genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

This is table  123  of  126  ( 15044 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24589426--24589461	16	2.2	16	90	0	54	52	5	0	41	1.24
24589669--24589699	7	4.6	7	96	4	55	32	41	16	9	1.80
24590722--24590765	1	44.0	1	86	0	52	0	0	9	90	0.44
24598388--24598445	30	1.9	30	96	0	107	32	10	34	22	1.88
24606730--24606780	24	2.1	24	85	7	68	19	35	11	33	1.88
24608565--24608611	17	2.8	17	81	9	51	57	0	2	40	1.11
24608638--24608717	11	6.8	11	71	12	61	52	1	0	46	1.08
24608643--24608688	13	3.7	13	85	5	60	47	2	0	50	1.13
24608791--24608824	17	2.0	17	88	11	52	55	8	0	35	1.31
24609639--24609695	30	1.9	30	85	0	78	52	1	0	45	1.11
24610808--24610860	25	2.1	26	89	3	81	33	3	3	58	1.34
24618424--24618473	22	2.3	21	83	12	66	58	0	0	42	0.98
24624959--24625013	29	1.9	29	82	10	69	54	3	5	36	1.41
24625826--24625866	20	2.0	20	100	0	82	26	19	19	34	1.96
24632066--24632118	22	2.5	20	85	14	72	50	0	0	49	1.00
24632067--24632118	21	2.5	22	90	6	81	50	0	0	50	1.00
24633868--24633932	34	1.9	33	84	3	85	55	0	1	43	1.09
24640868--24640916	20	2.6	18	75	12	53	40	0	0	59	0.98
24640877--24640957	27	3.3	24	74	15	69	46	1	1	50	1.17
24641528--24641575	21	2.3	22	79	17	57	47	6	4	41	1.48
24645347--24645379	3	10.7	3	93	6	57	3	0	30	66	1.06
24659924--24659967	19	2.3	19	88	4	61	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24659924--24659964	20	2.0	20	90	0	64	29	0	0	70	0.87
24660807--24660849	16	2.5	17	85	7	61	44	0	4	51	1.22
24676941--24676978	15	2.5	16	83	12	53	28	0	2	68	1.03
24678018--24678057	21	2.0	21	85	5	55	12	10	0	77	0.99
24682660--24683172	253	2.0	253	99	0	1017	31	18	15	34	1.92
24686873--24686932	12	5.3	11	74	21	61	16	3	1	78	0.97
24686873--24686922	6	8.3	6	80	6	57	16	4	2	78	1.00
24687821--24687875	24	2.4	21	82	11	56	16	0	3	80	0.86
24687823--24687876	25	2.3	22	81	9	63	14	0	5	79	0.90
24687823--24687875	11	4.5	11	79	11	52	15	0	3	81	0.83
24687823--24687875	13	4.2	12	76	7	52	15	0	3	81	0.83
24687936--24687983	25	1.9	26	91	8	82	52	2	6	39	1.39
24689529--24689580	18	2.9	18	76	21	63	26	15	3	53	1.59
24693416--24693459	23	1.9	23	86	9	63	43	4	25	27	1.74
24693866--24693921	28	2.0	29	86	10	80	33	5	19	41	1.74
24694245--24694537	41	7.1	41	83	2	336	24	12	20	41	1.87
24694245--24694537	83	3.5	83	84	1	383	24	12	20	41	1.87
24694245--24694511	124	2.2	125	86	2	360	25	12	19	43	1.86
24694770--24694834	10	5.9	11	76	18	64	18	3	1	76	0.99
24694767--24694834	27	2.5	28	80	9	77	19	2	1	76	0.99
24694767--24694831	16	3.9	17	72	23	66	18	3	1	76	0.99
24694767--24694834	5	12.6	5	74	20	57	19	2	1	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24695709--24695765	13	4.4	13	78	12	55	12	0	7	80	0.89
24695963--24695987	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24696323--24696347	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
24700320--24700381	26	2.3	27	83	5	72	25	9	9	54	1.63
24701737--24702212	156	3.0	156	92	3	749	44	5	1	47	1.37
24705234--24705282	2	24.5	2	82	0	62	48	6	2	42	1.39
24706212--24706260	25	2.0	25	87	0	71	42	0	0	57	0.99
24706266--24706303	17	2.1	18	90	9	60	50	0	2	47	1.15
24706993--24707062	30	2.3	31	78	7	81	54	8	2	34	1.46
24707335--24707424	30	3.0	30	88	0	135	34	20	4	41	1.72
24707744--24707792	18	2.9	16	77	14	53	53	0	0	46	1.00
24709576--24709608	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24709714--24709804	42	2.2	41	81	13	98	53	0	2	43	1.12
24712698--24712727	3	10.0	3	92	0	51	66	30	0	3	1.07
24715006--24715070	33	2.0	33	90	0	103	24	16	16	41	1.89
24715490--24715526	18	2.1	18	100	0	74	10	10	40	37	1.75
24723897--24723941	12	3.4	12	78	21	54	62	0	2	35	1.08
24733826--24734009	63	2.8	63	91	6	280	35	6	2	55	1.38
24733816--24734009	69	2.9	66	91	6	297	37	6	2	54	1.37
24733885--24733997	21	5.3	22	69	20	71	38	4	0	56	1.25
24738204--24738252	15	3.4	14	91	5	71	28	0	8	63	1.23
24738216--24738257	14	2.9	15	83	13	52	30	0	4	64	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24738271--24738311	12	3.5	12	78	18	50	36	2	7	53	1.42
24738219--24738327	23	4.5	23	75	12	94	37	0	4	56	1.26
24738279--24738337	23	2.6	23	86	5	66	42	1	5	50	1.34
24741051--24741107	18	3.2	18	69	16	55	61	0	0	38	0.96
24744558--24744598	20	2.1	19	86	4	55	39	0	0	60	0.96
24745288--24745331	20	2.1	21	87	4	63	59	0	4	36	1.18
24745299--24745362	26	2.7	22	76	19	65	60	0	1	37	1.06
24746854--24747041	94	2.0	94	98	0	367	27	21	17	32	1.96
24748970--24749009	16	2.6	15	88	4	53	55	0	7	37	1.29
24753096--24753326	123	1.9	124	92	0	392	36	11	14	36	1.83
24760303--24760452	80	1.9	81	94	1	266	34	19	17	29	1.94
24761970--24762033	27	2.3	29	73	10	71	45	3	0	51	1.17
24770057--24770101	23	2.0	23	86	8	65	40	0	2	57	1.11
24782392--24782460	19	3.5	19	75	21	79	40	4	8	46	1.55
24784351--24784587	59	4.0	58	76	13	186	47	6	11	34	1.66
24784351--24784542	59	3.2	58	78	11	208	48	5	11	33	1.62
24788559--24788597	12	3.3	12	85	7	53	84	0	12	2	0.72
24788561--24788597	11	3.3	11	88	3	56	86	0	10	2	0.67
24789692--24789740	21	2.3	21	85	0	71	44	8	8	38	1.64
24790019--24790456	86	5.2	84	81	7	489	25	10	15	47	1.79
24790019--24790456	42	10.5	42	83	7	471	25	10	15	47	1.79
24790019--24790456	171	2.6	162	85	7	551	25	10	15	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24791551--24791662	59	1.9	59	87	3	163	53	5	7	33	1.51
24792541--24792593	26	2.2	25	86	10	74	45	3	3	47	1.39
24799482--24799550	29	2.3	30	82	2	86	46	4	1	47	1.31
24804506--24804546	22	1.9	22	90	5	66	51	0	4	43	1.23
24805101--24805131	15	2.1	15	93	0	53	58	0	6	35	1.24
24808849--24808918	13	5.9	11	73	18	52	62	0	2	34	1.10
24808856--24808956	40	2.6	39	77	11	95	61	0	1	36	1.07
24809739--24809780	22	1.9	22	85	9	59	50	0	2	47	1.14
24810000--24810025	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24810025--24810050	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
24832691--24832725	3	11.7	3	87	0	52	31	37	0	31	1.58
24839215--24839265	8	6.6	8	76	17	54	35	0	0	64	0.94
24839215--24839265	24	2.2	23	86	6	68	35	0	0	64	0.94
24839207--24839259	26	2.0	27	85	3	72	37	0	0	62	0.96
24839235--24839290	18	3.2	17	75	9	60	37	0	0	62	0.95
24839249--24839292	23	2.0	22	82	13	54	43	0	0	56	0.99
24839632--24839682	20	2.5	21	78	12	61	52	1	0	45	1.12
24839632--24839683	21	2.5	21	81	9	63	53	1	0	44	1.11
24839632--24839684	22	2.5	20	76	11	52	54	1	0	43	1.11
24845993--24846075	44	2.0	40	84	13	105	49	0	1	49	1.08
24847451--24847478	6	4.7	6	100	0	56	0	14	14	71	1.15
24853426--24853506	30	2.7	30	85	11	112	44	6	18	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24861526--24862526	301	3.3	300	95	1	1741	35	19	14	30	1.92
24870117--24870416	153	2.0	151	90	3	469	32	22	11	34	1.89
24870445--24870493	25	2.0	25	100	0	98	32	26	12	28	1.92
24875161--24875213	24	2.2	22	78	18	61	52	0	1	45	1.11
24875169--24875221	24	2.2	24	93	0	88	54	0	1	43	1.11
24875783--24875821	19	2.2	19	86	9	55	41	0	0	58	0.98
24875789--24875846	26	2.2	26	84	6	71	41	0	3	55	1.17
24875861--24875898	19	1.9	19	89	5	58	60	0	2	36	1.11
24875941--24875982	13	3.2	13	89	0	66	47	0	0	52	1.00
24875945--24875981	7	5.6	7	81	12	51	45	0	0	54	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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