genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167838.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_11, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  23775123

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

This is table  6  of  129  ( 15449 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764109--764166	18	3.3	18	68	18	59	41	3	12	43	1.59
763913--764337	215	2.0	214	80	5	473	41	7	9	40	1.66
764441--764564	64	1.9	64	88	4	187	48	7	9	34	1.64
765347--765391	19	2.4	19	81	3	56	31	4	4	60	1.37
764600--766116	540	2.8	531	76	9	1294	40	8	9	41	1.68
764515--766116	175	8.9	177	73	9	670	40	8	9	41	1.68
766692--766724	18	1.9	17	88	11	50	39	12	6	42	1.67
766111--767246	540	2.1	535	80	5	1281	43	10	7	38	1.68
766116--767593	181	8.2	178	75	7	940	42	10	7	39	1.68
766118--774524	361	23.5	347	69	13	1601	41	10	8	39	1.69
767454--767740	146	2.0	146	80	5	321	43	7	9	40	1.64
767588--774694	180	39.5	179	72	10	3939	41	10	8	39	1.70
766969--768278	686	1.9	682	79	5	1482	42	9	8	40	1.66
774699--775155	181	2.5	182	79	4	480	38	8	9	43	1.67
775155--777777	181	14.8	181	75	9	1683	39	8	10	41	1.69
775215--777686	361	7.0	343	73	12	1314	39	8	10	41	1.69
775227--777327	522	4.0	518	77	9	1592	39	8	10	41	1.69
776289--777055	177	4.3	175	77	9	443	38	7	9	44	1.65
777829--778708	178	5.0	177	73	11	658	39	8	8	43	1.67
779127--779326	105	1.9	105	80	4	233	43	9	12	35	1.74
778958--779496	285	1.9	286	83	3	701	43	8	9	39	1.67
779232--785952	181	37.0	179	70	11	2811	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779232--785952	360	18.5	359	72	9	3467	40	8	9	41	1.68
779243--795519	541	30.0	536	68	14	4136	40	8	9	41	1.68
779243--803788	902	27.5	898	71	12	2981	39	8	10	41	1.69
782065--782194	63	2.1	63	85	5	174	43	5	9	41	1.59
781712--782558	426	2.0	425	83	3	1069	40	8	9	40	1.68
783006--783054	24	2.0	25	84	11	66	30	4	4	61	1.33
782137--788255	361	17.2	361	71	11	2587	40	8	9	41	1.67
782137--785952	180	21.2	180	75	8	2716	40	8	9	41	1.68
785964--788244	181	12.8	178	72	10	1146	39	7	9	42	1.66
787174--788177	180	5.6	177	76	8	532	41	7	9	41	1.65
787620--787664	22	2.0	22	83	8	56	35	2	0	62	1.08
787730--787786	18	3.2	19	80	16	77	43	3	12	40	1.59
788249--792749	181	25.2	180	70	12	1720	40	8	10	41	1.68
788251--792684	363	12.4	354	71	12	1683	40	8	10	41	1.68
790312--790627	160	2.0	160	80	8	356	43	7	7	40	1.63
792001--792031	16	1.9	16	100	0	62	45	6	9	38	1.63
792375--792728	182	2.0	180	81	4	417	39	8	10	41	1.69
792778--795530	181	15.3	180	76	6	2039	39	8	10	41	1.69
792360--803788	720	16.0	706	77	9	3850	39	8	10	41	1.69
795569--803281	181	42.9	179	74	8	4908	39	8	10	41	1.70
795571--803786	542	15.3	535	73	9	3540	39	8	10	41	1.69
795571--803788	361	22.9	357	73	9	2798	39	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795576--803572	717	11.1	717	82	5	7152	39	8	10	41	1.70
802434--802462	15	2.0	15	93	6	51	41	0	6	51	1.28
803301--803631	181	1.8	181	80	5	400	38	9	9	42	1.69
803795--806437	181	14.7	179	75	8	1864	40	9	9	40	1.69
803859--806428	361	7.1	352	75	10	1573	40	9	9	40	1.70
807654--811797	180	23.1	179	73	9	2161	39	8	10	41	1.70
807654--809645	362	5.5	353	76	7	1447	39	8	10	40	1.70
809855--809890	18	2.0	18	100	0	72	44	5	16	33	1.71
809857--809898	18	2.3	18	91	0	66	42	7	11	38	1.69
809928--811788	361	5.2	355	77	7	1391	39	8	10	42	1.69
809873--811677	541	3.4	531	77	7	1565	39	8	10	42	1.69
812239--817304	355	14.1	356	73	10	2763	41	10	8	39	1.69
811883--817304	181	30.2	179	73	9	3332	41	10	8	39	1.69
811977--825626	536	25.6	534	71	13	5358	41	10	8	39	1.69
816011--816062	23	2.3	23	89	0	77	36	3	5	53	1.43
815832--816200	204	1.8	205	82	2	483	41	8	8	42	1.65
815832--816243	204	2.0	205	80	2	470	42	8	7	41	1.63
816515--817304	179	4.4	176	74	9	656	42	10	8	38	1.69
817049--817629	317	1.8	315	80	7	694	44	11	7	36	1.69
817824--821046	181	17.9	180	76	7	2289	41	10	8	39	1.70
817829--836714	361	53.1	358	72	10	8672	41	9	8	40	1.68
821080--824126	180	17.1	180	76	9	2347	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821080--836659	542	29.2	535	72	11	7274	41	9	8	40	1.68
822842--823150	163	1.9	163	82	8	394	43	8	7	41	1.62
823003--824126	179	6.3	179	75	8	910	41	9	8	40	1.67
823956--824285	159	2.1	160	83	4	407	40	9	8	42	1.66
824122--825559	181	8.1	177	72	12	803	40	9	8	41	1.68
824855--825172	163	2.0	157	83	7	399	43	6	8	41	1.62
825654--826005	180	2.0	180	79	6	392	39	10	9	40	1.72
825634--830000	181	24.2	180	73	9	1891	41	10	8	40	1.69
825987--826295	169	1.8	167	81	6	383	41	11	6	40	1.67
826241--831059	181	26.7	184	71	11	1460	41	10	8	40	1.69
829044--829135	43	2.1	43	89	0	139	33	11	4	50	1.59
829995--831306	181	7.3	179	76	5	970	39	10	9	40	1.72
831560--831928	193	1.9	193	81	5	451	43	10	7	38	1.69
831752--836714	181	27.9	180	75	8	3235	41	9	8	40	1.67
831752--836714	177	27.8	176	74	10	2956	41	9	8	40	1.67
836959--837226	141	1.9	143	82	11	345	46	8	6	38	1.61
838590--838659	18	3.9	18	90	0	113	70	4	7	18	1.28
842468--842498	16	1.9	16	93	0	53	32	0	19	48	1.49
844698--844749	18	2.9	18	88	0	86	19	7	3	69	1.29
844750--844813	7	9.1	7	83	6	58	35	42	6	15	1.72
846347--846383	18	2.1	18	90	5	58	32	0	5	62	1.18
846129--846386	143	1.8	143	82	5	333	36	6	7	49	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846617--852067	180	30.2	179	76	7	3868	39	8	9	42	1.68
846617--852048	181	30.1	181	76	7	4052	39	8	9	42	1.68
848195--848247	18	3.0	20	71	25	55	35	7	16	39	1.78
846646--852015	182	29.8	173	73	12	1747	39	8	9	42	1.68
846617--852008	728	7.5	719	75	8	1992	39	8	9	42	1.68
851445--851812	192	1.9	192	81	6	451	38	8	10	42	1.71
854051--866393	181	69.0	181	72	11	6160	41	10	8	39	1.70
857635--857723	42	2.3	36	77	18	99	32	6	8	51	1.59
857655--857738	42	2.0	42	100	0	168	26	9	7	57	1.56
860765--861204	176	2.5	175	77	12	389	44	8	9	36	1.68
862639--862674	16	2.1	17	90	10	56	44	5	5	44	1.50
861591--862882	710	1.8	712	79	8	1491	40	10	8	40	1.69
860245--866171	358	16.6	361	71	12	1242	42	10	8	39	1.69
864003--864042	18	2.2	19	90	4	64	60	0	2	37	1.11
864003--864044	20	2.2	18	87	8	57	59	0	2	38	1.10
863531--865845	705	3.2	699	79	7	1811	42	10	7	38	1.68
866690--869384	181	15.1	172	71	14	787	40	8	9	41	1.67
867205--867609	166	2.4	166	78	7	375	41	6	9	42	1.64
867388--869311	181	10.7	177	74	8	962	40	8	9	41	1.68
869843--870251	179	2.3	180	80	3	423	40	10	7	42	1.66
869865--874010	181	23.6	180	69	14	904	41	9	7	41	1.66
870026--870681	359	1.8	359	78	2	744	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871631--872079	171	2.6	172	78	9	435	41	10	6	41	1.65
873443--875237	684	2.6	682	77	11	1499	42	9	7	39	1.67
874750--875516	178	4.3	180	74	8	546	41	9	8	40	1.68
874747--875516	357	2.2	352	79	8	822	41	9	8	40	1.68
875516--875932	178	2.3	178	81	7	479	42	7	9	40	1.66
877248--877588	181	1.9	178	80	6	393	43	9	7	40	1.64
877612--878057	181	2.5	181	79	5	504	40	9	9	40	1.71
878038--878128	43	2.1	43	95	0	164	31	13	12	42	1.80
878439--878471	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
878158--879221	177	5.9	178	76	7	755	40	9	8	40	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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