genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  43  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8636037--8636079	13	3.2	13	78	18	52	67	9	4	18	1.36
8636931--8637005	3	26.0	3	71	12	50	57	1	8	33	1.36
8636998--8637037	17	2.5	17	88	8	57	47	5	2	45	1.38
8637340--8637461	54	2.3	54	85	2	156	36	13	24	26	1.92
8637441--8637702	114	2.3	113	77	7	271	36	14	24	25	1.93
8637795--8638176	114	3.4	114	77	5	317	35	12	25	26	1.92
8638918--8638950	17	1.9	17	93	0	57	0	3	12	84	0.72
8641966--8642000	16	2.2	16	90	5	54	80	2	5	11	1.00
8644924--8644957	17	1.9	17	88	5	50	82	0	14	2	0.79
8656038--8656077	21	2.0	20	85	14	55	20	7	12	60	1.56
8659484--8659550	28	2.4	31	73	21	83	62	2	0	34	1.10
8659929--8659973	21	2.2	20	84	11	56	40	0	8	51	1.33
8660004--8660055	15	3.4	15	73	5	50	71	5	0	23	1.07
8666930--8666963	15	2.3	15	89	0	50	73	0	0	26	0.83
8666961--8667014	19	2.8	19	79	17	58	55	0	0	44	0.99
8666961--8667024	21	3.0	21	84	13	71	53	0	0	46	1.00
8667039--8667084	12	3.8	12	85	5	65	56	0	0	43	0.99
8667034--8667088	18	2.9	18	78	5	56	56	0	1	41	1.10
8668015--8668050	14	2.6	15	87	12	51	47	0	0	52	1.00
8673918--8673960	8	5.2	8	77	5	50	81	4	4	9	0.97
8673918--8673960	17	2.6	16	89	7	68	81	4	4	9	0.97
8675285--8675320	4	9.0	4	87	0	54	75	2	0	22	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8679335--8679376	13	3.2	13	80	6	57	80	2	14	2	0.90
8679345--8679380	16	2.2	17	90	5	56	80	2	11	5	0.98
8681695--8681736	20	2.1	20	100	0	84	30	19	19	30	1.96
8681745--8681940	67	2.9	67	83	3	225	31	18	13	36	1.90
8681787--8681892	32	3.2	32	69	17	90	29	20	16	33	1.94
8681731--8681955	33	6.7	33	68	11	82	31	17	14	36	1.90
8682278--8682418	33	4.1	33	70	15	90	27	12	14	44	1.82
8682316--8682414	36	2.8	36	77	7	103	21	13	18	47	1.82
8682502--8682574	34	2.1	34	87	0	101	30	4	15	50	1.62
8682502--8682621	35	3.5	34	81	1	105	32	5	12	49	1.64
8682536--8682680	35	4.1	35	80	2	130	28	7	13	49	1.70
8682293--8682928	267	2.4	267	78	4	637	32	9	14	43	1.78
8682770--8682841	34	2.2	33	85	7	92	30	11	15	43	1.81
8683499--8683534	17	2.2	17	90	5	56	44	13	27	13	1.82
8688081--8688117	17	2.2	17	90	0	56	40	0	8	51	1.32
8688509--8688533	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8689700--8689728	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8690213--8690260	2	25.0	2	87	8	73	47	0	2	50	1.12
8691006--8691040	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
8691185--8691215	15	2.1	15	100	0	62	32	6	12	48	1.67
8691207--8691231	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8692374--8692399	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8693611--8693653	13	3.4	12	81	9	50	51	2	0	46	1.13
8694147--8694194	20	2.4	21	86	6	64	39	0	2	58	1.10
8697995--8698051	26	2.2	26	84	6	71	10	3	8	77	1.11
8698058--8698093	16	2.3	15	90	4	54	25	0	8	66	1.19
8698120--8698164	20	2.3	20	85	7	58	62	2	6	28	1.33
8698822--8698950	52	2.5	52	87	1	188	44	9	11	34	1.73
8701950--8702029	22	3.7	22	77	1	90	37	13	15	33	1.86
8701937--8702137	44	4.6	43	73	4	145	36	16	16	29	1.91
8706885--8706991	8	14.9	7	70	20	53	33	1	3	60	1.25
8706971--8707000	14	2.1	14	93	0	51	33	0	0	66	0.92
8707389--8707442	25	2.2	25	86	6	74	37	5	18	38	1.74
8707957--8708029	5	14.4	5	73	21	55	15	5	1	78	1.00
8707956--8708000	6	7.5	6	80	9	56	13	2	2	82	0.86
8707956--8708040	30	2.7	30	82	14	84	15	7	1	76	1.06
8708056--8708353	63	4.9	59	81	11	341	44	8	10	35	1.70
8708067--8708353	121	2.3	120	84	8	366	44	8	11	35	1.71
8709947--8709984	18	2.1	19	85	14	53	2	18	0	78	0.86
8712804--8712942	61	2.3	61	84	2	181	36	8	21	33	1.84
8722594--8722739	74	2.0	74	88	0	220	43	13	13	29	1.83
8725728--8725801	21	3.5	21	71	14	62	70	1	4	24	1.13
8725764--8725823	9	6.2	9	79	12	57	70	0	5	25	1.08
8727637--8727691	24	2.2	25	90	3	85	72	0	5	21	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8728058--8728119	16	3.9	16	79	8	72	35	11	17	35	1.86
8728059--8728104	15	3.0	15	87	3	56	34	10	15	39	1.82
8728059--8728119	32	1.9	31	90	3	95	34	11	18	36	1.86
8728160--8728210	18	2.9	17	80	11	57	27	9	15	47	1.77
8728275--8728386	49	2.2	50	81	6	129	42	13	13	30	1.82
8728314--8728386	26	2.8	26	67	22	64	42	9	13	34	1.77
8728348--8728388	18	2.4	18	88	8	59	43	9	12	34	1.75
8728357--8728391	18	1.9	18	100	0	70	40	8	11	40	1.72
8728383--8728425	18	2.5	17	77	7	50	30	4	13	51	1.62
8730134--8730201	15	4.3	16	83	9	95	10	10	0	79	0.94
8730137--8730201	10	6.7	10	70	22	50	10	10	0	78	0.97
8730150--8730199	7	6.7	7	78	13	55	12	12	0	76	1.04
8730626--8730659	17	2.0	17	88	0	50	8	14	2	73	1.19
8733354--8733406	20	2.8	18	81	16	54	39	11	18	30	1.86
8733363--8733407	20	2.2	21	88	11	67	35	8	20	35	1.84
8733570--8733616	20	2.3	20	78	10	51	55	10	6	27	1.58
8734245--8734300	18	3.2	18	71	5	51	30	3	35	30	1.75
8736720--8736842	61	2.0	61	100	0	246	33	8	14	43	1.75
8739670--8739702	15	2.1	16	88	5	50	51	6	24	18	1.68
8739719--8739750	17	1.9	16	93	6	55	12	0	6	81	0.87
8740063--8740127	31	2.1	31	88	0	94	33	16	10	38	1.84
8740636--8740685	19	2.8	17	77	16	57	8	8	4	80	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8741806--8741862	8	6.8	8	80	11	69	17	3	0	78	0.88
8741806--8741863	17	3.4	17	83	6	73	18	3	0	77	0.91
8742879--8742919	2	20.5	2	84	0	55	51	7	0	41	1.30
8746829--8746856	13	2.2	13	100	0	56	0	21	0	78	0.75
8748314--8748367	14	3.9	14	76	11	58	14	0	7	77	0.97
8748307--8748371	26	2.4	27	84	2	87	13	0	6	80	0.90
8748328--8748378	26	2.0	26	88	0	75	17	0	3	78	0.90
8748527--8748707	50	3.6	50	80	6	186	45	14	6	33	1.71
8749996--8750033	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8750366--8750390	13	1.9	13	100	0	50	24	4	0	72	1.02
8750912--8750952	21	2.0	21	85	4	57	17	9	4	68	1.35
8751228--8751287	19	3.0	20	80	7	68	26	1	1	70	1.07
8755303--8755327	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
8755787--8755821	11	3.1	11	88	8	52	40	0	2	57	1.14
8756195--8756219	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
8757737--8757803	31	2.2	31	94	0	116	28	4	16	50	1.64
8757813--8758144	139	2.3	142	80	7	363	25	10	12	51	1.71
8761455--8761498	14	2.9	15	86	10	63	77	0	6	15	0.97
8762619--8762756	71	2.0	70	88	1	204	26	11	15	46	1.80
8762731--8762786	25	2.2	25	74	0	58	32	14	14	39	1.86
8763443--8763679	42	5.5	42	70	13	135	29	10	14	44	1.80
8763353--8763635	133	2.1	133	84	3	365	29	12	14	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8763610--8763698	42	2.1	42	82	12	103	31	12	12	43	1.79
8763787--8763888	49	2.1	49	80	7	109	29	10	15	44	1.81
8767436--8767501	26	2.6	24	79	13	78	46	1	1	50	1.20
8767443--8767501	26	2.3	27	88	5	95	47	0	1	50	1.11
8767470--8767550	16	5.0	15	71	19	56	48	2	1	48	1.23
8767521--8767563	18	2.3	19	84	11	54	51	2	2	44	1.27
8767595--8767722	18	8.2	15	76	14	77	39	0	2	57	1.17
8767585--8767670	18	4.8	18	75	11	79	38	1	1	59	1.13
8767607--8767725	46	2.6	45	82	7	116	39	0	2	57	1.18
8767619--8767729	18	6.6	17	78	16	101	37	0	2	58	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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