genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
680173--680451	153	1.8	153	84	0	371	41	8	10	38	1.71
680752--680801	18	2.9	17	76	11	57	48	8	4	40	1.51
680320--691468	360	31.3	357	74	9	6702	40	8	9	41	1.68
681673--691468	181	55.1	177	72	11	2674	40	8	9	41	1.68
682317--682613	161	1.8	161	83	2	391	38	7	11	43	1.68
674898--691471	540	31.0	536	74	9	9750	40	8	9	41	1.68
686596--686636	19	2.0	21	86	9	59	46	9	14	29	1.77
687305--687621	160	2.0	160	84	1	420	40	9	8	41	1.68
688450--688756	169	1.8	169	82	6	399	42	7	10	40	1.68
689685--689720	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
687465--691468	541	7.4	536	76	8	2879	40	8	9	41	1.67
690304--690342	19	1.9	20	85	15	53	46	5	15	33	1.68
682484--691468	715	12.6	716	74	10	4730	40	8	9	41	1.68
691976--692011	18	1.9	19	88	5	56	61	2	2	33	1.25
691471--693096	362	4.5	354	75	8	1216	41	9	8	40	1.68
691471--693004	181	8.6	177	75	7	1030	41	9	8	40	1.68
693126--693665	181	3.0	180	78	6	475	38	10	8	42	1.70
693444--693964	286	1.8	286	83	5	687	37	10	9	41	1.73
694454--697650	180	18.0	178	73	9	1430	41	10	7	39	1.69
694595--697312	543	5.1	536	77	7	1416	41	11	7	39	1.69
694504--698221	361	10.5	358	73	10	1826	41	10	8	39	1.70
696224--696707	175	2.8	173	80	8	471	41	10	8	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696560--696877	169	1.9	165	81	8	383	43	11	5	39	1.64
698078--698372	155	1.9	153	83	4	378	41	11	6	41	1.66
698233--699099	180	4.8	179	77	9	747	41	9	8	40	1.68
698658--698998	186	1.8	186	88	5	519	41	12	7	39	1.69
698979--699243	147	1.8	144	82	6	336	35	9	12	43	1.74
699111--702189	181	17.2	181	75	7	2088	41	9	8	40	1.68
699111--702183	361	8.6	357	75	8	2063	41	9	8	40	1.68
699181--701628	903	2.7	902	85	4	3032	41	9	8	40	1.68
702240--703462	181	6.8	181	77	6	1056	41	9	8	40	1.69
703399--703448	17	2.8	18	79	14	59	42	6	6	46	1.53
704257--704622	200	1.8	200	80	7	445	40	8	10	40	1.71
703535--704943	561	2.6	534	78	10	1180	41	7	9	41	1.66
703492--705698	181	12.1	181	72	9	1312	40	7	9	41	1.67
705865--705897	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
705860--705906	19	2.7	18	80	12	62	44	4	10	40	1.59
705924--711218	181	29.4	180	76	7	3783	41	9	8	40	1.68
708320--711218	182	16.1	180	77	7	2182	41	9	8	40	1.68
708766--708805	16	2.4	17	83	8	55	45	12	0	42	1.42
708769--708811	16	2.6	16	85	3	50	46	11	0	41	1.40
709511--711218	180	9.5	179	77	5	1327	41	9	8	39	1.69
711148--711285	67	2.1	67	90	0	213	38	10	6	44	1.66
711398--711446	20	2.5	20	80	9	57	30	6	6	57	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710986--711460	242	2.0	239	80	8	532	41	9	6	42	1.63
711215--711900	180	3.8	178	76	8	567	43	10	6	40	1.65
711597--712232	327	1.9	326	81	4	755	42	10	6	39	1.66
711951--712644	181	3.9	178	75	10	561	39	10	8	41	1.70
712030--712653	169	3.6	175	74	9	461	38	10	8	41	1.71
713330--713390	24	2.5	25	76	12	65	59	3	1	36	1.24
712680--714702	181	11.3	178	74	8	1390	41	10	8	39	1.69
712677--714457	901	2.0	901	79	5	1972	41	9	8	39	1.68
712677--721148	361	23.5	356	67	15	1490	42	9	8	39	1.68
715521--715566	22	2.0	23	87	4	67	54	4	0	41	1.20
715268--721148	361	16.3	356	68	14	1583	42	9	8	39	1.68
715271--716955	181	9.5	181	75	9	1252	42	10	7	39	1.69
715310--716622	538	2.4	534	80	4	1398	42	10	7	39	1.67
717017--717220	101	2.0	101	86	0	282	37	10	7	44	1.69
717416--717466	17	2.9	17	74	11	50	37	11	5	45	1.65
717333--721148	181	21.4	180	70	11	636	42	9	7	39	1.66
717954--721333	181	18.9	179	73	9	1985	42	9	7	40	1.66
718169--718850	360	1.9	360	80	6	810	44	8	7	39	1.63
718169--718982	360	2.3	360	78	7	803	44	8	7	39	1.64
717954--721357	182	19.0	181	74	7	2137	42	9	7	40	1.66
719555--719605	18	2.9	18	71	11	52	41	9	7	41	1.67
717954--721146	537	5.9	539	75	7	2322	42	9	7	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717953--721252	540	6.1	539	75	7	2269	42	9	7	40	1.66
721339--724341	181	16.9	180	73	10	1845	41	9	8	40	1.68
721339--727588	538	11.7	538	74	10	3743	41	9	8	40	1.68
722017--727588	362	15.6	358	71	11	2541	41	9	8	40	1.68
724504--727588	363	8.6	360	74	7	1888	41	9	8	40	1.68
724504--727588	721	4.3	720	76	7	1762	41	9	8	40	1.68
725195--727588	181	13.3	182	76	7	1681	41	9	8	40	1.68
727615--729622	358	5.6	360	75	8	1422	40	8	9	42	1.68
727615--729634	180	11.3	181	76	7	1564	39	8	9	42	1.67
729752--730792	176	5.8	177	73	11	664	38	7	11	42	1.70
730271--731753	515	2.9	514	87	3	2012	39	7	10	41	1.68
731308--732147	182	4.7	179	78	7	737	41	7	10	40	1.67
732098--732183	35	2.5	35	94	0	154	41	8	10	39	1.69
732198--732653	176	2.5	178	81	5	499	39	8	9	42	1.68
732198--732654	177	2.6	176	77	12	457	38	8	9	42	1.69
732771--733748	181	5.4	181	78	3	939	41	9	7	41	1.65
732771--733753	362	2.7	362	82	4	1135	41	9	7	41	1.66
733445--734040	328	1.8	326	81	4	743	39	10	9	40	1.72
734093--735605	181	8.4	179	78	5	1320	41	10	8	39	1.70
734093--735605	361	4.2	359	79	6	1375	41	10	8	39	1.70
736090--736129	19	2.2	19	86	4	55	50	5	7	37	1.53
736078--738596	181	14.1	181	75	7	1690	41	10	7	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736132--749424	540	24.8	537	70	13	3379	41	9	7	40	1.67
736582--738507	714	2.7	709	78	7	1532	42	10	7	39	1.68
738742--739428	181	3.8	177	74	6	515	40	9	8	42	1.67
738990--739040	17	2.9	17	74	11	50	37	11	5	45	1.65
739017--739449	180	2.4	179	79	6	421	38	10	9	42	1.71
738825--739474	359	1.8	362	80	4	803	39	9	8	42	1.69
740588--743284	180	15.0	179	75	8	1466	42	9	7	40	1.67
740588--743284	360	7.5	357	75	7	1961	42	9	7	40	1.67
743080--743112	15	2.3	15	89	5	50	72	0	0	27	0.85
743152--743422	138	2.0	138	89	0	416	43	8	4	42	1.57
742809--743771	498	1.9	497	80	5	1122	42	9	7	41	1.65
743290--749424	181	34.2	180	71	12	2768	41	9	7	40	1.67
744190--744506	170	1.9	168	84	4	422	42	11	7	39	1.68
743289--749311	359	16.8	354	72	12	1957	41	9	7	40	1.67
743289--749397	708	8.5	710	73	11	3015	41	9	7	40	1.67
747362--748060	182	3.9	180	79	6	646	41	9	7	41	1.67
747372--748060	363	1.9	358	80	5	798	41	9	7	40	1.66
748032--748093	31	2.0	31	96	0	115	53	9	9	27	1.65
748091--749424	357	3.7	351	77	6	1156	41	9	7	41	1.67
750301--752738	180	13.7	179	73	11	1378	40	9	9	40	1.71
752872--755850	181	16.6	180	75	6	2083	39	8	10	41	1.70
752871--760186	361	20.5	358	75	7	4818	39	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755872--760184	181	24.1	180	75	7	2973	39	8	10	41	1.69
759968--760000	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
760727--761332	181	3.4	180	81	5	661	39	7	8	44	1.64
761044--761610	310	1.8	308	80	6	671	38	9	8	43	1.67
762174--763179	176	5.6	177	78	7	895	39	7	10	42	1.68
763056--763303	124	2.0	124	91	1	399	35	7	11	44	1.70
762353--763957	843	1.9	837	79	7	1825	39	7	10	41	1.69
763255--764122	362	2.4	363	81	5	972	41	8	9	41	1.67
763190--764122	181	5.2	181	79	7	862	40	8	9	41	1.68
764095--764170	34	2.2	35	92	2	127	43	2	11	42	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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