genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  16  of  125  ( 14885 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2709002--2709752	124	6.0	124	80	4	723	46	17	12	23	1.82
2709002--2709752	83	9.1	83	77	7	566	46	17	12	23	1.82
2708985--2709752	165	4.6	165	79	5	674	46	17	11	23	1.81
2711694--2711734	20	2.0	20	95	0	73	39	24	12	24	1.89
2712810--2712864	20	2.8	20	80	5	67	52	1	1	43	1.22
2713204--2713541	187	1.8	185	85	8	479	45	10	7	37	1.65
2728591--2728650	2	30.0	2	100	0	120	50	0	50	0	1.00
2735030--2735364	180	1.9	181	79	6	383	40	8	6	44	1.60
2736593--2737082	43	11.6	44	79	9	342	46	14	11	27	1.78
2736577--2737074	82	5.9	83	75	9	339	46	14	11	26	1.78
2736694--2736778	39	2.2	39	85	4	109	45	16	11	25	1.81
2736614--2736864	125	2.0	125	83	8	314	46	14	11	27	1.79
2738414--2738514	38	2.5	41	78	13	111	6	17	0	75	1.02
2738443--2738516	10	7.4	10	72	11	53	4	20	0	75	0.96
2738422--2738516	40	2.4	39	84	12	113	5	18	0	75	0.98
2748850--2748899	25	2.1	24	85	10	68	48	6	0	46	1.27
2749805--2749934	9	15.5	8	68	18	54	33	5	6	55	1.47
2749817--2749849	16	2.1	16	88	11	50	36	0	6	57	1.23
2749799--2749926	12	10.6	11	67	24	55	33	6	5	54	1.48
2750745--2750835	18	5.0	18	73	10	60	20	3	3	72	1.13
2750729--2750826	26	3.8	26	72	21	73	18	6	2	73	1.14
2750762--2750831	22	3.2	21	74	20	63	21	2	4	71	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2751665--2751779	42	2.8	41	84	5	142	19	12	6	61	1.52
2755115--2755293	30	6.1	29	71	14	109	22	1	29	46	1.59
2755296--2755414	16	7.4	16	78	6	98	19	3	26	50	1.63
2756146--2756185	14	2.7	15	84	11	55	25	0	0	75	0.81
2756516--2756546	10	3.0	10	90	9	53	0	9	0	90	0.46
2756516--2756546	11	2.9	11	95	4	55	0	9	0	90	0.46
2764494--2765122	227	2.8	228	77	7	585	26	23	13	36	1.92
2764451--2765298	114	7.5	113	70	11	392	26	23	13	36	1.91
2764954--2765144	54	3.4	54	71	14	147	26	26	12	35	1.92
2765525--2765573	6	8.3	6	97	2	91	34	16	0	48	1.46
2765533--2765675	3	47.3	3	67	12	60	35	7	3	53	1.47
2772847--2772890	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2773387--2773447	16	3.7	16	79	14	70	36	0	0	63	0.94
2773398--2773467	17	3.9	17	72	18	61	40	0	0	60	0.97
2773432--2773480	21	2.2	22	86	13	66	44	0	0	55	0.99
2778115--2778162	13	3.9	13	81	15	50	62	0	4	33	1.14
2778382--2778424	18	2.6	16	82	13	59	37	0	2	60	1.10
2781709--2781742	3	11.3	3	87	0	50	61	2	32	2	1.26
2782190--2782236	17	2.8	16	90	9	76	42	0	2	55	1.12
2782410--2782445	17	2.2	16	90	9	56	50	2	0	47	1.15
2782443--2782486	17	2.7	16	77	19	54	56	2	6	34	1.38
2782502--2782544	17	2.4	19	85	14	65	55	0	2	41	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2782494--2782545	19	2.8	19	85	8	72	55	0	3	40	1.18
2782615--2782701	25	3.7	23	71	10	68	52	0	2	44	1.13
2782686--2782727	20	2.2	18	87	8	57	47	0	2	50	1.14
2786071--2786107	19	1.9	19	94	0	65	35	37	16	10	1.83
2794336--2794418	41	2.0	41	95	0	148	48	12	7	32	1.68
2801400--2801482	35	2.4	34	82	7	98	45	2	1	50	1.22
2803286--2803323	17	2.2	18	85	4	51	34	2	0	63	1.09
2804991--2805020	14	2.1	14	93	0	51	3	10	0	86	0.67
2805100--2805138	20	2.0	20	94	0	69	28	2	0	69	1.02
2805101--2805144	20	2.2	20	87	0	61	31	2	0	65	1.05
2805521--2805922	166	2.5	159	86	4	540	43	3	7	45	1.48
2806052--2806089	19	2.1	18	85	14	51	52	0	0	47	1.00
2807441--2807504	30	2.1	30	82	5	76	39	9	3	48	1.51
2807870--2807900	10	3.2	10	95	4	55	38	0	0	61	0.96
2807873--2807902	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
2808962--2809020	20	2.9	21	80	7	68	71	8	0	20	1.12
2808973--2809020	21	2.3	20	85	3	60	72	10	0	16	1.10
2810180--2810229	20	2.5	20	77	3	57	14	2	8	76	1.10
2817888--2817944	24	2.3	26	84	6	73	33	0	5	61	1.18
2817889--2817944	25	2.2	26	81	12	64	33	0	5	60	1.19
2820233--2820268	3	12.0	3	93	0	63	0	30	0	69	0.89
2828965--2829051	29	3.0	28	83	14	113	49	2	8	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828965--2829096	59	2.2	58	80	12	144	49	1	7	41	1.40
2837724--2837803	21	4.0	20	79	9	74	56	0	0	43	0.99
2837729--2837778	22	2.2	23	86	13	77	48	0	0	52	1.00
2838768--2838803	18	1.9	19	88	5	56	55	0	0	44	0.99
2838821--2838881	22	2.9	21	88	7	72	37	1	0	60	1.07
2838852--2839070	15	15.0	15	67	18	90	43	0	2	52	1.19
2838855--2839097	18	13.8	17	67	22	96	43	1	2	53	1.22
2838836--2839020	76	2.4	78	74	15	177	44	1	2	51	1.20
2839009--2839064	23	2.3	24	84	6	69	37	0	1	60	1.07
2838956--2839073	26	4.3	29	72	23	96	41	0	1	56	1.09
2839049--2839094	21	2.2	21	92	0	74	39	2	2	56	1.24
2839450--2839658	23	8.9	23	73	17	146	54	1	0	43	1.15
2839455--2839639	13	14.6	12	71	25	109	55	1	0	42	1.11
2839750--2839828	26	3.1	26	71	12	74	53	2	0	44	1.14
2842520--2842551	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2842699--2842728	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
2845691--2845721	16	2.0	15	93	6	53	54	0	38	6	1.26
2847180--2847213	17	2.1	17	88	5	52	38	2	0	58	1.13
2852092--2852137	23	1.9	25	82	8	60	17	10	15	56	1.67
2855326--2855371	19	2.4	19	88	0	74	47	0	2	50	1.13
2855318--2855376	11	5.6	11	71	16	54	49	0	1	49	1.11
2855334--2855395	18	3.9	15	78	17	56	50	3	1	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2855364--2855406	18	2.4	18	80	0	50	55	4	0	39	1.20
2855773--2855818	21	2.1	21	84	11	58	43	13	2	41	1.55
2857959--2858007	14	3.5	14	72	10	55	44	0	0	55	0.99
2857959--2858017	28	2.1	28	96	0	109	47	1	0	50	1.11
2860208--2860265	27	2.2	26	81	9	64	36	8	0	55	1.31
2861071--2861100	15	2.0	15	93	0	51	73	6	3	16	1.18
2861186--2861217	14	2.1	16	88	11	50	0	6	9	84	0.78
2863465--2863511	21	2.3	20	89	7	76	25	2	25	46	1.64
2863472--2863518	21	2.2	22	81	11	53	25	4	17	53	1.62
2866116--2866147	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
2866652--2866678	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2872475--2872633	78	2.0	78	85	2	212	33	11	15	39	1.83
2879531--2879579	22	2.3	21	82	3	62	53	2	0	44	1.12
2879772--2879823	21	2.5	21	84	6	70	34	1	3	59	1.27
2880675--2880743	32	2.2	32	94	0	120	50	1	5	42	1.35
2882566--2882600	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
2885633--2885683	16	3.2	16	82	0	66	39	0	1	58	1.09
2886547--2886583	13	3.0	13	84	7	51	29	0	0	70	0.88
2889145--2889212	14	4.6	15	73	21	63	55	7	7	29	1.54
2896458--2896490	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2896564--2896598	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2900551--2900591	12	3.0	14	79	17	50	39	0	0	60	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2902589--2902641	2	26.5	2	88	0	79	47	3	1	47	1.31
2906480--2906518	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2914472--2914516	21	2.1	22	87	4	65	35	2	0	62	1.08
2918111--2918158	21	2.3	21	96	0	87	16	37	4	41	1.68
2921620--2921650	14	2.3	13	94	5	53	83	0	9	6	0.79
2922217--2922252	15	2.5	14	86	8	54	86	2	2	8	0.77
2922217--2922260	20	2.3	19	88	7	63	84	2	4	9	0.85
2924307--2924363	21	2.8	20	77	15	62	77	3	10	8	1.11
2924667--2924714	23	2.0	24	88	4	71	29	10	20	39	1.86
2925052--2925104	24	2.3	23	83	6	70	84	11	3	0	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125