genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

This is table  45  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8900602--8900661	24	2.4	25	83	5	86	43	11	3	41	1.57
8901162--8901194	16	2.1	16	100	0	66	42	9	18	30	1.81
8901178--8901227	25	2.0	25	88	4	73	36	24	10	30	1.88
8901082--8901267	102	1.8	101	84	1	255	40	18	6	33	1.77
8902540--8902609	33	2.1	33	81	5	79	18	2	4	74	1.11
8903015--8903046	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8903046--8903093	2	24.5	2	95	4	89	52	0	47	0	1.00
8903688--8903728	19	2.0	21	90	9	68	7	4	4	82	0.93
8909754--8909820	30	2.3	30	87	12	95	64	1	1	32	1.12
8909745--8909807	15	4.0	16	72	17	60	66	1	1	30	1.10
8909801--8909891	29	3.1	29	75	7	85	50	2	0	47	1.13
8909861--8909925	11	5.4	12	76	18	55	52	1	0	46	1.10
8909954--8909991	7	5.6	7	85	14	53	36	2	0	60	1.11
8909954--8909998	20	2.2	20	88	7	65	35	2	0	62	1.08
8912261--8912306	23	2.0	23	83	8	58	30	0	4	65	1.12
8912498--8912561	29	2.2	30	83	8	78	46	3	6	43	1.44
8913441--8913485	21	2.2	20	92	7	74	53	0	0	46	1.00
8913456--8913519	24	2.5	27	73	19	64	60	0	0	39	0.97
8914596--8914630	17	2.1	17	89	10	54	68	8	11	11	1.39
8924187--8924225	19	2.1	19	90	4	62	25	20	15	38	1.92
8924374--8924416	21	2.0	22	86	13	63	13	32	4	48	1.63
8925416--8925444	15	1.9	15	100	0	58	82	6	6	3	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8930916--8930954	11	3.5	11	78	0	51	84	2	12	0	0.72
8932122--8932321	49	4.1	49	77	4	188	32	8	15	44	1.76
8932152--8932328	98	1.8	98	83	2	239	32	7	15	44	1.75
8932300--8932486	46	4.1	46	81	6	157	33	10	12	42	1.78
8932300--8932486	92	2.0	92	82	10	222	33	10	12	42	1.78
8932337--8932505	92	1.8	91	82	10	220	31	11	13	43	1.79
8932577--8932665	26	3.5	26	82	11	89	80	7	3	7	0.99
8932625--8932665	11	3.7	11	83	0	55	87	0	4	7	0.65
8932577--8932684	25	4.5	22	75	16	72	79	10	2	7	1.02
8932626--8932684	22	2.6	22	83	5	64	83	6	3	6	0.91
8934933--8935041	53	2.1	53	85	3	148	46	28	2	22	1.65
8935441--8935471	10	3.1	10	95	0	53	19	22	9	48	1.78
8937926--8938525	207	3.0	198	81	7	613	34	13	11	41	1.80
8941311--8941352	19	2.3	18	87	4	57	23	4	0	71	1.05
8941567--8941593	12	2.2	12	100	0	54	29	0	0	70	0.88
8942023--8942080	24	2.4	24	81	16	75	72	8	1	17	1.18
8942820--8942869	15	3.2	15	85	5	64	42	18	12	28	1.85
8942889--8942934	18	2.6	17	82	3	56	34	6	17	41	1.75
8943089--8943228	74	1.9	74	86	0	199	37	14	12	35	1.84
8943326--8943437	45	2.5	45	84	4	120	34	16	9	38	1.82
8943352--8943443	44	2.1	45	87	2	132	33	15	8	42	1.77
8943625--8943672	21	2.3	21	82	7	53	43	16	2	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8944919--8944970	8	6.0	9	80	13	56	11	15	0	73	1.11
8944911--8944966	27	2.1	26	90	9	87	12	14	0	73	1.11
8944919--8944959	19	2.2	19	86	4	57	9	17	0	73	1.09
8945797--8945830	17	2.0	17	88	11	52	61	5	17	14	1.52
8946166--8947871	852	2.0	852	97	0	3216	31	14	16	37	1.88
8950563--8950613	20	2.5	20	87	6	77	78	5	0	15	0.93
8950581--8950652	8	8.6	8	75	14	56	79	5	1	13	0.98
8950558--8950622	5	12.8	5	75	19	55	76	4	0	18	0.95
8961728--8961760	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
8975778--8975838	27	2.3	27	85	2	79	50	1	1	45	1.21
8977666--8977718	25	2.2	24	83	10	63	33	0	5	60	1.20
8981908--8982002	42	2.2	44	77	5	104	42	29	10	17	1.83
8984096--8984161	22	3.1	21	72	10	55	42	7	15	34	1.75
8984062--8984135	21	3.5	20	71	12	60	43	6	12	37	1.69
8984345--8984409	22	3.0	22	81	0	76	49	6	7	36	1.57
8984372--8984437	22	3.0	23	76	8	66	43	1	10	43	1.48
8984452--8984553	22	4.7	22	77	7	84	47	5	10	36	1.63
8984518--8984563	21	2.1	22	84	4	58	50	8	6	34	1.59
8984452--8984596	65	2.2	66	83	3	186	48	5	8	37	1.58
8984506--8984627	65	1.9	65	81	6	149	50	5	5	38	1.50
8984690--8984878	11	16.9	11	71	11	100	56	3	3	37	1.31
8984994--8985030	13	2.8	14	84	12	51	21	0	5	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8986230--8986307	20	3.7	20	75	12	66	26	5	11	56	1.55
8986238--8986350	24	4.9	24	76	13	103	25	4	11	58	1.51
8986211--8986327	44	2.7	43	80	3	119	27	5	11	55	1.58
8986178--8986350	67	2.6	66	80	11	165	26	5	10	56	1.56
8992219--8992433	65	3.3	66	78	11	210	33	14	8	43	1.75
8992153--8992455	22	13.7	22	69	15	126	33	15	8	42	1.76
8992452--8992500	22	2.2	23	85	3	64	40	12	0	46	1.41
8994456--8994560	20	4.7	23	71	16	71	26	6	13	53	1.64
8994465--8994526	20	3.1	20	88	4	81	24	8	16	51	1.71
8994505--8994572	24	2.8	23	82	8	91	23	4	11	60	1.49
8994523--8994564	12	3.4	13	80	12	61	26	2	7	64	1.32
8995104--8995278	66	2.7	66	75	10	167	47	8	6	37	1.60
8995166--8995296	22	6.0	21	78	3	100	47	7	5	39	1.55
8995163--8995299	66	2.1	66	83	5	170	46	7	5	40	1.54
8995594--8995658	11	5.9	11	77	0	58	50	3	7	38	1.47
8995572--8995658	44	2.0	44	86	0	120	47	3	9	40	1.52
8995606--8995739	22	6.0	22	75	8	119	46	3	9	40	1.55
8995692--8996052	22	16.4	22	69	10	78	48	5	9	36	1.60
8995915--8996043	66	2.0	66	81	3	152	51	5	6	37	1.50
8995909--8996053	66	2.2	66	79	6	150	50	4	7	37	1.52
8996078--8996114	11	3.2	12	81	11	51	54	0	5	40	1.24
8996094--8996197	22	4.7	22	76	5	104	48	7	6	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8996058--8996215	44	3.6	43	76	7	140	48	6	6	38	1.56
8996089--8996217	66	2.0	66	81	6	154	50	6	6	36	1.55
8996108--8996250	22	6.6	21	75	9	74	47	8	6	37	1.61
8996617--8996691	22	3.5	21	81	5	87	53	10	4	32	1.54
8996617--8996706	21	4.2	21	80	7	92	54	11	3	31	1.52
8998217--8998305	33	2.8	31	75	11	74	65	4	1	29	1.20
9000043--9000156	56	2.1	56	86	5	160	46	14	13	26	1.80
9011464--9011503	11	3.5	11	86	3	53	10	0	10	80	0.92
9011463--9011507	12	3.8	12	79	5	56	11	0	8	80	0.92
9013707--9013737	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
9018732--9018805	30	2.4	31	72	14	73	45	0	0	54	1.00
9018974--9019006	6	5.7	6	92	7	59	66	0	0	33	0.92
9019311--9019337	7	3.9	7	100	0	54	29	0	29	40	1.57
9024173--9024214	13	3.2	13	83	13	50	69	0	2	28	1.01
9027868--9027922	25	2.2	24	78	9	58	78	5	1	14	1.02
9028194--9028222	15	1.9	15	100	0	58	62	13	17	6	1.52
9029644--9029685	14	3.1	14	79	3	50	80	4	7	7	1.00
9040625--9041422	47	16.9	48	84	4	1002	28	13	22	35	1.92
9040625--9041422	95	8.5	96	85	5	1008	28	13	22	35	1.92
9041751--9041801	25	2.0	25	88	7	77	15	15	21	47	1.83
9046882--9046910	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
9049434--9049464	15	2.1	15	93	0	53	25	9	0	64	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9049541--9049565	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
9049897--9049958	2	31.0	2	83	0	79	45	3	1	50	1.27
9059633--9060520	161	5.6	160	80	4	839	34	10	13	41	1.78
9059904--9061032	321	3.4	320	79	10	1142	33	9	13	43	1.77
9059905--9061028	161	6.8	160	77	8	957	33	9	13	43	1.77
9060425--9060959	180	3.0	178	83	5	645	32	8	13	45	1.74
9060771--9060803	16	2.1	16	94	0	57	30	12	15	42	1.83
9065133--9065171	20	2.0	19	85	5	51	38	5	0	56	1.22
9066367--9066415	2	24.5	2	100	0	98	0	48	0	51	1.00
9068030--9068058	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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