genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  112  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21178668--21180627	181	10.9	181	78	6	1685	41	9	9	40	1.69
21178672--21180606	718	2.7	722	79	4	1898	41	9	8	40	1.69
21180371--21180868	261	1.9	262	80	4	585	45	9	8	36	1.67
21180631--21181493	177	4.8	180	76	8	704	41	10	8	39	1.69
21181444--21181514	35	2.0	36	84	13	94	46	8	2	42	1.49
21181381--21181598	107	2.0	107	81	3	251	42	9	7	40	1.65
21182541--21182597	23	2.5	23	75	11	62	52	3	1	42	1.28
21181674--21184188	181	14.0	179	76	7	1753	41	9	8	39	1.69
21181678--21184172	358	6.9	361	76	7	1907	41	10	8	39	1.69
21181636--21184188	539	4.7	536	75	6	2031	41	9	8	39	1.69
21189850--21189897	21	2.3	20	79	13	53	39	16	2	41	1.60
21192426--21192478	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21192857--21193311	184	2.5	183	79	5	488	21	28	27	23	1.99
21193100--21193152	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21194129--21194181	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
21194155--21194587	159	2.7	159	74	7	387	21	26	28	23	1.99
21194155--21194656	158	3.2	158	74	6	453	21	26	28	24	1.99
21195168--21195220	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21195243--21195293	24	2.1	24	88	0	75	37	21	31	9	1.86
21195364--21195414	26	2.0	26	92	0	84	27	29	15	27	1.96
21196035--21196087	26	2.0	26	85	0	70	28	22	20	28	1.99
21195957--21196430	184	2.6	183	82	5	501	20	28	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21196245--21196640	159	2.5	157	73	8	354	21	28	30	19	1.98
21196717--21196772	26	2.2	26	93	6	96	28	21	19	30	1.98
21197075--21197127	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
21197260--21197310	26	2.0	26	88	7	77	29	25	13	31	1.94
21197482--21198142	158	4.1	157	75	10	512	21	25	29	23	1.99
21198381--21198433	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21198578--21198630	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
21198275--21199032	197	3.8	196	79	7	798	21	26	28	24	1.99
21198979--21199031	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
21201665--21201717	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
21202168--21202224	26	2.2	26	90	0	87	31	31	17	19	1.95
21202183--21202247	26	2.4	27	92	2	105	26	29	18	26	1.98
21202430--21202774	183	1.9	184	86	4	500	21	27	26	24	1.99
21202721--21202772	26	2.0	26	92	3	88	26	26	21	25	1.99
21203434--21203487	26	2.0	27	86	10	76	27	25	18	27	1.98
21204120--21204172	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21205159--21205211	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21205185--21205571	159	2.4	158	73	8	358	22	24	28	24	1.99
21205626--21205678	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
21205822--21206470	184	3.5	185	77	7	614	24	25	26	24	2.00
21206165--21206217	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
21206360--21206409	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21206425--21206919	158	3.1	156	73	6	413	20	25	30	23	1.98
21207032--21207084	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
21206973--21207428	185	2.5	184	81	3	506	21	28	27	23	1.99
21207724--21207776	26	2.0	26	92	7	90	26	22	18	32	1.97
21208079--21208131	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
21208057--21208671	184	3.3	184	75	10	605	22	25	26	25	2.00
21208264--21208314	26	2.0	26	88	7	77	29	25	13	31	1.94
21207968--21208669	381	1.8	380	83	4	941	22	25	26	24	2.00
21208460--21208512	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21208486--21208992	159	3.2	155	75	7	484	21	24	28	25	1.99
21209042--21209488	185	2.4	185	82	4	519	20	28	27	23	1.99
21209311--21209364	26	2.0	27	89	3	83	29	25	16	27	1.97
21208185--21209822	834	1.9	848	80	6	1891	21	26	27	24	1.99
21209796--21209848	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21209645--21210049	197	2.1	192	82	8	481	21	26	27	23	1.99
21209731--21210447	197	3.6	198	75	11	620	21	26	27	25	1.99
21210202--21210251	26	1.9	26	87	0	73	24	34	18	24	1.96
21210394--21210446	26	2.0	26	88	0	79	22	24	20	32	1.98
21217109--21217551	157	2.8	156	78	5	446	17	28	30	23	1.97
21217842--21217904	26	2.4	26	94	0	108	26	31	19	22	1.97
21218019--21218381	159	2.3	158	80	3	415	19	26	28	25	1.99
21218354--21218406	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21219076--21219128	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21219102--21219601	159	3.2	156	75	8	476	19	27	30	23	1.98
21219942--21219992	26	2.0	26	92	0	84	27	29	15	27	1.96
21220024--21221419	159	8.8	158	71	11	577	18	27	30	23	1.98
21220758--21221418	317	2.1	316	80	4	731	18	27	30	24	1.98
21221393--21221444	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
21222587--21222639	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21223138--21223190	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
21223855--21223907	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
21224346--21224397	25	2.0	26	85	10	72	25	23	19	32	1.97
21224544--21224594	26	2.0	26	92	0	84	27	25	19	27	1.99
21224568--21225068	159	3.2	157	77	7	503	19	24	30	24	1.98
21225045--21225094	26	1.9	26	92	8	84	24	26	18	32	1.97
21225240--21225292	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
21225741--21225793	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21223805--21227737	709	5.6	708	78	6	3398	21	25	28	24	1.99
21226450--21226502	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21227214--21227255	12	3.5	12	75	12	50	28	28	35	7	1.84
21227213--21227264	24	2.2	24	100	0	104	30	28	32	7	1.85
21227711--21227763	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
21228608--21228660	26	2.0	26	85	0	70	24	18	22	33	1.97
21228950--21229002	26	2.0	26	82	7	63	30	16	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21228791--21229343	184	3.0	182	81	5	610	25	28	24	21	1.99
21229159--21229661	158	3.2	159	76	5	412	23	28	26	21	1.99
21229635--21229687	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
21230357--21230409	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21230610--21230662	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21230457--21231006	185	3.0	185	79	5	536	23	29	26	20	1.99
21230821--21231322	158	3.2	154	76	5	484	23	28	26	21	1.99
21231296--21231348	26	2.0	26	82	7	63	26	18	24	30	1.98
21232176--21232228	26	2.0	26	92	0	88	22	22	28	26	1.99
21232520--21232572	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21232891--21232940	26	2.0	25	88	4	73	32	18	22	28	1.97
21235360--21235411	26	2.0	26	88	7	79	30	17	23	28	1.97
21236865--21237723	158	5.4	156	76	7	757	23	30	27	18	1.98
21237279--21237861	316	1.8	316	83	2	778	22	29	27	20	1.98
21237842--21237894	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
21238908--21238960	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21239145--21239574	160	2.7	158	77	4	441	22	30	28	18	1.97
21239621--21239673	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
21239890--21239923	12	2.8	12	95	4	59	29	5	8	55	1.54
21240330--21240382	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21240355--21240658	158	1.9	158	80	2	351	22	31	27	18	1.97
21241626--21241678	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21242127--21242179	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
21240798--21242268	775	1.9	758	83	5	1868	25	28	26	19	1.99
21242337--21242389	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21242920--21243333	159	2.6	160	77	8	450	18	27	29	24	1.98
21243306--21243358	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21243209--21243713	196	2.6	196	78	7	475	22	26	27	23	1.99
21243148--21243713	184	3.0	183	76	9	571	22	26	27	23	1.99
21243858--21243907	26	1.9	26	91	0	82	20	30	24	26	1.98
21244179--21244231	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21244901--21244953	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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