genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  119  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21461109--21461180	32	2.3	29	84	13	83	50	0	1	48	1.09
21462026--21462058	14	2.3	15	89	5	50	69	3	3	24	1.16
21462598--21462638	13	3.2	13	86	3	57	31	0	0	68	0.90
21465018--21465088	22	3.2	22	88	4	97	74	2	7	15	1.15
21465018--21465089	23	3.2	23	90	2	101	75	2	6	15	1.14
21465258--21465291	3	11.3	3	87	0	50	32	2	2	61	1.26
21467665--21467701	13	2.8	14	84	8	51	51	0	0	48	1.00
21468066--21468137	36	2.0	37	81	10	87	29	4	6	59	1.42
21468192--21468245	16	3.4	15	75	12	54	62	1	0	35	1.06
21474903--21474943	20	2.0	21	85	4	57	48	0	0	51	1.00
21478041--21478069	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
21480001--21480041	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
21482919--21482948	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
21483368--21483527	79	2.0	81	87	2	234	23	19	11	46	1.82
21483937--21483962	12	2.2	12	100	0	52	23	15	19	42	1.89
21489244--21489268	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21489266--21489302	4	9.2	4	100	0	74	24	0	24	51	1.49
21490135--21490173	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
21490431--21490455	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
21496487--21496548	32	2.0	31	83	3	79	50	1	0	48	1.10
21504862--21504914	24	2.3	23	81	15	65	43	0	0	56	0.99
21504897--21504964	27	2.4	29	81	11	88	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21504915--21504964	24	2.0	25	84	3	66	38	0	0	62	0.96
21511291--21511323	17	2.1	16	88	11	50	48	0	0	51	1.00
21511445--21511479	16	2.2	16	89	0	52	34	0	2	62	1.10
21513370--21513562	95	2.0	96	84	3	255	41	18	11	27	1.85
21523068--21523102	18	1.9	18	88	11	54	71	11	11	5	1.30
21528446--21528511	32	2.0	32	94	2	114	57	6	3	33	1.38
21529623--21529669	14	3.2	14	77	16	51	6	12	0	80	0.88
21529878--21529916	10	4.0	10	83	6	53	38	0	0	61	0.96
21529878--21529919	19	2.2	19	91	0	66	38	0	0	61	0.96
21530869--21530894	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
21531429--21531477	17	2.9	17	82	11	57	46	0	0	53	1.00
21531434--21531477	17	2.6	18	86	10	58	47	0	0	52	1.00
21537133--21537166	15	2.1	17	89	10	54	44	0	0	55	0.99
21538067--21538103	6	6.3	6	85	14	51	81	0	0	18	0.70
21542790--21542814	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
21542937--21542972	18	2.0	18	100	0	72	27	16	16	38	1.90
21549890--21549917	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21551738--21551768	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21560658--21560684	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21560803--21560838	13	2.8	13	86	0	54	52	0	0	47	1.00
21560800--21560879	42	1.9	41	85	12	110	48	0	0	51	1.00
21566771--21566814	8	5.6	8	79	15	56	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21566763--21566822	11	5.6	11	75	18	56	53	0	0	46	1.00
21567024--21567086	29	2.2	29	82	0	72	52	6	9	31	1.59
21567197--21567226	11	2.7	11	100	0	60	36	6	0	56	1.26
21567772--21567816	23	2.0	23	90	0	72	42	0	0	57	0.98
21567761--21567828	5	14.2	5	83	7	54	44	1	0	54	1.09
21567761--21567917	15	9.7	15	73	18	54	49	0	1	47	1.17
21567836--21567879	22	2.1	20	83	8	52	56	0	4	38	1.20
21567846--21567918	18	4.3	18	76	16	66	52	0	1	46	1.09
21567870--21567911	14	3.1	14	80	6	52	45	0	0	54	0.99
21567792--21567918	18	7.2	17	69	15	64	51	0	2	46	1.14
21568301--21568352	25	2.1	25	92	0	86	28	13	30	26	1.94
21572905--21572946	22	1.9	22	85	0	57	50	2	4	42	1.36
21573362--21573389	12	2.3	12	100	0	56	53	0	46	0	1.00
21575122--21575275	62	2.5	64	74	14	153	31	8	7	53	1.58
21575976--21576038	14	4.6	13	78	7	54	66	4	6	22	1.33
21576040--21576076	15	2.4	16	95	4	67	72	0	13	13	1.11
21577593--21577767	86	2.0	86	89	0	269	32	5	9	52	1.58
21584567--21584617	26	2.0	25	85	14	70	3	19	3	72	1.16
21586554--21586590	18	2.0	19	89	5	58	27	0	0	72	0.84
21589192--21589233	15	2.8	15	88	0	57	30	50	7	11	1.66
21591900--21592132	93	2.6	89	84	4	277	33	8	11	46	1.70
21593727--21593753	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21593956--21594012	29	2.0	29	86	6	80	10	10	3	75	1.16
21594098--21594136	15	2.6	15	92	8	62	7	10	0	82	0.86
21594345--21594375	13	2.4	13	100	0	62	6	6	6	80	1.02
21594560--21594585	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
21594940--21594986	21	2.2	21	84	0	58	46	14	2	36	1.57
21608209--21608239	16	1.9	16	93	0	53	48	6	0	45	1.28
21610494--21610604	57	1.9	57	94	0	195	25	16	24	34	1.95
21617708--21617759	18	2.8	20	75	18	60	73	0	0	26	0.84
21617721--21617771	9	5.4	9	76	17	50	70	0	0	29	0.87
21617710--21617773	20	3.5	19	72	21	57	70	0	0	29	0.88
21619128--21619210	34	2.4	34	79	0	94	43	13	6	37	1.68
21621317--21621356	20	2.0	20	85	4	55	45	0	2	52	1.14
21627025--21627076	22	2.5	19	77	20	50	38	3	11	46	1.59
21627101--21627149	25	1.9	26	83	4	64	48	0	0	51	1.00
21627104--21627152	19	2.4	19	83	10	53	46	0	0	53	1.00
21627111--21627164	22	2.4	22	74	22	58	42	0	0	57	0.98
21627787--21627836	5	10.0	5	77	16	50	66	0	2	32	1.03
21627787--21627832	18	2.7	16	81	15	56	67	0	2	30	1.03
21630564--21630617	19	2.7	20	91	5	83	77	0	3	18	0.91
21631336--21631397	29	2.1	31	81	6	74	46	0	0	53	1.00
21631682--21631707	7	3.7	7	100	0	52	30	0	42	26	1.56
21638263--21638346	32	2.6	32	76	14	82	35	1	3	59	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21641503--21641565	28	2.2	29	82	2	74	53	1	9	34	1.43
21644828--21645001	32	5.5	32	92	0	269	21	20	24	33	1.97
21649673--21649714	11	3.8	11	87	0	57	30	0	19	50	1.48
21649672--21649714	22	2.0	22	90	0	68	32	0	18	48	1.48
21649753--21649895	52	2.8	52	80	2	153	43	6	19	30	1.76
21650380--21650460	28	2.8	28	84	5	99	32	22	20	24	1.98
21650464--21650534	25	2.8	26	72	12	67	42	11	26	19	1.85
21650490--21650543	25	2.2	25	82	0	63	35	12	29	22	1.91
21651075--21651116	11	3.8	11	87	0	66	23	0	23	52	1.47
21651075--21651119	22	2.0	22	95	0	81	26	0	24	48	1.51
21651152--21651296	52	2.8	51	89	4	209	44	6	20	29	1.75
21654794--21654826	6	5.5	6	96	0	57	0	60	0	39	0.97
21658639--21658710	3	24.0	3	100	0	144	33	0	0	66	0.92
21659844--21659946	44	2.3	45	98	1	199	19	2	19	58	1.52
21661598--21661703	16	6.7	16	67	14	67	52	3	2	40	1.34
21661606--21661679	23	3.2	23	70	11	69	54	5	2	37	1.38
21661903--21661949	23	2.0	23	91	0	76	55	0	4	40	1.19
21666604--21666647	24	2.0	23	82	13	56	15	6	4	72	1.22
21667183--21667571	57	6.7	57	87	6	539	34	11	7	46	1.67
21667183--21667571	177	2.2	173	90	5	597	34	11	7	46	1.67
21667476--21667565	27	3.2	27	63	25	69	37	12	7	42	1.71
21667592--21667662	11	6.5	11	75	13	51	77	4	7	11	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21667593--21667663	22	3.2	22	75	11	65	77	4	7	11	1.10
21668283--21668332	25	2.0	24	84	7	64	42	18	6	34	1.74
21668628--21668720	30	3.1	29	69	23	77	64	5	7	22	1.40
21668896--21668934	16	2.5	15	87	8	51	66	5	0	28	1.12
21668881--21668939	9	5.9	10	81	18	54	62	6	0	30	1.21
21669128--21669191	1	64.0	1	74	0	56	1	0	10	87	0.61
21669129--21669189	12	4.9	12	82	13	79	1	0	11	86	0.63
21669135--21669191	23	2.5	24	94	5	100	1	0	10	87	0.61
21669199--21669734	41	13.0	41	91	3	783	37	22	16	22	1.93
21670727--21670826	8	11.6	8	86	12	112	10	13	0	77	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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