genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

This is table  112  of  126  ( 15044 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22153738--22153812	35	2.2	35	79	6	84	52	6	9	32	1.60
22156734--22156767	17	1.9	17	88	5	50	0	38	14	47	1.45
22159242--22159276	17	2.1	17	88	0	52	60	0	0	40	0.97
22159251--22159289	13	3.1	13	86	13	55	58	0	0	41	0.98
22159241--22159301	30	2.0	31	84	9	81	59	0	1	39	1.08
22159546--22159583	1	38.0	1	100	0	76	100	0	0	0	0.00
22164187--22164279	31	3.3	27	68	22	73	41	13	3	40	1.61
22164187--22164697	118	4.3	118	85	5	676	35	12	5	45	1.67
22164363--22164453	27	3.1	27	62	17	65	36	14	6	42	1.71
22164187--22164698	59	8.7	58	83	7	597	35	12	5	45	1.67
22164714--22164801	29	2.9	30	83	11	92	75	2	6	15	1.12
22164746--22164880	4	32.0	4	75	18	82	71	3	2	21	1.15
22164725--22164801	5	15.4	5	80	12	79	76	2	5	15	1.07
22165894--22165950	29	2.0	29	82	6	71	77	3	1	17	1.00
22166265--22166516	42	6.1	42	88	3	377	36	21	17	24	1.95
22166265--22166516	83	3.0	83	91	1	409	36	21	17	24	1.95
22166493--22166542	26	1.9	26	95	0	91	36	16	18	30	1.92
22166451--22166583	68	2.0	67	98	1	257	36	21	18	24	1.95
22167580--22167635	23	2.4	23	85	5	69	12	10	0	76	1.01
22167595--22167639	8	5.8	8	92	5	74	11	6	0	82	0.84
22167596--22167639	23	1.9	23	95	0	79	11	6	0	81	0.86
22167595--22167640	15	2.9	16	90	6	76	10	6	0	82	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22174869--22174898	15	2.0	15	100	0	60	53	0	20	26	1.46
22177439--22177500	30	2.0	31	81	9	74	59	11	6	22	1.54
22178146--22178184	16	2.4	16	86	4	51	41	0	7	51	1.31
22178061--22178454	58	6.7	58	86	5	506	34	13	7	45	1.70
22178061--22178454	118	3.3	116	86	3	547	34	13	7	45	1.70
22178469--22178525	30	1.9	30	89	7	89	73	1	7	17	1.14
22178480--22178564	5	16.4	5	75	18	68	76	2	5	15	1.08
22178588--22178622	4	8.8	4	93	0	61	74	2	0	22	0.95
22179171--22179195	10	2.5	10	100	0	50	60	24	0	16	1.36
22179572--22179617	22	2.0	22	83	8	56	69	2	0	28	1.00
22179663--22179727	15	4.5	14	74	16	53	75	0	0	24	0.81
22179683--22179731	6	8.5	6	88	8	75	79	0	0	20	0.73
22179683--22179731	11	4.3	11	92	7	80	79	0	0	20	0.73
22180405--22180450	22	2.1	22	91	0	74	28	30	28	13	1.94
22181861--22181939	30	2.7	29	78	9	79	22	1	26	49	1.58
22181893--22182142	15	16.6	14	68	13	70	24	0	27	47	1.57
22181965--22182122	15	10.3	15	71	17	74	24	0	27	47	1.56
22182025--22182146	31	3.9	31	82	5	120	21	0	29	49	1.50
22181957--22182146	47	4.1	46	78	9	181	23	0	28	47	1.56
22182063--22182140	7	10.1	7	75	17	66	24	0	24	51	1.49
22182010--22182139	32	4.1	31	81	5	136	23	0	26	49	1.56
22182531--22182580	18	2.8	19	75	22	54	72	4	0	24	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22184598--22184646	23	2.1	23	84	0	62	55	2	0	42	1.11
22185662--22185689	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22185771--22185985	67	3.2	67	79	7	179	44	10	1	42	1.50
22189981--22190017	19	2.0	20	89	10	60	37	8	2	51	1.46
22190648--22190709	31	2.0	31	96	0	115	41	11	19	27	1.85
22204145--22204174	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
22204311--22204395	27	3.1	27	96	1	152	50	11	7	30	1.65
22206317--22206348	14	2.1	16	88	11	50	59	3	0	37	1.13
22206665--22206689	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
22207707--22207769	21	3.0	21	83	2	63	3	4	12	79	1.01
22207730--22207775	10	4.4	11	83	8	51	0	2	13	84	0.71
22207730--22207775	21	2.2	21	88	0	65	0	2	13	84	0.71
22215119--22215143	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22215969--22216026	27	2.2	26	78	9	62	55	3	3	37	1.34
22221257--22221304	24	2.0	24	95	0	87	12	10	25	52	1.71
22243626--22243651	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22249194--22249872	354	1.9	354	85	4	940	38	14	11	36	1.81
22255026--22255056	14	2.2	14	100	0	62	35	29	12	22	1.91
22255265--22255301	11	3.4	11	84	0	56	62	2	10	24	1.41
22259915--22259973	30	2.0	30	100	0	118	28	23	13	33	1.93
22265621--22265645	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
22269881--22269917	18	2.1	18	100	0	74	27	24	10	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22273577--22273637	28	2.2	29	82	11	74	29	4	1	63	1.24
22273649--22273755	9	11.4	9	70	21	69	22	3	2	71	1.16
22274141--22274198	8	6.9	8	75	11	53	51	1	1	44	1.21
22274147--22274199	27	2.0	27	89	7	83	54	1	1	41	1.22
22274227--22274307	42	1.9	42	82	0	99	54	3	4	37	1.40
22274887--22274921	2	17.5	2	87	0	52	51	5	0	42	1.25
22276019--22276045	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
22276464--22276510	11	4.5	10	82	10	58	68	8	2	21	1.27
22276464--22276510	21	2.2	21	85	7	60	68	8	2	21	1.27
22276555--22276773	9	22.6	9	66	17	73	57	6	1	33	1.35
22276601--22276649	20	2.5	19	77	9	53	63	4	0	32	1.13
22276655--22276802	9	15.6	9	74	13	93	55	8	2	33	1.44
22276625--22276708	29	2.9	29	81	10	91	57	8	0	34	1.29
22276645--22276802	10	16.6	9	72	14	86	55	8	2	32	1.44
22276640--22276773	10	13.9	10	74	10	93	55	7	1	35	1.37
22276853--22276905	17	3.2	16	82	15	63	39	0	5	54	1.24
22277147--22277192	20	2.4	18	86	13	65	28	2	6	63	1.31
22277243--22277285	20	2.2	19	84	12	52	44	2	4	48	1.36
22277291--22277359	20	3.5	19	79	13	77	26	1	10	62	1.35
22277044--22277380	173	1.9	175	82	5	425	37	2	8	52	1.42
22277397--22277457	10	5.8	10	73	17	52	32	3	3	60	1.29
22277395--22277432	19	2.0	20	89	5	60	34	0	5	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22278553--22278578	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
22283422--22283482	29	2.2	28	82	11	72	49	6	1	42	1.38
22285811--22285863	17	3.4	17	65	24	53	37	3	1	56	1.28
22285803--22285861	29	2.0	29	100	0	118	33	3	3	59	1.31
22286048--22286124	30	2.5	30	87	8	102	29	2	2	64	1.20
22286358--22286389	13	2.3	15	89	10	50	25	0	3	71	1.00
22286518--22286570	17	3.2	17	78	7	56	81	1	3	13	0.92
22287065--22287116	23	2.4	22	87	6	70	25	1	19	53	1.55
22287953--22288085	51	2.6	51	78	2	133	39	9	10	40	1.71
22288059--22288163	50	2.1	50	80	0	111	49	15	5	29	1.67
22292954--22292978	13	1.9	13	100	0	50	20	16	0	64	1.30
22296789--22296844	22	2.4	23	82	5	69	5	1	16	76	1.05
22296851--22296887	18	2.1	18	89	0	56	5	0	10	83	0.79
22296789--22296884	23	4.2	23	73	15	81	6	2	14	77	1.06
22296810--22296896	41	2.1	42	82	4	104	10	1	13	74	1.12
22299357--22299391	18	1.9	18	94	0	61	65	5	5	22	1.36
22303936--22303984	24	2.0	24	88	4	71	65	4	0	30	1.11
22304261--22304296	19	1.9	19	88	5	56	36	8	0	55	1.30
22305498--22305547	22	2.3	22	89	6	75	30	4	14	52	1.59
22305608--22305676	36	1.9	35	82	8	86	8	7	8	75	1.19
22306324--22306605	50	5.6	49	74	11	189	39	11	12	35	1.80
22306320--22306604	100	2.8	99	76	5	277	39	11	12	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22311273--22311327	4	13.5	4	96	3	101	76	0	23	0	0.79
22312585--22312632	10	4.4	10	76	19	51	77	2	8	12	1.08
22312689--22312718	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
22315218--22315277	3	20.3	3	96	3	113	31	0	0	68	0.90
22316007--22316051	3	15.0	3	100	0	90	33	33	0	33	1.58
22318704--22318747	3	14.7	3	95	0	79	65	2	0	31	1.05
22318748--22318790	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
22318789--22318820	3	10.7	3	93	0	55	0	3	28	68	1.04
22319033--22319077	19	2.4	19	88	0	63	51	0	0	48	1.00
22325501--22325548	25	2.0	23	84	12	60	58	0	8	33	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126