genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  39  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8023030--8023069	6	6.3	6	83	11	53	65	0	0	35	0.93
8023030--8023069	19	2.1	19	90	0	62	65	0	0	35	0.93
8023030--8023072	13	3.3	13	83	9	52	65	0	0	34	0.93
8023037--8023081	7	6.9	7	85	7	51	68	2	0	28	1.01
8023037--8023093	26	2.3	24	81	6	60	71	1	0	26	0.95
8022945--8023094	65	2.4	61	74	18	139	66	2	4	27	1.23
8023161--8023311	3	45.7	3	69	23	58	34	3	1	60	1.24
8023162--8023312	24	6.5	24	77	13	147	34	3	1	60	1.24
8024030--8024154	3	42.7	3	71	19	70	26	1	2	69	1.10
8024022--8024154	21	6.0	23	72	18	88	25	2	2	69	1.11
8024030--8024154	33	3.9	33	68	22	95	26	1	2	69	1.10
8024116--8024151	5	7.0	5	93	6	63	19	0	0	80	0.71
8024110--8024160	21	2.4	21	90	9	77	19	1	0	78	0.85
8024119--8024160	16	2.6	16	92	7	68	19	0	0	80	0.70
8039374--8039427	22	2.6	21	83	13	60	48	0	1	50	1.11
8039542--8039583	15	2.8	15	78	7	50	66	0	0	33	0.92
8041718--8041763	22	2.0	23	83	8	58	39	4	8	47	1.54
8052995--8053056	33	1.9	32	83	3	79	38	0	3	58	1.15
8053153--8053193	8	4.9	8	82	11	55	26	0	0	73	0.84
8053159--8053193	18	1.9	18	94	0	61	25	0	0	74	0.82
8053826--8053879	23	2.3	23	81	12	65	55	0	1	42	1.10
8065277--8065380	51	2.0	51	98	0	199	16	21	18	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8073628--8073716	34	2.7	34	89	3	128	42	16	7	32	1.77
8076947--8076987	21	1.9	22	85	5	57	56	4	2	36	1.34
8080225--8080296	29	2.5	28	72	16	67	48	0	2	48	1.16
8082534--8082578	19	2.4	18	81	3	54	20	2	2	75	1.01
8088258--8088296	3	13.7	3	84	10	55	30	0	2	66	1.05
8088679--8088726	3	16.0	3	95	0	87	68	0	0	31	0.90
8095272--8095305	17	1.9	17	88	5	50	32	0	0	67	0.91
8095380--8095444	19	3.5	19	72	4	69	44	4	0	50	1.22
8095390--8095476	37	2.4	37	82	3	106	51	4	0	43	1.22
8095282--8095467	90	2.0	89	86	7	257	47	3	0	49	1.17
8100515--8100559	7	6.7	7	82	10	58	53	28	17	0	1.44
8100522--8100561	12	3.2	12	89	10	62	57	27	15	0	1.38
8101577--8101629	26	2.0	26	92	0	88	39	7	7	45	1.61
8102067--8102105	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
8103080--8103121	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
8109205--8109252	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
8109251--8109302	3	17.3	3	100	0	104	34	0	0	65	0.93
8114397--8114435	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
8120075--8120112	16	2.2	18	90	9	62	36	0	2	60	1.11
8120550--8120588	17	2.3	17	82	13	53	30	0	7	61	1.24
8121071--8121110	13	2.9	13	85	7	53	57	0	0	42	0.98
8121069--8121130	28	2.2	29	77	13	67	56	4	0	38	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8130092--8130138	9	5.2	9	76	7	51	19	0	0	80	0.70
8130090--8130248	12	13.3	11	68	16	59	18	3	3	74	1.08
8130097--8130182	31	2.7	32	71	10	77	24	1	3	70	1.09
8130158--8130242	44	1.9	44	84	13	113	15	5	2	76	1.08
8130272--8130598	57	5.8	57	85	3	435	44	6	11	38	1.65
8130272--8130598	114	2.9	116	88	3	493	44	6	11	38	1.65
8133035--8133083	25	2.0	25	95	0	89	28	14	16	40	1.87
8132994--8133124	66	2.0	66	90	0	208	25	14	19	41	1.89
8133060--8133266	41	5.0	41	86	3	231	24	15	22	38	1.92
8133060--8133267	82	2.5	82	85	3	265	24	15	22	38	1.92
8133454--8133502	22	2.2	23	89	10	75	24	0	2	73	0.94
8133462--8133564	25	4.2	24	75	9	68	26	3	1	67	1.18
8133524--8133565	7	5.9	7	81	13	50	28	2	2	66	1.16
8133524--8133564	15	2.6	15	88	7	55	26	2	2	68	1.15
8133611--8133766	21	6.9	24	71	25	94	27	5	2	64	1.27
8133671--8133779	21	5.0	22	74	16	93	22	5	2	68	1.23
8133673--8133732	19	2.9	19	79	16	59	21	5	3	70	1.22
8133671--8133766	43	2.2	42	83	14	115	23	6	2	67	1.24
8133622--8133785	22	7.4	21	70	17	84	25	4	2	67	1.23
8134583--8134730	5	29.4	5	68	18	51	18	4	3	74	1.12
8134586--8134722	6	21.7	6	69	15	71	18	4	2	73	1.13
8134685--8134741	30	1.9	30	85	7	80	15	7	1	75	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8134663--8134740	25	3.2	24	76	18	72	14	6	2	76	1.08
8134586--8134740	11	13.9	11	67	18	65	18	4	3	73	1.14
8134757--8135088	57	5.7	57	83	6	303	46	6	12	35	1.66
8134822--8135089	113	2.3	113	82	5	297	45	5	12	36	1.65
8135851--8135923	22	3.2	23	76	7	78	36	4	1	57	1.26
8139956--8140060	53	2.0	53	84	0	138	51	0	3	43	1.26
8144284--8144321	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
8144283--8144391	6	17.8	6	74	11	51	26	3	0	69	1.05
8144328--8144376	12	3.9	13	86	7	75	22	2	0	75	0.90
8144290--8144354	19	3.5	19	79	6	53	29	3	0	67	1.05
8144328--8144390	12	5.2	12	82	7	74	23	3	0	73	0.98
8144331--8144403	23	3.0	25	80	13	89	21	5	1	71	1.14
8144756--8144802	21	2.2	22	77	11	53	34	8	10	46	1.69
8144833--8144934	23	4.5	22	71	12	73	34	19	6	39	1.79
8144800--8144986	22	8.5	22	74	13	100	32	16	9	42	1.79
8144915--8145016	22	4.5	23	75	13	86	27	13	11	47	1.78
8144801--8144954	67	2.3	66	89	1	227	33	16	8	40	1.79
8144857--8145026	45	3.8	44	76	12	130	30	16	8	44	1.78
8145210--8145575	183	2.0	181	89	2	554	35	15	10	38	1.82
8145547--8145611	22	3.0	22	80	13	71	29	16	10	43	1.82
8145583--8145648	24	2.8	24	73	17	64	28	25	7	37	1.83
8146620--8146714	4	23.5	4	71	12	52	23	4	3	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8149304--8149410	28	3.7	30	74	9	96	34	1	12	51	1.50
8149404--8149441	17	2.2	17	90	0	58	42	5	10	42	1.62
8150231--8150299	13	5.2	13	71	10	50	15	2	4	76	1.06
8150238--8150281	18	2.4	17	82	14	52	18	0	4	77	0.94
8150231--8150281	19	2.7	19	81	3	59	15	1	3	78	0.99
8150247--8150302	27	2.1	27	83	6	69	19	1	5	73	1.12
8152491--8152547	25	2.3	25	78	3	62	14	3	7	75	1.14
8153026--8153058	13	2.5	13	90	9	50	69	3	0	27	1.03
8153048--8153097	21	2.4	20	80	9	55	72	2	8	18	1.19
8153057--8153090	16	2.2	15	89	5	50	70	2	11	14	1.27
8153555--8153603	5	9.6	5	82	4	62	34	0	2	63	1.06
8153594--8153662	29	2.5	27	78	19	72	50	0	4	44	1.21
8157482--8157527	15	3.1	15	90	0	56	34	4	19	41	1.71
8161396--8161420	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
8164718--8164790	21	3.6	19	71	25	60	35	1	0	63	1.04
8165329--8165371	18	2.2	20	84	8	54	51	4	2	41	1.35
8165329--8165371	19	2.2	20	84	8	54	51	4	2	41	1.35
8165693--8165764	6	12.5	6	72	16	55	34	0	1	63	1.03
8165812--8165839	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
8165885--8165956	27	2.8	25	74	15	69	55	0	2	41	1.14
8165882--8165958	23	3.1	23	74	18	66	55	0	2	41	1.13
8167886--8167933	2	24.5	2	82	4	62	43	2	2	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8170552--8170640	41	2.1	43	89	4	137	52	3	14	29	1.58
8174328--8174455	68	1.9	68	91	0	211	38	14	10	36	1.81
8178489--8178528	17	2.2	18	86	8	55	27	0	0	72	0.85
8178880--8178922	16	2.7	16	92	0	68	34	2	20	41	1.65
8180466--8180666	58	3.5	58	88	2	287	35	12	7	44	1.70
8184405--8184601	98	2.0	98	91	0	322	30	13	13	41	1.84
8188047--8188086	20	2.0	21	85	14	57	40	10	0	50	1.36
8191425--8191455	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8192515--8192563	23	2.2	22	88	3	71	53	0	0	46	1.00
8192635--8192708	36	2.1	36	100	0	148	47	8	2	41	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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