genome.fa.s667.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168492.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_9, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  25814696

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   

This is table  116  of  126  ( 15044 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22915399--22915447	22	2.0	24	81	14	57	44	2	2	51	1.24
22921685--22921725	19	2.2	19	86	8	57	56	2	0	41	1.13
22922840--22922894	19	2.8	20	78	15	78	14	0	9	76	1.02
22923082--22923115	15	2.4	14	90	5	50	70	11	0	17	1.16
22923082--22923115	7	4.7	7	85	7	50	70	11	0	17	1.16
22923710--22923760	18	2.5	21	75	21	63	62	5	5	25	1.41
22923723--22923758	18	2.0	18	100	0	72	66	5	5	22	1.34
22931909--22931960	25	2.0	26	85	3	70	0	17	11	71	1.15
22937560--22937594	16	2.2	16	100	0	70	31	0	17	51	1.45
22937543--22937594	8	6.5	8	84	0	59	38	0	13	48	1.43
22937564--22937598	4	8.8	4	93	0	61	28	0	20	51	1.47
22939700--22939730	16	1.9	16	93	0	53	64	6	22	6	1.40
22945012--22945063	15	3.7	15	78	19	58	11	1	3	82	0.88
22945002--22945062	9	6.6	9	79	7	68	11	1	4	81	0.90
22945008--22945086	25	3.2	24	78	16	74	12	1	6	79	0.97
22945000--22945087	35	2.4	38	83	7	103	12	1	9	77	1.05
22945124--22945313	63	3.1	60	75	13	142	48	3	8	38	1.52
22945295--22945331	18	2.1	18	85	14	51	54	2	0	43	1.14
22945193--22945326	63	2.1	64	80	12	152	46	2	8	42	1.47
22945249--22945403	77	2.0	80	80	3	181	49	3	9	38	1.50
22945323--22945486	58	2.8	57	79	8	186	49	5	12	32	1.63
22948684--22948722	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22948853--22948921	15	4.7	15	74	18	56	65	2	0	31	1.08
22948848--22948889	7	6.1	7	84	10	52	73	0	0	26	0.83
22953938--22953978	21	2.0	21	90	9	66	60	2	2	34	1.23
22953962--22954013	7	7.3	7	86	2	59	53	0	0	46	1.00
22953962--22954013	14	3.6	14	86	2	68	53	0	0	46	1.00
22967858--22967884	14	1.9	14	100	0	54	7	7	66	18	1.40
22975995--22976027	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
22980610--22980679	29	2.5	28	79	9	79	48	4	0	47	1.21
22994458--22994497	2	21.5	2	85	14	59	55	0	0	45	0.99
22995621--22995687	28	2.4	28	79	13	84	49	0	4	46	1.22
22995627--22995689	30	2.2	30	91	5	103	50	0	3	46	1.17
22996541--22996569	10	2.9	10	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22996817--22996916	51	2.0	51	84	4	130	38	6	5	51	1.49
23000184--23000267	41	2.0	41	90	0	132	32	11	16	39	1.85
23002124--23002180	30	1.9	30	85	0	78	45	0	1	52	1.11
23002153--23002201	22	2.3	22	93	6	84	51	0	0	48	1.00
23010764--23010861	44	2.2	44	90	0	160	55	26	9	9	1.61
23014885--23014982	44	2.2	44	90	0	160	55	26	9	9	1.61
23017206--23017243	20	1.9	20	84	10	51	78	5	2	13	1.02
23019393--23019424	14	2.1	16	88	11	50	43	0	0	56	0.99
23021360--23021416	21	2.7	21	89	5	80	59	1	0	38	1.08
23021376--23021445	27	2.5	28	80	15	74	64	1	1	32	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23026669--23026704	17	2.1	17	89	0	54	38	8	2	50	1.47
23036087--23036119	6	5.8	6	89	10	52	0	0	15	84	0.61
23036089--23036121	11	3.1	11	95	4	59	0	0	15	84	0.61
23036087--23036121	17	2.1	16	94	5	61	0	0	17	82	0.66
23039866--23039898	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
23040239--23040281	18	2.4	18	82	17	54	51	0	2	46	1.13
23040253--23040326	29	2.7	28	78	15	84	47	0	0	52	1.00
23040414--23040469	29	1.9	29	96	0	103	42	1	0	55	1.10
23040414--23040486	29	2.5	29	86	6	76	45	2	0	52	1.15
23040943--23040975	17	1.9	17	93	0	57	45	0	21	33	1.52
23041091--23041137	10	4.2	11	78	21	53	61	0	6	31	1.21
23041338--23041369	4	8.0	4	92	0	55	71	3	25	0	1.00
23050924--23050958	18	2.0	17	88	5	52	40	0	5	54	1.24
23051517--23051592	29	2.6	28	79	6	89	23	6	13	56	1.60
23051726--23051760	18	2.0	18	94	5	63	80	0	2	17	0.84
23051928--23051991	26	2.4	27	94	5	121	48	0	9	42	1.35
23054456--23054487	15	2.1	15	94	0	55	43	0	3	53	1.16
23055098--23055131	18	1.9	18	88	5	52	52	5	0	41	1.25
23055823--23055871	20	2.5	20	79	0	53	55	14	2	28	1.51
23058486--23058510	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
23059020--23059079	32	2.0	31	83	9	79	46	6	3	43	1.46
23062969--23063158	102	1.9	102	94	0	335	44	8	16	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23065099--23065123	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23066672--23066702	16	1.9	16	93	0	53	25	25	6	41	1.79
23074371--23074434	34	1.9	33	83	3	83	48	6	3	42	1.44
23075772--23075804	17	1.9	17	93	0	57	51	9	9	30	1.64
23096476--23096526	23	2.2	25	86	13	74	21	1	3	72	1.11
23098447--23098472	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
23101516--23101551	3	12.0	3	93	0	63	69	0	30	0	0.89
23101894--23101929	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
23109039--23109064	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23109188--23109231	22	2.0	22	86	4	63	36	0	2	61	1.09
23110724--23110748	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
23113985--23114040	17	3.1	18	76	7	51	57	3	8	30	1.47
23114004--23114074	20	3.5	21	73	9	67	57	4	12	25	1.53
23114047--23114091	14	3.4	14	73	17	51	60	0	8	31	1.28
23114230--23114487	127	2.0	128	96	0	473	38	8	10	42	1.71
23120480--23120512	15	2.2	15	94	0	57	57	0	9	33	1.30
23134417--23134468	24	2.2	24	85	0	68	44	1	1	51	1.23
23135893--23136059	27	6.2	25	73	17	88	53	2	0	43	1.16
23135924--23136126	15	13.5	15	72	12	139	55	2	0	41	1.20
23135981--23136149	23	7.6	22	76	13	107	57	1	1	39	1.17
23136007--23136053	18	2.8	17	78	18	53	53	2	0	44	1.12
23136089--23136157	22	2.9	25	79	18	85	59	0	1	39	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23135934--23136159	23	9.5	24	67	25	83	56	2	1	39	1.20
23136200--23136250	23	2.3	23	83	10	61	49	0	0	50	1.00
23136110--23136251	18	7.6	19	68	23	56	48	0	2	48	1.18
23136194--23136254	15	4.1	14	72	16	52	47	0	0	52	1.00
23136234--23136292	25	2.4	24	80	11	66	40	0	5	54	1.23
23138253--23138299	17	2.8	17	80	9	60	46	4	2	46	1.34
23138613--23138658	18	2.6	18	82	3	58	65	2	4	28	1.23
23140180--23140216	16	2.3	16	90	9	58	45	0	2	51	1.15
23140817--23140856	18	2.3	17	91	8	71	45	15	15	25	1.84
23142374--23142405	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
23143060--23143128	28	2.4	28	83	13	79	62	1	5	30	1.27
23143060--23143131	29	2.5	30	80	15	80	61	1	5	31	1.28
23149888--23149977	33	2.8	30	78	13	92	65	4	1	28	1.19
23149905--23149977	29	2.7	27	80	15	80	67	1	1	30	1.08
23149903--23149991	30	3.0	30	85	6	110	65	2	2	30	1.17
23150734--23150903	21	8.3	21	80	5	186	32	22	25	19	1.97
23152009--23152043	17	2.1	17	94	5	63	51	17	11	20	1.75
23152618--23152672	10	4.9	11	73	20	51	50	1	0	47	1.11
23157235--23157291	27	2.1	27	87	6	80	36	17	17	28	1.93
23158531--23158963	231	1.9	231	96	0	805	28	16	18	36	1.93
23161904--23161937	17	1.9	18	94	5	61	23	0	5	70	1.09
23162010--23162057	3	16.7	3	83	16	57	72	2	0	25	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23164094--23164137	23	2.0	23	90	4	72	54	0	2	43	1.12
23164102--23164154	23	2.3	23	83	0	61	60	1	0	37	1.08
23165841--23165873	11	2.8	12	86	9	50	6	9	18	66	1.40
23172153--23172221	24	3.0	23	77	12	70	62	1	1	34	1.13
23172155--23172205	22	2.3	23	86	6	70	60	0	0	39	0.97
23172153--23172222	23	3.1	22	78	13	70	61	1	1	35	1.14
23179829--23179946	62	1.9	59	89	5	182	24	11	6	57	1.57
23181192--23181222	8	3.8	8	95	4	53	9	9	3	77	1.10
23181191--23181223	9	3.8	9	88	8	50	9	9	3	78	1.05
23181345--23181392	6	8.7	6	84	11	50	8	0	4	87	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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