genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  40  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7965854--7965931	37	2.1	37	83	9	97	8	8	2	79	1.02
7965845--7965931	19	4.9	18	73	20	76	9	10	2	78	1.06
7968698--7968779	39	2.1	40	95	2	148	42	7	19	30	1.78
7968720--7968785	18	3.5	18	74	11	69	43	4	19	31	1.71
7969876--7969974	31	3.2	30	70	12	76	32	10	5	52	1.57
7969828--7970183	60	6.0	59	83	6	389	36	7	5	50	1.56
7969828--7970183	177	2.0	180	81	4	427	36	7	5	50	1.56
7970261--7970294	10	3.2	10	84	15	50	70	20	0	8	1.13
7970261--7970295	11	3.2	11	88	11	54	71	20	0	8	1.11
7970267--7970296	12	2.5	12	94	0	51	76	16	0	6	0.99
7970795--7970838	20	2.2	20	84	8	54	61	15	0	22	1.34
7971194--7971257	5	11.8	5	81	15	58	78	3	0	18	0.89
7971196--7971256	18	3.6	18	71	20	60	77	3	0	19	0.91
7971192--7971258	6	11.0	6	76	20	52	77	2	0	19	0.89
7971731--7971810	18	4.6	18	70	9	58	36	5	25	33	1.78
7971780--7971849	18	3.7	18	80	14	79	37	5	27	30	1.80
7972679--7972738	21	2.9	21	79	18	72	25	3	1	70	1.12
7972743--7972807	18	3.6	18	72	15	62	32	3	3	61	1.27
7972763--7972975	17	11.9	20	69	19	93	29	4	1	64	1.20
7972749--7972849	36	2.7	36	78	15	107	33	3	1	60	1.26
7972804--7972974	3	52.7	3	69	16	76	28	4	1	65	1.20
7972764--7972905	50	2.9	50	74	15	134	32	3	1	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7972638--7972888	4	62.2	4	66	18	78	29	3	1	65	1.20
7972770--7972963	24	7.7	24	67	19	67	30	4	1	63	1.24
7972951--7972981	11	2.8	11	95	0	53	12	3	0	83	0.75
7973803--7973848	4	12.8	4	86	13	57	26	0	0	73	0.83
7973864--7973922	15	4.0	15	82	12	61	23	1	0	74	0.91
7973864--7973916	5	10.8	5	78	17	58	22	0	0	77	0.77
7973864--7973916	21	2.4	22	84	12	65	22	0	0	77	0.77
7973934--7974147	60	3.7	58	86	4	306	42	8	13	35	1.74
7973933--7974149	119	1.9	115	90	3	344	42	8	12	35	1.74
7984398--7984463	18	3.2	22	76	24	72	77	0	13	9	0.99
7984398--7984465	34	2.0	34	88	5	102	76	0	14	8	1.01
7985438--7985572	42	3.2	42	90	0	198	23	12	21	42	1.87
7985772--7986021	14	17.4	14	65	21	65	29	3	1	65	1.19
7985876--7986008	20	6.9	19	78	10	119	33	3	0	62	1.16
7985820--7986081	24	10.1	26	72	21	119	30	4	1	63	1.24
7985893--7985985	38	2.4	38	79	16	118	34	2	1	62	1.14
7985939--7986082	3	43.0	3	72	20	83	29	4	1	65	1.20
7985829--7986056	99	2.2	98	81	12	244	30	3	2	63	1.23
7985876--7986073	20	10.2	19	75	14	113	30	3	1	64	1.20
7985882--7986056	38	4.5	37	74	13	104	31	3	1	63	1.21
7985778--7986021	4	63.2	4	67	16	83	29	3	1	65	1.20
7985939--7985998	23	2.5	23	82	12	52	33	1	0	65	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7986437--7986503	31	2.1	32	88	2	100	20	10	17	50	1.75
7986925--7987075	8	18.0	8	73	12	90	21	1	1	74	1.01
7986929--7986967	4	9.8	4	88	0	60	20	2	0	76	0.90
7986925--7987069	12	11.7	12	72	18	59	21	1	2	75	0.99
7987088--7987366	59	4.8	58	89	4	391	42	8	13	35	1.75
7991796--7991862	7	9.0	7	78	18	55	82	0	10	7	0.85
7991795--7991861	17	4.3	16	83	10	61	83	0	8	7	0.81
7992847--7992939	42	2.2	42	86	1	125	23	11	23	40	1.88
7993169--7993375	23	8.3	26	72	16	122	32	2	1	62	1.21
7993273--7993434	3	49.0	3	72	19	94	30	3	1	64	1.19
7993299--7993428	20	6.4	20	85	4	154	30	3	1	64	1.18
7993362--7993446	24	3.4	25	76	12	86	25	4	2	67	1.23
7993986--7994034	15	3.2	16	83	16	61	51	0	46	2	1.12
7994277--7994309	4	8.5	4	86	6	50	21	3	0	75	0.93
7994277--7994411	16	9.0	15	65	21	52	24	1	2	71	1.05
7994278--7994405	10	12.6	10	73	15	79	24	1	2	71	1.06
7994345--7994410	5	13.4	5	84	12	84	18	1	0	80	0.79
7994338--7994410	33	2.2	33	90	4	112	19	1	0	79	0.81
7994423--7994640	59	3.7	59	86	7	293	44	8	12	35	1.72
7994423--7994639	119	1.8	117	90	3	346	44	7	12	35	1.71
7998191--7998239	25	1.9	25	91	4	80	42	6	0	51	1.27
7998347--7998397	27	1.9	26	84	4	66	52	5	3	37	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8001094--8001125	16	1.9	17	93	6	57	18	0	0	81	0.70
8001095--8001133	13	3.2	12	86	13	53	17	2	0	79	0.84
8007869--8007903	18	1.9	18	88	0	52	48	11	2	37	1.54
8012446--8012508	20	3.0	21	75	22	69	52	0	1	46	1.10
8012874--8012932	12	4.7	12	77	10	64	30	0	0	69	0.89
8012874--8012924	14	3.9	14	80	10	56	31	0	0	68	0.90
8012868--8012926	26	2.2	27	87	6	84	28	0	0	71	0.87
8012874--8012934	19	3.3	18	76	14	70	32	0	0	67	0.91
8012865--8012933	26	2.7	26	80	4	79	31	0	0	68	0.90
8013535--8013566	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8015293--8015337	16	2.9	15	80	9	54	53	0	0	46	1.00
8015300--8015339	16	2.6	15	85	14	55	55	0	0	45	0.99
8015298--8015369	26	2.7	27	76	6	76	56	1	0	41	1.07
8026844--8026896	27	2.0	27	81	7	63	56	1	0	41	1.10
8026871--8026924	16	3.5	16	69	19	51	57	0	0	42	0.98
8034451--8034475	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
8038334--8038379	24	1.9	24	90	0	74	19	23	19	36	1.95
8043904--8043948	23	2.0	23	86	0	63	33	4	8	53	1.52
8047353--8047972	228	2.7	227	79	5	581	22	25	22	29	1.99
8049967--8050013	24	2.0	24	95	0	85	57	12	4	25	1.54
8049966--8050018	24	2.4	22	81	12	72	60	13	3	22	1.49
8052699--8054032	228	5.9	225	81	4	1144	22	25	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8052702--8054032	456	2.9	454	81	2	1395	22	25	21	30	1.99
8055320--8055352	12	2.8	12	90	4	50	54	0	0	45	0.99
8055322--8055392	13	5.3	13	73	15	56	47	1	0	50	1.09
8055420--8055487	28	2.5	28	79	15	79	52	0	0	47	1.00
8055420--8055487	27	2.4	29	81	13	81	52	0	0	47	1.00
8057127--8058221	228	4.8	226	83	2	1089	22	25	22	30	1.99
8057081--8058221	456	2.5	455	80	1	1212	22	25	22	29	1.99
8059772--8059798	13	2.1	13	100	0	54	37	22	7	33	1.82
8059882--8059925	23	2.0	22	90	4	70	2	13	9	75	1.14
8064807--8064860	19	2.9	18	81	10	56	44	0	3	51	1.19
8065047--8065100	19	2.9	18	81	10	56	44	0	3	51	1.19
8064760--8065241	240	2.0	240	99	0	955	42	10	8	39	1.69
8070006--8070061	6	9.3	6	98	0	103	64	0	0	35	0.94
8071009--8071054	21	2.0	24	84	12	62	50	6	0	43	1.28
8077663--8077827	58	2.8	57	85	10	219	40	14	5	39	1.69
8077754--8077898	71	2.0	71	86	5	204	39	12	6	42	1.68
8077696--8077956	129	2.0	130	88	3	384	38	12	6	42	1.67
8077825--8077956	58	2.3	58	93	1	219	37	10	6	44	1.66
8077964--8077996	13	2.4	14	90	10	50	78	3	3	15	0.99
8077970--8078031	19	3.3	19	80	13	58	72	3	1	22	1.08
8077976--8078031	13	4.4	12	76	17	51	73	1	1	23	1.03
8077977--8078056	10	7.9	10	73	21	53	68	1	2	27	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8078882--8079109	24	9.8	24	74	16	171	61	0	3	34	1.18
8078897--8079000	32	3.3	30	69	21	86	60	0	4	33	1.24
8078863--8079060	68	2.9	68	83	8	244	63	0	4	31	1.17
8078984--8079042	29	2.1	27	87	6	82	71	0	0	28	0.87
8078955--8079117	51	3.2	49	79	11	152	63	0	3	32	1.12
8078875--8079106	68	3.4	67	77	12	208	62	0	3	33	1.17
8078971--8079118	50	3.0	48	79	12	158	62	0	3	33	1.12
8080441--8080483	13	3.5	13	78	12	54	9	11	2	76	1.10
8080439--8080494	24	2.3	24	81	0	76	7	14	1	76	1.07
8091024--8091121	27	3.5	26	67	24	67	40	11	3	44	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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