genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7611975--7612169	66	3.0	64	89	5	284	32	11	8	47	1.71
7615646--7615697	14	3.6	14	73	5	50	3	5	7	82	0.93
7615525--7615783	131	1.9	136	89	4	402	27	15	11	45	1.81
7615830--7615983	41	3.7	41	93	3	272	35	23	18	23	1.96
7617202--7617263	8	7.6	8	83	8	81	9	14	0	75	1.03
7617186--7617223	18	2.1	19	85	5	51	7	10	5	76	1.15
7617194--7617263	24	2.9	24	85	6	97	8	14	0	77	0.99
7621569--7621794	60	3.7	60	81	11	237	34	12	7	45	1.71
7624947--7624992	23	2.0	23	86	4	65	73	2	4	19	1.10
7624955--7625017	23	2.7	23	79	11	67	71	3	4	20	1.18
7626410--7626451	19	2.2	20	82	4	50	16	21	11	50	1.77
7631532--7631575	22	2.0	21	83	12	54	45	2	0	52	1.13
7631887--7631922	18	1.9	19	88	5	56	41	41	8	8	1.65
7632839--7632889	28	1.9	28	84	11	72	74	1	1	21	1.02
7632859--7632893	18	1.9	18	100	0	70	68	2	5	22	1.24
7633137--7633221	14	5.7	15	76	8	84	51	25	1	21	1.55
7633138--7633186	16	3.1	16	79	5	55	55	24	0	20	1.44
7633162--7633229	14	4.8	13	77	13	64	50	30	1	17	1.55
7633137--7633229	29	3.2	28	78	7	96	51	27	1	19	1.54
7633299--7633356	16	3.8	16	73	15	50	50	31	0	18	1.48
7633312--7633403	30	3.0	29	78	9	94	44	32	4	18	1.69
7633312--7633427	30	3.9	30	76	10	87	47	31	3	17	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7638960--7638991	13	2.5	13	94	0	55	15	46	0	37	1.46
7639458--7639506	21	2.3	21	85	0	62	85	4	6	4	0.81
7639455--7639503	26	1.9	25	87	4	71	85	4	6	4	0.81
7640076--7640110	13	2.7	13	91	8	54	88	2	5	2	0.68
7640499--7640527	13	2.1	14	93	6	51	75	6	0	17	1.01
7642028--7642105	41	1.9	41	82	10	97	39	19	15	25	1.91
7642419--7642505	22	4.0	21	68	14	59	32	20	14	32	1.93
7642310--7642756	153	2.9	153	76	5	375	25	19	15	39	1.91
7642573--7642658	22	3.9	22	68	8	59	30	20	15	33	1.93
7642726--7642777	22	2.4	22	83	0	68	28	21	17	32	1.96
7642738--7642790	22	2.4	22	83	0	61	28	20	16	33	1.95
7642931--7642995	22	3.0	22	81	4	60	32	26	12	29	1.92
7643172--7643286	37	3.1	37	76	3	108	13	17	20	48	1.80
7643812--7643848	19	2.0	19	89	5	58	45	40	8	5	1.56
7644715--7644752	13	2.9	14	88	7	53	13	0	2	84	0.73
7644715--7644752	7	5.7	7	84	9	53	13	0	2	84	0.73
7644713--7644752	20	2.1	18	90	9	62	15	0	2	82	0.77
7645138--7645224	15	5.8	15	81	8	97	52	25	0	21	1.47
7645156--7645232	14	5.3	14	75	7	73	53	29	0	16	1.44
7645139--7645232	29	3.2	29	81	6	109	53	27	0	19	1.45
7645227--7645269	21	2.0	22	86	4	61	48	23	2	25	1.62
7645260--7645339	14	5.6	14	70	11	63	51	31	1	16	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7645317--7645374	30	1.9	30	82	10	73	46	29	5	18	1.71
7647344--7647371	5	5.6	5	100	0	56	82	17	0	0	0.68
7647445--7647629	40	4.7	40	77	3	185	38	16	9	35	1.81
7647451--7647627	81	2.2	79	81	2	201	37	16	9	36	1.81
7647679--7647732	26	2.1	26	89	0	81	42	16	9	31	1.80
7647684--7647836	67	2.3	64	80	5	164	35	16	11	35	1.86
7647734--7647786	26	2.0	26	85	7	72	39	15	11	33	1.83
7648962--7649167	58	3.6	57	73	10	143	26	12	18	42	1.85
7649422--7649523	43	2.3	43	81	9	118	28	24	13	33	1.93
7649422--7649526	22	4.8	22	66	14	65	28	23	14	33	1.94
7649701--7649911	35	6.2	35	77	8	177	27	12	19	40	1.88
7649699--7649880	70	2.7	69	82	6	210	26	12	19	41	1.86
7649717--7649928	67	3.1	66	75	9	169	26	13	19	40	1.89
7649734--7649930	100	1.9	103	85	5	276	27	12	18	40	1.87
7649626--7649938	33	9.3	33	77	4	160	27	13	18	40	1.88
7649742--7649984	100	2.4	100	80	6	224	30	12	16	40	1.86
7650049--7650138	33	2.6	35	84	13	107	25	17	21	35	1.95
7650078--7650146	33	2.1	33	84	10	88	28	14	18	37	1.91
7650664--7650758	3	31.7	3	95	0	172	30	0	2	67	1.02
7657441--7657472	3	10.7	3	93	0	55	31	0	3	65	1.08
7657658--7657852	96	2.1	94	83	7	243	40	10	12	36	1.77
7658862--7658946	42	2.0	42	100	0	170	43	11	18	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7670928--7670962	12	2.8	13	86	8	54	71	0	22	5	1.07
7672933--7673538	304	2.0	302	89	1	926	35	10	8	45	1.69
7673387--7673418	17	1.9	17	93	6	57	28	9	12	50	1.71
7673762--7673818	25	2.2	26	79	17	66	70	1	1	26	1.07
7675342--7675625	21	13.9	21	76	9	241	46	3	2	47	1.33
7675332--7675624	41	7.2	40	72	13	147	47	3	3	46	1.35
7675347--7675442	10	9.3	10	68	10	50	44	4	1	50	1.28
7675347--7675401	20	2.7	19	81	16	58	45	5	0	49	1.25
7675298--7675564	83	3.3	83	78	10	198	49	3	3	43	1.35
7675455--7675490	18	2.0	18	94	0	63	58	5	0	36	1.22
7675571--7675662	11	8.4	11	83	6	107	42	1	2	54	1.19
7675571--7675657	32	2.7	33	85	5	115	42	0	2	55	1.12
7676334--7676409	10	7.5	10	67	2	53	46	2	3	47	1.35
7676339--7676419	41	2.0	41	83	9	103	48	2	3	45	1.33
7676399--7676452	19	2.9	18	83	5	72	50	0	0	50	1.00
7676340--7676499	79	2.0	79	82	7	191	48	2	3	45	1.33
7676239--7676544	21	14.9	21	74	10	206	47	3	2	46	1.35
7676511--7676613	11	9.5	11	78	10	104	41	0	3	53	1.26
7676511--7676613	33	3.2	33	83	5	129	41	0	3	53	1.26
7676879--7676955	20	3.9	20	67	14	61	36	2	3	57	1.31
7676760--7676901	11	13.8	11	67	15	63	36	4	3	55	1.36
7677113--7677143	10	3.0	10	90	9	53	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7677113--7677167	21	2.8	20	78	16	60	52	1	0	45	1.11
7677005--7677141	59	2.3	59	78	3	143	42	0	5	51	1.29
7677386--7677442	30	2.0	28	82	6	69	59	3	0	36	1.14
7677571--7677616	24	1.9	24	86	8	67	60	4	0	34	1.16
7678278--7678371	45	2.1	45	89	0	143	34	15	9	40	1.80
7680805--7680847	20	2.1	21	95	4	79	60	9	18	11	1.57
7681771--7681844	32	2.3	33	84	9	91	22	1	35	40	1.63
7681821--7681892	19	3.8	18	73	8	63	12	2	38	45	1.56
7681820--7681893	38	1.9	38	83	0	94	12	2	39	45	1.56
7681956--7682002	19	2.5	19	75	6	51	23	2	29	44	1.65
7682031--7682078	19	2.5	19	82	0	60	16	4	31	47	1.65
7682129--7682273	49	3.0	48	90	2	209	46	10	16	26	1.79
7682146--7682272	22	5.1	26	63	27	69	44	9	17	28	1.79
7683618--7683921	143	2.1	143	80	6	339	40	11	13	34	1.81
7683683--7683948	143	1.9	143	79	5	306	43	9	12	34	1.75
7683650--7683958	143	2.2	143	77	6	304	39	11	12	35	1.80
7694184--7694217	13	2.8	12	91	8	59	64	8	8	17	1.47
7699497--7699559	32	2.0	32	90	0	99	42	0	4	52	1.22
7703318--7703353	14	2.6	14	83	16	56	66	0	0	33	0.92
7704058--7704099	13	3.2	13	83	9	59	54	0	0	45	0.99
7709818--7709866	20	2.5	20	86	0	62	57	6	0	36	1.24
7709840--7709925	25	3.4	25	76	12	77	60	4	0	34	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7709865--7709915	15	3.5	14	87	12	68	62	3	0	33	1.13
7709867--7709925	25	2.4	24	88	11	84	61	3	0	35	1.13
7709896--7709947	11	4.7	11	83	9	61	63	1	0	34	1.06
7711146--7711191	11	4.6	10	78	15	51	23	0	0	76	0.79
7711149--7711191	15	2.9	15	80	16	54	23	0	0	76	0.78
7711153--7711191	14	2.8	13	85	14	51	23	0	0	76	0.78
7711153--7711200	18	2.7	18	81	9	62	22	2	0	75	0.91
7715166--7715215	21	2.4	20	83	6	55	62	10	0	28	1.27
7715102--7715202	30	3.5	30	71	12	79	58	8	0	31	1.36
7715251--7715348	37	2.7	34	79	13	106	54	1	5	39	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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