genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  74  of  125  ( 14885 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14874450--14874481	10	3.1	10	95	4	55	9	12	0	78	0.97
14875533--14875907	131	2.9	131	88	0	554	49	13	11	25	1.75
14877357--14877469	34	3.3	35	85	5	124	50	11	5	32	1.61
14877432--14877525	25	3.9	24	74	12	93	50	9	5	35	1.58
14879250--14879347	6	16.7	6	82	4	83	61	15	0	23	1.34
14879243--14879293	11	4.5	11	82	4	57	60	7	1	29	1.36
14879250--14879348	18	5.6	18	81	3	94	60	15	0	24	1.35
14879261--14879347	6	14.7	6	84	2	86	60	17	0	21	1.35
14881288--14881367	35	2.3	35	86	2	106	31	7	32	28	1.85
14881303--14881395	36	2.6	35	78	6	89	31	9	31	27	1.89
14883264--14883448	73	2.6	72	78	2	165	31	20	23	24	1.98
14886814--14886860	20	2.3	21	88	3	69	12	25	29	31	1.93
14895989--14896023	17	2.1	17	89	10	54	8	0	14	77	0.99
14905073--14905116	23	1.9	23	90	9	72	25	13	2	59	1.46
14908189--14908223	6	5.8	6	100	0	70	68	14	0	17	1.21
14908517--14908619	38	2.8	37	79	4	120	42	15	10	31	1.81
14909189--14909583	164	2.4	162	81	4	454	39	16	14	29	1.89
14914595--14914801	104	2.0	104	80	5	231	30	12	14	42	1.83
14914699--14915149	145	3.1	144	77	5	403	31	13	14	40	1.84
14918320--14918357	18	2.0	20	85	10	53	39	0	2	57	1.12
14929242--14929292	9	5.6	9	80	11	59	86	9	0	3	0.70
14930293--14930492	55	3.7	54	85	4	271	36	14	14	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14931211--14931709	145	3.4	144	80	6	510	32	13	12	41	1.82
14931208--14931765	290	1.9	288	80	7	648	32	13	12	41	1.81
14932311--14932360	23	2.2	22	83	13	66	58	4	28	10	1.49
14933781--14933812	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
14933811--14933847	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
14934948--14934984	18	2.0	19	89	5	58	40	0	0	59	0.97
14936206--14936243	16	2.4	16	87	12	53	55	15	2	26	1.54
14937120--14937150	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
14937443--14937500	29	2.0	30	83	10	75	29	13	10	46	1.77
14942031--14942056	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14944521--14944573	18	2.8	19	78	16	65	50	0	0	49	1.00
14944537--14944574	19	2.0	19	90	10	60	55	0	0	44	0.99
14947180--14947209	15	1.9	16	93	6	53	0	13	10	76	1.01
14947891--14947932	21	2.0	21	90	4	68	23	9	14	52	1.71
14948354--14948657	51	5.8	52	82	7	294	40	12	13	33	1.82
14948619--14948694	37	2.1	37	87	5	109	34	19	15	30	1.93
14948608--14949148	145	3.6	144	71	12	467	37	16	13	32	1.88
14948764--14948918	37	4.2	37	84	3	170	38	16	14	30	1.89
14948782--14948909	37	3.5	36	88	2	175	36	16	17	29	1.92
14948566--14949182	309	2.0	309	93	0	1056	37	16	14	31	1.88
14948928--14949003	37	2.1	37	82	9	93	35	18	15	30	1.92
14948838--14949051	91	2.4	89	83	6	261	39	16	14	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14949073--14949191	37	3.2	37	85	0	148	38	18	15	27	1.91
14949248--14949467	105	2.1	103	80	7	241	32	15	16	35	1.90
14949295--14949497	105	1.9	104	80	4	230	32	16	13	37	1.88
14949691--14949740	14	3.7	13	82	17	66	2	14	2	82	0.86
14949989--14950127	41	3.6	41	80	13	161	30	12	19	37	1.88
14950066--14950129	32	2.0	32	87	0	92	32	10	17	39	1.84
14950149--14950236	38	2.3	38	78	7	97	29	5	23	40	1.78
14950024--14950301	124	2.2	123	80	6	301	32	10	19	38	1.85
14951727--14951772	18	2.6	17	86	6	58	6	10	0	82	0.83
14951578--14952007	179	2.4	179	84	4	544	17	16	10	55	1.69
14952438--14952482	19	2.4	20	82	14	60	4	2	11	82	0.91
14976299--14976670	203	1.8	203	89	1	584	29	6	17	45	1.74
14983650--14983688	19	2.0	20	85	14	55	17	5	12	64	1.46
14984303--14984637	143	2.3	146	83	4	394	41	14	14	29	1.86
14984934--14985144	105	2.0	105	94	2	372	27	22	12	37	1.90
14985573--14985720	70	2.1	70	80	5	165	45	12	20	20	1.83
14985604--14985824	70	3.2	70	79	2	212	45	10	20	22	1.82
14985743--14985825	35	2.4	35	78	11	89	49	6	18	26	1.70
14985630--14985957	70	4.7	67	72	11	191	46	9	20	23	1.79
14986187--14986299	33	3.5	33	83	1	129	33	15	19	30	1.93
14986837--14986905	22	3.1	22	74	0	75	20	23	24	31	1.98
14987547--14987576	15	2.0	15	93	0	51	10	6	0	83	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14988297--14988348	21	2.4	21	77	3	59	7	3	11	76	1.12
14988437--14988470	17	2.1	16	88	5	50	5	17	0	76	0.98
14988437--14988491	19	3.1	17	82	10	56	3	20	0	76	0.94
14988440--14988493	21	2.4	23	84	6	67	1	18	0	79	0.82
14994355--14994389	3	11.7	3	93	0	61	31	2	0	65	1.07
14996165--14996477	144	2.2	145	83	4	375	38	14	14	32	1.86
15011908--15011939	16	1.9	17	93	6	57	12	9	9	68	1.39
15017508--15017559	18	2.8	19	75	21	56	69	3	1	25	1.16
15018742--15018780	14	2.7	14	85	14	53	2	5	5	87	0.75
15018742--15018781	15	2.7	15	88	11	57	2	5	5	87	0.73
15018742--15018780	20	2.0	20	89	0	60	2	5	5	87	0.75
15018943--15019208	135	2.0	134	84	5	320	49	12	15	22	1.78
15019253--15019700	144	3.1	144	89	2	639	46	12	18	21	1.82
15019382--15019700	36	8.8	36	71	11	179	46	13	19	20	1.83
15019544--15019824	109	2.6	109	86	6	392	46	12	19	21	1.83
15019338--15019777	36	12.1	35	67	15	137	46	12	19	21	1.83
15019544--15019863	109	2.9	107	83	7	362	45	12	20	20	1.83
15020908--15020953	14	3.3	15	85	8	53	10	0	4	84	0.75
15020912--15020962	18	2.7	19	85	8	61	9	0	7	82	0.85
15033534--15033562	9	3.0	10	90	10	51	82	10	0	6	0.83
15033526--15033561	10	3.8	9	89	10	54	86	11	0	2	0.68
15033525--15033570	19	2.4	18	86	13	65	84	8	0	6	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15034369--15034619	110	2.3	110	87	4	364	21	21	11	45	1.83
15034586--15034674	36	2.4	38	86	3	119	21	21	14	42	1.88
15034481--15034761	145	1.9	146	87	3	415	20	19	12	47	1.82
15034494--15034795	145	2.1	146	84	4	387	21	18	11	47	1.81
15034829--15035093	135	2.0	135	84	3	354	23	15	14	47	1.81
15035256--15035293	14	2.6	14	87	4	58	89	7	2	0	0.57
15035257--15035294	19	2.0	19	89	0	58	86	10	2	0	0.66
15036473--15036524	18	2.8	19	75	21	56	28	1	0	69	0.99
15036768--15036823	20	2.7	20	81	10	60	46	7	7	39	1.59
15036766--15036825	22	2.7	22	79	5	68	48	6	6	38	1.56
15050694--15050760	28	2.4	27	82	9	82	65	5	2	25	1.29
15050735--15050799	35	1.9	34	84	12	89	69	1	6	23	1.20
15050750--15050834	40	2.1	39	87	8	118	71	1	4	22	1.11
15059566--15060059	120	4.2	119	78	9	444	34	10	6	48	1.64
15059566--15060059	61	8.3	58	78	7	444	34	10	6	48	1.64
15059512--15060035	61	8.8	59	77	8	388	34	10	6	47	1.65
15059565--15060064	180	2.8	177	81	7	534	35	10	6	48	1.63
15060087--15060139	26	2.0	27	82	10	65	56	0	0	43	0.99
15060573--15060597	11	2.3	11	100	0	50	56	16	0	28	1.41
15061494--15061567	34	2.1	34	87	2	103	37	12	18	31	1.88
15061479--15061549	17	4.2	17	71	7	63	33	9	21	35	1.86
15061621--15061669	17	2.9	17	75	0	53	34	10	24	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15061610--15061722	34	3.3	34	78	0	118	33	10	19	36	1.86
15061574--15061765	68	2.8	68	83	0	258	35	10	19	34	1.86
15061770--15061844	34	2.2	34	87	0	114	38	13	17	30	1.88
15063089--15063153	8	8.2	8	90	6	98	10	13	0	75	1.05
15063095--15063148	25	2.2	25	96	0	99	11	12	0	75	1.04
15067111--15067646	66	8.7	63	73	14	290	35	11	5	46	1.65
15067304--15067412	57	1.9	57	86	0	155	35	12	5	45	1.66
15067066--15067665	176	3.3	176	77	11	477	34	11	6	47	1.66
15067474--15067646	62	2.7	64	84	7	228	37	10	5	45	1.63
15067244--15067646	117	3.4	115	75	11	309	35	11	5	46	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125