genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

This is table  107  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19248830--19248880	21	2.5	21	79	20	63	49	0	0	50	1.00
19256604--19256658	27	2.0	27	82	6	67	54	0	1	43	1.10
19256641--19256703	19	3.5	19	77	10	53	57	1	0	41	1.08
19256722--19256842	66	1.9	62	80	19	142	53	3	0	42	1.17
19257022--19257053	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19257718--19257801	19	4.2	19	75	15	71	59	2	3	34	1.28
19257718--19257801	20	4.2	21	76	7	68	59	2	3	34	1.28
19258135--19258201	23	2.7	25	79	18	70	43	0	0	56	0.99
19258134--19258211	31	2.6	29	81	16	95	42	0	0	57	0.98
19258173--19258233	14	4.3	14	76	16	54	37	1	1	59	1.17
19258914--19258950	15	2.6	14	87	8	56	27	2	0	70	1.01
19260350--19260407	30	1.9	30	93	6	100	39	5	0	55	1.22
19260859--19260904	6	7.3	6	84	15	58	63	0	4	32	1.14
19260859--19260904	13	3.6	13	91	8	69	63	0	4	32	1.14
19260899--19260964	24	2.8	24	72	19	66	48	0	4	46	1.22
19260899--19261008	48	2.2	48	80	10	116	47	0	4	48	1.22
19270017--19270070	27	1.9	29	85	7	76	44	1	5	48	1.37
19270097--19270137	19	2.2	19	86	0	55	70	0	9	19	1.14
19272404--19272467	30	2.1	30	91	0	101	51	1	6	40	1.36
19272413--19272525	60	1.9	59	80	8	131	49	3	9	37	1.53
19272730--19272767	19	1.9	19	89	5	58	44	0	21	34	1.52
19274786--19274869	44	1.9	44	90	4	134	42	7	9	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19291463--19292147	238	2.9	237	81	5	783	18	23	14	43	1.87
19291463--19292106	119	5.4	120	82	3	694	19	23	14	42	1.88
19292365--19292537	93	1.9	93	85	4	242	21	30	20	27	1.98
19292571--19292637	3	22.3	3	81	0	71	28	4	2	64	1.28
19293064--19293115	10	4.8	11	83	9	63	9	0	19	71	1.13
19293067--19293106	12	3.5	12	80	13	57	10	0	12	77	0.99
19293067--19293115	21	2.3	22	82	3	64	8	0	16	75	1.03
19294991--19295106	29	4.1	28	73	12	94	35	6	3	55	1.42
19297502--19297635	67	2.0	67	100	0	268	38	10	22	28	1.87
19304260--19304289	14	2.1	14	93	0	51	63	0	13	23	1.29
19305079--19305119	13	3.4	12	80	12	57	48	0	17	34	1.47
19306361--19306404	22	2.0	21	91	4	70	65	2	4	27	1.23
19307257--19307298	19	2.3	19	87	4	59	50	2	0	47	1.14
19310180--19310220	22	2.0	21	85	9	57	31	7	26	34	1.84
19314107--19314157	15	2.9	18	83	13	63	74	3	13	7	1.18
19316439--19316594	63	2.4	64	78	5	163	46	8	19	25	1.79
19317037--19317080	17	2.6	17	100	0	88	31	11	18	38	1.86
19317508--19317624	45	2.6	45	82	2	137	51	14	3	30	1.59
19317508--19317673	45	3.7	43	76	8	134	46	13	5	33	1.66
19317662--19317730	36	1.9	36	93	0	120	43	11	10	34	1.75
19320534--19320672	68	2.0	68	100	0	278	51	8	8	31	1.63
19320614--19320866	133	1.9	131	81	7	307	49	11	10	28	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19322593--19322645	21	2.3	21	76	23	54	67	1	3	26	1.17
19324555--19324583	14	2.0	15	93	6	51	68	0	6	24	1.13
19328402--19328453	23	2.2	23	82	6	59	65	5	3	25	1.32
19329489--19329571	43	2.0	42	85	2	112	46	2	0	50	1.14
19329627--19329958	167	2.0	167	82	3	409	46	4	7	41	1.53
19331589--19331615	10	2.7	10	100	0	54	66	0	0	33	0.92
19338873--19338935	16	3.9	16	74	15	58	22	6	28	42	1.78
19339418--19339505	38	2.3	38	88	0	122	14	27	34	23	1.94
19342632--19342774	73	2.0	73	90	1	225	48	6	5	39	1.52
19346543--19346598	13	4.5	13	74	17	55	55	0	3	41	1.17
19348188--19348243	6	9.7	6	81	7	55	30	0	1	67	1.01
19348197--19348233	19	1.9	19	88	0	56	32	0	2	64	1.07
19348190--19348238	19	2.8	17	76	11	53	30	0	2	67	1.02
19349804--19349978	96	1.8	96	88	0	269	36	14	22	26	1.92
19352938--19353024	20	4.3	20	75	10	70	8	11	1	79	0.99
19355077--19355310	59	4.0	58	85	8	269	49	5	11	32	1.63
19355084--19355355	58	4.7	57	85	7	298	49	5	11	33	1.61
19355162--19355258	32	3.2	32	68	14	96	49	7	11	31	1.66
19355093--19355355	120	2.3	118	82	7	315	47	5	12	34	1.63
19358317--19358356	19	2.1	19	85	4	53	27	10	7	55	1.60
19358826--19358875	5	10.2	5	81	12	50	86	2	12	0	0.67
19358828--19358876	25	2.0	24	92	4	80	87	2	10	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19359251--19359353	8	12.6	8	73	12	50	72	0	21	5	1.05
19359243--19359323	17	4.8	16	78	14	83	76	0	19	3	0.93
19359288--19359336	7	6.4	7	78	17	53	73	0	16	10	1.09
19360642--19360758	51	2.3	50	80	5	119	29	14	14	41	1.86
19360720--19360767	17	2.8	17	74	0	51	35	10	14	39	1.80
19360941--19361556	86	7.2	86	80	4	524	23	18	14	43	1.87
19360961--19361605	172	3.8	172	80	4	629	24	18	13	43	1.86
19361351--19361854	86	5.9	86	75	8	359	23	17	14	44	1.85
19361498--19361945	85	5.2	84	75	9	334	22	17	15	44	1.86
19361539--19361875	171	2.0	170	80	4	383	23	17	15	43	1.87
19364033--19364349	57	5.5	56	83	7	370	45	7	12	34	1.70
19376359--19376433	11	6.9	11	72	13	57	28	1	1	69	1.05
19382071--19382112	18	2.4	18	92	4	68	33	30	16	19	1.94
19382079--19382120	18	2.3	18	87	0	57	30	21	19	28	1.97
19389092--19389135	17	2.6	17	96	0	79	40	31	6	20	1.79
19395959--19396123	82	2.0	82	95	1	296	23	13	8	53	1.67
19398664--19399077	216	1.9	215	83	6	534	32	14	14	39	1.86
19403721--19403761	14	2.8	15	85	7	57	17	2	2	78	0.98
19409023--19409065	22	1.9	23	90	4	70	25	9	18	46	1.79
19409082--19409310	64	3.6	63	76	7	201	24	19	11	44	1.83
19410331--19410366	14	2.5	15	90	4	56	16	0	2	80	0.83
19410339--19410387	20	2.5	19	83	6	62	16	4	2	77	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19418433--19418516	42	2.0	42	97	0	159	38	16	15	29	1.90
19418733--19418780	14	3.4	14	79	2	51	6	2	41	50	1.39
19419948--19420004	20	2.8	20	74	12	55	28	8	14	49	1.72
19420226--19420518	51	5.7	51	74	7	238	33	17	19	30	1.94
19420235--19420533	153	2.0	152	78	5	316	33	17	18	30	1.94
19422335--19422393	28	2.1	27	81	9	66	1	16	3	77	0.98
19422380--19422414	10	3.4	11	92	7	56	14	17	0	68	1.21
19423907--19424670	396	1.9	397	90	0	1206	40	10	16	32	1.84
19424746--19424926	37	4.9	37	82	5	170	33	11	20	34	1.89
19424720--19424929	74	2.8	74	75	7	203	32	12	20	34	1.90
19426372--19426547	87	2.0	86	94	1	307	36	13	17	32	1.88
19426496--19426591	37	2.6	36	80	9	106	32	9	21	36	1.86
19427565--19427607	9	5.0	9	80	11	54	11	6	0	81	0.87
19427569--19427605	16	2.3	16	90	0	56	10	5	0	83	0.79
19428372--19428405	17	1.9	17	88	5	50	41	5	0	52	1.25
19429829--19430100	118	2.3	116	85	5	352	34	12	7	44	1.71
19429825--19430122	58	5.2	58	78	9	288	36	11	8	43	1.71
19429829--19430112	59	4.9	58	80	5	297	34	12	7	45	1.70
19430117--19430179	10	6.1	10	81	7	72	80	0	3	15	0.83
19430123--19430257	10	12.3	11	68	20	61	73	2	2	21	1.08
19430208--19430262	13	4.2	13	77	13	58	78	0	1	20	0.85
19431178--19431249	14	4.8	14	75	17	56	62	1	5	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19431169--19431253	26	3.8	22	78	17	77	62	1	4	31	1.23
19431178--19431261	26	3.5	25	81	12	97	61	1	4	32	1.24
19431378--19431426	6	8.5	6	80	17	59	73	0	0	26	0.83
19431384--19431458	7	11.0	7	80	8	57	76	2	0	21	0.92
19431384--19431456	34	2.1	34	85	5	94	75	2	0	21	0.93
19431641--19431787	42	3.4	43	78	3	152	40	20	13	25	1.89
19431960--19432287	42	7.7	42	82	3	354	36	19	17	26	1.94
19433290--19433336	10	5.0	9	85	15	60	12	12	2	72	1.21
19433291--19433330	17	2.2	19	91	8	66	12	12	0	75	1.06
19440861--19440913	22	2.4	22	96	0	97	16	20	3	58	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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