genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167871.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_14, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22631831

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  111  of  125  ( 14885 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21109599--21109651	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21109797--21109849	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21109777--21110780	514	1.9	516	82	3	1250	24	28	26	21	1.99
21110817--21110869	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
21111687--21111739	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
21112593--21112645	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
21113462--21113514	26	2.0	26	89	7	81	22	18	28	30	1.98
21114184--21114236	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
21114955--21115007	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21114531--21115033	273	1.8	273	84	2	697	24	26	27	21	1.99
21121684--21121736	26	2.0	26	85	0	70	28	15	28	28	1.96
21120815--21123637	550	5.1	548	79	5	2662	24	26	25	23	2.00
21122234--21122286	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21122624--21122675	26	2.0	26	88	7	79	26	17	19	36	1.94
21122807--21122856	26	1.9	26	91	0	82	26	16	30	28	1.96
21122545--21122877	182	1.8	183	84	3	465	23	26	24	25	2.00
21123356--21123408	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
21123301--21123998	367	1.9	367	82	5	885	24	27	23	24	2.00
21123958--21124316	159	2.3	159	79	5	386	27	32	22	18	1.97
21124435--21124487	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
21124620--21124672	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
21124995--21125046	26	2.0	26	88	0	77	26	17	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21125820--21126249	159	2.7	156	73	7	382	23	29	26	20	1.99
21126297--21126348	26	2.0	26	92	0	86	26	19	28	25	1.98
21126481--21126533	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
21126137--21126606	185	2.5	183	78	4	505	24	25	27	22	2.00
21127908--21128279	196	1.9	196	88	1	557	21	26	28	23	1.99
21128124--21128176	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21128150--21128672	159	3.3	159	81	3	565	24	27	26	21	1.99
21128149--21128744	159	3.8	158	79	6	424	23	27	27	21	1.99
21128784--21128836	26	2.0	26	89	7	81	26	16	26	30	1.97
21128873--21128899	13	2.1	13	100	0	54	22	14	48	14	1.81
21129311--21129363	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21130042--21130097	26	2.2	26	84	12	71	32	16	21	30	1.95
21130142--21130487	159	2.2	159	86	0	494	21	32	30	15	1.95
21130546--21130599	26	2.1	26	86	6	74	27	14	24	33	1.94
21131253--21131305	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21131596--21131647	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
21132720--21132772	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21133067--21133117	26	2.0	26	96	0	93	25	21	25	27	1.99
21134876--21134928	26	2.0	26	85	7	72	26	18	22	32	1.97
21135072--21135123	25	2.0	26	92	3	88	26	25	21	26	1.99
21135572--21135624	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
21135768--21135820	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21134718--21137101	697	3.4	690	80	3	2496	21	25	29	23	1.99
21136269--21136321	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21136465--21136517	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
21137712--21137764	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21138055--21138107	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
21138188--21138219	11	2.9	11	95	0	55	18	25	34	21	1.96
21138801--21138859	26	2.3	26	90	0	100	27	27	20	25	1.99
21139141--21139849	196	3.7	192	75	10	624	22	26	26	24	2.00
21139409--21139461	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
21139789--21139841	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21139055--21139998	380	2.5	375	83	2	1147	22	25	27	24	2.00
21139815--21140314	158	3.2	157	77	4	477	21	26	28	24	1.99
21140290--21140340	26	2.0	26	92	7	86	27	25	15	31	1.96
21140498--21140550	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
21139435--21141407	709	2.8	694	81	4	2298	21	26	28	23	1.99
21140999--21141050	26	2.0	26	85	7	70	30	25	15	28	1.96
21141550--21141602	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21142072--21142121	26	1.9	26	88	8	75	28	26	18	28	1.98
21142549--21142599	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
21142914--21142966	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
21143416--21143468	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21143624--21143676	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21143806--21143861	26	2.2	26	86	0	76	26	25	19	28	1.99
21144008--21144058	26	2.0	26	88	7	77	29	23	21	25	1.99
21144087--21144855	159	4.9	159	78	4	692	19	25	30	24	1.98
21144329--21144719	158	2.5	159	80	5	432	19	24	31	25	1.98
21145117--21145169	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21144666--21145806	477	2.4	477	83	3	1341	22	25	27	24	2.00
21145594--21145646	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
21145987--21146039	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
21146352--21146404	26	2.0	26	85	7	72	26	26	16	30	1.97
21147494--21147791	159	1.9	158	80	3	348	20	27	29	22	1.98
21148132--21148184	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
21147891--21148273	198	1.9	199	83	2	502	21	27	27	23	1.99
21148476--21148528	26	2.0	26	89	7	81	30	20	16	32	1.95
21148509--21148835	158	2.1	159	82	2	390	19	23	32	24	1.98
21148538--21149001	158	2.9	158	76	6	359	19	25	31	24	1.98
21148757--21149262	265	1.9	265	82	3	624	17	27	28	26	1.98
21149243--21149295	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
21150022--21150074	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
21150522--21150574	26	2.0	26	96	0	97	24	24	20	30	1.99
21151335--21151387	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
21151836--21151888	26	2.0	26	82	7	63	28	22	18	30	1.98
21153242--21153293	26	2.0	26	88	7	79	28	25	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21152132--21153991	881	2.1	880	87	1	2668	25	24	23	26	2.00
21153964--21154016	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
21155183--21155235	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
21155456--21155508	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
21156691--21156769	26	3.0	26	96	3	142	26	24	20	29	1.99
21156910--21156966	26	2.2	26	93	0	96	28	26	19	26	1.99
21156940--21157430	158	3.1	156	77	5	495	19	26	29	24	1.98
21157415--21157467	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
21157955--21158007	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21159576--21160055	180	2.7	180	76	8	458	37	8	9	45	1.66
21159957--21160726	360	2.1	364	78	4	754	39	8	10	41	1.69
21160115--21160998	182	4.9	173	76	10	660	39	7	11	41	1.69
21160217--21160976	364	2.1	357	81	8	871	39	6	12	41	1.69
21160680--21161096	165	2.4	169	80	9	447	38	5	11	43	1.65
21161002--21161514	183	2.9	175	76	9	451	38	9	9	41	1.71
21161389--21161647	137	1.9	137	82	4	326	40	5	11	42	1.65
21161522--21162936	181	7.9	179	77	7	1261	40	8	10	41	1.69
21162887--21163010	64	2.0	61	93	4	212	35	9	10	44	1.72
21163722--21166427	181	15.1	176	73	11	1426	40	9	8	40	1.69
21166296--21166573	146	1.9	151	82	8	365	38	12	8	40	1.73
21166451--21167317	181	5.0	180	77	10	759	43	10	7	38	1.67
21167326--21176600	181	52.0	178	72	12	4135	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21167334--21176628	540	17.4	536	72	12	3869	41	9	8	40	1.68
21171700--21171999	164	1.8	161	85	6	426	44	7	8	40	1.62
21171852--21172495	180	3.6	179	78	7	646	42	8	8	40	1.66
21172353--21172650	155	1.9	155	82	4	368	42	9	10	37	1.72
21172545--21177107	181	25.2	181	73	9	2768	42	9	8	39	1.69
21173098--21173528	187	2.3	185	80	5	446	44	6	9	39	1.63
21172631--21174708	367	5.7	361	74	9	1305	41	9	9	39	1.69
21167329--21176574	895	10.4	903	73	10	2878	41	9	8	40	1.68
21176605--21176638	17	2.1	17	88	5	52	26	20	8	44	1.81
21176657--21176723	30	2.2	30	91	0	116	49	10	7	32	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125