genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

This is table  37  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7662460--7662512	20	2.7	21	80	16	69	81	3	0	15	0.83
7665029--7665073	19	2.3	20	78	21	51	46	4	4	44	1.43
7666539--7666701	22	7.5	22	76	8	100	37	4	9	47	1.58
7666620--7666668	21	2.3	21	78	3	53	36	8	10	44	1.68
7666847--7666943	21	4.5	22	75	12	78	35	10	5	49	1.59
7667239--7667367	22	5.8	22	72	6	82	37	3	11	46	1.59
7667387--7667499	22	5.2	21	75	5	93	38	12	7	41	1.72
7667555--7667612	22	2.6	22	78	8	64	34	6	8	50	1.60
7667642--7667709	22	3.2	21	79	8	66	36	13	5	44	1.68
7667740--7667849	44	2.5	44	83	0	112	31	8	10	50	1.65
7667777--7667974	22	9.0	22	73	12	102	35	8	6	49	1.58
7667757--7667869	44	2.6	44	82	2	120	33	7	7	51	1.58
7667912--7667958	21	2.2	22	84	3	60	36	10	6	46	1.64
7668332--7668521	22	8.7	21	75	12	125	34	4	4	55	1.42
7668332--7668521	11	17.5	11	68	10	79	34	4	4	55	1.42
7668467--7668521	15	3.8	14	81	13	58	34	1	1	61	1.17
7668402--7668525	65	1.9	65	85	3	169	34	4	4	56	1.39
7668568--7668638	22	3.2	22	83	0	79	38	8	1	52	1.41
7668809--7668875	22	3.2	20	82	8	71	52	0	0	47	1.00
7668852--7668916	12	5.1	12	78	14	67	63	1	0	35	1.04
7668851--7668914	8	8.0	8	82	0	56	65	1	0	32	1.02
7669098--7669233	22	6.3	22	70	10	75	46	6	1	45	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7674828--7674872	14	2.9	16	80	12	58	37	0	6	55	1.26
7681466--7681510	22	2.0	22	95	0	81	42	11	17	28	1.84
7683996--7684031	17	2.1	18	89	5	56	55	13	5	25	1.60
7684140--7684232	35	2.7	35	83	3	107	50	15	7	26	1.70
7684140--7684255	18	6.6	18	71	10	78	47	15	10	26	1.77
7684246--7684287	18	2.3	18	83	0	57	42	14	14	28	1.84
7684293--7684446	18	8.5	18	66	16	68	40	16	12	30	1.86
7684262--7684323	25	2.4	26	78	10	65	35	14	12	37	1.85
7684441--7684579	17	8.2	17	70	12	90	35	12	15	36	1.85
7684454--7684526	33	2.2	33	85	4	103	36	8	15	39	1.77
7684868--7685013	44	3.3	44	76	11	129	50	16	4	28	1.66
7684868--7685056	46	4.2	46	78	10	162	46	16	5	31	1.70
7686410--7686472	28	2.2	29	75	13	67	28	1	1	68	1.08
7686420--7686464	23	2.0	23	86	8	65	24	2	0	73	0.95
7686428--7686480	26	2.2	23	75	18	54	28	1	3	66	1.20
7686657--7686721	14	4.8	14	77	7	62	20	3	20	56	1.55
7686651--7686700	26	1.9	26	88	8	75	20	6	18	56	1.62
7686649--7686706	26	2.2	26	78	6	73	24	5	17	53	1.64
7686919--7686948	7	4.1	7	95	4	51	33	0	0	66	0.92
7690002--7690050	14	3.3	15	80	8	55	8	16	0	75	1.03
7690000--7690060	21	2.9	21	82	7	61	9	14	0	75	1.04
7693229--7693777	276	2.0	277	95	1	985	37	16	13	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7695991--7696032	15	2.8	15	81	0	57	19	0	16	64	1.30
7704116--7704178	33	1.9	33	83	6	83	20	33	1	44	1.61
7704192--7704275	33	2.5	33	82	3	98	17	30	5	45	1.73
7704685--7704725	16	2.5	16	84	15	57	39	9	0	51	1.35
7707251--7707409	79	2.0	79	97	0	300	37	8	19	34	1.82
7714628--7714659	15	2.1	15	100	0	64	53	12	12	21	1.71
7724288--7724316	14	2.0	15	93	6	51	27	20	10	41	1.85
7726340--7726378	3	12.7	3	94	5	69	66	0	0	33	0.92
7732774--7732833	22	2.6	23	75	17	61	13	23	11	51	1.73
7733101--7733136	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
7744001--7744197	101	2.0	100	96	3	369	39	19	20	21	1.93
7746438--7746472	17	2.1	17	89	10	54	51	0	14	34	1.42
7746640--7746677	18	2.1	18	95	0	67	28	7	5	57	1.49
7761553--7761602	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
7763069--7763097	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
7763068--7763105	9	4.1	10	90	10	55	28	0	0	71	0.87
7763172--7763311	47	2.9	49	79	8	128	40	8	17	33	1.80
7763643--7763682	19	2.0	21	90	9	66	0	25	0	75	0.81
7764038--7764069	11	2.9	11	100	0	64	46	0	9	43	1.35
7771456--7771502	8	5.8	8	78	14	51	82	0	8	8	0.83
7771455--7771501	24	2.0	24	87	8	69	82	0	8	8	0.83
7771455--7771501	25	1.9	24	86	4	67	82	0	8	8	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7771455--7771507	25	2.2	24	83	10	63	83	0	9	7	0.83
7772090--7772301	106	2.0	106	98	0	406	35	13	17	33	1.89
7772728--7772783	18	3.2	18	71	2	51	39	16	12	32	1.85
7772667--7772969	87	3.5	87	77	4	245	36	18	10	33	1.86
7772816--7772858	18	2.4	18	88	0	59	44	13	9	32	1.76
7773208--7773368	65	2.5	64	76	8	170	21	22	11	43	1.85
7773561--7773719	51	3.1	51	81	3	178	41	7	15	35	1.76
7776465--7776492	11	2.5	11	100	0	56	64	7	14	14	1.48
7776486--7776527	16	2.6	16	85	7	59	85	4	2	7	0.80
7776487--7776527	11	3.6	11	83	6	55	87	2	2	7	0.70
7777650--7777825	87	2.0	87	86	2	246	34	16	11	37	1.85
7777662--7777847	87	2.1	87	81	3	205	37	16	11	34	1.85
7777864--7777966	35	2.9	36	72	5	95	36	16	12	33	1.87
7778386--7778616	62	3.7	60	77	7	203	37	13	12	35	1.83
7780926--7780968	17	2.5	17	88	3	59	25	2	2	69	1.12
7794009--7794077	33	2.1	34	91	2	113	42	10	11	36	1.75
7795607--7795643	19	2.0	20	89	10	60	35	0	5	59	1.20
7801390--7801422	16	2.1	16	100	0	66	24	18	18	39	1.92
7802982--7803148	61	2.7	62	81	6	151	48	4	3	43	1.39
7803096--7803148	26	2.0	26	85	14	72	45	5	3	45	1.45
7803012--7803144	63	2.2	60	86	4	185	50	3	4	42	1.38
7819908--7820505	328	1.8	329	84	4	814	31	19	25	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7823476--7823517	22	1.9	22	85	0	57	23	9	11	54	1.66
7823900--7823942	17	2.5	17	82	10	52	4	6	4	83	0.89
7829460--7829485	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7829858--7829899	22	1.9	22	95	0	75	61	0	0	38	0.96
7829858--7829898	12	3.6	12	83	12	59	60	0	0	39	0.96
7829874--7829944	18	3.8	18	73	19	56	54	1	1	42	1.17
7829909--7829958	25	2.0	25	84	7	66	54	4	0	42	1.19
7829938--7830031	19	4.8	19	70	13	57	57	7	2	32	1.38
7830015--7830058	20	2.2	20	84	8	54	63	9	2	25	1.35
7835238--7835296	27	2.2	27	93	0	100	38	6	22	32	1.80
7836040--7836105	31	2.1	31	83	5	80	28	0	25	45	1.54
7836066--7836105	20	2.1	19	86	13	55	22	0	32	45	1.53
7837381--7837424	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
7837487--7837522	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
7841847--7841871	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
7841983--7842014	12	2.7	12	100	0	64	56	0	0	43	0.99
7842824--7842856	2	17.5	2	87	12	52	51	0	0	48	1.00
7842825--7842860	18	1.9	18	88	5	54	50	0	2	47	1.15
7843252--7843285	13	2.5	13	90	4	50	47	0	2	50	1.16
7844798--7844832	17	1.9	17	88	11	52	62	0	0	37	0.95
7845430--7845470	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
7846507--7846568	33	1.9	33	93	3	108	45	12	3	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7846518--7846585	33	2.1	33	83	5	84	45	10	4	39	1.58
7846739--7846787	23	2.1	23	100	0	98	38	18	8	34	1.80
7853091--7853139	20	2.5	20	90	3	73	77	4	2	16	1.01
7854132--7854173	22	1.9	22	90	0	66	7	14	7	71	1.29
7854222--7854278	30	1.9	30	88	0	87	59	14	3	22	1.50
7855284--7855308	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
7856333--7856392	22	2.7	23	77	15	63	25	0	5	70	1.08
7856534--7856604	23	3.0	22	74	11	70	33	2	1	61	1.19
7857812--7857844	11	3.0	11	90	0	57	78	0	21	0	0.75
7857861--7857895	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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