genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2587695--2587727	16	2.1	16	100	0	66	24	18	30	27	1.98
2589708--2589737	16	1.9	15	93	6	51	36	0	0	63	0.95
2589771--2589820	14	3.5	14	88	2	73	48	0	0	52	1.00
2590679--2590749	24	3.0	24	93	4	117	35	21	11	32	1.89
2602078--2602119	23	2.0	23	86	13	63	50	0	4	45	1.23
2603000--2603050	26	2.0	26	84	7	68	64	7	1	25	1.31
2603214--2603282	31	2.3	29	80	14	70	36	0	1	62	1.04
2608056--2608082	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2610788--2610882	13	6.7	15	68	27	55	73	0	15	10	1.09
2610839--2610895	28	2.0	28	90	6	89	80	0	12	7	0.89
2610863--2610899	18	2.0	18	94	5	65	78	0	16	5	0.93
2611200--2611242	16	2.7	15	82	10	50	79	0	18	2	0.85
2611255--2611348	36	2.6	36	87	1	125	69	6	20	4	1.28
2612381--2612454	27	2.7	27	74	4	67	78	2	16	2	0.98
2612377--2612503	32	3.8	32	74	14	89	73	3	19	3	1.13
2612377--2612503	17	7.6	16	74	15	98	73	3	19	3	1.13
2612407--2612511	37	2.8	35	85	11	122	69	5	20	3	1.25
2616876--2616913	15	2.4	16	86	4	51	50	2	39	7	1.46
2617015--2617058	16	2.6	17	82	17	56	70	2	27	0	0.99
2617123--2617157	11	3.1	11	91	4	52	77	0	22	0	0.78
2617124--2617159	12	3.1	12	92	4	56	75	0	25	0	0.81
2616920--2617189	108	2.4	111	83	9	309	59	1	33	5	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623498--2623532	11	3.1	11	88	8	52	0	20	2	77	0.90
2640037--2640089	13	3.7	14	78	9	54	50	0	0	49	1.00
2644069--2644291	107	2.1	106	89	5	333	47	17	8	25	1.76
2643936--2644388	240	1.9	239	86	4	644	47	16	8	27	1.75
2644774--2644825	27	1.9	27	88	0	77	46	5	7	40	1.57
2651285--2651323	18	2.2	17	86	4	51	35	0	12	51	1.40
2652824--2652870	17	2.7	17	80	9	51	63	2	0	34	1.06
2661900--2661954	27	2.1	26	86	10	76	54	0	1	43	1.10
2663436--2663475	13	3.4	12	86	13	57	35	0	0	65	0.93
2666464--2666511	12	4.0	12	76	7	53	43	0	2	54	1.12
2668748--2668776	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2669913--2669959	21	2.2	21	85	11	60	53	0	0	46	1.00
2670074--2670111	12	3.2	12	85	7	51	44	10	0	44	1.38
2670887--2670912	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2671718--2671766	17	2.9	16	79	11	53	53	6	2	38	1.38
2672438--2672500	31	2.0	31	100	0	126	42	22	0	34	1.54
2673403--2673654	139	1.8	139	85	1	353	35	20	10	32	1.87
2677958--2677999	18	2.3	18	91	0	66	59	2	9	28	1.41
2683784--2683813	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
2687990--2688022	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2691861--2691894	11	3.1	11	86	0	50	67	0	2	29	1.05
2700217--2700271	22	2.5	22	82	14	76	40	0	7	52	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703045--2703103	31	1.9	31	96	0	109	44	13	10	32	1.77
2706447--2706484	15	2.6	15	83	4	51	26	0	34	39	1.57
2708296--2708342	21	2.2	21	82	17	62	57	0	0	42	0.98
2714717--2714778	26	2.3	28	84	15	87	35	1	3	59	1.23
2714760--2714795	16	2.2	16	90	0	54	30	0	2	66	1.06
2714863--2714916	21	2.6	21	88	11	85	48	0	0	51	1.00
2714863--2714915	20	2.6	21	91	8	83	49	0	0	50	1.00
2715543--2715596	22	2.4	22	82	14	74	40	0	7	51	1.30
2717650--2717675	7	3.7	7	100	0	52	57	0	15	26	1.38
2718380--2718438	31	1.9	31	92	0	100	44	15	10	30	1.79
2721108--2721176	25	2.8	24	74	8	59	18	17	5	57	1.59
2727932--2727972	12	3.5	12	87	12	59	60	0	0	39	0.96
2728744--2728789	22	2.0	23	83	4	58	36	2	47	13	1.54
2737125--2737165	12	3.4	12	86	10	57	68	0	0	31	0.90
2739003--2739046	18	2.4	18	76	0	52	6	4	11	77	1.11
2746479--2746524	12	3.6	12	78	16	56	0	54	2	43	1.12
2746486--2746524	18	2.2	18	90	0	60	0	53	2	43	1.14
2748870--2748900	14	2.1	15	94	5	55	25	6	6	61	1.45
2756083--2756137	16	3.6	16	78	11	53	58	5	0	36	1.21
2762938--2762965	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2764627--2764675	24	2.3	21	80	19	57	51	0	0	48	1.00
2764618--2764677	20	2.7	22	80	17	63	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2764849--2764880	4	7.8	4	93	6	55	78	0	0	21	0.76
2764847--2764880	12	2.7	13	90	9	61	76	0	0	23	0.79
2771851--2771908	23	2.5	23	97	0	107	17	13	10	58	1.62
2775554--2775579	6	4.3	6	100	0	52	34	0	15	50	1.45
2782859--2782980	60	2.0	60	98	0	235	49	9	9	31	1.67
2782752--2783081	163	2.0	163	92	4	549	52	10	7	29	1.64
2782919--2783394	206	2.3	205	92	4	809	52	10	7	29	1.63
2782919--2783394	102	4.6	102	92	4	798	52	10	7	29	1.63
2784954--2784993	18	2.3	17	95	4	71	45	7	7	40	1.61
2785514--2785539	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
2785524--2785629	52	2.0	52	100	0	212	37	17	7	36	1.79
2785710--2785742	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2788460--2788492	16	2.1	16	94	0	57	33	0	0	66	0.92
2788467--2788505	13	3.2	12	89	10	62	33	0	0	66	0.92
2791521--2791594	31	2.4	30	84	8	96	40	5	4	50	1.44
2802894--2802956	26	2.5	25	80	14	67	44	4	1	49	1.33
2802906--2802962	26	2.1	27	83	6	71	50	3	1	43	1.29
2802989--2803016	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2805751--2805825	22	3.4	21	74	13	62	49	0	2	48	1.15
2806777--2806833	18	3.2	16	76	16	51	40	0	0	59	0.97
2806830--2806879	22	2.2	24	89	10	79	50	0	0	50	1.00
2806813--2806879	24	3.0	23	82	14	77	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806824--2806867	21	2.1	20	87	8	61	47	0	0	52	1.00
2806824--2806885	22	2.9	21	81	13	65	48	0	0	51	1.00
2810624--2810899	141	2.0	141	84	2	367	38	19	10	32	1.85
2813580--2813618	15	2.5	16	87	4	53	17	7	0	74	1.05
2813580--2813624	17	2.8	16	86	10	56	22	6	0	71	1.09
2824958--2825060	52	2.0	52	84	3	138	44	7	20	27	1.78
2825782--2825828	22	2.1	22	96	0	85	31	0	21	46	1.51
2829900--2830066	38	4.4	38	81	1	129	42	14	14	28	1.85
2832357--2832395	19	2.1	19	100	0	78	48	10	15	25	1.76
2835235--2835259	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2840400--2840433	12	2.8	12	90	0	50	52	5	2	38	1.41
2840954--2841041	34	2.7	32	76	10	79	32	19	13	34	1.91
2843471--2843501	13	2.4	13	94	0	53	67	0	0	32	0.91
2846879--2848120	353	3.5	358	86	1	1597	37	14	11	36	1.83
2848255--2848292	14	2.7	14	95	0	67	44	7	15	31	1.75
2850407--2850449	21	2.0	21	81	0	50	44	25	16	13	1.85
2868952--2869095	22	6.6	21	72	13	78	50	3	7	38	1.48
2869003--2869086	44	1.9	44	82	4	107	52	3	5	38	1.43
2869057--2869101	22	2.0	22	82	0	54	57	0	6	35	1.25
2869202--2869319	22	5.4	22	78	0	110	51	4	7	36	1.50
2869286--2869319	11	3.1	11	91	0	59	55	0	5	38	1.24
2869202--2869321	44	2.7	44	81	0	150	52	4	7	35	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2869761--2869837	22	3.3	22	66	8	55	46	2	10	40	1.52
2870319--2870657	61	5.7	60	81	9	410	33	12	7	46	1.71
2870319--2870672	118	3.0	117	84	8	448	32	12	7	46	1.70
2870682--2870762	6	12.7	6	73	22	51	76	1	7	14	1.06
2870678--2870733	21	2.7	20	76	17	60	75	0	10	14	1.06
2870682--2870760	27	2.9	26	80	17	90	75	1	7	15	1.08
2870770--2870815	21	2.1	22	84	11	60	69	4	0	26	1.07
2870769--2870818	24	2.0	26	88	7	77	70	4	0	26	1.05
2871308--2871357	26	2.0	24	88	7	73	44	18	4	34	1.68
2871715--2871807	12	7.2	12	68	20	55	69	2	2	25	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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