genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735688--735770	42	2.0	41	83	6	105	36	0	3	60	1.14
750316--750371	23	2.4	23	90	0	94	42	3	1	51	1.29
752478--752502	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
754469--754522	15	3.5	15	70	5	54	51	0	3	44	1.19
754467--754535	31	2.3	31	92	2	113	44	0	2	52	1.16
762381--762423	19	2.3	19	88	8	61	30	0	0	69	0.88
762381--762423	9	4.5	10	85	11	63	30	0	0	69	0.88
762434--762473	17	2.2	18	86	8	55	42	0	0	57	0.98
762497--762521	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
763239--763281	19	2.2	19	88	12	61	67	0	0	32	0.91
763330--763365	13	2.8	13	86	0	54	47	0	0	52	1.00
763630--763669	16	2.5	16	83	0	53	42	0	2	55	1.13
763916--763962	22	2.1	23	84	4	60	51	6	0	42	1.27
775456--775507	18	2.8	18	88	2	68	42	0	5	51	1.25
776570--776617	13	3.5	13	83	13	60	41	0	4	54	1.20
781990--782024	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
786276--786306	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
786394--786425	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
787602--787646	24	1.9	23	86	13	65	40	0	0	60	0.97
787636--787672	19	1.9	19	100	0	74	45	0	0	54	1.00
787822--787847	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
788169--788207	13	3.0	13	80	0	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789362--789427	30	2.1	30	91	5	105	68	1	0	30	0.99
789362--789424	24	2.7	23	77	18	58	68	1	0	30	0.99
791181--791217	17	2.1	19	85	10	51	37	2	8	51	1.46
792774--792813	20	2.0	20	85	9	55	37	2	7	52	1.43
797827--797885	20	3.3	20	69	30	69	30	16	6	45	1.74
797810--797885	33	2.3	33	97	2	145	31	14	6	47	1.70
799209--799385	89	2.0	90	91	3	286	48	18	14	19	1.82
805505--805657	77	2.0	77	92	0	252	45	11	16	26	1.82
807727--807751	8	3.1	8	100	0	50	16	0	0	84	0.63
808241--808306	35	1.9	34	84	3	87	42	1	3	53	1.25
816603--816641	20	1.9	21	89	5	62	23	5	17	53	1.63
819202--819242	21	2.0	21	90	0	64	31	12	17	39	1.86
828266--828420	68	2.3	68	80	4	170	46	5	7	40	1.55
828266--828386	34	3.6	32	72	12	84	47	4	8	39	1.55
828306--828420	34	3.4	33	74	10	99	46	5	6	41	1.51
828322--828431	34	3.2	32	76	9	103	44	5	7	42	1.55
834342--834422	42	1.9	42	100	0	162	43	13	17	25	1.86
838383--838464	29	2.8	29	81	10	78	47	0	2	50	1.14
838409--838458	11	4.4	11	77	7	55	56	0	0	44	0.99
838409--838458	23	2.2	23	85	0	64	56	0	0	44	0.99
840262--840292	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
846647--846684	12	3.2	12	82	10	51	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852623--852663	2	20.5	2	89	0	64	56	0	0	43	0.99
853183--853229	15	3.2	15	72	6	51	25	0	12	61	1.31
853342--853370	14	2.0	15	93	6	51	68	13	3	13	1.33
854007--854177	85	2.0	85	97	0	324	27	19	21	32	1.97
854999--855034	18	1.9	19	94	5	65	36	2	0	61	1.11
855074--855111	13	3.0	13	80	3	51	52	0	0	47	1.00
857004--857036	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
861916--861980	34	2.0	33	87	6	96	43	0	6	50	1.27
862064--862108	21	2.1	22	83	4	56	48	0	0	51	1.00
863897--863927	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
867365--867404	20	2.0	20	100	0	80	20	20	25	35	1.96
873807--873840	13	2.5	14	85	9	52	41	0	0	58	0.98
873945--874023	23	3.5	23	79	5	81	48	2	0	49	1.14
873988--874021	5	7.2	5	87	12	54	41	0	0	58	0.98
873992--874020	9	3.2	9	100	0	58	41	0	0	58	0.98
873991--874046	15	3.7	15	83	9	62	42	1	0	55	1.10
875755--875785	16	2.0	16	93	6	55	74	19	0	6	1.03
879911--880039	64	2.0	64	86	0	177	39	21	7	31	1.82
880707--880915	108	1.9	108	97	0	391	41	17	16	24	1.89
886513--886572	27	2.2	27	90	0	93	40	8	0	51	1.32
887248--887276	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
889551--889595	21	2.0	21	83	8	54	26	2	0	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890583--890643	31	1.9	32	86	6	88	40	0	3	55	1.16
898796--898829	6	5.7	6	85	0	50	17	14	50	17	1.79
898919--898967	20	2.5	20	86	0	62	8	36	6	48	1.58
898915--898967	10	5.4	10	77	2	54	7	35	5	50	1.54
899452--899483	16	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
899443--899507	27	2.4	28	79	10	71	50	1	0	47	1.10
900961--901010	20	2.5	20	79	20	68	62	0	0	38	0.96
901082--901122	20	2.1	19	86	9	55	51	7	0	41	1.30
905777--905831	28	1.9	29	88	3	85	52	3	9	34	1.50
909462--909686	105	2.1	106	90	4	357	42	5	3	48	1.42
916691--916733	21	2.0	23	86	9	63	53	4	0	41	1.21
917753--917843	46	2.0	46	93	0	155	37	20	10	30	1.88
918053--918172	46	2.6	46	97	0	222	35	22	10	31	1.89
917753--918382	329	1.9	329	98	0	1206	36	18	9	35	1.83
919267--919410	72	2.0	72	94	0	252	32	17	20	29	1.95
923789--923854	26	2.6	25	83	7	87	34	0	0	65	0.93
923798--923853	8	6.9	8	77	16	53	33	0	0	66	0.92
923789--923853	18	3.7	18	78	8	64	35	0	0	64	0.94
923823--923857	18	1.9	18	88	11	54	34	0	0	65	0.93
923843--923890	18	2.6	19	83	9	64	47	0	0	52	1.00
925127--925195	30	2.3	30	82	12	79	55	1	1	42	1.18
925308--925404	29	3.4	29	73	12	92	28	7	4	59	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
925524--925566	12	3.4	12	83	6	50	60	2	2	34	1.22
925882--925966	39	2.2	39	81	8	93	57	0	1	41	1.06
925947--925992	13	3.7	13	77	5	51	60	2	0	36	1.09
927458--927511	28	2.0	28	82	10	67	33	7	12	46	1.70
928605--928688	29	2.9	28	77	5	87	59	1	1	38	1.13
928605--928685	30	2.8	29	77	7	74	60	1	1	37	1.13
933977--934053	32	2.4	31	78	19	79	53	0	0	46	1.00
933980--934056	34	2.3	34	81	16	83	53	0	0	46	1.00
934021--934058	20	1.9	20	89	10	60	60	0	0	39	0.97
953948--954005	29	2.0	29	93	0	98	43	5	12	39	1.64
959172--959204	18	1.9	18	88	11	52	48	0	0	51	1.00
959841--959878	19	2.0	20	85	10	53	26	5	10	57	1.53
962150--962193	20	2.3	19	92	4	70	31	0	0	68	0.90
962150--962195	10	4.7	10	81	5	58	34	0	0	65	0.93
967227--967306	31	2.5	33	73	21	78	36	11	8	43	1.71
968659--968685	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
973323--973354	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
976923--976960	18	2.2	17	86	13	51	13	0	34	52	1.40
983468--983520	22	2.4	21	75	9	61	37	0	11	50	1.38
983531--983571	21	2.0	21	90	0	64	34	0	4	60	1.18
983549--983579	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
983635--983676	19	2.3	19	83	4	59	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
986907--986931	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
987138--987173	18	1.9	18	88	5	54	41	13	11	33	1.80
995021--995059	19	2.1	19	90	9	62	51	0	0	48	1.00
995413--995454	19	2.3	19	95	4	77	54	9	0	35	1.33
996793--997345	187	2.9	190	88	2	828	24	18	21	35	1.96
1001826--1001868	23	1.9	23	85	4	61	46	4	2	46	1.36
1001975--1002022	15	3.3	15	82	5	53	29	0	12	58	1.35
1002015--1002079	28	2.4	27	85	7	87	35	4	4	55	1.41
1006395--1006442	24	2.1	24	81	11	57	58	4	0	37	1.18
1012712--1012741	6	5.0	6	91	0	51	0	20	33	46	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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