genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  120  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22145567--22150945	181	30.0	180	74	8	3161	39	8	9	42	1.68
22149471--22149783	167	1.9	167	81	4	389	39	8	9	42	1.69
22149638--22150601	361	2.7	361	78	6	877	40	9	9	41	1.68
22150560--22150611	18	2.9	18	72	13	54	40	5	7	46	1.57
22150971--22151012	20	2.2	19	83	8	50	38	4	2	54	1.34
22151082--22151129	18	2.7	20	73	26	54	41	4	8	45	1.53
22151467--22152715	181	7.0	179	73	10	815	39	9	10	40	1.70
22152175--22152209	18	1.9	18	88	0	52	42	5	8	42	1.59
22152724--22156071	181	18.8	182	76	8	2485	41	7	9	41	1.66
22152276--22153200	505	1.8	505	80	3	1112	40	8	9	41	1.67
22155710--22155742	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
22156148--22156193	20	2.3	20	82	10	51	52	8	6	32	1.58
22156058--22159159	181	17.2	181	76	7	2146	40	8	9	41	1.66
22155787--22156384	320	1.9	321	80	3	722	42	8	8	40	1.67
22155400--22156735	682	2.0	682	79	8	1480	41	8	9	41	1.67
22156105--22163060	363	19.1	359	69	12	2054	40	8	9	41	1.67
22156290--22160197	545	7.3	542	73	9	1802	40	8	9	41	1.67
22158994--22159280	156	1.8	156	82	5	366	42	8	9	39	1.69
22159149--22160265	180	6.2	180	74	7	705	39	8	9	42	1.67
22160329--22163037	180	15.1	179	75	8	1760	40	7	10	41	1.67
22160329--22163090	538	5.1	539	77	8	2077	40	7	10	42	1.67
22160329--22163060	359	7.6	358	75	9	1787	40	7	10	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22162940--22163241	149	2.0	149	79	7	328	36	6	9	46	1.64
22163420--22163839	181	2.3	180	81	1	464	40	7	11	40	1.69
22164851--22165353	180	2.8	179	79	4	512	39	7	10	42	1.66
22164858--22165395	181	3.0	178	77	5	519	39	6	10	42	1.66
22165332--22165518	101	1.9	101	81	0	230	44	8	12	35	1.71
22165433--22169560	181	23.1	180	76	6	2999	39	8	10	41	1.70
22165433--22169560	719	5.8	717	77	5	3402	39	8	10	41	1.70
22170695--22170774	42	1.9	41	82	7	99	43	27	16	12	1.83
22176635--22176795	73	2.2	74	85	1	216	29	22	25	21	1.99
22178574--22178608	18	1.9	18	94	0	61	40	2	25	31	1.70
22178605--22178644	20	2.0	20	95	0	71	30	2	20	47	1.63
22181292--22181902	333	1.8	333	90	1	974	23	18	27	29	1.98
22182428--22182510	42	2.0	41	83	6	105	44	27	15	12	1.82
22188367--22188528	73	2.2	73	85	0	216	30	20	25	22	1.99
22190309--22190343	18	1.9	18	94	0	61	40	2	25	31	1.70
22190340--22190379	20	2.0	20	95	0	71	30	2	20	47	1.63
22191867--22192087	120	1.8	119	88	4	338	47	7	11	33	1.67
22193146--22193277	62	2.1	61	84	4	174	30	14	6	48	1.70
22193211--22196495	180	18.3	181	76	6	2515	40	9	8	40	1.68
22193211--22196524	361	9.2	360	76	7	2562	40	9	8	40	1.68
22196626--22197435	181	4.5	175	74	11	589	42	10	6	40	1.65
22197433--22197491	25	2.4	25	97	0	109	30	10	8	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22197507--22198047	181	3.0	177	80	6	543	37	9	10	41	1.74
22197946--22198166	120	1.8	120	88	1	336	33	11	9	46	1.71
22197586--22198531	479	2.0	481	82	2	1148	37	10	10	41	1.73
22198069--22199286	180	6.8	180	78	6	1085	41	9	8	41	1.67
22198075--22199275	359	3.3	355	80	5	1143	41	9	8	41	1.67
22198069--22199744	538	3.2	537	76	8	1359	40	9	8	41	1.67
22199298--22199344	16	2.7	18	77	16	53	36	8	10	44	1.70
22199162--22199434	149	1.8	148	81	3	343	38	9	7	45	1.64
22198963--22199617	331	2.0	328	83	3	816	40	7	8	43	1.62
22199291--22199770	181	2.6	181	81	5	533	39	9	8	42	1.67
22198781--22200118	511	2.6	504	79	7	1309	41	9	8	41	1.66
22199849--22201357	181	8.5	175	73	10	589	42	10	7	39	1.67
22200487--22201408	181	5.1	178	75	7	648	41	9	8	40	1.68
22200467--22201416	357	2.6	354	75	9	862	41	9	8	40	1.68
22211480--22212067	178	3.3	180	77	7	493	42	9	7	40	1.65
22212116--22219566	181	41.3	181	72	10	3366	41	9	8	40	1.68
22211602--22219554	542	14.7	532	72	10	3026	41	9	8	40	1.68
22211602--22229910	897	20.6	885	71	12	6638	41	9	8	40	1.68
22214734--22214892	75	2.1	75	79	9	160	50	8	6	34	1.59
22214809--22215173	176	2.0	179	79	7	386	42	10	8	39	1.69
22212106--22225672	361	37.4	359	69	12	3989	41	9	8	40	1.68
22220701--22220756	18	3.1	18	77	15	62	41	10	5	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22221240--22221272	18	1.9	17	88	11	50	39	9	3	48	1.50
22219587--22223692	536	7.7	534	73	11	1408	40	10	8	40	1.69
22222028--22223157	179	6.3	179	73	8	486	41	10	7	39	1.68
22219833--22225668	181	32.7	178	72	10	1576	41	9	8	40	1.68
22221965--22225672	182	20.7	179	73	10	1498	41	9	8	40	1.67
22225758--22229985	181	23.7	181	75	7	2934	41	9	8	40	1.68
22230142--22230796	340	1.9	340	81	4	795	41	9	7	40	1.67
22230481--22231599	180	6.2	177	74	7	711	41	10	7	40	1.69
22231609--22233258	181	9.2	181	75	7	1116	41	10	7	40	1.68
22233263--22237056	180	21.2	179	75	10	2322	42	9	8	40	1.67
22233262--22237055	541	7.1	535	76	9	2552	42	9	8	40	1.67
22233260--22237024	181	21.0	181	76	9	2585	41	9	8	40	1.67
22233262--22236835	721	5.0	713	76	8	2572	41	9	8	40	1.67
22236664--22237005	171	2.0	171	89	2	517	43	10	7	38	1.68
22237059--22237537	179	2.7	177	83	3	563	40	8	9	41	1.68
22237527--22237562	18	2.0	18	94	0	63	41	11	8	38	1.71
22237541--22241244	181	20.7	179	72	11	1942	40	7	9	42	1.67
22239127--22239159	16	2.0	17	88	5	50	48	3	9	39	1.50
22241401--22244071	181	14.9	181	74	8	1796	40	8	9	41	1.68
22243244--22243276	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
22243207--22243547	179	1.9	179	79	7	388	38	7	9	43	1.67
22242961--22244071	535	2.1	532	79	7	1178	39	8	10	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22243826--22244380	309	1.8	307	84	2	763	38	7	10	43	1.68
22244132--22244618	174	2.8	173	79	7	484	39	6	8	44	1.62
22244710--22245373	180	3.7	175	77	8	427	40	9	8	41	1.67
22244609--22246345	181	9.7	179	75	7	1177	39	8	9	42	1.68
22244609--22247476	361	8.0	358	73	9	1840	39	8	10	42	1.68
22246201--22246490	156	1.9	152	88	5	440	38	7	10	44	1.66
22246356--22247458	182	6.1	181	76	8	826	38	7	10	42	1.69
22247546--22250154	180	14.5	177	70	13	815	41	7	9	41	1.67
22248069--22250181	181	11.9	180	73	9	1231	40	7	9	41	1.67
22248072--22250167	361	5.9	358	73	9	1084	40	7	10	41	1.68
22250177--22252836	181	14.8	179	76	6	1992	40	8	9	40	1.69
22250177--22252735	543	4.8	535	78	6	2230	40	8	9	41	1.68
22253118--22253539	180	2.3	181	79	3	438	42	8	9	39	1.67
22254029--22254480	180	2.5	178	79	9	400	40	9	8	42	1.67
22254184--22254661	186	2.6	180	77	10	436	39	9	8	42	1.69
22254739--22255313	162	3.3	173	75	11	507	41	10	7	40	1.66
22255309--22258476	180	17.8	180	75	9	2267	41	9	8	40	1.67
22255323--22258475	361	8.9	359	75	8	2335	41	9	8	40	1.67
22257192--22257232	18	2.4	17	88	8	57	41	4	7	46	1.53
22259362--22259683	170	1.9	169	80	4	380	39	10	8	41	1.70
22259649--22259938	156	1.9	156	80	2	350	45	10	7	36	1.66
22259794--22260466	183	3.8	180	75	9	552	41	8	7	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22260085--22260117	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
22260478--22262211	180	9.7	179	76	8	1302	42	10	8	38	1.69
22260478--22262150	361	4.7	362	76	7	1450	43	10	8	38	1.68
22260478--22262211	715	2.4	709	80	8	1846	42	10	8	38	1.69
22262235--22262866	177	3.6	177	76	6	589	39	11	8	41	1.71
22262750--22262986	120	2.0	120	81	1	278	34	10	7	47	1.66
22263070--22265129	180	11.6	178	74	9	1317	40	10	8	40	1.71
22264287--22264612	171	1.9	170	81	4	397	39	12	9	38	1.75
22265131--22265809	182	3.8	177	78	3	605	39	10	8	40	1.70
22265146--22265878	181	4.1	181	77	5	607	40	10	8	40	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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