genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  78  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14772062--14772182	42	3.1	39	74	12	97	71	0	3	23	1.06
14772225--14772267	16	2.7	15	86	13	52	74	0	0	25	0.82
14772111--14772275	26	6.7	24	70	18	83	67	3	1	27	1.15
14772440--14772475	17	2.0	17	89	10	54	0	50	0	50	1.00
14772685--14772713	10	2.7	11	94	5	51	41	10	10	37	1.73
14772942--14773103	4	40.2	4	68	16	52	63	2	4	29	1.26
14772942--14773005	22	3.0	22	90	6	96	64	0	4	31	1.14
14773025--14773147	8	14.6	8	69	19	58	69	0	3	26	1.09
14773026--14773147	41	2.7	45	75	20	105	68	0	3	27	1.10
14773234--14777940	181	26.2	179	74	9	2646	41	9	8	40	1.68
14773234--14777944	360	13.1	359	75	7	3248	41	9	8	40	1.68
14775113--14775419	168	1.8	168	84	4	422	43	8	8	39	1.65
14773234--14777944	716	6.6	712	75	9	3049	41	9	8	40	1.68
14777197--14777240	19	2.3	19	88	0	61	31	6	9	52	1.59
14778735--14778973	125	1.9	125	82	4	304	44	10	9	35	1.71
14779698--14780554	181	4.8	180	76	9	738	41	9	7	41	1.66
14779742--14780389	349	1.8	350	79	7	758	42	9	7	40	1.66
14780567--14781792	181	6.9	178	75	10	808	41	10	8	39	1.69
14780672--14781452	352	2.2	359	81	5	884	41	9	8	40	1.68
14781134--14781792	343	1.9	333	80	6	752	41	9	8	40	1.69
14783010--14783405	179	2.2	182	79	5	412	42	8	9	40	1.67
14783208--14783240	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14781790--14790118	181	46.6	180	73	8	5001	39	8	10	41	1.70
14785525--14785557	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
14781851--14787126	533	9.9	528	72	11	1622	39	8	10	41	1.69
14781847--14790044	361	22.9	360	72	9	1397	39	8	10	41	1.70
14790121--14791005	176	5.0	176	75	7	661	41	7	8	42	1.65
14790122--14791005	356	2.5	356	78	9	856	41	7	8	42	1.65
14790869--14791134	145	1.8	145	80	7	324	42	9	6	41	1.63
14790993--14791515	181	2.9	181	78	7	471	39	8	10	41	1.71
14791529--14792844	182	7.3	179	76	7	1020	38	9	10	41	1.71
14792995--14793030	18	1.9	19	88	5	56	44	5	8	41	1.58
14793221--14793347	3	46.0	3	70	17	53	30	3	3	62	1.29
14793215--14793253	18	2.2	18	86	9	53	28	5	2	64	1.28
14793221--14793281	24	2.4	27	81	10	83	32	1	3	62	1.21
14793229--14793278	21	2.4	21	86	6	66	32	2	0	66	1.03
14793229--14793347	18	6.6	18	70	19	70	30	3	3	63	1.27
14794190--14794243	16	3.2	16	86	5	63	18	1	1	77	0.95
14794370--14794409	19	2.2	19	86	4	55	60	12	0	27	1.33
14798143--14798280	74	1.9	74	82	8	174	60	10	15	13	1.58
14798582--14798614	16	2.1	15	94	5	57	78	0	15	6	0.93
14798580--14798636	26	2.2	26	87	6	80	77	0	17	5	0.95
14799623--14799665	18	2.5	17	80	3	50	34	11	16	37	1.85
14799622--14799681	17	3.5	17	81	2	66	33	13	16	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14799576--14799801	85	2.6	86	79	4	222	30	16	12	39	1.86
14800036--14800323	115	2.5	114	81	5	296	25	25	12	36	1.91
14801368--14801396	12	2.3	13	94	5	51	20	0	0	79	0.74
14803332--14813309	181	55.5	179	71	11	3985	41	9	8	40	1.68
14804776--14813309	539	15.8	537	71	12	3142	41	9	8	40	1.68
14804776--14813309	360	23.7	362	69	13	2505	41	9	8	40	1.68
14808609--14808750	67	2.1	67	89	1	214	39	14	4	41	1.66
14808676--14813309	180	25.9	180	75	7	3282	41	10	8	40	1.68
14808730--14816037	360	20.5	357	72	11	3555	41	9	7	40	1.68
14813153--14813453	145	2.1	146	86	4	412	42	11	6	39	1.68
14813295--14816037	181	15.4	180	75	9	1864	41	9	7	40	1.67
14816162--14817461	361	3.6	357	80	5	1242	41	9	8	41	1.67
14816120--14817462	181	7.4	180	77	5	1138	40	9	8	41	1.68
14817336--14817600	138	1.9	138	83	4	347	38	11	6	43	1.67
14816969--14817962	500	2.0	500	81	4	1148	39	9	8	42	1.68
14817463--14818034	181	3.2	180	77	4	562	40	9	8	41	1.68
14818388--14818432	20	2.2	20	92	0	81	48	4	8	37	1.55
14818561--14818912	157	2.2	158	81	6	394	38	9	9	42	1.70
14818583--14819028	157	2.8	157	78	7	390	39	9	10	40	1.72
14818876--14824498	181	31.4	180	74	8	3633	39	8	9	41	1.68
14819214--14820141	179	5.1	180	78	7	481	41	8	8	41	1.67
14818876--14830122	361	31.3	356	72	11	5226	40	8	9	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14818876--14824492	537	10.5	526	74	10	2259	40	8	9	41	1.68
14823489--14824498	191	5.6	181	75	10	554	40	8	8	42	1.66
14824517--14830122	181	30.9	181	71	11	2627	40	8	10	40	1.70
14826126--14826735	216	2.8	213	80	9	600	39	8	11	41	1.71
14826496--14826574	40	2.0	40	92	0	131	36	6	12	44	1.68
14826534--14830136	180	20.2	181	76	6	2755	40	8	10	40	1.69
14829531--14829858	166	2.0	166	81	3	383	39	9	11	39	1.74
14831008--14851642	362	56.8	360	68	14	5384	41	10	8	39	1.69
14832760--14832815	25	2.5	21	77	22	69	33	12	8	44	1.73
14830964--14835655	542	8.7	535	74	10	2816	41	9	8	40	1.68
14830964--14835717	181	26.3	181	74	8	3221	41	9	8	40	1.69
14832899--14835649	361	7.6	358	75	9	1282	41	9	8	39	1.69
14836096--14836705	181	3.4	176	75	8	530	44	8	6	40	1.61
14837180--14839228	180	11.4	180	75	9	1413	41	9	8	40	1.68
14837557--14839220	716	2.3	702	79	7	1655	41	10	8	40	1.69
14839467--14839505	19	2.1	19	90	0	60	35	15	7	41	1.76
14839485--14844473	181	27.8	180	76	7	3563	41	9	8	39	1.69
14839226--14856373	718	23.8	714	69	14	4931	41	9	8	40	1.68
14839485--14851642	180	67.2	182	70	13	4131	41	9	8	39	1.69
14839489--14844271	357	13.3	358	73	10	1147	41	9	8	39	1.69
14839501--14856650	537	31.8	530	68	14	4482	41	9	8	40	1.68
14844486--14851632	539	13.4	526	72	12	1547	41	10	8	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14847524--14847838	167	1.9	169	81	5	388	42	9	6	41	1.63
14848039--14848074	16	2.1	17	90	10	56	44	5	5	44	1.50
14844480--14851642	359	20.1	357	75	9	4872	41	9	8	39	1.68
14849852--14850160	167	1.9	166	83	3	406	45	10	5	38	1.62
14851496--14851781	144	2.0	143	81	10	341	43	6	7	41	1.60
14851876--14851907	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
14851642--14853843	181	12.4	176	76	6	1644	41	9	8	41	1.67
14853306--14853815	177	3.0	165	76	5	401	40	9	9	40	1.70
14853880--14854707	181	4.6	181	77	5	636	42	9	8	40	1.67
14854491--14854924	230	1.9	230	81	4	536	43	8	7	40	1.64
14854710--14856650	180	10.9	176	73	9	1075	41	10	7	40	1.67
14857901--14857942	18	2.4	18	84	15	61	45	0	9	45	1.36
14856655--14858379	544	3.2	540	77	8	1302	39	8	10	42	1.68
14856655--14858429	180	9.9	178	74	8	1244	39	8	10	42	1.69
14858640--14859215	177	3.2	179	79	5	626	38	9	9	42	1.71
14859216--14862002	181	15.6	181	78	6	2005	40	8	9	40	1.69
14859216--14862002	540	5.2	535	77	7	2052	40	8	9	40	1.69
14859632--14862002	359	6.6	358	78	6	1864	40	8	9	40	1.69
14862001--14863237	180	6.9	180	77	6	981	40	7	10	41	1.69
14863317--14863723	181	2.2	181	82	4	464	36	11	10	42	1.75
14863936--14865127	181	6.6	179	79	6	1098	41	10	7	39	1.68
14863936--14865127	362	3.3	355	79	6	1235	41	10	7	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14865095--14865168	36	2.1	36	94	0	130	50	6	4	39	1.48
14866699--14866803	19	5.4	20	71	19	66	49	4	0	44	1.29
14869821--14869885	31	2.1	31	85	5	87	52	1	0	46	1.10
14870842--14870892	23	2.2	23	83	13	61	50	1	0	47	1.12
14870931--14870984	22	2.5	22	85	8	67	55	1	1	40	1.21
14870985--14871022	13	2.8	13	92	8	58	50	0	0	50	1.00
14872663--14872692	14	2.1	14	93	0	51	50	0	3	46	1.18
14873033--14873070	18	2.1	18	85	9	51	50	0	0	50	1.00
14873372--14873424	21	2.5	22	81	12	65	47	0	3	49	1.19
14876191--14876571	181	2.1	179	81	5	430	40	9	6	42	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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