genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  15  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2560975--2561237	42	6.3	41	81	6	289	25	10	18	45	1.82
2560975--2561237	83	3.2	80	80	8	305	25	10	18	45	1.82
2562500--2562563	26	2.5	26	85	7	78	46	3	7	42	1.48
2562690--2562742	25	2.1	25	86	6	72	45	9	9	35	1.69
2562852--2563072	115	2.0	111	85	7	302	50	8	15	25	1.72
2562923--2563117	56	3.6	53	78	8	196	47	8	15	29	1.74
2562846--2563093	115	2.2	114	81	8	296	52	8	14	25	1.68
2564201--2564247	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
2564942--2564993	24	2.2	24	96	0	95	26	21	11	40	1.87
2572576--2573403	59	13.9	56	80	12	783	35	12	4	47	1.63
2572576--2573403	116	7.0	115	79	13	774	35	12	4	47	1.63
2572736--2572876	71	2.0	71	90	2	221	33	12	6	47	1.67
2572882--2572971	27	3.2	27	65	17	74	35	16	4	43	1.68
2574962--2575402	171	2.6	171	89	2	661	37	13	7	41	1.73
2576424--2576485	21	2.7	24	73	14	60	74	1	4	19	1.09
2576424--2576484	23	2.7	22	75	12	61	75	1	4	18	1.06
2578324--2578362	17	2.4	17	84	16	55	41	7	0	51	1.31
2578324--2578358	17	2.1	18	89	10	56	42	8	0	48	1.33
2584540--2584581	1	42.0	1	100	0	84	0	0	0	100	0.00
2584767--2584805	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
2592946--2593011	26	2.8	24	78	13	73	51	6	4	37	1.47
2597395--2597470	29	2.6	27	78	15	71	30	2	1	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2597708--2597799	27	3.4	27	82	7	116	31	6	2	59	1.35
2597780--2597815	16	2.2	16	95	0	63	22	5	0	72	1.05
2598546--2598597	3	17.7	3	92	7	81	28	1	0	69	0.99
2598555--2598598	23	1.9	23	100	0	88	27	2	0	70	0.99
2598623--2598656	10	3.1	11	91	8	52	17	2	0	79	0.86
2598652--2598678	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
2598671--2598851	58	3.1	56	82	9	204	47	6	7	38	1.57
2603173--2603345	83	2.1	82	95	1	310	46	6	3	43	1.46
2603295--2603390	48	2.0	48	91	2	158	45	6	2	45	1.40
2604239--2604323	42	2.0	43	83	2	109	32	8	7	51	1.59
2606515--2606605	42	2.2	42	98	2	175	40	30	6	21	1.79
2620033--2620072	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2632093--2632160	30	2.3	30	80	7	77	41	0	1	57	1.08
2633959--2634017	31	1.9	31	85	0	82	42	16	11	28	1.84
2634610--2634749	42	3.3	41	82	4	145	26	6	10	56	1.57
2634628--2634836	81	2.5	82	77	6	210	25	9	11	53	1.66
2635273--2635343	32	2.2	32	82	0	88	59	8	8	23	1.54
2635883--2635986	42	2.5	41	79	6	102	46	3	25	24	1.70
2639309--2639452	72	2.0	75	81	9	172	56	21	4	16	1.58
2639665--2639714	26	1.9	26	95	0	91	48	2	14	36	1.55
2642871--2642923	24	2.2	24	86	6	72	54	1	7	35	1.40
2653709--2653798	44	2.0	44	93	0	153	45	20	10	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2666404--2666432	14	2.1	14	100	0	58	24	34	0	41	1.55
2668344--2668397	22	2.2	24	78	21	60	29	5	3	61	1.36
2668572--2668644	30	2.4	29	82	6	83	39	0	1	58	1.06
2669370--2669398	7	4.1	7	100	0	58	86	0	0	13	0.58
2674531--2674569	19	2.1	19	90	0	60	46	25	15	12	1.81
2679923--2679978	27	2.1	27	83	6	69	53	0	7	39	1.28
2680054--2680138	28	3.1	27	76	21	72	57	0	1	41	1.06
2686234--2686265	16	1.9	17	93	6	57	71	3	0	25	1.00
2693357--2693390	17	2.0	17	88	11	52	11	14	2	70	1.27
2702562--2702598	2	19.0	2	88	5	58	48	0	0	51	1.00
2702714--2702741	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
2703004--2703080	37	2.1	37	92	2	129	25	16	10	46	1.79
2704348--2704415	24	2.8	23	77	14	57	36	0	1	61	1.05
2704370--2704438	30	2.3	31	82	5	86	42	0	1	56	1.08
2707869--2707942	37	2.2	31	75	22	78	51	12	12	24	1.73
2707877--2707952	37	2.1	37	94	0	134	50	10	15	23	1.75
2708049--2708078	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2712349--2712373	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2712877--2712906	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2713834--2713876	23	1.9	22	86	13	61	37	0	2	60	1.10
2725822--2725852	10	3.1	10	90	0	53	35	19	12	32	1.90
2734529--2734588	31	1.9	32	96	3	113	51	13	10	25	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754351--2754414	18	3.8	17	70	16	53	50	1	0	48	1.10
2754343--2754421	25	3.2	25	76	7	72	53	1	0	45	1.08
2756898--2756937	13	2.9	14	88	7	55	72	0	2	25	0.97
2759323--2759356	16	2.1	16	88	0	50	17	20	14	47	1.83
2764879--2764920	13	3.2	13	80	6	50	52	0	0	47	1.00
2764862--2764901	18	2.2	18	86	8	55	50	0	0	50	1.00
2773498--2773554	24	2.4	24	85	5	71	17	26	33	22	1.96
2781353--2781382	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
2786911--2786944	14	2.4	14	90	0	50	0	5	8	85	0.75
2791306--2791358	23	2.2	24	83	10	63	58	0	0	41	0.98
2792732--2792757	12	2.2	12	100	0	52	15	34	0	50	1.45
2792766--2792812	24	2.0	23	83	4	58	53	6	31	8	1.57
2795112--2795161	24	2.1	24	84	0	64	24	8	8	60	1.52
2796482--2796521	8	5.1	8	84	3	55	40	0	0	60	0.97
2796467--2796519	26	2.1	25	85	3	70	39	0	0	60	0.97
2796508--2796563	21	2.5	22	88	8	87	46	0	0	53	1.00
2797007--2797074	32	2.1	33	83	5	84	54	8	4	32	1.51
2799126--2799154	14	2.0	15	93	6	51	27	0	6	65	1.18
2800475--2800543	13	5.8	12	78	11	70	62	0	1	36	1.04
2800483--2800544	24	2.6	24	80	10	72	62	0	1	35	1.05
2800543--2800591	22	2.2	22	82	10	55	53	0	2	44	1.12
2800630--2800686	20	3.0	20	76	7	64	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2823299--2823372	30	2.6	29	79	10	80	60	4	5	29	1.37
2827675--2827704	15	2.0	15	100	0	60	46	20	20	13	1.83
2827947--2827991	15	3.1	15	76	23	51	42	0	0	57	0.98
2828267--2828296	10	3.0	10	95	0	51	33	0	0	66	0.92
2828307--2828370	28	2.1	30	83	11	78	45	4	1	48	1.32
2831442--2831471	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2842716--2842807	26	3.7	26	74	15	86	43	3	2	51	1.30
2842737--2842779	17	2.5	17	80	0	50	46	2	0	51	1.13
2842712--2842807	49	2.0	49	91	0	156	43	3	2	51	1.29
2843116--2843155	6	6.7	6	97	0	62	40	0	0	60	0.97
2849988--2850038	24	2.1	25	82	13	63	33	1	1	62	1.17
2850644--2850692	13	4.0	13	74	12	50	48	0	0	51	1.00
2850646--2850690	24	1.9	23	90	4	72	48	0	0	51	1.00
2850730--2850795	24	2.7	24	88	4	87	36	0	0	63	0.95
2851521--2851559	13	2.9	14	84	7	62	38	0	0	61	0.96
2851776--2851819	16	2.8	16	85	0	61	43	0	0	56	0.99
2852104--2852148	16	2.8	17	90	9	69	48	0	0	51	1.00
2852107--2852160	18	3.2	17	82	12	58	53	0	0	46	1.00
2852123--2852199	24	3.2	24	71	16	70	51	1	0	46	1.09
2856334--2856376	14	3.1	14	86	6	52	53	6	0	39	1.28
2856321--2856391	37	1.9	37	86	11	101	52	7	0	40	1.29
2857236--2857269	14	2.4	15	90	9	54	35	0	2	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2858275--2858309	18	1.9	18	88	11	54	42	0	2	54	1.15
2866969--2867009	16	2.6	16	85	11	50	39	7	0	53	1.29
2876847--2876900	27	2.0	27	88	0	81	57	0	9	33	1.31
2876846--2876918	27	2.9	25	78	13	78	61	1	9	27	1.35
2887961--2887997	2	18.5	2	88	0	56	45	2	2	48	1.30
2894947--2894989	24	1.9	22	86	13	61	32	16	18	32	1.93
2896159--2896200	18	2.3	18	87	0	57	64	7	0	28	1.20
2908468--2908889	49	8.7	50	79	8	315	30	11	18	39	1.86
2908481--2908798	147	2.2	148	84	7	407	29	12	19	38	1.88
2908532--2908953	96	4.4	96	79	5	422	29	12	19	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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