420	41	8	8	41	1.65
22079501--22081595	361	5.9	358	80	8	1769	41	8	8	41	1.65
22080408--22080916	162	3.0	162	75	11	438	41	8	8	41	1.66
22080217--22080916	345	2.0	342	95	1	1262	41	8	8	41	1.65
22080585--22081565	183	5.4	181	76	7	828	41	8	7	42	1.64
22080565--22081533	365	2.7	360	77	9	853	41	8	7	41	1.65
22083728--22084052	178	1.8	178	83	3	438	40	8	10	40	1.71
22083380--22084403	181	5.8	179	75	9	700	38	8	10	42	1.70
22084779--22085100	172	1.9	173	83	6	429	41	6	9	42	1.63
22085108--22086340	181	6.8	179	76	6	1044	42	8	8	40	1.67
22085743--22085773	15	2.1	14	94	5	53	67	0	0	32	0.91
22085129--22086346	360	3.4	356	77	8	1078	41	8	8	40	1.66
22086212--22086522	144	2.1	146	85	2	412	42	9	7	40	1.66
22086033--22086672	325	2.0	324	82	5	776	42	9	8	40	1.66
22086356--22089175	180	15.8	181	76	6	2189	42	10	7	39	1.69
22085887--22086825	505	1.9	505	83	3	1219	41	9	8	40	1.68
22086356--22089180	361	7.9	361	75	6	2191	42	10	7	39	1.69
22088921--22088949	14	2.0	15	93	6	51	58	6	0	34	1.25
22089700--22089736	15	2.5	15	84	16	51	37	5	2	54	1.38
22089202--22092178	181	16.6	181	76	6	2192	41	9	8	40	1.67
22089512--22092183	890	3.0	889	79	6	2424	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22092535--22094230	181	9.5	181	78	6	1408	41	8	9	41	1.67
22092535--22095709	357	9.0	358	72	12	1287	40	8	9	41	1.67
22093626--22093661	16	2.1	17	90	10	56	47	5	5	41	1.50
22092535--22095627	538	5.9	533	75	9	1935	40	8	9	41	1.67
22094165--22094197	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
22094281--22095678	181	7.9	181	73	10	951	39	7	9	43	1.66
22094553--22094594	20	2.2	20	82	4	50	38	4	0	57	1.20
22095280--22095614	182	1.8	182	83	5	444	41	6	8	43	1.62
22095632--22095664	16	2.1	16	88	11	50	33	9	6	51	1.58
22095732--22098149	181	13.6	180	73	11	1162	40	8	9	41	1.68
22096074--22096106	16	2.1	16	88	11	50	33	9	6	51	1.58
22095287--22096173	442	2.0	443	98	0	1722	39	7	10	42	1.67
22096579--22096904	163	2.0	164	82	1	395	44	9	7	38	1.66
22096222--22097267	526	2.0	528	83	1	1319	42	8	7	41	1.65
22096743--22097595	358	2.4	357	80	6	922	42	8	8	41	1.64
22096877--22097851	538	1.8	538	80	5	1180	41	8	9	41	1.67
22098150--22100348	181	12.2	180	76	8	1489	41	8	8	41	1.66
22098150--22104573	360	18.0	359	73	9	3856	40	8	9	41	1.67
22098260--22104514	541	11.7	538	73	9	2807	40	8	9	41	1.67
22100426--22100453	13	2.2	13	100	0	56	46	0	0	53	1.00
22100459--22100483	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
22100475--22104573	181	22.9	178	74	9	2129	39	7	10	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22101050--22101090	20	2.1	20	86	13	59	46	4	9	39	1.58
22101162--22101193	16	2.1	16	94	5	57	21	0	0	78	0.76
22100568--22104510	715	5.5	706	75	9	2406	39	7	9	42	1.67
22100679--22104480	534	7.1	533	74	10	2105	39	7	9	42	1.67
22103142--22103638	182	2.8	173	78	8	482	40	6	9	43	1.64
22104688--22104745	20	3.1	19	71	16	57	51	10	3	34	1.53
22105801--22105833	18	1.9	17	88	11	50	48	3	9	39	1.50
22105445--22106110	359	1.9	357	79	6	763	40	7	8	43	1.65
22105168--22106131	178	5.4	178	75	8	670	40	8	9	41	1.66
22106024--22106059	16	2.2	18	85	14	51	41	5	0	52	1.24
22106025--22106059	17	2.1	18	89	10	56	42	5	0	51	1.25
22106084--22106168	38	2.2	38	83	4	100	43	8	10	37	1.69
22106618--22106930	160	2.0	159	81	3	369	41	8	10	39	1.70
22106790--22112516	181	32.2	176	69	13	1447	40	8	9	41	1.67
22106776--22115665	361	25.2	361	71	11	4010	40	8	9	41	1.68
22109948--22109976	15	2.0	15	93	6	51	41	0	6	51	1.28
22110992--22112521	180	8.5	177	77	9	1182	41	8	9	40	1.68
22111967--22112021	18	3.2	18	77	15	62	45	7	9	38	1.64
22111974--22112006	17	2.0	17	88	5	50	48	3	9	39	1.50
22113281--22113573	163	1.8	163	81	3	376	43	9	9	37	1.69
22113432--22113823	173	2.2	174	80	9	431	40	7	8	43	1.63
22113759--22113787	14	2.0	15	93	6	51	34	3	0	62	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22114767--22114799	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
22114103--22115672	540	2.9	533	81	5	1665	39	8	9	42	1.67
22114064--22115669	182	8.9	180	76	7	1234	39	8	9	42	1.67
22116048--22116078	16	1.9	16	100	0	62	25	6	3	64	1.33
22115706--22117487	181	9.9	179	78	6	1573	41	8	9	41	1.67
22115706--22117494	180	9.9	179	78	6	1571	41	8	9	41	1.67
22115762--22117297	541	2.8	536	80	6	1592	41	8	9	41	1.67
22115709--22117469	361	4.9	358	79	6	1592	41	8	9	41	1.67
22117197--22117768	299	1.9	299	79	7	651	42	9	11	37	1.73
22117614--22117949	180	1.9	180	82	6	430	41	11	10	36	1.75
22117795--22118855	363	2.9	359	79	8	824	42	6	9	41	1.64
22117905--22118760	182	4.7	178	75	9	539	41	6	9	42	1.63
22117497--22123643	181	33.8	180	72	11	1959	40	8	9	41	1.68
22119123--22123891	181	26.6	181	77	6	3532	40	8	9	41	1.68
22123368--22123418	18	2.9	18	77	14	61	45	7	9	37	1.67
22122971--22123822	180	4.8	171	75	10	518	40	8	9	41	1.69
22123901--22124553	177	3.7	175	79	5	666	37	10	8	42	1.71
22124403--22124440	20	1.9	20	88	0	58	57	2	5	34	1.35
22124453--22124673	120	1.8	120	83	3	293	32	11	8	47	1.70
22124945--22125554	180	3.4	177	78	7	590	40	9	9	40	1.70
22124602--22125554	181	5.4	176	74	11	632	41	9	8	40	1.68
22126140--22127715	181	8.8	180	77	8	1254	41	8	9	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22126140--22127640	357	4.2	361	77	8	1195	41	8	8	40	1.68
22127239--22127274	16	2.1	17	90	10	56	44	8	5	41	1.58
22127959--22128740	183	4.3	177	75	9	561	42	10	8	39	1.69
22127948--22128742	181	4.4	180	76	8	663	42	10	8	38	1.69
22128409--22128744	178	1.9	183	81	6	418	44	10	6	38	1.64
22127912--22128745	360	2.3	358	78	6	869	42	10	8	38	1.68
22128708--22128840	67	2.0	67	89	0	203	37	15	4	42	1.67
22128822--22131244	177	13.6	178	75	8	1709	42	10	7	39	1.69
22128775--22131239	358	6.9	354	74	9	1644	41	10	7	39	1.69
22128874--22130129	538	2.3	536	80	6	1356	42	10	8	39	1.69
22131084--22131540	142	3.1	143	74	10	381	41	9	8	40	1.68
22131420--22132573	181	6.4	175	77	10	867	41	9	8	40	1.67
22132055--22132111	19	3.2	19	68	27	52	35	12	7	45	1.69
22131392--22132562	180	6.5	180	77	8	1031	41	9	8	41	1.67
22132545--22132587	19	2.2	20	95	4	79	53	2	9	34	1.46
22133072--22133465	180	2.2	181	79	5	397	40	8	10	41	1.69
22134226--22136364	180	12.1	181	71	12	908	41	7	8	42	1.64
22134226--22135400	361	3.3	352	76	10	1011	40	8	9	41	1.67
22136267--22136568	149	2.0	149	79	7	328	37	6	9	47	1.62
22136416--22138738	181	12.9	181	74	7	1557	39	7	10	42	1.67
22136845--22138749	536	3.5	535	72	9	1193	39	7	10	42	1.67
22138766--22142792	181	22.6	177	72	11	1065	39	8	10	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22138760--22139938	357	3.3	346	77	8	771	39	9	10	40	1.72
22139294--22142792	179	19.5	181	75	7	2373	39	8	10	41	1.70
22138767--22142792	360	11.3	357	74	8	2461	39	8	10	41	1.70
22138770--22142792	539	7.5	534	73	9	2027	39	8	10	41	1.70
22141649--22142636	185	5.4	180	76	7	495	40	8	9	41	1.67
22143839--22143891	17	3.0	18	73	15	56	35	9	9	45	1.69
22143834--22143890	19	3.2	18	73	19	57	35	10	7	47	1.65
22143838--22144184	180	1.9	180	83	6	452	41	7	8	41	1.65
22144241--22145508	181	7.1	181	74	8	741	40	8	9	41	1.68
22144265--22145117	180	4.7	181	72	9	411	40	8	9	41	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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