genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1500--2322	181	4.6	174	76	9	589	40	9	9	40	1.71
2464--2903	180	2.4	177	78	5	414	42	8	9	39	1.67
2376--9023	181	37.2	179	71	10	1070	40	8	9	41	1.68
2362--9103	361	18.9	358	75	8	4334	40	8	9	41	1.68
2887--3218	161	2.1	161	82	3	400	42	8	9	40	1.66
4028--4344	168	1.9	169	83	4	417	41	5	8	43	1.59
4190--9103	181	27.4	179	73	9	2817	39	8	9	42	1.68
9993--11799	180	10.1	180	78	6	1533	40	8	10	40	1.69
10010--11799	361	5.0	357	79	6	1626	40	8	10	40	1.70
11796--14251	181	13.6	180	76	6	1730	41	9	8	40	1.69
14099--14404	160	1.9	158	80	3	355	42	9	7	40	1.66
14892--24814	181	55.5	178	70	13	3825	42	9	8	39	1.68
14899--24814	538	18.5	532	75	9	5823	42	9	8	39	1.68
19760--20078	163	2.0	161	82	4	392	42	8	8	40	1.66
20624--24814	911	4.6	899	74	10	2468	42	9	8	39	1.68
20632--24814	729	5.8	712	74	11	2152	42	9	8	39	1.68
22633--22945	160	1.9	165	79	10	349	42	8	7	40	1.66
23232--23271	18	2.4	17	87	8	55	45	7	2	45	1.45
26343--30175	358	10.7	359	75	8	2572	41	10	8	39	1.70
26342--30175	540	7.1	533	77	8	2804	41	10	8	39	1.70
26343--30184	181	21.5	175	73	9	1542	41	10	8	39	1.70
30069--30283	118	1.9	114	82	7	272	43	9	6	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30182--32926	181	15.2	180	77	5	2205	42	9	8	39	1.69
30185--32835	363	7.3	359	76	6	2143	42	10	8	39	1.69
34432--38254	181	21.5	179	75	9	2466	41	9	8	40	1.68
36336--36364	14	2.0	15	93	6	51	51	13	0	34	1.42
36538--36576	18	2.2	17	86	13	53	53	5	2	38	1.37
36547--36590	18	2.4	18	88	11	63	59	2	2	36	1.23
38893--38925	17	2.0	17	88	5	50	33	12	6	48	1.65
38255--42437	181	23.3	181	75	8	3009	41	9	8	40	1.68
42861--43040	73	2.4	73	80	6	202	32	19	22	25	1.97
50677--50705	12	2.4	12	100	0	58	41	6	0	51	1.28
51162--51323	74	2.2	74	92	2	263	32	22	22	22	1.98
52545--52583	18	2.2	18	86	9	53	56	2	7	33	1.41
52032--55427	181	18.9	181	77	7	2581	40	10	8	40	1.68
52072--55427	361	9.4	361	76	7	2561	40	10	8	41	1.68
55426--56499	181	5.9	180	79	5	1059	42	11	8	38	1.70
55428--60977	361	15.6	360	73	11	2330	41	9	8	39	1.69
56871--56895	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
56512--61625	181	28.4	181	75	8	3503	41	9	8	39	1.70
57554--57893	166	2.0	167	82	6	404	42	8	9	38	1.68
58499--58809	167	1.9	166	82	6	396	42	9	7	41	1.65
56512--61624	358	14.2	356	73	11	3091	41	9	8	39	1.70
68066--68730	357	1.9	358	92	1	1129	31	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81037--81068	16	2.0	16	93	0	55	31	3	18	46	1.65
82657--82695	20	2.0	19	85	14	53	17	25	20	35	1.95
85768--85792	13	1.9	13	100	0	50	32	36	24	8	1.84
85963--86025	17	3.7	17	97	0	117	26	28	28	15	1.96
94215--94240	7	3.7	7	100	0	52	30	26	0	42	1.56
98871--98919	21	2.3	21	100	0	98	32	20	20	26	1.97
106735--106788	22	2.5	22	78	0	63	27	18	27	25	1.98
123120--124311	181	6.6	179	76	7	717	40	9	9	40	1.70
123420--124062	182	3.6	180	78	7	450	40	9	9	40	1.71
124395--124761	177	2.1	178	81	9	417	43	9	7	39	1.65
124720--124857	67	2.1	67	90	0	213	38	10	7	42	1.69
124594--125034	244	1.8	243	80	3	526	41	9	7	41	1.66
125585--125913	178	1.8	179	82	4	421	41	8	8	41	1.65
125781--126079	160	1.9	160	81	4	370	36	7	9	46	1.63
126475--128481	355	5.6	359	74	10	966	40	8	9	40	1.70
126455--128527	181	11.6	178	76	7	1622	40	8	10	40	1.70
127084--127401	167	1.9	168	83	3	408	39	8	11	40	1.72
126587--128527	723	2.7	705	77	7	1580	40	8	9	40	1.69
128449--128605	79	2.0	78	82	1	188	33	8	10	48	1.67
129517--129559	20	2.2	19	84	16	52	51	9	11	27	1.69
129805--129857	24	2.2	25	74	12	58	45	3	0	50	1.19
129517--133779	181	23.8	179	76	7	2673	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130098--130149	18	2.9	18	73	23	56	44	11	5	38	1.65
130104--130149	16	2.6	18	76	16	51	43	13	4	39	1.63
128528--133779	362	14.7	360	74	9	3413	39	8	10	41	1.68
131559--131592	16	2.1	16	89	10	52	38	8	11	41	1.73
133674--133891	116	1.9	115	82	2	258	38	8	12	40	1.74
133141--134425	652	2.0	649	80	5	1460	38	8	11	42	1.70
133793--136178	180	13.3	180	77	6	1935	40	8	10	40	1.70
133793--136178	536	4.4	538	79	6	2251	40	8	10	40	1.70
133807--136149	715	3.3	709	78	7	2162	40	8	10	41	1.69
135745--136690	501	1.9	504	81	5	1162	41	7	9	41	1.67
136835--138267	516	2.7	513	78	9	1308	39	8	10	41	1.70
137337--138288	177	5.3	177	76	8	806	39	8	10	42	1.68
138661--138721	19	3.1	19	90	4	86	52	0	16	31	1.44
138713--142023	181	18.7	179	75	8	2251	40	8	9	41	1.68
138713--142020	718	4.7	712	76	6	2589	40	8	9	41	1.67
138713--142023	537	6.2	539	75	7	2430	40	8	9	41	1.68
141401--142023	342	1.8	337	80	8	744	40	7	9	41	1.67
143152--144853	181	9.5	180	78	7	1304	40	9	7	41	1.68
144728--145006	153	1.8	153	82	7	361	38	11	8	41	1.72
144879--151777	181	38.3	180	72	11	2945	41	10	8	39	1.70
145615--145688	16	4.7	15	74	22	55	37	8	5	48	1.56
147691--151610	534	7.3	527	75	9	1839	41	9	8	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150193--151451	355	3.6	354	75	7	817	41	10	7	39	1.68
151334--152258	477	1.9	473	80	4	1047	41	10	8	39	1.70
151778--158502	181	37.1	182	73	9	3466	41	10	8	40	1.69
151778--167262	719	21.4	715	69	13	4948	41	9	8	40	1.69
151778--156413	181	25.8	179	76	7	3505	41	10	8	39	1.69
155378--155416	20	2.1	19	85	9	53	51	2	10	35	1.50
151778--159308	538	13.9	533	72	11	4228	41	10	8	40	1.69
156786--157070	140	2.0	140	79	2	304	37	9	7	45	1.65
156939--159298	359	6.6	355	76	9	1893	41	9	8	40	1.69
158502--159294	183	4.4	180	76	9	644	42	10	8	38	1.70
159998--162088	181	11.7	177	72	10	960	42	9	8	39	1.69
160052--161829	354	5.0	357	73	10	877	41	9	8	40	1.69
162563--162589	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
162382--162758	193	1.9	194	90	1	596	40	9	10	39	1.72
162178--167262	361	14.2	358	73	9	3149	41	9	8	40	1.68
162576--167262	181	26.2	177	73	9	2193	41	9	8	40	1.68
164227--166267	182	11.3	181	75	8	609	41	9	8	40	1.68
165958--165990	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
167563--167936	178	2.1	181	78	5	409	41	9	8	41	1.66
168020--168681	179	3.7	178	80	6	663	41	6	9	43	1.61
168758--169678	182	5.1	178	75	10	573	39	7	9	43	1.65
169568--169809	119	2.0	119	97	0	457	40	7	12	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169032--170332	656	2.0	655	81	4	1537	39	8	10	41	1.70
168849--170499	838	2.0	837	79	5	1782	39	8	9	41	1.69
169687--170499	181	4.5	179	78	5	775	40	9	9	39	1.72
176862--177179	158	2.0	159	91	0	521	24	23	22	28	1.99
197439--197513	27	2.8	28	79	4	73	40	14	33	12	1.83
225483--225524	22	1.9	22	90	0	66	23	35	16	23	1.95
234662--234730	17	3.9	17	68	17	52	21	2	4	71	1.17
234770--234801	12	2.7	12	100	0	64	68	6	0	25	1.12
235891--236250	39	9.3	38	80	5	366	42	21	9	27	1.83
235891--236250	116	3.1	116	85	2	454	42	21	9	27	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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