genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  126  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23067650--23067717	16	4.1	16	76	3	64	22	4	30	42	1.73
23067677--23067764	41	2.1	43	85	10	119	28	3	27	40	1.72
23067872--23067906	14	2.6	13	90	4	52	40	0	0	60	0.97
23069944--23069984	12	3.4	12	86	0	55	2	4	12	80	0.97
23070022--23070100	36	2.2	36	86	4	106	54	6	18	20	1.65
23070995--23071224	85	2.7	85	78	4	221	31	15	18	34	1.92
23071099--23071162	30	2.1	32	85	5	87	28	20	21	29	1.98
23071080--23071262	85	2.2	85	78	9	203	28	16	20	34	1.95
23072104--23072194	31	2.7	35	74	22	86	12	19	2	65	1.35
23072643--23072699	11	5.0	11	87	6	78	1	10	1	85	0.73
23072644--23072699	23	2.5	22	88	5	76	1	10	1	85	0.74
23073390--23073427	10	3.6	11	82	10	53	0	13	2	84	0.73
23073388--23073426	21	1.9	21	94	5	71	0	15	2	82	0.79
23076739--23076796	19	3.1	19	100	0	116	25	25	22	25	2.00
23076722--23076828	32	3.2	32	71	14	97	28	26	19	25	1.99
23076815--23077332	57	8.9	57	72	16	386	28	24	18	28	1.98
23076828--23077331	37	16.3	31	67	21	109	28	24	19	28	1.98
23076871--23077009	37	3.9	37	76	11	146	30	23	18	27	1.98
23076916--23076994	19	4.2	19	88	3	124	26	22	20	30	1.98
23076758--23077066	163	1.9	158	88	3	456	28	24	19	27	1.98
23076937--23077254	94	3.4	94	92	0	546	29	23	17	28	1.97
23077044--23077102	18	3.2	18	80	4	73	37	18	11	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23077038--23077093	18	3.1	18	79	5	67	35	19	12	32	1.89
23077138--23077197	18	3.3	18	81	4	75	31	18	20	30	1.96
23077125--23077197	37	2.0	37	91	0	119	30	20	19	30	1.97
23077157--23077296	26	5.0	26	67	21	86	28	25	18	27	1.98
23077324--23077381	19	3.1	19	97	0	107	27	25	20	25	1.99
23077276--23077413	70	2.0	69	88	1	204	27	26	19	26	1.99
23077613--23077666	25	2.2	25	93	0	90	38	16	9	35	1.81
23083245--23083295	23	2.2	24	89	6	79	17	3	29	49	1.65
23083385--23083443	16	3.6	17	76	15	61	25	0	35	38	1.56
23083385--23083461	17	4.8	16	76	9	68	23	0	32	44	1.54
23083405--23083472	8	8.5	8	73	12	50	22	0	29	48	1.51
23083387--23083464	15	4.9	16	78	9	79	24	0	30	44	1.54
23083420--23083479	7	7.8	8	78	12	63	23	0	25	51	1.48
23083388--23083474	9	10.7	9	71	16	57	24	0	31	44	1.54
23083385--23083472	15	5.5	16	76	13	74	23	0	31	44	1.54
23083388--23083480	24	3.9	24	70	9	82	23	0	30	46	1.53
23083526--23083576	16	3.1	16	80	5	66	21	0	39	39	1.54
23083736--23083765	3	9.7	3	92	7	51	33	0	0	66	0.92
23083858--23083885	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
23085528--23085562	11	3.1	11	91	4	52	74	0	0	25	0.82
23089099--23089139	16	2.5	17	84	8	57	39	2	4	53	1.35
23106625--23107707	357	3.0	355	84	2	1357	35	12	14	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23107645--23107740	48	2.0	48	95	0	174	30	20	12	36	1.90
23116165--23116195	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
23116952--23117021	22	3.2	22	79	0	86	32	8	5	52	1.55
23117310--23117366	30	1.9	30	88	0	87	38	5	5	50	1.47
23117340--23117389	22	2.3	22	85	0	64	40	8	4	48	1.51
23117353--23117395	22	2.0	22	90	0	68	41	9	4	44	1.57
23117442--23117535	30	3.0	31	76	19	79	42	9	4	43	1.56
23117546--23117589	22	2.0	22	81	0	52	31	2	13	52	1.53
23117574--23117610	19	1.9	19	88	0	56	35	10	2	51	1.51
23117571--23117908	22	15.7	22	71	12	146	36	8	5	49	1.57
23117744--23117802	21	2.8	21	82	14	68	35	5	8	50	1.55
23118841--23118896	22	2.5	22	82	0	67	35	7	5	51	1.52
23118796--23118896	44	2.3	44	80	0	112	40	5	4	48	1.49
23120419--23120477	23	2.4	26	83	13	88	27	0	3	69	1.04
23120637--23120673	15	2.7	14	84	16	51	70	5	0	24	1.08
23121085--23121136	15	3.5	15	82	10	70	51	19	1	26	1.57
23121109--23121187	23	3.5	22	76	10	63	51	25	0	22	1.48
23121144--23121220	16	4.9	15	72	13	57	46	31	2	19	1.63
23121101--23121188	8	11.9	8	71	20	50	51	25	0	23	1.49
23121147--23121306	47	3.4	47	87	1	223	45	31	3	20	1.66
23121290--23121414	8	16.1	8	74	14	102	50	26	0	22	1.54
23121332--23121383	14	3.5	14	76	21	52	55	28	0	15	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23121332--23121389	30	1.9	31	89	3	91	56	25	0	17	1.40
23121818--23121862	22	2.0	22	95	0	81	26	31	4	37	1.76
23123445--23123482	18	2.1	19	85	5	51	71	10	13	5	1.30
23126570--23126646	28	2.7	28	81	2	82	75	0	20	3	0.96
23126571--23126646	29	2.7	29	81	2	73	76	0	19	3	0.94
23127324--23127375	11	4.9	10	77	11	50	76	5	15	1	1.05
23127324--23127375	5	9.8	5	80	12	50	76	5	15	1	1.05
23128776--23128836	24	2.5	25	78	10	72	13	24	16	45	1.83
23130497--23130566	24	2.8	26	81	12	67	30	0	1	68	0.98
23130510--23130578	6	10.4	7	84	12	69	30	0	1	68	0.99
23130529--23130575	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
23130628--23130663	13	2.8	13	84	16	56	69	5	0	25	1.10
23130842--23130885	23	1.9	23	86	9	63	68	2	6	22	1.25
23131206--23131355	8	19.1	8	68	15	64	47	30	2	20	1.64
23131190--23131262	23	3.2	22	77	12	58	50	24	5	19	1.68
23131233--23131355	15	7.9	15	75	10	79	47	30	1	20	1.60
23131206--23131355	39	3.8	39	84	6	160	47	30	2	20	1.64
23131279--23131347	17	3.8	17	71	23	59	43	33	2	20	1.67
23131233--23131409	8	23.0	7	68	21	63	48	29	1	20	1.57
23132642--23132732	22	4.2	21	69	17	60	35	15	2	47	1.58
23134579--23134623	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
23137818--23137858	21	2.0	21	100	0	82	34	17	9	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23137882--23137926	21	2.1	21	84	8	56	33	8	11	46	1.70
23138250--23138312	20	3.1	20	74	19	58	38	6	7	47	1.58
23138308--23138360	21	2.5	21	78	0	61	37	5	5	50	1.50
23138076--23138974	451	2.0	450	85	4	1206	35	8	8	47	1.66
23138672--23138723	27	2.0	26	88	3	77	30	5	9	53	1.57
23138705--23138813	21	5.2	21	67	7	51	35	9	11	43	1.74
23139117--23139224	22	5.0	21	73	7	90	45	8	3	42	1.52
23139112--23139217	44	2.4	44	79	6	124	46	7	3	42	1.50
23140033--23140076	13	3.3	13	80	3	52	40	0	0	59	0.98
23141083--23141111	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
23141176--23141264	29	3.0	30	77	12	96	47	2	6	43	1.42
23143743--23143968	122	1.9	122	89	1	355	23	19	16	40	1.91
23146275--23146327	12	4.2	12	75	15	54	3	9	5	81	0.98
23150609--23150653	21	2.1	21	84	8	56	75	2	0	22	0.91
23155912--23155953	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
23158546--23158579	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
23159471--23159628	79	2.0	79	100	0	316	17	18	18	44	1.87
23161876--23162002	52	2.5	51	87	3	173	38	7	24	29	1.83
23167073--23167101	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
23168291--23168317	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
23173840--23173864	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
23174231--23174264	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23175472--23175651	74	2.5	73	84	5	213	23	20	21	34	1.97
23179260--23179302	20	2.1	20	83	12	52	32	18	2	46	1.62
23179931--23180040	22	5.1	22	71	6	82	52	4	5	37	1.45
23179980--23180040	11	5.5	11	68	0	50	54	6	3	36	1.43
23179962--23180073	44	2.5	43	75	5	107	48	4	6	41	1.48
23180053--23180096	23	1.9	23	81	9	54	47	0	13	38	1.43
23180183--23180214	16	2.1	15	94	5	55	50	6	6	37	1.53
23180197--23180257	22	2.8	22	82	9	72	52	3	8	36	1.48
23180297--23180345	22	2.2	21	79	10	53	63	6	2	28	1.30
23180313--23180367	22	2.5	22	84	0	65	61	5	5	27	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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