genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  2  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164622--164751	33	3.9	33	77	6	93	38	14	13	33	1.86
164602--164767	66	2.5	66	75	12	153	37	14	13	34	1.85
166848--166879	15	2.1	15	94	0	55	37	3	6	53	1.42
171330--171370	16	2.5	17	92	8	75	17	26	39	17	1.91
176836--176891	21	2.7	20	78	18	60	71	3	7	17	1.23
177496--177529	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
177899--177933	17	2.1	17	89	10	54	77	2	17	2	1.02
179810--179840	10	3.0	10	95	4	53	48	0	0	51	1.00
179846--179877	13	2.4	13	94	5	55	46	0	0	53	1.00
180215--180242	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
181065--181110	17	2.6	17	80	16	58	67	0	0	32	0.91
183999--184036	15	2.5	15	91	0	58	65	0	31	2	1.06
184303--184504	104	1.9	104	96	0	377	41	5	23	29	1.78
185988--186133	40	3.6	41	80	10	158	24	17	14	43	1.87
187018--187101	4	20.5	4	71	4	51	45	20	8	26	1.79
188114--188147	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
188307--188355	24	2.1	23	85	7	64	30	6	24	38	1.80
192189--192218	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
197131--197172	21	2.0	21	85	0	57	50	2	2	45	1.27
200357--200383	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
201234--201269	15	2.5	15	90	4	56	75	0	5	19	1.00
201297--201398	51	2.0	52	82	5	127	58	5	6	28	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202807--202847	21	1.9	21	85	5	55	46	0	2	51	1.14
202853--202903	26	2.0	26	84	0	66	60	13	0	25	1.33
206163--206227	34	1.9	33	84	9	87	41	10	6	41	1.65
207872--207910	12	3.1	13	85	14	55	17	0	2	79	0.84
208007--208086	21	3.8	20	70	20	56	22	3	1	72	1.08
208659--208848	99	1.9	99	83	4	249	33	22	12	32	1.91
208659--208870	99	2.1	98	81	5	239	35	21	11	31	1.89
210507--210536	15	2.0	15	93	0	51	13	10	0	76	1.01
210615--210641	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
211434--211515	22	4.3	19	80	10	78	21	9	12	56	1.65
211432--211483	22	2.4	22	96	0	95	19	9	11	59	1.59
218443--218482	18	2.4	16	83	8	53	50	0	0	50	1.00
219185--219242	23	2.6	22	79	12	57	77	1	18	1	0.94
219419--219559	30	4.8	29	80	13	155	40	4	0	54	1.25
219595--219650	29	1.9	29	86	13	80	58	3	7	30	1.42
219914--219939	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
222864--222898	18	1.9	18	88	0	52	74	0	2	22	0.95
227803--227872	21	3.3	21	68	18	56	58	0	7	34	1.25
228060--228858	211	3.7	211	77	10	614	53	5	10	30	1.58
228746--228830	40	2.2	40	81	12	97	61	4	3	30	1.33
227361--229539	942	2.3	935	80	7	2323	51	5	11	32	1.59
229509--229550	16	2.4	19	88	11	63	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229512--229668	76	2.1	76	83	5	194	58	1	10	29	1.42
229910--230402	212	2.3	214	77	9	490	52	5	11	30	1.61
230476--230560	40	2.2	40	81	12	97	61	4	3	30	1.33
231728--231763	3	12.0	3	88	11	56	36	0	0	63	0.94
233746--233784	10	4.0	10	80	6	53	46	10	17	25	1.80
233747--233793	10	4.8	10	78	5	51	48	10	17	23	1.77
237854--237883	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
237856--237885	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
238402--238442	16	2.6	16	78	17	50	43	0	0	56	0.99
238348--238452	43	2.5	43	80	9	128	40	1	0	58	1.09
240023--240053	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
240146--240220	37	2.0	39	87	10	111	32	0	6	61	1.22
242052--242095	19	2.3	19	84	0	52	9	2	43	45	1.48
242065--242101	19	1.9	19	88	0	56	8	0	43	48	1.32
242320--242362	19	2.3	19	83	0	50	13	0	39	46	1.44
242328--242367	19	2.1	19	90	0	62	10	0	35	55	1.34
242949--242982	17	2.1	16	88	5	50	55	0	11	32	1.36
246339--246383	23	1.9	24	90	4	74	64	0	28	6	1.19
247632--247674	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
247846--247890	22	2.1	22	87	4	65	20	6	0	73	1.05
248093--248130	20	2.0	20	89	5	60	63	2	2	31	1.22
248626--248665	18	2.2	19	86	4	55	72	2	2	22	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248626--248665	19	2.2	18	86	4	53	72	2	2	22	1.09
256882--257698	272	3.0	272	98	0	1580	31	16	17	34	1.92
260487--260525	19	2.0	21	85	10	55	46	2	12	38	1.56
265699--265726	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
265989--266017	14	2.1	14	100	0	58	48	37	0	13	1.43
267863--267888	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
272321--272370	23	2.2	23	85	3	66	40	0	6	54	1.25
272396--272471	25	3.1	25	75	19	79	64	0	1	34	1.02
272394--272442	14	3.4	14	88	2	71	67	0	0	32	0.91
272394--272467	29	2.5	29	81	14	73	67	0	1	31	0.99
272785--272828	13	3.2	13	87	9	52	63	6	0	29	1.20
272965--272998	14	2.4	14	90	9	52	55	11	0	32	1.36
273591--273639	22	2.2	21	82	10	53	55	6	0	38	1.25
275515--275562	15	3.6	14	73	26	50	41	0	0	58	0.98
275504--275562	24	2.5	24	94	5	102	42	0	0	57	0.98
279498--279532	17	2.0	18	94	5	63	45	22	2	28	1.67
279503--279550	17	2.8	17	87	0	60	45	18	2	33	1.61
290849--290899	9	5.7	9	78	17	61	78	1	9	9	1.04
292044--293061	105	9.7	105	90	0	1446	22	18	11	47	1.81
292405--292561	33	4.6	34	72	13	97	24	18	10	46	1.80
294577--294621	22	2.0	23	86	4	65	44	0	8	46	1.34
294976--295023	17	2.8	17	87	0	60	45	18	2	33	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298792--298939	78	1.9	78	100	0	296	22	13	9	54	1.67
303763--303806	21	2.1	21	95	0	79	45	6	9	38	1.63
308906--308938	2	17.0	2	87	6	50	48	0	3	48	1.17
323587--323648	30	2.1	30	84	6	81	38	16	8	37	1.78
326456--326626	86	2.0	86	92	0	288	52	10	5	31	1.60
329956--330042	43	2.0	43	95	0	156	22	11	27	37	1.89
332777--332943	89	1.9	89	91	2	273	20	32	12	34	1.90
337152--337212	29	2.1	28	82	8	70	40	1	6	50	1.38
342381--342509	66	2.0	66	95	0	231	37	20	11	31	1.88
342989--343066	40	2.0	38	85	5	102	29	19	21	29	1.98
347632--347668	15	2.4	15	90	4	56	29	16	10	43	1.82
350228--350260	14	2.4	14	85	14	50	42	0	0	57	0.98
351655--352046	59	6.6	59	88	5	555	34	13	6	45	1.70
351655--352062	119	3.5	116	90	5	619	34	12	7	45	1.70
352070--352143	6	12.8	6	83	8	75	79	0	5	14	0.90
352070--352143	35	2.1	34	85	7	96	79	0	5	14	0.90
352068--352144	17	4.3	18	73	25	74	80	0	5	14	0.87
352170--352217	3	15.7	3	95	4	87	66	0	2	31	1.03
354358--354410	22	2.5	22	79	11	58	7	37	7	47	1.60
354777--354986	105	2.0	105	95	0	375	30	16	18	34	1.93
355595--355650	25	2.3	25	90	3	87	39	1	1	57	1.20
355598--355650	24	2.2	24	86	6	72	37	1	1	58	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355774--355818	15	3.1	15	80	6	56	57	6	2	33	1.37
355785--355853	35	2.1	32	84	15	88	62	2	2	31	1.25
361871--361958	28	3.1	28	81	3	106	20	25	21	32	1.97
363043--363091	23	2.1	23	84	0	62	18	0	2	79	0.83
363559--363628	15	4.7	14	74	15	61	45	34	0	20	1.51
363574--363659	15	5.9	13	73	16	55	48	32	0	18	1.48
363559--363628	8	9.4	7	71	17	52	45	34	0	20	1.51
363602--363820	30	7.8	29	70	13	115	47	31	0	21	1.57
363559--363658	45	2.2	45	82	10	116	47	33	0	20	1.50
363559--363659	16	6.7	16	72	19	56	47	32	0	19	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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