genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  13  of  125  ( 14885 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2064231--2064279	4	12.2	4	80	6	55	20	6	0	73	1.04
2064628--2064653	10	2.6	10	100	0	52	19	0	23	57	1.40
2065253--2065318	6	11.8	6	80	9	61	15	4	1	78	0.98
2065215--2065310	11	8.9	11	74	11	74	15	5	3	76	1.10
2065212--2065310	5	18.8	5	73	11	65	15	5	3	76	1.08
2065241--2065322	11	7.3	12	78	14	70	13	8	1	76	1.06
2065348--2065737	58	6.7	57	83	8	473	44	7	13	34	1.73
2065346--2065737	117	3.4	117	85	4	526	44	7	13	34	1.73
2065770--2065803	13	2.7	12	86	13	50	11	2	0	85	0.71
2067515--2067593	22	3.6	22	73	10	63	54	6	3	35	1.44
2067512--2067606	44	2.2	44	82	0	109	53	7	5	33	1.51
2067632--2067738	22	4.8	21	80	11	79	42	1	12	42	1.52
2067685--2067750	21	3.0	22	80	6	73	42	0	10	46	1.38
2067763--2067847	22	3.8	23	72	19	81	49	3	8	38	1.50
2067736--2067819	22	3.9	22	72	18	68	53	2	8	35	1.44
2067835--2067892	22	2.6	22	75	0	62	46	8	8	36	1.65
2067832--2067914	44	1.9	43	85	7	114	46	9	7	36	1.64
2067895--2068129	22	10.8	22	73	8	77	51	4	7	37	1.50
2067940--2068029	43	2.1	43	80	2	99	56	2	6	34	1.38
2068003--2068095	44	2.1	44	82	4	107	53	4	6	35	1.46
2068038--2068131	44	2.1	44	82	0	107	48	4	7	39	1.51
2068117--2068178	32	1.9	32	83	6	81	45	3	9	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068173--2068261	22	4.0	23	76	5	69	49	6	2	41	1.41
2068251--2068316	22	3.0	22	84	4	80	46	13	4	34	1.64
2068208--2068305	44	2.2	44	85	3	126	48	10	4	36	1.56
2068605--2068945	22	15.5	22	71	10	173	51	4	6	37	1.48
2068769--2068944	43	4.0	43	75	13	153	53	5	5	36	1.45
2068659--2068935	11	25.2	11	64	14	54	51	4	5	38	1.45
2068843--2068982	65	2.2	65	80	7	160	49	4	7	39	1.50
2069009--2069050	22	1.9	22	95	0	75	54	9	9	26	1.63
2069068--2069116	22	2.2	22	88	0	71	44	4	8	42	1.53
2069143--2069236	22	4.3	22	76	8	84	48	6	4	40	1.48
2069204--2069257	22	2.5	22	84	6	65	50	7	7	35	1.59
2069248--2069344	22	4.3	23	72	13	69	45	7	10	37	1.66
2069268--2069301	11	3.1	11	86	0	50	52	8	5	32	1.56
2069729--2069786	21	2.8	21	78	7	73	43	13	8	34	1.75
2069727--2069822	21	4.6	20	71	12	68	44	12	9	33	1.74
2069714--2069822	42	2.6	42	78	9	107	46	11	8	33	1.69
2072972--2072996	13	1.9	13	100	0	50	88	0	8	4	0.64
2073132--2073202	30	2.4	28	80	15	81	69	4	12	14	1.34
2073211--2073273	27	2.2	28	83	5	83	71	4	9	14	1.28
2073644--2074019	187	2.0	187	98	0	725	44	5	13	37	1.66
2078148--2078206	29	2.1	29	87	6	86	79	5	0	15	0.89
2079087--2079123	3	13.0	3	88	11	60	70	0	0	29	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079391--2079703	120	2.6	119	79	6	294	42	10	24	22	1.84
2080232--2080265	17	2.0	17	94	0	59	32	17	14	35	1.91
2080040--2080278	86	2.8	86	77	6	252	34	14	19	31	1.92
2080564--2080681	60	2.0	61	83	5	150	37	11	26	24	1.90
2081816--2081850	18	1.9	18	88	0	52	8	8	5	77	1.13
2084743--2084829	39	2.2	39	93	0	147	65	4	11	18	1.41
2085771--2085848	19	4.2	19	78	14	65	76	5	3	14	1.09
2085765--2085850	11	7.3	11	71	21	50	76	4	3	15	1.08
2095115--2095142	8	3.5	8	100	0	56	78	10	0	10	0.96
2096216--2096301	34	2.5	34	84	7	102	22	19	6	51	1.71
2096903--2097037	35	3.9	34	68	9	94	23	19	11	45	1.83
2097662--2097763	35	3.1	35	64	25	87	22	20	9	47	1.79
2097649--2097764	62	1.9	62	90	1	189	21	20	9	48	1.78
2097758--2097826	35	2.0	35	85	5	95	17	13	13	56	1.67
2097911--2098000	35	2.6	35	82	7	119	16	15	13	54	1.71
2098189--2098251	3	20.3	3	93	6	108	66	0	1	31	1.01
2099802--2099871	26	3.0	24	76	17	67	77	1	14	7	1.05
2099977--2100007	14	2.1	15	94	5	55	64	3	6	25	1.33
2099989--2100040	22	2.3	23	90	3	79	69	5	5	19	1.30
2103963--2104011	9	5.1	9	77	22	55	28	0	2	69	1.00
2103963--2104034	30	2.3	33	90	9	123	29	0	2	68	1.04
2104136--2104177	6	7.0	6	78	10	50	76	2	2	19	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104136--2104177	12	3.5	11	90	9	57	76	2	2	19	1.01
2105168--2105207	20	2.0	20	85	5	53	50	5	7	37	1.53
2106944--2106997	27	2.0	26	89	10	83	38	12	9	38	1.76
2107253--2107285	15	2.1	17	88	11	52	39	0	3	57	1.14
2112819--2112843	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2113789--2113827	2	19.5	2	94	0	69	51	0	2	46	1.14
2124212--2124255	21	2.2	20	88	12	63	84	4	9	2	0.85
2124212--2124255	22	2.1	20	87	8	61	84	4	9	2	0.85
2125299--2125397	46	2.2	46	85	3	128	36	8	14	41	1.75
2126105--2126525	43	9.7	43	78	3	355	30	12	12	44	1.79
2126105--2126484	130	2.9	130	79	3	374	30	12	12	44	1.79
2127345--2127383	4	9.5	4	83	5	51	28	0	0	71	0.86
2127345--2127380	17	2.1	17	100	0	72	27	0	0	72	0.85
2129217--2129255	14	2.9	14	88	3	53	74	2	0	23	0.94
2130297--2130328	6	5.3	6	92	0	55	65	0	3	31	1.08
2135517--2135547	12	2.6	12	94	0	53	38	0	0	61	0.96
2137347--2137378	12	2.8	12	95	4	57	53	0	0	46	1.00
2139789--2139865	35	2.2	33	82	15	93	61	7	15	15	1.56
2140288--2140349	16	3.8	16	78	8	63	24	4	0	70	1.06
2140683--2140720	17	2.2	18	86	13	53	52	0	2	44	1.14
2141693--2141800	46	2.3	47	86	10	159	21	11	4	62	1.45
2144270--2144295	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144425--2144488	19	3.4	19	77	14	62	71	3	1	23	1.08
2144413--2144488	10	7.8	10	71	15	52	71	2	1	25	1.07
2144830--2144875	3	15.7	3	86	13	69	69	0	2	28	1.00
2148168--2148201	11	3.1	11	91	0	59	0	14	0	85	0.60
2152522--2152579	26	2.2	27	78	6	66	39	10	3	46	1.55
2153054--2153093	19	2.2	20	86	13	59	60	2	0	37	1.11
2155217--2155255	19	2.0	20	90	5	62	56	0	0	43	0.99
2155396--2155428	14	2.3	15	89	5	50	39	0	0	60	0.97
2155999--2156037	19	2.0	21	90	10	64	17	2	5	74	1.12
2156375--2156415	18	2.3	18	86	0	55	21	4	4	68	1.28
2156472--2156552	15	5.9	14	71	15	62	76	11	0	12	1.02
2156460--2156559	26	3.9	24	80	15	94	76	10	0	14	1.03
2157448--2157472	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2162935--2162962	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2186847--2186871	13	1.9	13	100	0	50	72	0	20	8	1.10
2195423--2195460	20	1.9	20	84	10	51	44	5	0	50	1.24
2200959--2201024	33	2.0	33	84	0	87	37	15	6	40	1.72
2204608--2204676	34	2.1	34	91	5	115	34	2	0	62	1.10
2204604--2204676	13	5.8	13	72	16	64	35	2	0	61	1.10
2205418--2205474	30	1.9	30	88	0	87	29	15	5	49	1.67
2219508--2219545	20	1.9	20	84	10	51	55	10	18	15	1.68
2226897--2227060	81	2.0	81	100	0	328	26	18	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2249136--2249220	35	2.5	33	81	17	104	34	1	0	64	1.01
2252350--2252400	2	25.5	2	95	0	93	47	0	1	50	1.12
2252851--2252883	17	1.9	18	88	11	52	27	9	6	57	1.53
2257998--2258069	23	3.1	23	77	16	69	47	2	5	44	1.41
2257991--2258067	25	3.3	23	77	15	77	48	5	5	41	1.48
2258163--2258212	21	2.5	20	81	12	66	34	2	4	60	1.27
2258337--2258396	30	2.0	31	83	3	77	51	5	5	38	1.45
2258619--2258725	54	2.0	54	85	7	146	25	7	5	61	1.44
2259984--2260027	21	2.0	21	86	4	61	54	2	0	43	1.12
2262367--2262408	22	1.9	22	90	0	66	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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