genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  97  of  129  ( 15449 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17382146--17382848	288	2.4	289	84	4	927	33	13	12	40	1.82
17384632--17384673	20	2.1	20	100	0	84	35	4	14	45	1.66
17392706--17393075	86	4.3	86	78	4	318	34	20	11	34	1.89
17392706--17393075	171	2.2	171	84	1	474	34	20	11	34	1.89
17393582--17393628	11	4.3	12	80	20	59	80	12	0	6	0.88
17393587--17393628	20	2.2	19	91	4	66	80	11	0	7	0.88
17393582--17393622	12	3.5	12	86	3	57	80	14	0	4	0.87
17393572--17393630	10	5.7	10	82	11	59	79	11	0	8	0.93
17394067--17394322	96	2.7	95	81	3	298	37	16	13	32	1.88
17394909--17395599	146	4.7	145	81	3	690	33	13	12	40	1.82
17394909--17395599	290	2.4	291	84	2	852	33	13	12	40	1.82
17395513--17395730	109	2.0	108	88	2	321	32	11	11	44	1.76
17396232--17396297	28	2.4	28	86	0	87	56	4	33	6	1.44
17396399--17396449	24	2.1	24	85	7	68	47	7	35	9	1.66
17399272--17399516	122	2.0	122	97	0	463	28	22	17	30	1.97
17402760--17402794	18	1.9	18	94	0	61	34	25	0	40	1.56
17410762--17410825	26	2.5	26	94	2	112	51	15	7	25	1.70
17419295--17419332	19	2.0	19	85	10	51	34	13	10	42	1.78
17425071--17425109	19	2.1	19	85	0	51	58	2	2	35	1.25
17426085--17426189	52	2.0	52	88	3	158	43	4	22	28	1.73
17426985--17427088	52	2.0	52	84	3	138	40	8	23	27	1.84
17427475--17427504	12	2.5	12	100	0	60	16	6	23	53	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17431604--17431665	30	2.1	30	100	0	124	45	6	6	41	1.55
17432750--17432774	7	3.6	7	100	0	50	0	0	52	48	1.00
17445841--17445882	21	2.0	22	85	4	59	16	11	0	71	1.14
17446615--17446700	44	2.0	43	83	2	109	48	4	11	34	1.60
17447294--17447339	22	2.2	20	88	7	65	45	4	2	47	1.34
17447421--17447480	26	2.2	26	85	5	75	23	5	1	70	1.16
17447778--17447813	19	1.9	18	94	5	63	2	5	8	83	0.89
17448682--17448735	17	3.1	17	78	5	63	11	11	0	77	0.99
17448682--17448741	18	3.4	18	74	2	59	13	10	0	76	1.01
17448852--17448906	16	3.4	16	76	14	60	5	7	5	81	0.97
17455175--17455208	7	4.9	7	100	0	68	58	11	0	29	1.33
17456246--17456286	12	3.5	12	77	16	50	75	7	7	9	1.18
17456239--17456286	22	2.2	22	84	0	60	75	6	10	8	1.20
17470874--17472202	666	2.0	666	99	0	2622	37	13	18	30	1.89
17473806--17473837	5	6.4	5	92	0	55	65	0	34	0	0.93
17483556--17483594	17	2.3	17	100	0	78	30	23	12	33	1.92
17488859--17491001	477	4.5	473	75	9	1255	32	17	11	39	1.85
17488539--17492066	158	22.1	159	74	9	2087	32	16	11	39	1.84
17488726--17491960	318	10.1	317	72	10	1381	32	16	11	39	1.85
17497134--17497181	23	2.0	24	92	4	80	12	14	8	64	1.49
17509588--17509665	23	3.4	23	89	0	120	35	26	5	32	1.79
17509708--17511816	157	13.4	159	71	9	904	32	16	11	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17509676--17510493	320	2.6	315	77	11	761	31	16	10	41	1.82
17512667--17513186	146	3.6	145	84	4	588	30	14	13	42	1.83
17517618--17518125	159	3.2	156	78	6	425	33	16	10	39	1.83
17517763--17518305	159	3.4	157	76	6	443	34	17	11	36	1.85
17518363--17518448	43	2.0	43	95	0	154	40	26	5	26	1.78
17519939--17519976	16	2.3	17	86	4	51	34	0	21	44	1.52
17526606--17526649	17	2.7	16	80	13	54	40	20	9	29	1.83
17552437--17552472	19	1.9	19	88	5	56	72	5	13	8	1.27
17556300--17556658	63	5.7	64	79	7	342	33	14	16	35	1.89
17556286--17556690	63	6.4	60	75	11	251	34	13	16	35	1.88
17562691--17562936	123	2.0	123	94	0	429	43	19	6	30	1.76
17569005--17569037	16	2.1	16	94	0	57	15	9	6	69	1.34
17575342--17575373	15	2.1	15	100	0	64	12	12	6	68	1.37
17585542--17585573	13	2.5	13	95	5	57	62	15	0	21	1.32
17587700--17587895	97	2.0	97	95	0	356	25	18	20	35	1.95
17590732--17590858	60	2.1	60	84	5	168	29	13	31	25	1.94
17603458--17603497	16	2.4	16	95	4	71	20	10	12	57	1.63
17605354--17605378	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
17605535--17605584	13	3.9	13	78	2	57	18	8	26	48	1.75
17606989--17607023	13	2.7	13	91	8	54	2	11	0	85	0.69
17607265--17607304	15	2.6	15	88	4	53	20	17	0	62	1.33
17607978--17608085	14	7.4	14	71	12	56	1	4	12	81	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17607986--17608070	15	5.8	14	79	15	84	2	2	14	81	0.90
17607986--17608062	14	5.3	15	78	17	58	2	2	14	80	0.93
17608032--17608081	26	1.9	26	84	8	66	2	4	12	82	0.90
17608133--17608262	36	3.6	36	80	2	136	52	15	16	16	1.75
17608133--17608221	35	2.5	36	83	3	117	55	15	16	12	1.70
17608296--17608470	34	5.4	33	72	10	137	29	14	17	38	1.89
17608498--17608590	45	2.1	45	91	0	150	33	21	15	30	1.94
17608417--17608680	140	1.9	140	82	4	336	32	17	16	34	1.92
17608656--17608738	33	2.5	33	84	7	123	33	16	12	37	1.86
17608807--17608931	35	3.7	35	78	13	127	31	16	19	33	1.93
17609018--17609225	32	6.3	34	69	13	121	30	15	19	35	1.92
17608953--17609171	67	3.3	67	75	6	187	29	14	18	37	1.90
17608886--17609457	294	1.9	293	85	3	783	30	15	18	34	1.93
17610365--17610424	21	2.9	21	82	9	61	3	16	0	80	0.85
17610375--17610424	25	2.0	25	84	0	64	2	20	0	78	0.86
17613530--17613574	23	1.9	24	81	4	56	57	15	4	22	1.56
17616615--17616656	8	4.9	8	86	13	57	33	0	2	64	1.07
17616983--17617052	27	2.7	25	80	8	70	17	4	24	54	1.61
17616995--17617052	13	4.5	12	80	4	53	18	3	24	53	1.60
17619121--17619170	9	6.0	9	79	13	54	32	2	0	66	1.03
17619121--17619169	16	3.1	16	85	11	73	32	2	0	65	1.04
17624090--17624125	16	2.2	16	100	0	72	50	11	0	38	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17624350--17624407	28	2.1	28	100	0	116	43	6	6	43	1.58
17624923--17625109	63	3.0	62	68	16	152	36	16	13	34	1.87
17624924--17625180	124	2.1	124	82	5	306	36	17	11	34	1.86
17629161--17629282	63	2.0	62	82	8	149	39	16	14	29	1.88
17637563--17637908	159	2.2	156	80	3	370	45	13	14	27	1.82
17637792--17637889	47	2.0	49	84	3	128	44	13	13	28	1.81
17645938--17646044	35	3.1	35	91	0	169	35	12	22	29	1.90
17646199--17646224	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
17647460--17647771	162	1.9	160	80	7	351	40	16	11	31	1.84
17647431--17648186	161	4.7	160	79	3	525	41	14	11	32	1.82
17649358--17649400	13	3.3	13	80	0	50	60	4	6	27	1.43
17654040--17654298	123	2.1	124	81	5	301	37	15	13	33	1.86
17654257--17654381	64	1.9	64	85	4	171	48	9	8	34	1.65
17654321--17654623	126	2.4	124	82	7	360	37	13	10	38	1.80
17654040--17654716	62	10.7	60	70	12	306	37	14	11	36	1.82
17654040--17654621	63	9.3	62	70	13	309	37	14	11	36	1.82
17654632--17654751	63	1.9	62	85	8	163	38	12	14	35	1.83
17658428--17658498	35	2.0	35	94	0	124	38	22	8	30	1.84
17659129--17659308	63	2.9	60	76	11	150	32	19	12	35	1.89
17665868--17666102	118	2.0	118	99	0	461	36	20	12	30	1.90
17668684--17668734	21	2.5	21	90	3	77	37	19	13	29	1.90
17668694--17668735	21	2.0	21	100	0	84	38	14	14	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17679571--17679609	7	6.0	6	88	11	51	46	15	0	38	1.46
17688808--17688842	8	4.2	8	88	3	52	77	0	22	0	0.78
17688787--17688842	16	3.3	17	80	20	64	78	1	17	1	0.92
17693070--17693135	19	3.5	19	81	2	71	16	12	27	43	1.83
17693339--17693389	16	3.1	16	80	5	66	29	0	0	70	0.87
17693337--17693378	14	3.1	14	83	16	61	28	0	0	71	0.86
17694746--17694828	23	3.4	23	79	11	67	3	21	2	72	1.12
17694788--17694828	11	3.6	11	81	18	57	7	14	2	75	1.12
17694791--17694840	23	2.2	23	81	0	55	8	18	6	68	1.36
17699082--17699106	12	2.1	12	100	0	50	36	40	0	24	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129