genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  108  of  126  ( 15044 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21362305--21362369	13	5.2	13	85	7	98	18	10	15	55	1.68
21362305--21362369	25	2.6	26	90	7	107	18	10	15	55	1.68
21362305--21362370	12	5.3	12	82	7	87	19	10	15	54	1.69
21362817--21362851	12	2.9	12	82	0	52	62	5	5	25	1.40
21365492--21365646	85	1.8	85	81	4	197	29	12	14	43	1.82
21366043--21366145	46	2.2	48	86	5	140	33	7	13	45	1.72
21372010--21372038	13	2.1	14	93	6	51	62	3	0	34	1.12
21373997--21374025	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21375261--21375330	30	2.3	30	87	2	95	32	5	15	45	1.70
21378838--21378888	16	3.3	15	78	10	50	66	1	1	29	1.13
21379046--21379088	17	2.6	16	86	13	61	55	2	4	37	1.33
21379044--21379092	18	2.7	19	78	18	59	53	2	4	40	1.32
21383367--21383401	14	2.4	15	90	4	54	45	2	0	51	1.16
21385139--21385193	17	3.4	17	80	10	69	65	1	0	32	1.03
21385136--21385179	21	2.1	21	83	8	54	72	0	0	27	0.85
21385462--21385508	18	2.4	21	82	13	64	46	0	10	42	1.38
21390264--21390288	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21394101--21394138	17	2.2	17	90	0	58	47	10	5	36	1.61
21396177--21396225	22	2.2	23	85	3	64	59	0	0	40	0.98
21396211--21396252	14	3.0	14	86	10	59	45	0	0	54	0.99
21396240--21396299	22	2.7	22	89	5	86	45	3	0	51	1.17
21398810--21398848	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21401946--21401971	3	8.7	3	100	0	52	30	0	34	34	1.58
21402546--21402614	26	2.6	27	84	11	99	52	0	0	47	1.00
21402546--21402694	51	2.9	52	73	14	114	52	0	0	47	1.00
21403884--21403923	20	2.0	21	90	5	64	37	15	15	32	1.88
21405054--21405111	20	2.9	20	87	7	82	24	0	1	74	0.92
21405076--21405111	3	12.3	3	94	5	65	30	0	0	69	0.89
21405079--21405111	17	1.9	17	100	0	66	30	0	0	69	0.88
21410335--21410389	22	2.3	25	78	15	71	38	5	12	43	1.66
21410341--21410459	23	5.2	22	68	15	80	32	7	16	42	1.77
21410335--21410567	46	5.2	47	71	13	159	35	7	15	42	1.74
21410489--21410658	44	4.1	42	74	16	147	39	9	8	42	1.68
21410548--21410619	36	2.0	37	86	8	103	43	8	6	41	1.62
21410503--21410658	80	2.0	80	88	2	233	39	9	8	41	1.69
21411188--21411360	66	2.6	65	76	8	181	20	20	12	46	1.82
21411402--21411561	66	2.4	66	77	9	166	23	21	11	43	1.86
21411573--21411768	42	4.6	42	85	2	230	24	13	15	45	1.83
21411573--21411768	85	2.3	85	84	0	257	24	13	15	45	1.83
21411746--21411793	22	2.2	22	96	0	87	25	6	8	60	1.49
21411767--21411926	47	3.5	45	77	9	157	29	13	11	45	1.78
21411755--21411839	22	3.7	22	70	14	73	25	9	10	54	1.65
21411838--21411951	42	2.7	42	78	10	115	29	17	13	39	1.88
21412166--21412201	5	7.8	5	93	6	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21413324--21413367	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
21414499--21414527	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21414903--21414964	26	2.3	26	81	13	74	37	3	11	48	1.55
21416342--21416385	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
21417213--21417238	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21431297--21431330	16	2.1	17	94	5	61	58	11	17	11	1.62
21438606--21438777	78	2.2	77	81	6	204	54	16	6	23	1.65
21440126--21440183	21	2.7	21	89	2	80	58	24	0	17	1.38
21440750--21440787	16	2.4	16	86	4	51	47	21	0	31	1.51
21442634--21442678	18	2.5	18	100	0	90	37	33	4	24	1.76
21462298--21462391	47	2.0	47	100	0	188	27	10	14	46	1.78
21467953--21468041	44	2.0	44	91	0	142	25	5	16	51	1.66
21471496--21471537	11	3.8	11	90	0	66	23	0	26	50	1.50
21471495--21471537	22	2.0	22	95	0	77	25	0	25	48	1.51
21471856--21471986	65	2.0	65	96	0	244	17	3	36	42	1.65
21471898--21471945	24	2.0	24	83	0	60	8	0	39	52	1.32
21474026--21474071	17	2.9	16	75	18	51	32	2	2	63	1.19
21475039--21475159	59	2.0	60	91	1	199	45	8	10	35	1.69
21475448--21475488	8	5.2	8	85	2	57	58	0	2	39	1.11
21476522--21476574	26	2.0	26	96	0	97	32	22	3	41	1.72
21476740--21476778	16	2.3	16	86	8	51	64	0	0	35	0.94
21476747--21476778	16	2.1	16	94	5	57	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21476738--21476787	27	1.9	25	84	8	64	64	0	0	36	0.94
21478243--21478302	29	2.1	29	100	0	120	53	6	3	36	1.44
21478588--21478643	24	2.2	24	81	12	60	46	1	0	51	1.11
21478769--21478809	17	2.4	17	83	0	55	51	0	0	48	1.00
21496923--21497416	254	1.9	254	86	2	706	33	24	16	24	1.96
21518384--21518434	26	2.0	26	88	0	75	39	1	1	56	1.22
21518374--21518433	26	2.3	27	80	11	70	43	1	3	51	1.28
21520381--21520634	41	6.2	41	84	6	268	38	17	16	27	1.91
21520918--21521023	43	2.5	42	81	10	133	34	16	11	36	1.85
21521210--21521265	22	2.6	21	85	5	67	35	17	8	37	1.82
21521679--21521798	63	1.9	63	92	0	204	30	22	9	37	1.85
21522489--21522597	9	12.6	9	73	19	90	9	16	0	74	1.06
21522487--21522600	33	3.6	32	77	13	103	9	17	0	72	1.10
21522490--21522568	8	9.6	8	80	15	74	8	13	0	77	0.99
21522522--21522601	29	3.0	27	84	14	103	10	17	0	72	1.11
21526576--21526735	62	2.7	57	84	11	207	37	11	6	45	1.65
21526749--21526785	5	7.4	5	88	11	58	81	0	0	18	0.70
21526752--21526786	11	3.4	11	84	15	56	82	0	0	17	0.66
21526744--21526786	20	2.2	19	91	4	68	81	0	0	18	0.69
21526743--21526789	16	2.9	16	81	12	60	78	0	0	21	0.75
21526815--21526866	3	16.7	3	88	7	77	69	1	0	28	0.99
21526810--21526866	22	2.6	21	88	8	78	68	3	0	28	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21528363--21528424	23	2.7	23	83	14	76	72	3	3	20	1.13
21528556--21528597	21	2.0	22	85	4	59	16	4	2	76	1.07
21534576--21534635	29	2.2	26	82	14	68	15	5	6	73	1.22
21534953--21535126	55	3.2	55	88	3	260	44	18	10	27	1.82
21535162--21535334	77	2.2	78	84	1	240	44	18	10	26	1.83
21535371--21535532	78	2.1	78	80	9	179	40	16	13	29	1.86
21535415--21535606	78	2.4	80	77	10	189	41	15	13	29	1.85
21537913--21537986	11	7.3	10	71	17	55	2	10	4	82	0.90
21541105--21541136	10	3.1	11	91	8	50	78	0	6	15	0.95
21542268--21542353	36	2.4	35	82	1	91	24	17	6	51	1.70
21542622--21542705	35	2.4	35	76	7	82	16	17	19	46	1.84
21543254--21543343	14	5.5	15	71	23	58	70	1	2	26	1.06
21543272--21543323	23	2.4	22	83	6	61	69	1	1	26	1.10
21543289--21543358	6	10.8	6	71	19	52	72	0	2	24	0.98
21543289--21543358	27	2.7	25	78	10	79	72	0	2	24	0.98
21543291--21543369	19	4.0	21	73	14	69	69	0	5	25	1.08
21543292--21543363	35	2.1	35	84	10	94	69	0	4	26	1.06
21544043--21544087	21	2.1	21	91	0	72	35	28	31	4	1.77
21545549--21545644	26	3.7	25	83	5	111	48	25	6	19	1.72
21545545--21545608	13	4.9	13	75	19	62	53	23	6	17	1.66
21547213--21547292	25	3.0	24	80	14	70	13	0	13	72	1.12
21547259--21547307	25	2.0	25	84	4	64	20	0	10	69	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21556177--21556222	12	3.8	12	80	11	51	17	8	0	73	1.07
21556814--21556858	11	4.1	11	80	11	56	73	8	2	15	1.18
21562107--21562138	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
21562138--21562209	2	36.0	2	100	0	144	50	0	50	0	1.00
21563478--21563508	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
21564398--21564443	16	2.9	16	80	3	58	54	0	8	36	1.32
21566429--21566480	16	3.2	16	75	8	52	36	1	3	57	1.28
21566452--21566503	25	2.2	23	86	6	68	42	1	3	51	1.31
21567670--21567695	10	2.6	10	100	0	52	0	7	0	92	0.39
21568984--21569058	32	2.3	32	95	2	132	49	5	4	41	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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