genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  118  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21976839--21977390	182	3.1	176	78	5	503	40	5	10	43	1.63
21977402--21978955	182	8.6	180	74	11	1007	38	8	10	42	1.70
21977402--21978962	359	4.3	355	76	10	1177	38	8	10	42	1.70
21976749--21978159	771	1.8	772	80	6	1705	40	7	10	41	1.68
21977459--21978951	537	2.8	538	81	4	1539	38	8	10	42	1.70
21977459--21978951	538	2.8	538	80	5	1523	38	8	10	42	1.70
21980874--21980946	38	1.9	38	94	2	130	30	30	9	30	1.89
21981525--21981559	16	2.2	16	94	0	61	42	11	11	34	1.77
21981591--21982706	181	6.2	179	75	6	922	39	8	9	42	1.67
21981658--21982647	361	2.8	353	81	5	1067	40	7	10	41	1.68
21982710--21982838	67	1.9	67	87	1	188	44	9	12	34	1.74
21982829--21985982	181	17.5	178	74	9	1626	39	8	9	41	1.69
21982798--21985969	542	5.9	532	75	10	1798	39	8	9	41	1.69
21985973--21990686	181	25.9	181	71	12	2064	39	8	10	41	1.69
21987389--21987697	169	1.8	170	80	7	369	40	5	11	43	1.64
21987546--21988775	177	6.9	176	77	9	1011	40	7	10	42	1.66
21987797--21988787	523	1.9	525	85	2	1366	40	7	9	42	1.66
21988725--21988851	64	2.0	64	95	0	227	44	8	12	33	1.73
21990012--21990352	178	1.9	176	80	8	397	40	9	8	41	1.68
21990996--21991674	169	3.9	175	78	9	510	39	7	10	42	1.68
21990688--21991965	180	7.1	179	75	7	777	38	8	10	42	1.70
21991172--21991669	169	2.9	173	82	4	558	39	7	10	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21992721--21993199	180	2.7	174	77	7	493	41	8	10	39	1.70
21993145--21993258	57	2.0	57	100	0	228	33	12	14	40	1.83
21993230--21994224	180	5.5	178	78	8	897	39	8	9	42	1.68
21993206--21994224	362	2.8	355	78	8	975	39	8	10	41	1.69
21995246--21996130	181	4.9	180	77	6	634	40	10	8	40	1.71
21995865--21996416	286	1.9	284	83	3	698	36	10	9	43	1.72
21996632--21998703	179	11.6	179	73	12	1172	41	10	8	39	1.69
21997632--21998703	180	5.9	181	74	8	774	41	10	7	40	1.68
21998709--21999198	179	2.7	177	80	8	539	41	9	7	41	1.66
21999403--22001401	181	11.1	172	70	15	526	41	10	7	39	1.69
21999486--21999803	169	1.9	168	87	0	465	43	9	5	41	1.60
21999916--22001401	181	8.1	181	74	10	934	41	10	8	39	1.70
21999916--22004515	181	25.6	177	70	13	779	41	10	8	39	1.69
22000856--22000904	25	2.0	25	95	0	89	38	12	6	42	1.67
22000367--22001401	549	1.9	552	80	5	1232	42	9	8	38	1.68
22001311--22001595	155	1.8	155	83	3	376	40	9	7	42	1.66
22001466--22004675	181	17.9	180	74	9	2155	41	9	8	39	1.68
22001466--22004645	359	8.9	360	73	10	1712	41	9	8	40	1.68
22002524--22004641	889	2.4	893	84	4	2614	42	9	8	39	1.69
22003488--22004515	537	1.9	539	81	3	1264	41	10	8	39	1.70
22004783--22005842	180	5.9	176	73	8	735	42	10	8	39	1.68
22004784--22005781	360	2.8	355	80	5	976	42	10	7	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22005886--22005920	16	2.2	16	94	0	61	34	11	11	42	1.77
22006528--22006602	38	1.9	39	91	2	125	29	9	30	30	1.88
22007604--22007660	20	2.7	21	81	8	62	42	22	19	15	1.89
22008491--22010045	182	8.7	180	76	8	1185	42	10	8	38	1.69
22010088--22010796	182	3.9	179	78	8	639	42	10	7	39	1.67
22010088--22010771	362	1.9	364	79	4	765	42	10	6	39	1.66
22011038--22012515	181	8.3	179	77	7	1215	40	7	10	41	1.68
22011180--22012513	538	2.5	527	78	6	1386	40	7	10	41	1.68
22012655--22015626	181	16.6	176	74	8	1988	39	8	10	42	1.69
22013135--22014114	528	1.9	519	81	4	1180	39	7	10	42	1.68
22013661--22015626	180	11.0	178	75	8	1371	39	8	10	41	1.70
22013739--22015626	357	5.3	355	76	9	1410	39	8	10	41	1.69
22015506--22015767	142	1.8	144	86	6	381	39	6	9	44	1.63
22015620--22016699	181	6.0	178	76	8	792	40	8	10	41	1.68
22015620--22016699	362	3.0	359	78	7	877	40	8	10	41	1.68
22017106--22017856	178	4.2	178	71	12	525	38	7	10	43	1.68
22017875--22021525	181	20.2	181	76	6	2894	39	7	10	41	1.69
22017875--22021531	361	10.1	360	76	6	2900	40	8	10	41	1.69
22019893--22019935	20	2.1	22	87	12	65	46	4	9	39	1.57
22023635--22024058	181	2.3	178	77	10	412	44	8	7	39	1.63
22024887--22024923	19	2.0	19	89	5	58	54	0	5	40	1.24
22025583--22025990	177	2.3	176	80	6	426	42	9	8	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22024883--22031338	181	36.0	180	71	10	2645	41	10	8	40	1.69
22024886--22031205	539	11.7	535	72	11	1868	41	10	8	40	1.69
22024883--22030983	720	8.5	712	72	11	1861	41	9	8	40	1.69
22029619--22029939	174	1.8	175	82	5	418	41	10	7	40	1.69
22029365--22030195	354	2.3	359	78	6	792	42	10	8	38	1.68
22030433--22031212	182	4.3	182	74	10	448	42	10	7	38	1.69
22031255--22031427	90	1.9	90	81	6	208	36	12	5	45	1.65
22031953--22032275	164	2.0	164	85	4	438	37	9	9	43	1.70
22032801--22032851	18	2.8	19	71	14	54	37	13	7	41	1.74
22032646--22036096	181	19.3	178	76	8	2496	40	9	8	41	1.68
22033267--22033581	166	1.9	164	82	9	394	40	8	8	41	1.66
22032656--22036083	546	6.4	541	76	9	2393	40	9	8	41	1.68
22035302--22035353	18	3.0	17	83	11	61	44	3	1	50	1.31
22035315--22035353	17	2.3	16	86	8	51	38	2	2	56	1.27
22032646--22036096	723	4.8	709	76	8	2740	40	9	8	41	1.68
22037803--22037939	43	3.2	43	85	5	186	44	16	13	26	1.83
22037806--22037939	44	3.1	44	86	2	198	45	16	13	24	1.83
22038138--22038190	18	2.8	19	81	16	65	37	15	16	30	1.90
22038137--22038190	19	2.9	18	81	15	65	37	16	16	29	1.91
22038138--22038201	18	3.4	18	78	20	60	37	15	17	29	1.91
22038504--22038611	17	6.3	17	82	3	119	37	7	21	34	1.81
22038504--22038617	51	2.2	53	82	6	144	37	7	20	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22038702--22038860	65	2.4	65	90	2	239	42	15	6	35	1.73
22038853--22038953	46	2.2	46	82	1	114	39	16	8	34	1.80
22040022--22040958	176	5.2	176	75	8	711	43	9	8	39	1.67
22040364--22041039	356	1.9	360	80	4	794	44	9	7	38	1.65
22041093--22041125	15	2.2	15	89	10	50	42	0	3	54	1.15
22042115--22043355	362	3.5	356	79	7	1135	41	7	9	41	1.66
22042145--22043335	543	2.2	537	78	5	1224	41	7	9	41	1.66
22042179--22043355	181	6.5	179	77	6	931	41	7	9	41	1.65
22043283--22043332	17	2.8	18	68	17	50	48	8	4	40	1.51
22043386--22049184	181	32.3	179	74	8	3629	40	8	9	41	1.68
22045030--22045065	16	2.2	17	90	5	56	50	0	11	38	1.38
22046762--22046801	20	2.0	20	90	9	64	37	0	17	45	1.49
22049063--22049292	108	2.1	108	88	4	331	42	4	11	41	1.60
22049728--22049769	21	2.0	21	86	4	59	50	0	7	42	1.30
22049510--22051343	181	10.2	181	75	6	1405	40	8	9	42	1.67
22049510--22051372	358	5.2	356	75	7	1162	40	8	9	41	1.68
22051279--22051455	94	1.9	94	81	0	219	31	9	9	50	1.66
22051373--22056347	180	27.6	181	73	9	2890	40	8	9	41	1.68
22052038--22052112	37	2.0	37	94	0	132	37	8	9	45	1.66
22054059--22056347	359	6.4	358	75	6	1511	39	8	10	42	1.69
22055883--22056305	172	2.4	174	79	5	433	39	7	9	43	1.66
22056375--22056993	172	3.5	175	77	7	529	42	7	10	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22056374--22056967	181	3.4	172	76	9	527	42	7	9	40	1.65
22064123--22064199	38	2.0	38	94	0	136	27	9	32	31	1.88
22065170--22065227	21	2.7	21	97	2	107	27	25	31	15	1.96
22066314--22067934	180	9.0	180	76	7	1305	39	8	9	42	1.68
22067408--22067440	15	2.2	15	94	0	57	39	3	0	57	1.14
22065972--22067939	540	3.7	533	76	8	1538	39	8	9	42	1.69
22068131--22069162	181	5.8	179	76	6	809	39	6	11	42	1.67
22068130--22069093	362	2.7	360	78	4	926	40	7	10	41	1.68
22071086--22071123	18	2.3	17	86	13	53	39	0	47	13	1.42
22071096--22071133	18	2.1	18	90	0	58	47	0	42	10	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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