genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  101  of  125  ( 14885 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19565495--19566162	177	3.7	181	79	8	651	41	7	9	42	1.65
19566093--19566228	66	2.1	66	85	2	184	41	8	11	38	1.73
19566199--19566361	82	2.0	85	80	6	190	43	7	12	35	1.72
19574955--19574992	18	2.1	18	95	0	67	36	2	23	36	1.69
19575607--19575659	20	2.6	21	88	8	83	28	20	22	28	1.99
19576563--19579890	177	18.7	181	76	8	2128	41	10	8	39	1.70
19577717--19577764	17	2.7	19	78	15	57	43	6	4	45	1.48
19576820--19579822	534	5.6	532	78	6	2044	41	10	8	39	1.70
19579897--19596459	181	91.6	179	69	12	4889	41	9	8	40	1.68
19581159--19581202	23	1.9	23	85	0	61	50	4	4	40	1.43
19579900--19588124	180	45.7	177	71	12	3495	41	9	8	40	1.68
19581608--19585117	717	4.9	702	74	10	2282	41	9	8	40	1.68
19579971--19596456	541	30.4	537	70	13	3392	41	9	8	40	1.68
19585737--19596457	541	19.8	536	71	11	3490	41	9	8	40	1.68
19588122--19596916	541	16.4	539	76	8	5737	41	9	8	40	1.68
19591781--19591832	18	2.9	19	81	16	67	38	5	9	46	1.61
19592664--19592999	173	1.9	172	81	5	401	44	8	7	39	1.64
19593241--19596408	180	17.7	181	72	12	680	41	9	8	40	1.68
19593022--19595122	180	11.6	180	75	9	820	41	9	8	40	1.67
19595164--19596459	180	7.2	180	75	8	1020	41	9	9	39	1.69
19596322--19596619	160	1.9	159	81	3	366	45	9	9	36	1.68
19596947--19597609	184	3.7	179	78	8	582	41	6	9	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19596948--19597621	181	3.7	180	77	10	542	41	7	9	41	1.65
19597552--19597687	66	2.1	66	85	2	184	41	8	11	38	1.73
19597658--19597820	82	2.0	85	80	6	190	43	7	12	35	1.72
19600962--19602646	181	9.4	180	75	8	1211	40	8	8	41	1.67
19601610--19601937	171	1.9	171	85	0	458	42	7	7	41	1.63
19601066--19601950	352	2.5	349	77	7	842	42	8	8	40	1.66
19601831--19602159	182	1.8	181	82	7	425	35	8	10	44	1.70
19600962--19602264	534	2.4	532	79	5	1368	40	8	8	41	1.67
19601069--19602476	710	2.0	705	79	7	1492	40	8	9	41	1.67
19600710--19602565	891	2.1	873	79	8	1925	41	8	9	41	1.67
19602656--19605885	177	18.0	179	75	8	2159	40	9	10	40	1.70
19603629--19605872	355	6.3	358	75	10	1227	40	9	9	41	1.69
19603625--19605828	181	12.4	181	75	9	1476	40	9	9	41	1.69
19607012--19607070	21	2.8	21	94	0	100	18	27	27	27	1.98
19607422--19607460	20	2.0	20	94	0	69	48	20	2	28	1.62
19607454--19607491	18	2.1	18	90	0	58	36	21	2	39	1.67
19618127--19618185	27	2.2	27	84	6	75	42	15	30	11	1.83
19637358--19637426	23	3.2	20	75	16	66	18	2	4	73	1.12
19637825--19637885	32	1.9	32	89	0	95	32	14	13	39	1.85
19638319--19638375	28	2.0	27	90	6	87	73	1	0	24	0.92
19638321--19638382	33	1.9	33	90	3	99	72	3	0	24	0.99
19638553--19638831	38	7.2	38	84	4	324	42	21	9	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19638553--19638831	117	2.4	116	89	2	407	42	21	9	26	1.83
19647486--19647560	21	3.4	21	72	15	55	20	4	5	70	1.23
19650015--19650136	65	1.9	65	87	3	183	45	8	13	33	1.73
19650153--19650182	14	2.1	14	100	0	60	40	6	13	40	1.71
19650094--19650242	74	2.0	73	88	3	219	44	8	12	34	1.71
19650029--19650301	133	2.0	135	88	7	412	45	7	11	35	1.68
19650167--19650374	59	3.5	60	88	3	296	45	7	11	35	1.69
19650211--19650302	27	3.2	27	67	14	76	44	5	13	36	1.66
19649986--19650360	192	1.9	193	87	4	551	45	7	12	35	1.70
19650263--19650468	104	2.0	102	94	4	360	42	7	14	35	1.75
19650204--19650523	163	2.0	160	94	1	559	44	7	13	35	1.72
19650384--19650473	27	3.1	27	61	14	63	43	10	14	32	1.78
19650366--19650523	59	2.7	59	93	4	259	44	7	13	34	1.72
19654966--19655026	18	3.4	18	73	22	58	81	0	9	8	0.86
19654970--19655025	16	3.7	15	81	11	71	82	0	8	8	0.86
19656333--19656414	43	1.9	42	90	7	130	37	10	15	35	1.83
19656707--19656959	41	6.1	42	88	2	368	22	17	23	36	1.95
19656707--19656959	83	3.0	83	88	1	382	22	17	23	36	1.95
19657783--19659254	177	8.2	176	75	8	1004	41	10	8	39	1.70
19657713--19659194	533	2.8	531	83	4	1719	41	10	8	39	1.69
19659264--19663959	181	26.2	177	75	8	3012	41	9	8	40	1.68
19659264--19663957	361	13.1	359	75	8	3266	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19659264--19663960	895	5.2	878	73	10	2805	41	9	8	40	1.68
19664030--19665310	181	7.1	181	79	4	1210	40	8	9	41	1.67
19664507--19664539	17	2.0	17	88	5	50	51	0	9	39	1.34
19664032--19665310	358	3.6	353	75	8	1111	40	8	9	41	1.67
19666865--19669605	181	15.2	180	75	6	1975	39	8	9	41	1.69
19666865--19669605	361	7.6	358	76	5	2244	39	8	9	41	1.69
19669494--19669722	118	1.9	118	82	5	284	40	6	10	43	1.64
19669129--19670054	480	1.9	479	81	2	1108	39	8	10	41	1.70
19669606--19673449	357	10.7	358	75	8	2749	39	8	10	41	1.70
19669612--19673449	538	7.1	533	78	8	2838	39	8	10	41	1.70
19669606--19673449	181	21.5	180	76	7	2804	39	8	10	41	1.70
19675141--19678108	181	16.6	180	71	13	799	40	8	9	41	1.68
19676622--19676657	18	2.1	18	90	10	58	44	2	13	38	1.59
19676454--19678180	181	9.6	181	75	6	1226	39	8	9	42	1.68
19676492--19679914	358	9.7	353	71	13	1314	39	8	9	42	1.68
19678865--19680245	174	7.7	175	71	12	692	39	8	9	41	1.68
19679044--19680245	530	2.2	531	79	9	1216	39	8	9	42	1.69
19681761--19681847	21	4.2	21	69	14	72	34	29	17	18	1.94
19681757--19681893	62	2.2	63	92	2	231	36	27	18	17	1.93
19701974--19702165	103	1.9	103	95	0	348	27	29	14	29	1.95
19704929--19707728	181	15.6	181	74	10	1562	42	9	8	39	1.68
19704927--19707878	180	16.5	180	74	9	1824	42	9	8	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19706658--19707010	192	1.8	195	80	6	430	42	10	8	38	1.69
19708446--19708533	21	4.3	21	68	19	62	34	29	19	17	1.94
19721184--19721245	31	2.0	31	100	0	124	25	19	25	29	1.99
19728649--19728845	102	1.9	102	97	0	376	27	29	15	27	1.96
19729239--19729328	43	2.1	43	85	0	117	22	26	20	31	1.98
19738681--19738734	22	2.5	22	78	0	63	25	16	33	24	1.96
19771755--19771808	22	2.5	22	93	0	90	22	11	35	31	1.89
19787849--19787902	22	2.5	22	90	0	81	29	35	12	22	1.91
19803931--19803989	30	2.0	30	89	0	91	35	30	22	11	1.90
19819819--19820474	171	3.7	170	70	12	380	38	7	9	43	1.66
19819049--19836410	181	96.4	180	72	10	8500	40	8	9	41	1.68
19820924--19820972	23	2.1	22	82	14	55	34	2	6	57	1.35
19819109--19826275	360	20.0	356	72	11	1997	39	8	9	41	1.68
19824892--19825232	165	2.0	169	80	6	383	40	9	7	42	1.66
19825060--19826275	182	6.7	181	75	9	893	40	8	9	42	1.66
19825892--19825916	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
19826150--19826423	153	1.8	148	84	8	374	42	7	8	42	1.62
19827265--19827577	145	2.2	146	84	4	400	39	8	11	40	1.71
19827417--19840711	361	36.8	362	73	10	7815	40	8	9	41	1.68
19830238--19830290	18	3.0	18	75	13	56	43	7	11	37	1.69
19830988--19831036	18	2.7	18	96	0	89	44	4	4	46	1.41
19831227--19831272	23	2.0	24	86	4	67	30	4	2	63	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19836271--19836576	163	1.9	162	81	3	373	43	6	9	40	1.63
19836433--19837233	180	4.4	178	76	9	601	41	7	9	41	1.66
19837959--19837983	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19837790--19840691	181	16.0	180	71	11	1333	40	8	9	41	1.68
19837786--19839068	537	2.4	539	80	6	1306	39	8	9	42	1.68
19838824--19839171	183	1.9	181	83	1	453	40	10	8	40	1.70
19838432--19839924	756	2.0	750	85	3	2023	40	8	10	40	1.70
19839686--19840691	180	5.6	178	78	7	943	41	8	9	41	1.67
19839217--19840690	528	2.8	529	80	7	1487	40	8	9	41	1.68
19841491--19841528	19	2.1	18	85	9	51	50	5	7	36	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125