genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  38  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7537568--7537597	11	2.7	11	94	0	51	33	0	0	66	0.92
7538465--7538500	16	2.1	18	90	10	58	33	2	0	63	1.08
7538803--7538833	15	2.1	15	93	0	53	61	0	0	38	0.96
7544224--7544264	14	2.8	15	85	7	57	43	0	2	53	1.13
7547902--7547928	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
7550531--7550605	31	2.5	30	83	12	91	52	1	0	46	1.09
7550549--7550606	18	3.0	20	73	14	59	56	1	0	41	1.09
7552872--7552897	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
7566921--7567021	17	5.7	18	83	12	104	77	0	11	10	1.00
7566936--7567021	20	4.7	19	83	9	83	77	0	10	11	0.98
7566921--7567011	8	10.6	9	86	11	104	78	0	10	10	0.98
7568029--7568443	41	10.1	40	87	4	521	23	16	22	37	1.93
7568056--7568443	82	4.7	82	90	2	609	23	16	23	37	1.94
7568451--7568497	14	3.4	14	88	5	69	89	8	0	2	0.57
7568451--7568497	22	2.2	22	92	3	78	89	8	0	2	0.57
7568694--7568735	16	2.6	17	85	14	63	28	0	4	66	1.12
7569438--7569479	20	2.1	20	90	0	66	38	28	21	11	1.89
7569971--7570189	58	3.7	58	84	11	284	47	5	12	34	1.65
7572741--7572892	75	2.0	75	93	0	259	31	7	15	44	1.75
7573184--7573248	22	3.0	21	68	14	60	43	0	20	36	1.52
7575441--7575465	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
7576743--7576854	36	3.2	37	75	18	107	51	1	0	46	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7576763--7576871	38	2.8	38	81	13	116	50	0	0	48	1.07
7576845--7576897	22	2.3	23	87	6	72	43	1	0	54	1.11
7578578--7578612	17	2.0	18	88	5	54	54	0	0	45	0.99
7578572--7578632	29	2.1	30	84	3	79	54	3	1	40	1.27
7581875--7581900	6	4.3	6	100	0	52	53	0	0	46	1.00
7588108--7588151	23	1.9	23	81	9	54	31	9	15	43	1.79
7588378--7588431	24	2.2	24	87	12	76	44	0	1	53	1.11
7593416--7593475	30	2.0	29	84	12	77	58	0	3	38	1.15
7601864--7601922	29	2.1	28	90	3	91	35	1	0	62	1.05
7601909--7601964	7	7.7	7	77	18	53	35	0	1	62	1.06
7601880--7601964	37	2.3	36	86	7	118	36	1	1	61	1.12
7601916--7602007	30	3.1	30	85	6	107	45	2	1	51	1.20
7601856--7602007	30	4.8	31	77	17	102	42	1	1	54	1.20
7601926--7601974	24	2.0	25	88	11	75	40	0	0	59	0.98
7602087--7602128	20	2.1	20	86	8	59	66	0	0	33	0.92
7603351--7603402	17	3.1	16	78	8	59	42	1	0	55	1.10
7603392--7603425	16	2.2	16	89	5	52	26	5	2	64	1.30
7604585--7604623	17	2.2	18	90	4	62	69	0	0	30	0.89
7604584--7604626	10	4.7	9	80	13	52	67	0	0	32	0.91
7607133--7607182	22	2.2	21	80	19	57	52	0	2	46	1.12
7607788--7607884	48	2.0	48	93	0	167	31	9	16	42	1.80
7613078--7613105	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7615337--7615398	22	2.8	22	79	13	74	45	6	11	37	1.66
7615543--7615578	16	2.2	16	90	9	56	41	5	5	47	1.50
7617735--7617810	37	2.1	37	100	0	152	38	23	13	25	1.91
7618283--7618335	26	2.0	26	88	0	79	26	28	16	28	1.97
7620949--7621001	26	2.0	26	88	0	79	26	28	16	28	1.97
7626756--7626822	28	2.4	28	82	9	84	29	32	22	14	1.94
7632024--7632093	28	2.5	28	79	4	79	47	0	4	48	1.21
7637400--7637447	17	2.9	17	78	9	55	64	0	0	35	0.94
7638688--7638712	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
7640686--7640754	34	2.0	35	82	2	86	34	5	18	40	1.75
7644815--7646122	185	7.1	184	81	7	1321	40	11	11	36	1.78
7644818--7646122	371	3.5	367	81	7	1426	40	11	11	36	1.78
7653970--7654049	34	2.4	34	76	4	81	47	12	6	33	1.66
7654297--7654347	26	1.9	27	88	4	77	41	9	0	49	1.36
7657872--7657897	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
7658280--7658326	24	2.0	24	86	0	67	63	6	8	21	1.44
7659063--7659445	211	1.8	209	81	8	472	42	8	13	35	1.74
7660201--7660234	5	6.8	5	89	0	50	82	11	0	5	0.83
7660201--7660240	10	3.9	10	90	3	62	82	10	0	7	0.84
7660201--7660240	15	2.6	16	84	4	55	82	10	0	7	0.84
7671132--7671952	49	17.0	49	77	6	683	29	13	21	35	1.92
7671132--7671939	96	8.4	96	76	7	588	29	13	21	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7671132--7671788	241	2.7	240	84	4	840	29	13	21	35	1.92
7671137--7671943	145	5.6	144	76	5	576	29	14	21	35	1.92
7672190--7672270	17	4.6	17	78	17	85	74	8	1	16	1.13
7672222--7672258	12	3.2	11	88	11	56	70	8	2	18	1.25
7672191--7672271	24	3.0	28	83	13	98	74	8	1	16	1.13
7672334--7672412	24	3.3	24	70	19	83	21	48	6	24	1.73
7672315--7672411	48	2.0	48	100	0	194	22	46	8	22	1.78
7672667--7672719	17	3.1	18	91	5	83	66	7	3	22	1.34
7673242--7673290	21	2.3	21	75	0	53	24	2	4	69	1.17
7675180--7675215	19	1.9	19	88	5	56	27	5	19	47	1.72
7679159--7679277	62	1.9	61	81	10	143	46	6	7	39	1.59
7683341--7683428	41	2.1	41	95	0	158	37	29	6	26	1.82
7685599--7685748	77	2.0	77	86	6	216	50	28	4	17	1.66
7685600--7685761	76	2.1	76	84	4	211	52	25	5	16	1.65
7686575--7686620	22	2.1	21	84	11	58	41	2	2	54	1.25
7687256--7687308	27	2.0	27	92	0	88	49	13	1	35	1.53
7687945--7687969	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
7691022--7691048	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
7691479--7691503	13	1.9	13	100	0	50	64	8	4	24	1.38
7696804--7696829	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
7709600--7710468	49	18.0	48	77	6	697	28	14	21	35	1.92
7709600--7710468	48	18.0	49	77	6	756	28	14	21	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7709600--7710459	144	5.9	145	80	4	864	28	14	22	34	1.93
7710707--7710753	24	1.9	25	91	4	78	72	8	2	17	1.19
7710739--7710791	12	5.0	11	82	17	60	73	5	1	18	1.12
7710739--7710791	21	2.5	23	79	14	60	73	5	1	18	1.12
7710732--7710791	30	2.0	30	83	0	75	71	6	3	18	1.22
7710755--7710802	21	2.3	22	79	17	57	75	6	2	16	1.11
7711140--7711184	18	2.4	19	88	3	74	68	6	6	17	1.33
7718940--7719348	205	2.0	207	97	0	777	24	13	20	40	1.89
7721792--7721992	100	2.0	100	90	3	316	37	17	18	25	1.93
7722152--7722240	41	2.2	41	97	0	169	37	29	6	26	1.82
7722743--7722788	22	2.1	22	87	0	65	69	10	19	0	1.17
7724407--7724656	81	3.2	78	82	7	308	52	24	5	17	1.65
7724934--7724959	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
7726068--7726120	27	2.0	27	92	0	88	49	13	1	35	1.53
7726499--7726565	35	1.9	34	82	8	82	40	2	1	55	1.24
7730393--7730417	13	1.9	13	100	0	50	64	8	4	24	1.38
7749405--7749459	19	2.9	19	72	2	58	72	7	1	18	1.16
7771830--7772059	114	2.0	113	94	0	406	22	25	16	35	1.94
7773207--7773239	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
7773802--7773895	33	3.1	29	77	11	89	29	1	5	63	1.23
7775619--7775650	15	2.0	17	88	11	50	43	6	25	25	1.77
7776300--7776415	57	2.0	57	81	3	135	20	11	16	51	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7776953--7777003	25	2.0	26	85	7	70	49	5	17	27	1.70
7777147--7777189	22	2.0	22	90	0	68	46	6	11	34	1.67
7781188--7781231	22	2.0	22	95	0	79	43	9	11	36	1.72
7781191--7781243	22	2.4	22	84	6	54	49	5	11	33	1.62
7784257--7784284	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
7791434--7791505	31	2.6	26	76	19	81	50	0	2	47	1.15
7791439--7791498	31	1.9	31	96	0	111	51	0	1	46	1.10
7791503--7791547	21	2.1	21	88	8	65	42	2	4	51	1.34
7793487--7793526	21	1.9	21	84	0	53	52	0	0	47	1.00
7794976--7795004	9	3.3	9	90	9	51	79	0	0	20	0.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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