genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  13  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1995976--1996024	21	2.2	23	85	10	66	65	10	6	18	1.43
1996167--1996241	5	14.4	5	78	15	73	76	1	1	21	0.94
1996129--1996241	43	2.8	41	80	14	110	74	1	1	22	1.01
1996133--1996242	37	3.0	37	82	12	104	73	1	2	21	1.05
1996174--1996240	6	11.2	6	82	9	59	77	1	1	19	0.92
1996169--1996252	11	7.7	10	75	18	53	77	1	3	17	0.98
1996132--1996256	31	4.0	30	75	15	112	75	1	3	20	1.03
2000531--2000727	98	2.0	98	92	0	331	35	11	19	34	1.88
2001271--2001444	3	55.3	3	73	22	71	28	1	4	65	1.20
2001273--2001360	40	2.1	40	83	10	106	27	1	4	67	1.17
2002024--2002066	20	2.2	20	86	0	59	44	25	16	13	1.85
2002567--2002866	118	2.5	118	84	10	450	48	6	11	34	1.64
2002565--2002899	57	5.7	58	88	5	480	46	6	11	35	1.66
2005606--2005640	10	3.4	10	88	7	52	85	0	11	2	0.69
2007292--2007671	42	9.1	42	91	2	522	23	16	23	37	1.94
2007895--2007955	12	5.0	13	76	11	58	34	0	4	60	1.18
2007961--2008034	19	3.7	19	70	19	53	28	0	4	67	1.09
2008609--2008648	20	2.0	20	90	0	62	42	27	15	15	1.86
2009056--2009103	21	2.2	22	85	7	71	16	4	2	77	1.03
2009087--2009129	22	1.9	23	85	4	61	11	9	2	76	1.10
2009124--2009422	122	2.5	114	80	14	338	46	7	10	35	1.66
2009144--2009422	60	4.7	58	82	12	288	46	7	11	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2009155--2009392	122	2.0	120	88	1	350	46	6	12	34	1.68
2009379--2009461	41	2.2	38	85	10	107	44	7	12	36	1.69
2011187--2011234	23	2.0	24	88	12	71	54	0	2	43	1.12
2011893--2011920	14	2.0	14	100	0	56	57	21	0	21	1.41
2014009--2014196	96	2.0	95	87	5	272	32	11	15	39	1.84
2016616--2016645	16	1.9	15	93	6	51	30	0	0	70	0.88
2019967--2020004	5	8.0	5	82	11	53	60	0	2	36	1.11
2019966--2020004	13	2.8	13	88	7	51	61	0	2	35	1.10
2019984--2020039	24	2.5	23	83	16	66	55	0	0	44	0.99
2021549--2021619	30	2.4	30	78	4	72	32	11	1	54	1.44
2021575--2021632	30	1.9	30	85	3	80	24	24	1	50	1.59
2026534--2026690	52	3.0	52	86	3	201	39	9	25	25	1.86
2028971--2029600	315	2.0	312	97	0	1179	35	23	13	27	1.92
2034235--2034270	18	2.0	18	89	10	56	25	0	2	72	0.98
2034415--2034467	19	2.9	19	81	13	67	56	0	0	43	0.99
2042401--2042442	2	21.5	2	85	4	59	54	0	0	45	0.99
2045895--2046019	62	2.0	62	100	0	250	30	16	14	39	1.88
2047890--2048044	76	2.0	77	96	1	285	28	17	13	40	1.87
2050411--2050452	20	2.1	20	100	0	84	40	14	19	26	1.89
2053547--2053624	24	3.2	24	76	16	72	25	1	5	67	1.18
2053554--2053762	9	24.2	8	70	22	67	25	1	4	67	1.18
2053576--2053711	15	8.2	16	70	24	79	30	0	4	64	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2053573--2053626	3	17.7	3	82	17	67	29	0	3	66	1.09
2053642--2053715	19	3.7	19	70	19	53	28	0	4	67	1.09
2053599--2053711	46	2.3	49	74	14	110	30	0	4	63	1.20
2054290--2054329	20	2.0	20	90	0	62	42	27	15	15	1.86
2054613--2054658	23	2.0	23	83	8	58	15	6	4	73	1.19
2054781--2055010	61	3.8	60	86	5	315	45	6	13	34	1.69
2054782--2055010	119	1.9	118	89	5	354	45	6	13	34	1.69
2057713--2057803	30	3.0	30	95	0	164	37	10	8	42	1.71
2059688--2059714	11	2.5	11	100	0	54	59	7	0	33	1.25
2062694--2062736	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
2065930--2065964	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2067883--2068039	52	3.0	52	87	3	201	26	24	8	39	1.85
2069514--2069543	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2070375--2070401	12	2.2	12	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2116469--2116502	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2116995--2117020	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
2117005--2117078	22	3.2	24	77	11	84	55	0	0	44	0.99
2117156--2117194	17	2.4	17	86	4	53	53	5	0	41	1.23
2117541--2117572	6	5.3	6	92	0	55	43	53	3	0	1.16
2134901--2135019	60	2.0	61	86	3	170	26	10	7	54	1.62
2142541--2142567	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2145985--2146106	63	2.0	61	85	6	165	44	4	5	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148385--2148748	181	2.0	181	96	1	667	31	18	17	32	1.94
2150144--2150419	151	1.8	152	85	3	387	41	6	4	46	1.51
2150541--2150843	151	2.0	154	87	5	438	41	8	5	44	1.57
2153180--2153294	22	5.3	21	76	9	97	56	6	3	33	1.41
2153185--2153290	11	9.7	11	69	8	65	55	5	3	34	1.41
2153463--2153519	11	5.2	11	73	0	60	52	7	5	35	1.51
2153408--2153525	22	5.4	22	78	4	139	50	5	10	34	1.58
2153855--2153904	22	2.3	22	75	21	52	48	4	10	38	1.56
2154032--2154134	44	2.3	44	78	3	109	52	7	6	33	1.57
2154040--2154134	22	4.3	22	77	7	77	52	8	6	32	1.57
2154361--2154499	22	6.3	22	75	5	102	45	5	8	41	1.57
2154326--2154452	66	1.9	66	80	3	148	47	7	11	33	1.67
2154358--2154677	44	7.2	43	73	11	157	46	5	7	40	1.56
2154507--2154649	22	6.5	22	79	4	137	47	8	4	39	1.53
2154503--2154629	66	1.9	65	82	4	157	48	7	3	40	1.49
2154937--2155013	22	3.5	22	77	7	68	44	7	11	36	1.70
2155141--2155312	22	7.9	21	77	12	125	47	9	5	37	1.58
2155141--2155314	66	2.6	66	81	8	194	47	9	5	37	1.58
2155510--2155578	22	3.1	22	68	6	59	40	4	10	44	1.58
2157755--2157917	87	1.9	84	89	3	254	52	6	14	26	1.66
2157784--2157917	42	3.1	42	66	21	105	51	5	14	28	1.65
2162510--2162547	18	2.0	20	90	10	62	71	0	7	21	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163466--2163882	57	7.1	57	82	9	439	48	6	9	35	1.62
2163466--2163882	118	3.5	115	81	11	479	48	6	9	35	1.62
2163837--2163923	43	2.0	42	84	6	113	50	4	9	35	1.55
2163901--2163985	27	3.2	27	68	15	68	52	4	7	35	1.49
2163884--2164035	53	2.8	53	84	5	173	51	5	7	35	1.54
2169868--2169897	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
2175507--2176207	85	8.2	85	76	7	512	21	19	13	45	1.84
2175621--2176245	255	2.4	256	77	5	622	21	19	13	45	1.85
2176103--2176256	83	1.9	83	88	2	238	23	18	13	44	1.85
2177487--2178076	59	10.1	59	78	11	491	49	5	7	37	1.54
2177578--2178076	60	8.5	58	77	12	387	49	4	8	38	1.53
2180154--2180216	23	2.9	22	79	11	67	14	0	9	76	1.02
2180801--2181007	57	3.7	55	79	10	190	53	6	11	28	1.60
2180801--2180974	58	3.1	57	79	10	194	56	5	10	26	1.56
2184527--2184576	23	2.2	23	92	0	82	50	8	20	22	1.74
2187423--2187458	12	3.0	12	84	15	56	25	0	8	66	1.19
2208250--2208301	22	2.3	24	80	12	65	44	0	0	55	0.99
2223935--2223966	15	2.1	16	94	5	57	84	3	0	12	0.74
2225671--2225718	21	2.3	21	96	3	89	29	4	29	37	1.76
2230166--2230200	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2231379--2231405	6	4.5	6	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2233797--2233829	1	33.0	1	100	0	66	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2234519--2234567	20	2.4	19	83	10	53	51	6	0	42	1.27
2241195--2241229	14	2.5	14	90	0	52	40	0	0	60	0.97
2242195--2242248	19	2.8	20	75	18	60	38	0	0	61	0.96
2245910--2245939	14	2.1	14	93	0	51	30	36	20	13	1.90
2248027--2248079	27	2.0	27	81	7	63	33	0	3	62	1.13
2253716--2253785	18	3.6	18	70	20	59	41	2	1	54	1.24
2255093--2255234	70	2.0	70	95	0	257	30	14	12	41	1.84
2262246--2262760	256	2.0	255	97	0	976	32	15	20	31	1.94
2268388--2268542	76	2.0	76	93	0	265	28	7	23	40	1.82
2286340--2286383	18	2.4	18	96	0	79	38	9	25	27	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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