genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  43  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8568386--8568465	23	3.5	21	79	15	79	66	1	0	32	1.00
8569903--8569998	30	3.2	30	86	1	120	50	0	6	43	1.27
8569943--8570013	30	2.4	30	85	4	99	49	2	4	43	1.36
8574666--8574713	22	2.1	23	84	3	62	27	0	4	68	1.07
8587772--8587833	31	2.0	31	93	0	106	6	27	16	50	1.69
8595080--8595128	25	2.0	25	83	0	62	48	8	8	34	1.62
8595208--8595240	15	2.2	15	94	0	57	42	3	12	42	1.57
8601012--8601076	31	2.1	31	97	0	121	41	21	10	26	1.86
8602809--8602835	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8608559--8608583	12	2.1	12	100	0	50	40	20	40	0	1.52
8608797--8608857	28	2.2	27	82	2	77	57	0	4	37	1.20
8609239--8609280	19	2.3	18	91	4	66	45	0	0	54	0.99
8609267--8609314	16	3.0	16	78	0	51	62	2	0	35	1.07
8609269--8609335	24	2.8	24	77	8	73	61	1	0	37	1.05
8609271--8609331	12	5.1	12	75	15	54	60	1	0	37	1.07
8611676--8611730	12	4.5	12	78	10	58	41	0	3	54	1.18
8612443--8612533	30	3.0	30	81	10	89	46	2	1	50	1.20
8613219--8613253	18	1.9	18	88	0	52	51	5	0	42	1.25
8615949--8616023	31	2.4	31	82	4	89	48	1	0	50	1.09
8616116--8616141	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
8622816--8622849	16	2.2	16	89	5	52	20	0	11	67	1.21
8622953--8622986	16	2.1	17	94	5	61	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8625617--8625656	20	2.0	20	100	0	80	55	5	20	20	1.62
8628881--8628924	13	3.5	13	79	17	56	47	0	2	50	1.13
8638745--8638789	19	2.4	19	96	0	81	26	4	20	48	1.68
8639298--8639384	45	1.9	45	84	13	117	39	10	6	43	1.66
8640858--8640913	28	2.1	27	87	12	80	57	0	0	42	0.99
8644017--8644056	18	2.2	18	91	8	64	70	0	0	30	0.88
8650516--8650559	17	2.5	19	85	14	67	75	0	2	22	0.92
8651284--8651328	20	2.3	19	81	11	54	40	0	0	60	0.97
8651696--8651751	25	2.1	27	87	12	73	53	0	0	46	1.00
8651696--8651751	27	2.2	26	87	12	80	53	0	0	46	1.00
8652490--8652522	10	3.2	11	87	12	52	72	0	0	27	0.85
8653164--8653211	23	2.1	23	88	0	69	72	0	2	25	0.95
8653167--8653212	11	4.1	11	86	5	65	76	0	0	23	0.79
8653167--8653212	6	8.0	6	80	9	51	76	0	0	23	0.79
8659736--8659830	45	2.1	45	90	0	145	34	7	15	42	1.75
8662857--8662897	18	2.3	18	87	8	57	0	36	0	63	0.95
8663572--8663629	20	2.9	19	85	7	71	34	1	27	36	1.67
8670720--8670774	21	2.7	18	79	17	56	38	14	1	45	1.56
8678798--8678897	15	6.7	15	74	12	89	46	32	1	21	1.58
8678798--8678903	14	7.1	14	74	13	79	47	32	0	19	1.56
8678884--8678944	21	2.8	22	75	5	61	49	27	0	22	1.50
8678878--8678958	36	2.3	35	82	6	92	50	29	0	19	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8678818--8678969	43	3.5	44	72	16	118	48	28	0	21	1.55
8682394--8682432	16	2.4	16	86	0	51	41	25	2	30	1.69
8687181--8687271	36	2.5	36	85	0	119	39	12	3	45	1.58
8687555--8687619	31	2.1	31	94	0	112	35	12	16	35	1.87
8698587--8698654	33	2.1	32	86	2	91	47	5	22	25	1.73
8698694--8698770	32	2.4	32	80	0	82	55	5	14	24	1.59
8698820--8698912	33	2.8	32	75	10	89	47	11	18	22	1.81
8701309--8701346	20	1.9	20	100	0	76	39	21	10	28	1.86
8702439--8702846	216	1.9	215	84	4	543	39	13	12	34	1.83
8709094--8709122	14	2.0	15	93	6	51	0	0	10	89	0.48
8709757--8709791	6	6.0	6	86	6	54	17	0	0	82	0.66
8709774--8709896	4	31.5	4	68	14	53	31	2	0	65	1.05
8709778--8709877	53	1.9	52	89	6	157	33	3	0	64	1.09
8709837--8709986	56	2.6	55	81	12	178	30	4	0	64	1.16
8709754--8709986	7	33.6	7	69	22	97	29	3	0	66	1.11
8710793--8710903	4	27.2	4	78	13	63	26	0	1	71	1.02
8710796--8710885	25	3.6	25	72	22	73	27	0	2	70	1.00
8710796--8710888	28	3.4	28	76	15	95	26	0	2	70	0.98
8710858--8710904	5	9.8	5	86	9	71	17	2	0	80	0.80
8710854--8710912	18	3.3	18	83	6	68	16	1	1	79	0.89
8710856--8710912	23	2.5	23	94	0	96	15	1	1	80	0.87
8710930--8711209	118	2.4	117	85	7	397	42	4	12	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8711114--8711205	29	3.2	28	67	27	66	41	4	13	41	1.63
8710925--8711209	58	4.8	59	84	6	355	41	4	12	41	1.64
8721636--8721681	9	5.0	9	87	10	58	84	0	2	13	0.71
8721637--8721683	21	2.3	21	88	3	69	87	0	2	10	0.63
8722730--8722997	42	6.4	41	77	7	175	27	15	19	36	1.93
8722771--8722951	83	2.2	83	80	6	197	26	16	20	37	1.93
8722771--8723000	125	1.8	126	85	2	329	27	16	19	36	1.93
8723212--8723399	4	49.8	4	68	16	50	30	3	0	64	1.15
8723201--8723373	43	4.2	41	74	20	134	30	3	0	65	1.14
8723209--8723381	77	2.2	78	85	8	228	30	4	0	64	1.16
8723342--8723397	22	2.6	22	91	2	87	32	5	0	62	1.18
8723213--8723381	79	2.2	77	87	6	234	30	4	0	64	1.17
8723228--8723382	36	4.2	36	74	20	135	31	3	0	63	1.17
8724256--8724315	18	3.2	19	79	11	63	16	5	3	75	1.12
8724283--8724324	18	2.3	18	88	8	59	11	4	2	80	0.95
8724346--8724563	57	3.8	58	85	3	287	41	5	13	39	1.69
8724447--8724480	14	2.5	14	85	4	52	52	5	11	29	1.61
8724346--8724563	115	1.9	115	84	4	296	41	5	13	39	1.69
8731796--8731843	20	2.3	20	82	10	62	43	0	2	54	1.12
8731795--8731840	10	4.3	11	77	22	53	45	0	2	52	1.13
8732461--8732509	23	2.1	23	100	0	98	22	8	18	51	1.72
8737316--8737388	14	4.9	14	69	21	51	65	1	1	31	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8737589--8737637	12	3.7	12	78	21	53	34	0	0	65	0.93
8737597--8737639	18	2.5	17	88	7	61	39	0	0	60	0.97
8737591--8737653	18	3.7	18	75	8	53	39	0	0	60	0.97
8742371--8742439	29	2.3	29	80	9	77	53	5	7	33	1.52
8745713--8745742	9	3.3	9	100	0	60	10	0	0	90	0.47
8747376--8747422	22	2.0	24	92	8	80	42	0	0	57	0.98
8747389--8747429	11	3.6	12	77	9	50	39	0	0	60	0.96
8753721--8753748	9	3.1	9	100	0	56	75	0	0	25	0.81
8754889--8755239	44	8.0	43	78	5	303	39	15	14	29	1.88
8754963--8755239	88	3.2	88	83	2	344	39	15	14	29	1.87
8754889--8755239	132	2.7	129	82	4	400	39	15	14	29	1.88
8755161--8755408	49	5.2	49	83	7	278	37	19	13	29	1.90
8755390--8755423	15	2.3	15	100	0	68	38	20	11	29	1.88
8755234--8755565	162	2.0	162	84	3	436	38	18	13	29	1.89
8755341--8755461	64	1.9	64	86	3	172	37	19	13	30	1.89
8755406--8755652	49	5.1	48	81	4	307	37	17	12	32	1.88
8755283--8755521	113	2.1	113	98	0	460	38	19	12	30	1.88
8755405--8755652	98	2.5	99	86	2	351	37	17	12	32	1.88
8757409--8757464	16	3.5	16	100	0	112	23	7	25	44	1.78
8769122--8769184	15	4.4	13	81	15	63	76	3	19	1	1.01
8769134--8769188	29	2.0	27	89	7	83	76	0	21	1	0.88
8770635--8770666	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8777363--8777522	76	2.1	77	92	1	268	38	9	7	44	1.65
8778906--8779038	3	44.7	3	73	18	82	71	1	3	24	1.08
8778909--8779037	27	4.8	28	76	12	110	72	1	3	23	1.08
8779221--8779414	44	4.4	44	87	2	248	41	21	16	21	1.90
8779221--8779414	87	2.2	88	86	6	268	41	21	16	21	1.90
8779250--8779437	87	2.2	87	83	5	238	43	19	14	21	1.87
8779418--8779563	41	3.5	42	86	7	192	42	19	11	26	1.85
8779430--8779567	44	3.2	44	89	3	201	44	18	11	26	1.83
8779889--8780190	21	14.1	21	70	16	185	38	13	8	39	1.76
8779886--8780105	46	4.9	46	87	5	281	38	13	9	39	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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