genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  122  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22367632--22371095	180	19.5	174	71	11	737	40	10	8	40	1.68
22369186--22369236	17	2.8	19	77	17	63	37	11	7	43	1.71
22369376--22369694	167	1.9	168	82	7	398	39	9	8	42	1.67
22370074--22370106	16	2.0	17	88	5	50	30	9	6	54	1.56
22366428--22376504	541	18.8	533	70	14	2377	41	10	7	40	1.68
22370612--22370643	17	1.9	16	93	6	55	43	3	0	53	1.16
22371061--22371211	68	2.2	68	81	6	173	45	6	13	34	1.69
22373849--22373907	18	3.4	18	69	23	54	40	10	5	44	1.60
22373856--22373921	34	1.9	34	96	0	123	37	13	3	45	1.59
22374229--22374276	18	2.8	17	78	9	53	37	6	8	47	1.59
22374452--22376594	534	4.0	527	79	7	1832	41	10	7	40	1.68
22374452--22376890	534	4.5	530	78	8	1828	41	10	8	40	1.68
22377094--22377144	6	8.5	6	79	18	54	19	0	1	78	0.85
22377104--22377135	15	2.1	16	94	5	57	21	0	0	78	0.76
22377097--22377146	7	7.1	7	84	13	59	22	0	2	76	0.89
22377168--22377198	15	2.1	15	93	0	53	25	0	3	70	1.02
22377223--22377255	10	3.3	10	95	0	57	0	12	0	87	0.53
22377263--22377381	4	29.2	4	69	13	57	28	4	1	65	1.21
22377263--22377350	25	3.6	25	75	15	85	30	3	1	64	1.17
22377296--22377347	22	2.4	22	80	6	61	28	3	0	67	1.08
22377338--22377418	21	3.6	22	75	18	78	23	6	1	69	1.19
22377327--22377419	44	2.2	40	78	16	100	24	6	1	67	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22378152--22378276	11	10.6	11	72	10	61	20	2	1	75	1.01
22378160--22378276	15	8.4	14	72	20	54	22	2	1	73	1.04
22378176--22378275	4	24.8	4	74	22	61	23	2	2	73	1.04
22378235--22378281	15	3.3	14	82	11	60	19	4	0	76	0.95
22378212--22378281	25	2.8	25	79	14	83	18	4	0	77	0.93
22382253--22382292	18	2.4	17	87	8	55	75	0	17	7	1.03
22382284--22382342	24	2.4	26	75	16	72	79	0	13	6	0.92
22382287--22382343	21	2.7	21	81	10	71	77	0	14	8	0.99
22382606--22382727	60	2.0	60	98	0	235	27	20	5	45	1.73
22384169--22384346	42	4.3	41	86	2	239	23	16	19	39	1.91
22384169--22384346	83	2.1	83	92	0	293	23	16	19	39	1.91
22384306--22384522	46	4.8	44	83	5	211	23	13	21	41	1.88
22384351--22384527	89	2.0	88	85	5	241	23	12	20	42	1.86
22384721--22384768	7	7.1	7	84	13	57	22	0	2	75	0.91
22384728--22384779	12	4.1	12	76	11	50	25	0	1	73	0.94
22384790--22385024	4	59.0	4	66	18	50	26	4	2	65	1.25
22384865--22384972	21	4.9	21	75	18	85	28	4	2	63	1.28
22384732--22384972	95	2.6	92	79	12	224	26	4	3	65	1.27
22384790--22384979	46	4.0	46	72	16	133	27	4	3	65	1.26
22384866--22385013	23	6.7	20	71	18	82	27	5	2	64	1.26
22385262--22385305	23	2.0	22	86	4	61	15	4	18	61	1.50
22385887--22385933	11	4.4	11	81	10	53	19	4	0	76	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22385897--22385942	4	11.2	4	78	21	51	21	2	0	76	0.90
22385887--22385942	18	3.2	18	80	16	57	19	3	0	76	0.93
22385902--22385948	14	3.3	14	82	11	60	21	4	0	74	0.99
22385897--22385936	11	3.7	11	86	6	55	22	2	0	75	0.93
22386484--22387301	180	4.6	178	75	6	631	43	9	8	38	1.68
22387235--22387363	62	2.1	62	91	0	204	43	9	9	37	1.69
22387676--22387710	17	2.1	16	89	5	52	40	14	0	45	1.45
22388220--22388252	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
22388576--22388628	18	3.1	18	76	17	58	39	7	5	47	1.56
22388574--22388614	18	2.3	18	84	16	59	43	9	2	43	1.50
22387907--22392847	181	27.6	180	75	8	3493	41	9	8	40	1.67
22388804--22389127	170	1.9	170	86	2	463	41	8	9	40	1.68
22387293--22397356	716	14.1	712	73	11	4563	41	10	8	40	1.68
22392325--22392357	18	1.9	17	88	11	50	33	6	12	48	1.65
22393251--22398069	181	27.1	179	70	12	994	41	10	8	39	1.68
22392900--22397351	356	12.5	356	71	11	1170	41	10	8	39	1.69
22394623--22394655	18	1.9	17	88	11	50	39	9	3	48	1.50
22394814--22394846	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
22392864--22398502	535	10.6	532	72	11	2019	41	10	8	40	1.68
22399561--22405229	180	31.8	178	74	9	3470	40	7	10	41	1.68
22400736--22410374	180	54.2	181	70	12	3145	40	7	10	41	1.68
22399569--22410751	538	21.0	529	72	12	3709	40	7	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22403256--22403288	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
22400745--22410158	181	53.1	177	70	13	2735	40	7	9	41	1.68
22405734--22405766	18	1.9	17	88	11	50	48	12	6	33	1.65
22405234--22410374	181	28.8	180	72	11	2897	40	8	9	41	1.67
22409811--22409843	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
22410352--22410386	17	2.1	16	89	5	52	45	0	14	40	1.45
22410415--22410764	180	1.9	182	83	3	447	38	7	10	42	1.69
22410698--22410826	62	2.1	62	91	0	204	37	9	9	43	1.69
22410760--22411516	178	4.2	177	76	5	622	39	9	9	41	1.69
22412118--22412172	10	5.5	10	81	10	60	76	0	3	20	0.94
22412113--22412159	14	3.3	14	82	11	60	74	0	4	21	0.99
22412248--22412288	17	2.4	17	95	0	73	9	34	31	24	1.88
22412714--22412750	19	1.9	19	88	0	56	43	21	8	27	1.80
22413051--22413144	42	2.2	41	81	12	102	71	1	4	23	1.10
22413094--22413201	4	27.8	4	68	19	52	66	1	3	27	1.19
22413099--22413153	25	2.2	24	84	9	67	69	1	3	25	1.15
22413091--22413188	39	2.5	40	77	14	105	68	1	3	27	1.11
22413061--22413202	70	2.1	68	81	12	161	66	1	4	26	1.20
22413095--22413210	45	2.6	45	81	9	130	65	1	3	29	1.19
22413127--22413208	44	1.9	44	85	9	116	64	1	3	30	1.18
22413061--22413204	67	2.2	65	78	14	150	66	1	4	27	1.20
22413099--22413211	23	4.8	24	72	20	85	64	1	3	30	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22413176--22413227	25	2.1	25	82	7	61	67	3	3	25	1.25
22413307--22413356	7	7.1	7	84	13	59	76	2	0	22	0.89
22413273--22413329	25	2.2	25	78	3	60	68	5	5	21	1.29
22413309--22413359	6	8.5	6	79	18	54	78	1	0	19	0.85
22413318--22413349	15	2.1	16	94	5	57	78	0	0	21	0.76
22413572--22413769	43	4.3	45	80	10	215	44	19	13	23	1.85
22413572--22413774	46	4.4	43	80	10	199	44	18	13	23	1.85
22413605--22413769	48	3.6	47	84	6	187	44	19	13	22	1.86
22413729--22413907	42	4.3	41	85	4	225	41	18	16	23	1.90
22413736--22413907	83	2.1	84	92	1	283	41	19	15	23	1.90
22415593--22415681	21	4.0	23	72	22	82	6	16	0	76	0.99
22415621--22415651	10	3.0	10	90	9	53	3	9	0	87	0.66
22415624--22415675	11	4.5	11	72	13	50	5	13	0	80	0.88
22415617--22415675	25	2.4	23	86	8	73	5	15	0	79	0.89
22419705--22419752	23	2.1	23	88	7	71	77	0	2	20	0.88
22419699--22419752	19	2.9	18	78	13	56	75	0	3	20	0.95
22420635--22420710	21	3.5	20	75	12	71	69	1	6	22	1.19
22420702--22420751	22	2.3	22	79	6	57	68	0	4	28	1.08
22420710--22420786	26	3.0	25	76	12	77	62	1	3	32	1.22
22420668--22420786	4	29.2	4	69	14	57	65	1	4	28	1.21
22420840--22420870	15	2.1	15	93	0	53	70	3	0	25	1.02
22420892--22420941	7	7.1	7	84	13	59	76	2	0	22	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22420858--22420914	25	2.2	25	78	3	60	68	5	5	21	1.29
22420894--22420944	6	8.5	6	79	18	54	78	1	0	19	0.85
22420903--22420934	15	2.1	16	94	5	57	78	0	0	21	0.76
22420699--22420934	112	2.1	107	78	12	228	68	2	4	24	1.21
22421177--22421527	182	1.9	179	79	4	391	41	9	9	39	1.71
22421841--22423508	180	9.4	178	72	12	482	39	7	10	42	1.68
22421816--22424009	534	4.1	523	77	11	1677	39	8	10	41	1.69
22423720--22423766	16	2.7	18	74	16	53	42	10	8	38	1.70
22423551--22423997	178	2.5	177	80	8	512	39	8	9	41	1.69
22424075--22424140	34	1.9	34	96	0	123	45	3	13	37	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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