genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  121  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22265724--22265998	145	1.9	147	84	6	371	43	10	6	40	1.63
22265871--22266755	179	4.9	180	80	9	827	42	9	6	40	1.65
22266043--22266755	370	1.9	370	81	6	843	41	9	6	41	1.65
22266859--22267488	180	3.5	178	83	3	690	41	9	8	40	1.68
22268086--22269948	182	10.3	180	72	9	503	41	9	9	40	1.68
22267913--22280254	181	68.8	180	74	8	3966	41	9	8	40	1.68
22267496--22281350	721	19.4	716	74	9	8888	41	9	8	40	1.68
22270321--22270368	17	2.7	19	81	15	66	43	8	4	43	1.53
22270653--22270966	170	1.8	170	82	2	407	41	11	7	39	1.69
22271075--22280320	181	51.5	180	75	7	6511	41	10	8	40	1.68
22276776--22276808	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
22267865--22280320	541	23.2	540	75	8	8256	41	10	8	40	1.68
22280346--22281350	361	2.8	357	80	6	1042	41	9	7	41	1.65
22280346--22281350	181	5.6	181	80	4	951	41	9	7	41	1.65
22281349--22282355	348	2.8	344	77	10	903	40	7	9	42	1.66
22281755--22282355	179	3.3	176	79	6	478	39	7	9	42	1.67
22282284--22282519	130	1.8	131	88	2	368	36	7	9	47	1.64
22282395--22285901	182	19.6	180	74	8	2179	39	8	9	42	1.68
22283792--22286618	180	15.6	177	73	9	508	39	8	10	42	1.69
22284405--22285798	363	3.9	363	75	9	897	39	8	10	42	1.69
22285899--22285946	20	2.4	20	89	6	71	47	8	18	25	1.76
22285941--22286620	181	3.8	180	78	4	683	40	8	8	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22286818--22287475	181	3.6	177	76	6	595	41	6	11	41	1.67
22287484--22289392	181	10.7	179	75	10	1297	39	7	10	42	1.69
22289613--22290138	176	2.9	178	78	7	534	42	9	6	40	1.64
22290198--22293097	181	16.1	180	76	7	2172	41	10	8	40	1.69
22290275--22296236	181	33.6	176	72	11	1772	41	9	8	40	1.68
22290199--22305767	541	29.2	537	70	12	5327	41	9	8	40	1.68
22290198--22301577	361	31.9	358	73	11	5939	41	10	8	40	1.69
22293253--22301585	181	46.7	179	72	11	3401	41	10	8	40	1.69
22296055--22296369	162	1.9	163	84	4	422	43	10	7	38	1.67
22296654--22296706	27	2.0	27	84	0	70	24	13	9	52	1.69
22296483--22296867	204	1.9	202	83	4	497	41	9	7	41	1.66
22297169--22298443	519	2.5	509	78	8	1253	41	12	8	38	1.72
22297482--22298849	539	2.6	513	79	7	1307	41	11	7	38	1.71
22300905--22301219	168	1.9	168	84	5	422	44	8	6	40	1.61
22301592--22302150	178	3.1	174	80	7	599	42	10	6	40	1.65
22302282--22302794	174	2.9	171	78	7	431	41	8	8	41	1.65
22302571--22304128	180	8.8	176	73	10	652	41	9	8	40	1.68
22303024--22305761	180	15.1	178	71	12	1195	41	9	8	40	1.67
22302541--22304122	710	2.2	703	79	6	1647	41	9	8	40	1.68
22303755--22305764	182	11.0	181	73	11	1180	41	8	8	40	1.66
22304019--22304339	174	1.8	174	83	6	427	43	8	7	40	1.63
22304460--22305123	359	1.9	356	80	3	787	40	9	9	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22304449--22305180	177	4.1	180	76	6	463	39	9	9	41	1.70
22305266--22305302	19	1.9	19	100	0	74	37	5	10	45	1.62
22305085--22305447	200	1.8	193	82	8	455	39	7	9	42	1.66
22305766--22307214	180	8.1	180	77	6	1154	39	7	10	42	1.67
22305766--22307226	362	4.1	359	77	6	1317	39	7	10	42	1.68
22305818--22307218	541	2.6	539	79	5	1411	39	7	9	42	1.67
22308466--22308511	20	2.3	20	89	10	69	47	6	10	34	1.64
22307244--22312294	181	28.2	181	75	8	3349	40	8	9	41	1.68
22307244--22312294	360	14.1	363	74	8	3238	40	8	9	41	1.68
22312306--22317237	181	27.6	176	71	12	1489	40	8	9	41	1.68
22314254--22314287	16	2.2	16	89	5	52	23	5	0	70	1.09
22312820--22330016	181	95.9	179	70	12	6273	40	8	9	41	1.67
22316017--22316053	19	1.9	19	100	0	74	37	18	10	32	1.86
22317111--22317392	141	2.0	141	81	7	327	39	9	9	41	1.70
22319006--22319038	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
22317256--22320518	526	6.1	522	74	12	1790	40	7	9	41	1.67
22319767--22320079	168	1.9	167	84	2	421	39	5	10	43	1.64
22320681--22320714	13	2.5	14	90	9	61	41	0	14	44	1.45
22320696--22330010	361	26.2	356	70	12	1902	40	8	9	41	1.67
22321844--22321876	18	1.9	17	88	11	50	48	3	9	39	1.50
22325374--22330016	180	25.9	181	75	7	2971	40	8	9	42	1.67
22329676--22329728	24	2.2	24	80	3	63	41	3	1	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22330196--22330238	20	2.3	19	84	8	52	32	4	4	58	1.39
22330743--22332513	181	9.9	180	77	7	1323	42	9	8	40	1.68
22331825--22331857	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
22330743--22333455	358	7.7	356	73	11	1666	41	9	8	40	1.67
22332693--22333462	163	4.4	177	74	12	498	40	9	7	42	1.65
22332693--22333462	176	4.4	176	73	13	507	40	9	7	42	1.65
22332012--22333330	681	1.9	681	79	6	1456	40	9	8	41	1.69
22333930--22333970	18	2.3	18	80	16	50	41	4	12	41	1.64
22333940--22333975	18	1.9	19	88	5	56	38	8	11	41	1.71
22334025--22334162	66	2.1	68	90	2	217	40	5	15	37	1.72
22334091--22335121	181	5.8	179	77	8	802	38	8	10	42	1.69
22334092--22336853	542	5.2	537	77	9	2264	39	8	10	41	1.69
22335120--22336853	181	9.6	181	78	5	1512	40	8	10	41	1.69
22335120--22336853	361	4.8	361	78	5	1668	40	8	10	41	1.69
22337855--22338431	180	3.2	177	79	5	585	39	9	9	41	1.70
22338548--22339059	181	2.9	177	79	8	513	41	7	9	41	1.67
22338480--22339695	182	6.8	180	71	12	655	40	7	10	41	1.68
22339776--22341000	179	6.8	178	77	7	979	41	10	8	39	1.69
22339776--22341000	181	6.8	178	78	6	1038	41	10	8	39	1.69
22339776--22340992	359	3.4	360	79	6	953	41	10	7	39	1.69
22340673--22340711	18	2.2	18	86	9	53	58	2	5	33	1.33
22341248--22341394	75	2.0	75	83	2	188	46	10	9	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22341317--22342177	179	4.8	180	74	8	596	40	10	9	40	1.71
22342251--22343883	181	9.2	178	72	11	910	41	9	8	40	1.68
22342876--22343884	182	5.6	178	75	8	839	42	9	8	39	1.69
22343849--22343980	67	2.0	65	86	8	185	35	12	6	45	1.67
22344013--22350656	181	37.1	177	72	10	2590	41	9	8	40	1.68
22346036--22346367	169	2.0	166	81	4	389	40	10	7	41	1.68
22346201--22350662	180	24.9	181	75	8	2985	40	9	8	40	1.69
22345002--22350686	542	10.6	534	76	8	2726	41	9	8	40	1.69
22351043--22352521	177	8.3	178	76	8	1012	39	7	10	42	1.69
22352701--22353366	181	3.7	178	76	6	601	40	9	9	39	1.71
22353704--22354117	179	2.3	177	80	8	439	39	9	9	41	1.70
22354462--22354597	69	2.0	69	94	2	238	50	8	4	36	1.53
22354962--22355023	16	3.4	16	69	26	52	40	6	3	50	1.44
22355116--22356434	180	7.4	180	73	11	469	41	10	7	40	1.67
22355038--22356434	181	7.8	180	74	9	930	42	10	7	40	1.67
22354531--22356436	361	5.3	348	73	10	1038	42	10	7	39	1.66
22356296--22356569	136	2.0	139	84	5	367	45	7	6	39	1.59
22356438--22357076	176	3.6	174	76	9	571	42	10	7	38	1.68
22356502--22357076	176	3.2	178	79	7	596	42	10	7	38	1.68
22355779--22357783	670	3.0	674	76	10	1570	41	10	7	40	1.68
22356916--22357216	146	2.1	147	84	3	392	42	9	8	38	1.69
22357062--22362933	181	32.9	181	73	8	3599	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22358195--22362933	541	8.8	537	73	9	2109	41	9	8	40	1.68
22357062--22362933	542	11.0	539	72	10	1991	41	9	8	40	1.68
22361512--22361553	17	2.4	19	76	19	54	38	9	7	45	1.64
22362208--22362854	347	1.9	349	80	6	785	39	9	8	42	1.67
22363431--22366199	181	15.7	178	71	12	1062	41	9	8	39	1.68
22363637--22364317	352	1.9	357	80	7	787	44	11	7	36	1.69
22364497--22364796	164	1.8	162	83	6	401	41	11	7	40	1.69
22364897--22364935	18	2.2	18	86	9	53	61	2	2	33	1.23
22366228--22377025	181	60.3	180	71	12	4243	41	10	8	40	1.68
22366228--22377025	360	30.2	358	71	12	4486	41	10	8	40	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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