genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8923906--8923955	19	2.6	19	83	0	64	12	0	44	44	1.41
8923878--8923935	26	2.2	26	84	0	71	15	0	41	43	1.47
8926179--8926383	49	4.2	48	80	5	207	42	12	14	30	1.82
8926179--8926383	97	2.1	98	81	6	229	42	12	14	30	1.82
8926987--8927023	16	2.2	17	90	9	58	18	18	0	62	1.34
8931723--8937730	181	33.5	178	72	11	996	40	8	9	41	1.69
8932395--8937730	181	29.7	179	76	7	3896	40	8	9	41	1.68
8937193--8937225	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
8937743--8938426	181	3.8	175	79	5	622	42	10	7	39	1.67
8938288--8938562	137	2.0	136	92	2	453	40	10	8	40	1.69
8938425--8940551	181	11.9	181	74	9	990	41	9	8	40	1.68
8939133--8960533	362	60.2	355	71	11	6905	41	9	8	40	1.68
8939133--8940557	181	8.0	181	77	6	1256	41	9	8	40	1.69
8940566--8941733	180	6.5	181	76	4	960	41	10	8	39	1.71
8941776--8942754	181	5.4	177	74	8	605	41	9	7	40	1.67
8942305--8942650	180	1.9	182	79	5	389	42	9	9	38	1.70
8942787--8946867	181	22.9	180	74	10	2659	41	9	8	40	1.67
8942787--8946867	361	11.5	361	73	11	2654	41	9	8	40	1.67
8943552--8943591	21	2.0	21	90	5	64	35	5	15	45	1.68
8944242--8944274	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
8949376--8949408	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
8946972--8950126	536	5.9	523	74	11	1909	42	9	7	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8950073--8950458	195	2.0	195	98	0	754	40	7	6	45	1.59
8946970--8951845	181	27.3	179	74	8	2261	42	9	7	40	1.66
8946997--8951845	356	13.6	357	72	10	1571	41	9	7	40	1.66
8947200--8951650	536	8.3	534	73	11	1590	41	9	7	40	1.66
8952475--8953433	182	5.4	172	74	11	500	43	9	8	38	1.68
8951882--8960541	181	48.3	175	72	10	2698	41	9	8	40	1.68
8951882--8960533	540	16.1	533	74	9	4423	41	9	8	40	1.68
8957752--8957784	18	1.9	17	88	11	50	36	6	9	48	1.60
8959185--8959222	18	2.1	19	85	5	51	44	7	5	42	1.56
8960564--8960863	145	2.1	145	81	5	340	33	15	12	38	1.85
8968174--8968253	15	5.4	14	73	18	65	81	1	15	2	0.87
8968172--8968252	6	13.7	6	75	15	64	81	1	14	2	0.86
8968172--8968253	10	7.6	10	75	20	76	81	1	14	2	0.85
8968202--8968253	9	6.5	8	79	16	63	84	0	15	0	0.62
8968175--8968253	7	10.9	7	75	15	63	81	1	15	2	0.87
8968371--8968400	12	2.5	12	94	0	51	80	16	0	3	0.85
8968702--8968748	17	2.7	17	83	3	58	82	8	6	2	0.90
8968724--8968795	35	2.1	35	82	5	85	76	4	16	2	1.06
8968752--8968801	22	2.5	19	81	15	64	78	0	20	2	0.86
8968702--8968805	13	7.9	13	74	13	63	78	3	14	2	1.00
8969681--8969931	22	11.4	22	81	3	247	35	24	16	23	1.95
8969681--8969933	44	5.8	44	79	1	274	34	24	16	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8969690--8969931	66	3.7	66	85	2	281	35	23	16	23	1.95
8970099--8970259	68	2.4	69	82	10	190	36	19	11	33	1.87
8970230--8970373	33	4.4	33	79	4	139	31	17	13	36	1.89
8970399--8970593	34	5.8	34	75	12	134	32	16	14	36	1.89
8970231--8970581	68	5.2	68	78	8	240	31	17	14	36	1.90
8970432--8970616	67	2.7	66	81	7	158	34	15	15	34	1.90
8971060--8971090	15	2.1	15	93	0	53	25	19	9	45	1.81
8971038--8971287	43	5.9	41	75	14	197	38	16	11	34	1.85
8971060--8971287	126	1.8	126	84	7	320	35	17	12	34	1.87
8971050--8971287	86	2.8	86	77	12	249	37	16	12	33	1.86
8971946--8972545	104	5.9	102	80	6	637	34	13	15	36	1.87
8972157--8972542	96	3.9	96	78	10	364	34	13	16	36	1.88
8971944--8972519	303	1.9	303	86	4	822	34	12	15	36	1.86
8972510--8972557	22	2.2	22	84	0	60	33	14	14	37	1.87
8972685--8972792	36	2.9	37	86	6	157	23	12	22	42	1.86
8973275--8973676	145	2.7	146	87	3	549	33	15	10	40	1.81
8977999--8978056	29	2.0	29	96	0	107	32	13	25	27	1.94
8981281--8981307	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8981396--8981431	17	2.1	18	90	10	58	52	0	0	47	1.00
8981543--8981592	2	25.0	2	87	0	73	56	0	0	44	0.99
8985990--8986015	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
8986675--8986715	21	2.0	21	86	9	59	34	0	2	63	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8986678--8986732	20	2.9	18	82	15	58	36	1	1	60	1.18
8989936--8989983	15	3.2	15	82	8	62	81	2	16	0	0.79
8989939--8989983	21	2.1	21	88	8	65	80	2	17	0	0.82
8989976--8990018	15	2.9	14	86	6	59	72	0	18	9	1.11
8989972--8990017	19	2.5	19	86	10	60	73	0	19	6	1.04
8990469--8990565	15	5.9	15	69	25	54	77	1	15	6	1.02
8990467--8990526	19	3.0	20	75	7	59	75	0	20	5	0.99
8990503--8990585	15	6.2	13	72	18	53	78	2	15	3	1.00
8990468--8990585	11	9.9	11	66	20	51	77	1	16	5	1.03
8992659--8992738	37	2.2	36	85	12	112	65	5	16	13	1.44
8992989--8993057	29	2.3	30	92	5	122	33	13	20	33	1.91
8993002--8993073	29	2.4	29	86	2	90	30	16	22	30	1.96
8993325--8993468	60	2.4	61	83	10	170	36	14	18	29	1.91
8993515--8993643	46	2.8	46	86	0	159	32	9	17	40	1.82
8993676--8993719	23	1.9	23	86	9	63	77	13	0	9	0.99
8993993--8994022	10	3.0	10	90	0	51	43	16	10	30	1.81
8997956--8998031	37	2.1	37	94	0	134	36	5	11	46	1.63
8998040--8998074	16	2.2	16	94	0	61	28	0	14	57	1.38
9005536--9005632	50	1.9	50	95	0	176	41	6	22	29	1.78
9008211--9008245	18	1.9	18	88	0	52	85	8	0	5	0.73
9008273--9008594	113	2.8	113	77	7	335	47	8	20	23	1.77
9008273--9008594	115	2.8	115	77	6	348	47	8	20	23	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9009501--9009786	38	7.8	36	71	10	179	14	12	17	55	1.69
9009683--9009813	38	3.5	38	80	9	117	12	15	16	54	1.70
9012762--9012810	26	2.0	25	84	8	64	36	2	10	51	1.48
9013997--9014089	47	2.0	47	89	0	141	24	11	20	43	1.85
9020412--9020812	143	2.8	143	78	5	382	31	14	14	39	1.86
9021225--9021268	10	4.4	10	82	0	52	25	25	4	45	1.72
9021225--9021272	20	2.4	20	100	0	96	25	25	4	45	1.71
9022212--9022281	19	3.6	19	82	3	86	41	40	2	15	1.62
9022332--9022391	18	3.6	17	73	17	63	43	38	3	15	1.63
9022345--9022748	7	59.3	7	65	19	72	44	34	2	18	1.64
9022332--9022405	32	2.3	32	79	9	89	43	36	2	17	1.64
9022397--9022466	19	3.6	19	82	3	86	40	42	2	14	1.60
9022455--9022725	14	20.3	14	66	18	89	45	32	2	19	1.65
9022496--9022559	18	3.5	18	69	12	58	43	37	1	17	1.58
9022201--9022541	179	1.9	182	90	5	546	40	37	3	18	1.68
9022496--9022636	19	7.4	19	73	11	103	45	32	2	19	1.63
9022553--9022598	12	3.7	12	80	11	56	45	34	2	17	1.61
9022524--9022610	26	3.3	26	80	3	95	47	33	2	17	1.60
9022189--9022586	185	2.2	180	83	10	518	41	36	3	18	1.67
9022594--9022657	26	2.4	26	84	2	83	50	26	3	20	1.63
9022581--9022643	33	1.9	33	83	0	81	50	25	1	22	1.58
9022682--9022750	26	2.7	27	78	10	74	47	31	0	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9022891--9022970	35	2.3	37	77	16	89	27	22	8	41	1.83
9024449--9024476	8	3.5	8	100	0	56	85	0	0	14	0.59
9024595--9024628	9	3.7	9	88	4	50	14	17	8	58	1.61
9025132--9025170	21	1.9	20	84	5	51	64	7	10	17	1.48
9027068--9027107	12	3.3	12	85	0	53	20	15	10	55	1.68
9039987--9040026	14	2.8	14	92	3	62	57	5	30	7	1.48
9050090--9050126	16	2.2	17	90	9	58	62	0	18	18	1.34
9050727--9050931	49	4.2	47	75	9	171	30	14	12	42	1.82
9052179--9052209	10	3.1	10	90	0	53	19	22	9	48	1.78
9053153--9053202	19	2.6	19	77	0	55	42	42	0	16	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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