genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  34  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7004905--7004942	2	20.0	2	84	10	53	50	2	0	47	1.15
7011054--7011103	21	2.4	21	83	12	59	50	0	2	48	1.12
7026360--7026430	36	2.0	36	88	5	108	42	14	22	21	1.88
7027713--7027768	2	28.0	2	100	0	112	50	0	50	0	1.00
7033575--7033608	18	1.9	17	94	5	59	79	5	0	14	0.91
7036725--7036758	13	2.6	13	95	0	59	47	0	0	52	1.00
7036782--7036894	57	2.0	57	91	1	181	43	4	15	37	1.66
7036694--7036956	58	4.6	57	79	11	220	42	4	12	40	1.63
7039309--7039410	30	3.4	29	76	10	89	38	13	6	41	1.72
7040364--7040407	22	2.0	21	83	12	54	52	2	15	29	1.55
7041055--7041107	11	4.9	11	73	13	56	52	5	3	37	1.43
7041036--7041156	22	5.6	22	78	2	102	47	4	9	38	1.57
7041304--7041400	22	4.4	22	74	10	74	55	4	7	32	1.46
7041445--7041510	29	2.2	31	78	10	75	48	4	4	42	1.44
7041497--7041619	22	5.6	22	73	0	93	45	9	6	38	1.63
7041642--7041721	22	3.6	22	79	0	88	45	6	10	38	1.63
7041632--7041747	44	2.6	44	79	0	115	48	6	9	36	1.60
7041869--7041901	14	2.4	14	85	5	50	63	0	3	33	1.10
7042109--7042362	22	11.6	22	70	12	87	51	3	6	37	1.46
7042109--7042319	65	3.2	64	78	7	176	52	4	5	37	1.45
7042124--7042335	43	4.9	43	77	6	133	52	4	6	37	1.46
7042404--7042441	19	2.0	19	90	10	60	55	2	10	31	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7042627--7042692	34	2.0	33	87	3	96	48	4	7	39	1.52
7042655--7042714	22	2.7	22	86	0	84	43	3	11	41	1.57
7042600--7042715	56	2.1	56	82	4	137	45	6	7	40	1.57
7043322--7043362	3	13.7	3	94	0	73	34	0	0	65	0.93
7055996--7056061	27	2.4	28	92	7	116	24	6	6	63	1.40
7056201--7056283	36	2.3	36	85	2	105	31	14	3	50	1.60
7058086--7058142	23	2.4	25	75	22	59	40	1	0	57	1.09
7058097--7058144	22	2.1	24	82	17	59	45	2	0	52	1.12
7064506--7064550	22	2.0	22	91	0	72	51	0	0	48	1.00
7064506--7064555	20	2.4	21	83	6	66	50	0	0	50	1.00
7064563--7064630	32	2.2	30	82	12	75	36	0	1	61	1.05
7064649--7064689	20	2.0	21	85	4	57	39	12	0	48	1.41
7065678--7065704	14	1.9	14	100	0	54	70	7	0	22	1.12
7070901--7070947	20	2.4	20	80	20	55	57	4	0	38	1.18
7077946--7078014	31	2.2	30	80	7	75	37	7	5	49	1.55
7079740--7079803	25	2.6	25	87	5	85	21	3	3	71	1.13
7081681--7081791	33	3.4	32	69	20	79	71	1	9	17	1.22
7081767--7081808	17	2.5	17	88	7	59	76	2	9	11	1.12
7081700--7081810	50	2.2	49	81	15	122	71	1	11	15	1.23
7081723--7081821	50	2.1	45	81	9	108	70	2	10	17	1.24
7083528--7083583	22	2.6	21	80	8	67	69	0	14	16	1.19
7085896--7085926	14	2.2	14	94	0	53	35	3	3	58	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7086697--7086748	14	3.8	14	75	12	54	67	3	7	21	1.32
7108367--7108395	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
7122210--7122253	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
7122252--7122304	3	17.7	3	88	0	79	3	1	28	66	1.20
7122213--7122319	6	17.8	6	93	0	88	17	0	14	66	1.31
7123897--7124612	195	3.6	195	77	8	624	37	13	8	40	1.76
7123897--7124638	205	3.7	200	77	8	672	36	13	9	41	1.76
7126327--7126364	20	1.9	20	94	0	67	28	0	0	71	0.87
7126332--7126373	20	2.1	20	86	0	57	35	0	0	64	0.94
7129472--7129566	24	4.2	22	72	22	72	43	2	5	49	1.37
7129903--7129936	8	4.0	8	88	11	50	38	0	0	61	0.96
7131791--7131846	15	3.8	15	79	11	53	32	1	0	66	1.03
7143953--7144006	24	2.2	25	83	3	65	53	7	7	31	1.56
7144440--7144477	20	1.9	20	94	0	67	28	0	0	71	0.87
7147570--7147664	24	4.2	22	72	22	72	43	2	5	49	1.37
7148000--7148033	8	4.0	8	88	11	50	38	0	0	61	0.96
7149890--7149945	14	4.0	14	76	15	53	33	1	0	64	1.04
7149890--7149945	27	2.1	27	83	12	71	33	1	0	64	1.04
7157712--7157832	34	3.4	33	71	14	91	47	0	0	50	1.12
7157800--7157839	21	2.0	21	90	5	64	47	0	0	52	1.00
7158083--7158114	10	3.1	11	86	13	50	34	0	0	65	0.93
7161183--7161227	23	1.9	24	86	13	67	37	6	2	53	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7168433--7168534	30	3.3	30	85	9	134	37	0	0	61	1.03
7168521--7168565	16	2.6	18	75	17	58	53	4	0	42	1.21
7170537--7170580	19	2.2	20	88	4	63	47	18	0	34	1.49
7177341--7177419	29	2.7	29	82	9	90	40	5	2	51	1.37
7177372--7177479	30	3.6	31	79	7	116	39	12	0	47	1.47
7181365--7181391	14	1.9	14	100	0	54	44	7	18	29	1.77
7182045--7182211	90	1.9	90	84	5	230	32	11	6	49	1.64
7182415--7182770	193	1.8	194	81	5	443	27	12	9	49	1.72
7182611--7182863	126	2.0	129	80	6	293	30	12	9	47	1.74
7189435--7189473	14	2.7	14	88	4	51	17	2	2	76	1.01
7194730--7194768	14	2.7	15	88	4	62	66	0	0	33	0.92
7194730--7194811	14	5.6	14	71	15	58	67	6	0	26	1.14
7194771--7194812	10	4.2	10	79	11	50	69	7	0	23	1.13
7194760--7194810	20	2.5	20	84	9	59	68	9	0	21	1.18
7194772--7194823	20	2.5	20	78	12	52	67	5	0	26	1.13
7194886--7194920	11	3.2	11	95	0	61	48	0	2	48	1.16
7196586--7196637	26	2.0	26	84	0	68	46	0	5	48	1.26
7197117--7197154	13	2.7	14	88	8	51	39	0	0	60	0.97
7198892--7199334	70	6.2	71	75	7	240	45	4	8	40	1.56
7198918--7199122	72	2.8	72	80	7	202	47	5	5	40	1.50
7198972--7199197	72	3.2	71	80	7	237	48	4	6	40	1.48
7198999--7199334	71	4.7	70	76	8	206	45	4	8	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7198999--7199264	142	1.9	142	81	7	326	45	4	7	42	1.52
7199008--7199350	142	2.4	141	77	10	306	46	4	8	40	1.56
7199177--7199520	185	1.9	186	82	6	448	45	5	9	38	1.61
7199364--7199596	71	3.3	69	79	8	238	44	5	7	42	1.55
7199364--7199653	71	4.1	70	75	11	218	43	6	7	43	1.57
7199552--7199847	97	3.1	97	98	0	574	42	6	5	45	1.53
7199629--7199679	25	2.0	26	92	3	86	45	7	3	43	1.51
7199726--7199776	25	2.0	26	92	3	86	45	7	3	43	1.51
7201453--7201490	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
7203725--7203778	25	2.0	27	82	10	67	37	1	3	57	1.27
7203899--7203923	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
7208879--7208938	9	6.3	9	77	11	57	56	3	3	36	1.32
7208890--7208946	29	2.0	30	86	6	82	59	1	3	35	1.25
7208962--7209093	18	7.2	18	70	17	76	64	5	1	28	1.24
7208962--7209001	19	2.2	18	90	4	62	67	2	2	27	1.16
7208989--7209087	37	2.6	38	82	7	112	62	7	1	29	1.28
7208989--7209087	38	2.6	37	82	9	110	62	7	1	29	1.28
7209327--7209373	22	2.2	21	82	10	60	40	2	2	55	1.24
7209399--7209490	29	3.2	27	77	18	89	28	1	8	61	1.32
7209518--7209575	30	1.9	30	86	6	82	32	1	1	63	1.14
7209539--7209573	17	2.0	18	94	5	63	34	2	0	62	1.10
7209416--7209597	9	19.1	9	65	18	50	29	2	7	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7210460--7210502	18	2.3	19	80	15	54	4	9	2	83	0.87
7211839--7211874	16	2.2	16	95	0	63	52	0	22	25	1.47
7222869--7222942	36	2.1	36	92	0	121	29	18	32	18	1.96
7223715--7223750	15	2.5	15	90	4	56	63	13	2	19	1.41
7224125--7224157	12	2.7	13	90	9	52	21	6	21	51	1.69
7227324--7227380	6	9.5	6	81	14	73	0	21	49	29	1.50
7227318--7227380	12	5.2	12	85	11	85	0	22	47	30	1.51
7229003--7229033	10	3.1	10	95	0	53	58	3	0	38	1.15
7230320--7230667	188	1.9	187	84	4	477	39	9	6	43	1.65
7231104--7231128	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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