genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21178437--21178494	24	2.5	24	78	15	70	55	0	1	43	1.10
21178411--21178495	18	4.4	18	69	23	50	51	0	1	47	1.08
21185443--21185513	11	6.5	11	78	4	63	61	7	1	29	1.30
21185485--21185531	20	2.4	20	85	3	60	59	6	0	34	1.23
21185567--21185607	20	2.1	20	82	13	50	51	12	4	31	1.60
21185631--21185690	28	2.1	28	87	0	84	71	3	1	23	1.10
21185726--21185774	15	2.9	17	85	14	59	75	4	2	18	1.06
21185726--21185766	17	2.3	18	87	4	57	78	2	2	17	0.98
21185729--21185778	25	2.0	26	88	4	75	72	4	2	22	1.12
21185761--21185804	21	2.1	21	95	0	79	65	6	0	27	1.17
21185826--21185913	9	9.0	10	75	16	60	54	4	3	37	1.38
21185826--21185922	10	9.8	9	80	9	77	54	4	4	37	1.39
21185818--21185908	29	3.1	27	77	12	83	58	3	3	35	1.31
21185760--21185922	10	15.9	10	71	12	75	57	4	2	36	1.32
21185981--21186075	9	10.7	9	73	4	50	31	5	4	58	1.39
21186165--21186215	18	2.8	18	78	3	57	47	0	1	50	1.12
21186176--21186260	9	9.3	9	72	7	55	35	1	4	58	1.26
21186222--21186257	19	1.9	18	88	5	54	30	0	8	61	1.26
21186342--21186398	18	3.1	19	75	5	55	43	0	3	52	1.18
21186368--21186432	32	2.0	32	82	11	80	35	0	7	56	1.28
21186426--21186643	9	21.8	9	71	17	112	38	1	3	55	1.26
21186428--21186656	10	22.5	10	74	11	162	37	1	3	57	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21186399--21186575	30	5.9	29	75	12	117	37	1	3	57	1.25
21186428--21186615	21	9.2	20	75	12	159	39	1	2	56	1.23
21186610--21186645	19	1.9	18	94	5	63	30	0	8	61	1.26
21188767--21188805	20	2.0	20	94	0	69	51	17	0	30	1.46
21188799--21188836	18	2.1	18	90	0	58	34	23	2	39	1.69
21189083--21189108	6	4.3	6	100	0	52	34	0	50	15	1.45
21196822--21196862	11	3.7	11	86	0	55	60	7	12	19	1.54
21197507--21197567	6	9.5	6	76	13	59	18	1	3	77	0.99
21197648--21197732	43	2.0	40	88	6	125	28	5	8	57	1.51
21197666--21197734	23	3.1	23	63	25	58	24	5	7	62	1.44
21198329--21198404	10	7.4	10	72	16	50	81	9	0	9	0.87
21198329--21198404	11	7.3	11	70	16	63	81	9	0	9	0.87
21198319--21198404	33	2.5	33	78	19	88	81	10	0	8	0.88
21198323--21198386	23	2.7	23	83	9	76	84	9	0	6	0.78
21198321--21198404	29	2.9	29	83	13	93	82	9	0	8	0.85
21198324--21198404	30	2.7	30	83	12	89	81	9	0	8	0.88
21198668--21199182	278	1.9	278	89	2	811	28	13	16	40	1.87
21204848--21204884	3	12.3	3	100	0	74	35	0	32	32	1.58
21206447--21206489	18	2.4	18	84	0	59	27	6	32	32	1.84
21209527--21209582	13	4.3	13	88	0	67	14	46	10	28	1.78
21209534--21209587	26	2.0	27	85	3	74	14	44	7	33	1.73
21209632--21209682	24	2.1	24	85	10	68	3	25	0	70	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21209644--21209682	12	3.3	12	89	3	62	5	17	0	76	0.96
21211441--21211520	41	1.9	42	85	7	110	16	2	6	75	1.12
21211485--21211509	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
21211584--21211703	46	2.6	47	75	11	113	52	12	4	30	1.58
21212059--21212112	22	2.5	22	84	3	65	27	5	24	42	1.76
21212043--21212112	21	3.3	21	79	2	68	25	8	24	41	1.83
21212059--21212119	21	2.9	22	82	4	63	29	6	22	40	1.79
21212182--21212510	177	1.9	177	84	1	453	40	15	8	35	1.78
21213211--21213261	27	1.9	26	84	11	68	21	3	1	72	1.11
21213220--21213259	19	2.2	18	86	4	53	20	2	0	77	0.88
21213386--21213447	3	20.7	3	100	0	124	32	0	0	67	0.91
21213452--21213489	20	1.9	20	88	0	58	39	2	2	55	1.28
21213707--21213762	20	2.9	18	74	25	53	26	1	3	67	1.16
21216677--21216782	52	2.0	53	90	1	169	29	13	16	40	1.87
21219433--21219486	26	2.1	26	89	0	81	44	11	5	38	1.63
21219850--21219879	14	2.1	14	93	0	51	43	20	0	36	1.52
21223753--21223804	21	2.4	22	80	3	61	25	7	11	55	1.61
21234367--21234394	12	2.3	12	100	0	56	25	17	14	42	1.87
21235407--21235462	16	3.5	15	79	11	58	8	0	23	67	1.18
21236207--21236235	8	3.6	8	100	0	58	10	0	20	68	1.18
21236207--21236240	16	2.2	16	89	5	52	11	0	17	70	1.16
21236708--21237019	114	2.7	113	82	3	358	44	17	13	24	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21236708--21237009	57	5.3	56	72	6	187	44	17	13	24	1.85
21237416--21237464	21	2.3	22	82	10	66	40	18	8	32	1.80
21237501--21237610	57	1.9	56	88	1	166	43	17	8	30	1.78
21239317--21239349	17	1.9	17	100	0	66	0	6	3	90	0.52
21239316--21239352	16	2.3	15	86	13	56	0	5	2	91	0.48
21242888--21242950	30	2.1	30	82	8	74	33	1	26	38	1.66
21244873--21244931	18	3.4	17	75	9	57	52	1	0	45	1.10
21246384--21246412	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21248173--21248200	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
21249792--21249833	20	2.1	20	86	0	57	7	26	0	66	1.17
21251670--21251715	18	2.5	19	77	19	53	32	0	2	65	1.05
21267138--21267168	16	1.9	16	93	0	53	32	6	19	41	1.77
21269256--21269282	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
21270302--21270328	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
21270332--21270358	12	2.2	12	100	0	54	37	0	0	62	0.95
21270355--21270386	7	4.7	7	96	3	57	40	0	0	59	0.97
21273476--21273510	17	2.0	18	88	5	54	40	0	0	60	0.97
21273976--21274006	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
21279027--21279057	16	1.9	16	100	0	62	32	9	19	38	1.84
21281982--21282045	3	21.3	3	90	0	101	60	0	3	35	1.12
21282357--21282818	130	3.6	128	78	8	413	39	14	7	38	1.74
21286208--21286246	8	4.9	8	93	0	69	12	10	48	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21303951--21304107	78	2.0	78	94	0	278	29	13	8	49	1.71
21304603--21304658	10	5.7	10	79	12	71	60	0	1	37	1.07
21304603--21304667	10	6.9	9	80	11	60	61	1	1	35	1.15
21305843--21305938	10	9.6	10	71	9	72	32	1	4	62	1.21
21305832--21305936	20	5.3	19	78	11	95	31	0	4	62	1.22
21305853--21305895	19	2.2	20	87	4	61	32	0	6	60	1.23
21309092--21309137	25	2.0	24	84	16	62	58	4	6	30	1.43
21309038--21309219	73	2.5	73	80	6	215	52	6	6	34	1.52
21309797--21309842	2	23.5	2	86	4	67	52	0	0	47	1.00
21313259--21313328	16	4.2	17	72	5	54	64	5	0	30	1.17
21313269--21313328	17	3.6	17	73	13	61	60	6	0	33	1.23
21313269--21313312	23	1.9	23	81	9	54	59	2	0	38	1.10
21313435--21313475	21	1.9	22	85	5	57	4	24	0	70	1.06
21315034--21315071	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
21317458--21317488	15	2.1	15	93	0	53	35	3	6	54	1.42
21321900--21321952	25	2.1	25	82	6	63	37	30	5	26	1.79
21323057--21323083	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
21322720--21323903	356	3.3	353	85	2	1539	38	11	12	37	1.80
21331282--21331530	134	1.9	133	87	0	372	39	16	11	32	1.85
21331280--21331577	134	2.2	133	82	5	343	39	18	11	30	1.86
21331781--21331823	22	2.0	22	81	4	52	58	18	9	13	1.62
21333080--21333129	12	4.6	11	78	16	52	40	0	2	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21334814--21334839	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21336019--21336050	14	2.3	14	94	0	55	9	3	12	75	1.16
21336066--21336098	15	2.1	16	88	5	50	18	3	9	69	1.28
21337712--21337795	35	2.5	33	92	7	136	21	4	4	69	1.26
21337794--21337822	15	1.9	15	100	0	58	55	0	3	41	1.17
21338382--21338432	21	2.5	19	81	12	57	70	9	5	13	1.32
21340498--21340538	22	1.9	22	90	5	66	31	17	9	41	1.82
21347511--21347544	16	2.1	16	89	10	52	79	0	0	20	0.73
21358996--21359023	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21362239--21362288	13	3.7	14	77	17	52	16	2	20	62	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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