genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  120  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21670741--21670827	9	9.7	9	80	17	101	10	11	0	78	0.98
21670741--21670827	19	4.8	18	84	16	110	10	11	0	78	0.98
21670741--21670826	36	2.4	36	90	7	131	10	11	0	77	0.98
21676078--21676124	15	3.1	15	90	3	76	48	4	25	21	1.68
21679385--21679479	32	3.2	31	67	26	87	34	12	8	44	1.73
21679393--21679480	30	3.0	30	65	26	80	34	12	7	45	1.71
21679282--21679498	118	1.8	118	92	5	368	35	12	6	45	1.68
21679282--21679509	57	3.9	58	85	10	304	34	12	6	46	1.67
21679514--21679600	11	7.4	11	72	16	59	78	2	5	13	1.03
21679546--21679600	21	2.5	21	82	8	65	81	1	3	12	0.89
21679517--21679609	5	18.0	5	69	20	50	77	2	5	15	1.04
21679517--21679596	30	2.5	33	78	15	87	78	2	6	12	1.03
21679524--21679641	14	8.2	14	66	15	53	75	1	4	18	1.05
21680635--21680766	8	16.5	8	70	22	50	62	4	0	32	1.21
21680704--21680772	23	3.0	23	77	14	70	65	4	0	30	1.12
21686412--21686449	20	1.9	20	84	10	51	26	7	7	57	1.54
21695703--21695809	51	2.1	50	86	3	153	29	13	7	49	1.69
21699946--21699970	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
21703633--21703669	18	2.1	18	94	0	65	13	13	24	48	1.78
21712065--21712420	192	1.8	193	84	7	481	35	8	6	48	1.60
21712397--21712425	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
21712979--21713020	22	2.0	22	90	4	68	0	9	2	88	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21712976--21713024	24	2.1	23	92	3	80	0	8	6	85	0.73
21712981--21713032	24	2.1	24	89	3	77	0	13	5	80	0.88
21713217--21713333	15	8.1	15	73	19	51	70	1	2	24	1.09
21713243--21713337	3	31.7	3	75	17	83	70	0	2	27	0.98
21713236--21713337	17	6.6	16	78	17	78	71	0	1	26	0.96
21713224--21713328	54	1.9	54	85	12	144	70	0	2	25	1.07
21719487--21719613	30	4.2	30	90	0	191	13	31	21	33	1.92
21719683--21719716	15	2.4	15	90	9	54	82	11	0	5	0.83
21734421--21734474	11	5.0	11	75	20	51	62	0	3	33	1.12
21734420--21734483	24	2.7	23	80	4	65	62	0	4	32	1.16
21734446--21734496	24	2.1	24	85	7	68	60	0	3	35	1.15
21734777--21734840	28	2.2	29	84	13	80	43	1	0	54	1.09
21735355--21735405	26	2.0	26	84	0	66	54	9	0	35	1.33
21735502--21735552	24	2.2	24	85	3	68	52	1	1	43	1.23
21735851--21735913	16	4.0	16	71	22	53	46	0	0	53	1.00
21735858--21735935	41	1.9	41	82	10	97	44	0	1	53	1.08
21736781--21736830	20	2.5	20	96	3	91	52	0	0	48	1.00
21737985--21738080	43	2.2	43	83	7	113	50	12	8	29	1.69
21739267--21739314	22	2.2	22	92	3	80	47	0	0	52	1.00
21739266--21739315	21	2.5	20	84	12	66	48	0	0	52	1.00
21740102--21740149	20	2.5	20	93	3	80	29	0	4	66	1.10
21740103--21740164	20	3.2	19	84	9	63	27	1	3	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21742760--21742821	14	4.2	15	73	22	51	37	0	3	59	1.13
21742964--21742998	17	2.0	18	88	5	54	48	0	0	51	1.00
21742963--21743053	38	2.6	36	77	16	100	45	1	2	51	1.20
21743020--21743061	22	1.9	22	95	0	75	45	0	2	52	1.13
21760038--21760088	18	2.7	18	81	6	57	25	1	23	49	1.61
21760927--21760966	20	2.1	20	86	9	57	52	2	5	40	1.37
21761065--21761107	19	2.3	19	87	0	59	32	2	0	65	1.06
21761461--21761521	31	1.9	33	87	12	92	34	3	8	54	1.47
21762532--21762566	18	1.9	18	88	0	52	60	2	2	34	1.26
21767660--21768425	381	2.0	381	100	0	1532	38	13	18	29	1.89
21771503--21771544	18	2.3	18	95	0	75	69	0	11	19	1.19
21773220--21773257	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
21773304--21773334	2	15.5	2	100	0	62	0	0	51	48	1.00
21773334--21773364	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
21775740--21775781	18	2.3	19	84	12	61	78	4	0	16	0.91
21778751--21778803	24	2.3	23	87	9	72	35	1	1	60	1.19
21778751--21778803	23	2.3	23	87	9	72	35	1	1	60	1.19
21778826--21778855	15	1.9	16	93	6	53	16	13	10	60	1.59
21786159--21786203	8	5.8	8	86	2	65	60	0	0	40	0.97
21786163--21786211	24	2.0	24	88	0	71	61	0	0	38	0.96
21790754--21790834	40	2.1	39	88	2	117	37	17	14	30	1.90
21793649--21793764	57	2.0	57	100	0	232	40	3	13	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21793899--21793943	22	2.0	23	91	4	74	33	8	0	57	1.30
21802675--21802852	92	1.9	92	91	2	295	30	25	16	28	1.96
21804538--21804678	3	47.7	3	69	16	80	30	1	7	60	1.32
21804578--21804668	5	17.8	5	72	15	53	34	1	6	58	1.31
21805189--21805215	7	3.9	7	100	0	54	0	25	0	74	0.83
21807486--21807572	30	2.8	30	87	6	113	49	0	5	44	1.26
21809593--21809639	25	1.9	24	91	4	76	76	2	0	21	0.89
21809619--21809789	57	3.0	54	79	7	173	50	1	7	40	1.40
21810671--21810781	32	3.5	31	76	4	98	45	5	6	42	1.52
21813479--21813516	19	2.0	19	100	0	76	15	15	21	47	1.82
21814125--21814177	23	2.3	23	90	0	79	60	1	1	35	1.19
21816289--21816449	52	3.1	52	100	0	322	36	9	14	39	1.79
21818019--21818094	40	1.9	40	88	0	116	36	11	21	30	1.89
21819567--21819600	12	2.8	13	86	13	54	26	0	0	73	0.83
21819578--21819707	63	2.1	63	89	4	201	41	0	0	56	1.10
21820480--21820504	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21820884--21821038	80	1.9	82	90	2	251	48	10	9	31	1.70
21823380--21823405	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
21828637--21828669	16	2.1	16	94	0	57	54	0	0	45	0.99
21840689--21840733	20	2.2	20	100	0	90	35	20	20	24	1.96
21854797--21854821	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
21865482--21865559	39	2.1	36	83	11	95	39	1	5	53	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21866936--21866970	18	1.9	18	88	11	54	34	0	0	65	0.93
21873968--21874037	19	3.7	20	83	11	76	42	2	5	48	1.41
21874028--21874088	32	1.9	33	83	6	81	40	9	1	47	1.46
21880942--21880977	18	1.9	19	88	5	56	47	11	2	38	1.54
21882836--21882869	18	1.9	17	94	5	59	61	0	0	38	0.96
21883646--21883670	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21888667--21888704	18	2.1	18	95	0	67	28	7	5	57	1.49
21888920--21888954	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
21890271--21890306	17	2.1	18	89	5	56	13	2	2	80	0.93
21891098--21891143	23	2.0	23	84	12	60	54	0	2	43	1.12
21894578--21894619	13	3.2	13	83	6	50	69	7	2	21	1.25
21895649--21895675	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21895702--21895748	25	1.9	24	83	12	60	57	0	0	42	0.98
21895729--21895763	12	2.8	12	91	4	52	65	2	0	31	1.07
21901595--21901637	13	3.4	13	84	9	54	60	0	0	39	0.97
21901978--21902020	20	2.4	17	75	20	50	32	0	0	67	0.91
21901981--21902018	20	1.9	20	94	0	67	31	0	0	68	0.90
21905391--21905470	32	2.6	30	80	5	97	41	10	11	37	1.74
21907960--21908060	49	2.1	49	96	0	184	35	10	9	43	1.73
21911973--21912042	31	2.2	32	82	12	83	48	1	2	47	1.25
21912176--21912568	194	2.0	192	89	1	599	41	22	8	26	1.83
21912665--21912755	47	1.9	47	95	0	164	41	27	10	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21912859--21913014	52	3.0	50	81	9	179	30	14	7	47	1.72
21913050--21913092	11	3.8	11	81	3	50	46	9	2	41	1.48
21913026--21913078	22	2.5	22	81	12	65	52	11	0	35	1.37
21913544--21913809	131	2.0	132	99	0	525	51	11	5	32	1.60
21914266--21914301	13	2.8	13	86	0	54	52	0	2	44	1.15
21914415--21914453	12	3.4	11	83	13	51	66	0	0	33	0.92
21920240--21920278	17	2.4	17	87	8	55	51	0	0	48	1.00
21920317--21920373	26	2.2	26	84	6	71	36	1	1	59	1.18
21920329--21920380	26	2.0	25	92	3	86	30	1	1	65	1.14
21921274--21921311	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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